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path: root/examples
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authorRémi Flamary <remi.flamary@gmail.com>2017-09-01 17:38:16 +0200
committerRémi Flamary <remi.flamary@gmail.com>2017-09-01 17:38:16 +0200
commitfd76b98726b8f22606d93bb24dc539967472f4a0 (patch)
tree042f0664291eea89d4a737ada2d7b045fc338a8f /examples
parente800103299d79cf462c89f34647e7741014c5571 (diff)
titlke for notebooks
Diffstat (limited to 'examples')
-rw-r--r--examples/plot_OT_1D.py10
-rw-r--r--examples/plot_OT_2D_samples.py8
-rw-r--r--examples/plot_OT_L1_vs_L2.py8
-rw-r--r--examples/plot_WDA.py10
-rw-r--r--examples/plot_barycenter_1D.py8
-rw-r--r--examples/plot_compute_emd.py8
-rw-r--r--examples/plot_optim_OTreg.py10
-rw-r--r--examples/plot_otda_classes.py10
-rw-r--r--examples/plot_otda_color_images.py10
-rw-r--r--examples/plot_otda_d2.py17
-rw-r--r--examples/plot_otda_mapping.py8
-rw-r--r--examples/plot_otda_mapping_colors_images.py10
12 files changed, 59 insertions, 58 deletions
diff --git a/examples/plot_OT_1D.py b/examples/plot_OT_1D.py
index b6ffa5f..719058f 100644
--- a/examples/plot_OT_1D.py
+++ b/examples/plot_OT_1D.py
@@ -20,7 +20,7 @@ from ot.datasets import get_1D_gauss as gauss
##############################################################################
# Generate data
-# #############
+# -------------
#%% parameters
@@ -41,7 +41,7 @@ M /= M.max()
##############################################################################
# Plot distributions and loss matrix
-###################################
+# ----------------------------------
#%% plot the distributions
@@ -57,7 +57,8 @@ ot.plot.plot1D_mat(a, b, M, 'Cost matrix M')
##############################################################################
# Solve EMD
-##############################################################################
+# ---------
+
#%% EMD
@@ -68,7 +69,8 @@ ot.plot.plot1D_mat(a, b, G0, 'OT matrix G0')
##############################################################################
# Solve Sinkhorn
-##############################################################################
+# --------------
+
#%% Sinkhorn
diff --git a/examples/plot_OT_2D_samples.py b/examples/plot_OT_2D_samples.py
index f57d631..9818ec5 100644
--- a/examples/plot_OT_2D_samples.py
+++ b/examples/plot_OT_2D_samples.py
@@ -19,7 +19,7 @@ import ot
##############################################################################
# Generate data
-##############################################################################
+# -------------
#%% parameters and data generation
@@ -42,7 +42,7 @@ M /= M.max()
##############################################################################
# Plot data
-##############################################################################
+# ---------
#%% plot samples
@@ -58,7 +58,7 @@ pl.title('Cost matrix M')
##############################################################################
# Compute EMD
-##############################################################################
+# -----------
#%% EMD
@@ -78,7 +78,7 @@ pl.title('OT matrix with samples')
##############################################################################
# Compute Sinkhorn
-##############################################################################
+# ----------------
#%% sinkhorn
diff --git a/examples/plot_OT_L1_vs_L2.py b/examples/plot_OT_L1_vs_L2.py
index 49d37e1..090e809 100644
--- a/examples/plot_OT_L1_vs_L2.py
+++ b/examples/plot_OT_L1_vs_L2.py
@@ -22,7 +22,7 @@ import ot
##############################################################################
# Dataset 1 : uniform sampling
-##############################################################################
+# ----------------------------
n = 20 # nb samples
xs = np.zeros((n, 2))
@@ -73,7 +73,7 @@ pl.tight_layout()
##############################################################################
# Dataset 1 : Plot OT Matrices
-##############################################################################
+# ----------------------------
#%% EMD
@@ -114,7 +114,7 @@ pl.show()
##############################################################################
# Dataset 2 : Partial circle
-##############################################################################
+# --------------------------
n = 50 # nb samples
xtot = np.zeros((n + 1, 2))
@@ -168,7 +168,7 @@ pl.tight_layout()
##############################################################################
# Dataset 2 : Plot OT Matrices
-##############################################################################
+# -----------------------------
#%% EMD
diff --git a/examples/plot_WDA.py b/examples/plot_WDA.py
index 5928621..93cc237 100644
--- a/examples/plot_WDA.py
+++ b/examples/plot_WDA.py
@@ -24,7 +24,7 @@ from ot.dr import wda, fda
##############################################################################
# Generate data
-##############################################################################
+# -------------
#%% parameters
@@ -51,7 +51,7 @@ xt = np.hstack((xt, np.random.randn(n, nbnoise)))
##############################################################################
# Plot data
-##############################################################################
+# ---------
#%% plot samples
pl.figure(1, figsize=(6.4, 3.5))
@@ -69,7 +69,7 @@ pl.tight_layout()
##############################################################################
# Compute Fisher Discriminant Analysis
-##############################################################################
+# ------------------------------------
#%% Compute FDA
p = 2
@@ -78,7 +78,7 @@ Pfda, projfda = fda(xs, ys, p)
##############################################################################
# Compute Wasserstein Discriminant Analysis
-##############################################################################
+# -----------------------------------------
#%% Compute WDA
p = 2
@@ -91,7 +91,7 @@ Pwda, projwda = wda(xs, ys, p, reg, k, maxiter=maxiter)
##############################################################################
# Plot 2D projections
-##############################################################################
+# -------------------
#%% plot samples
diff --git a/examples/plot_barycenter_1D.py b/examples/plot_barycenter_1D.py
index eef8536..620936b 100644
--- a/examples/plot_barycenter_1D.py
+++ b/examples/plot_barycenter_1D.py
@@ -27,7 +27,7 @@ from matplotlib.collections import PolyCollection
##############################################################################
# Generate data
-##############################################################################
+# -------------
#%% parameters
@@ -50,7 +50,7 @@ M /= M.max()
##############################################################################
# Plot data
-##############################################################################
+# ---------
#%% plot the distributions
@@ -62,7 +62,7 @@ pl.tight_layout()
##############################################################################
# Barycenter computation
-##############################################################################
+# ----------------------
#%% barycenter computation
@@ -92,7 +92,7 @@ pl.tight_layout()
##############################################################################
# Barycentric interpolation
-##############################################################################
+# -------------------------
#%% barycenter interpolation
diff --git a/examples/plot_compute_emd.py b/examples/plot_compute_emd.py
index a84b249..73b42c3 100644
--- a/examples/plot_compute_emd.py
+++ b/examples/plot_compute_emd.py
@@ -22,7 +22,7 @@ from ot.datasets import get_1D_gauss as gauss
##############################################################################
# Generate data
-##############################################################################
+# -------------
#%% parameters
@@ -51,7 +51,7 @@ M2 /= M2.max()
##############################################################################
# Plot data
-##############################################################################
+# ---------
#%% plot the distributions
@@ -67,7 +67,7 @@ pl.tight_layout()
##############################################################################
# Compute EMD for the different losses
-##############################################################################
+# ------------------------------------
#%% Compute and plot distributions and loss matrix
@@ -83,7 +83,7 @@ pl.legend()
##############################################################################
# Compute Sinkhorn for the different losses
-##############################################################################
+# -----------------------------------------
#%%
reg = 1e-2
diff --git a/examples/plot_optim_OTreg.py b/examples/plot_optim_OTreg.py
index d753414..e1a737e 100644
--- a/examples/plot_optim_OTreg.py
+++ b/examples/plot_optim_OTreg.py
@@ -32,7 +32,7 @@ import ot
##############################################################################
# Generate data
-##############################################################################
+# -------------
#%% parameters
@@ -51,7 +51,7 @@ M /= M.max()
##############################################################################
# Solve EMD
-##############################################################################
+# ---------
#%% EMD
@@ -62,7 +62,7 @@ ot.plot.plot1D_mat(a, b, G0, 'OT matrix G0')
##############################################################################
# Solve EMD with Frobenius norm regularization
-##############################################################################
+# --------------------------------------------
#%% Example with Frobenius norm regularization
@@ -84,7 +84,7 @@ ot.plot.plot1D_mat(a, b, Gl2, 'OT matrix Frob. reg')
##############################################################################
# Solve EMD with entropic regularization
-##############################################################################
+# --------------------------------------
#%% Example with entropic regularization
@@ -106,7 +106,7 @@ ot.plot.plot1D_mat(a, b, Ge, 'OT matrix Entrop. reg')
##############################################################################
# Solve EMD with Frobenius norm + entropic regularization
-##############################################################################
+# -------------------------------------------------------
#%% Example with Frobenius norm + entropic regularization with gcg
diff --git a/examples/plot_otda_classes.py b/examples/plot_otda_classes.py
index ec57a37..b14c11a 100644
--- a/examples/plot_otda_classes.py
+++ b/examples/plot_otda_classes.py
@@ -19,8 +19,8 @@ import ot
##############################################################################
-# generate data
-##############################################################################
+# Generate data
+# -------------
n_source_samples = 150
n_target_samples = 150
@@ -31,7 +31,7 @@ Xt, yt = ot.datasets.get_data_classif('3gauss2', n_target_samples)
##############################################################################
# Instantiate the different transport algorithms and fit them
-##############################################################################
+# -----------------------------------------------------------
# EMD Transport
ot_emd = ot.da.EMDTransport()
@@ -59,7 +59,7 @@ transp_Xs_l1l2 = ot_l1l2.transform(Xs=Xs)
##############################################################################
# Fig 1 : plots source and target samples
-##############################################################################
+# ---------------------------------------
pl.figure(1, figsize=(10, 5))
pl.subplot(1, 2, 1)
@@ -80,7 +80,7 @@ pl.tight_layout()
##############################################################################
# Fig 2 : plot optimal couplings and transported samples
-##############################################################################
+# ------------------------------------------------------
param_img = {'interpolation': 'nearest', 'cmap': 'spectral'}
diff --git a/examples/plot_otda_color_images.py b/examples/plot_otda_color_images.py
index f1df9d9..e77aec0 100644
--- a/examples/plot_otda_color_images.py
+++ b/examples/plot_otda_color_images.py
@@ -42,7 +42,7 @@ def minmax(I):
##############################################################################
# Generate data
-##############################################################################
+# -------------
# Loading images
I1 = ndimage.imread('../data/ocean_day.jpg').astype(np.float64) / 256
@@ -62,7 +62,7 @@ Xt = X2[idx2, :]
##############################################################################
# Plot original image
-##############################################################################
+# -------------------
pl.figure(1, figsize=(6.4, 3))
@@ -79,7 +79,7 @@ pl.title('Image 2')
##############################################################################
# Scatter plot of colors
-##############################################################################
+# ----------------------
pl.figure(2, figsize=(6.4, 3))
@@ -101,7 +101,7 @@ pl.tight_layout()
##############################################################################
# Instantiate the different transport algorithms and fit them
-##############################################################################
+# -----------------------------------------------------------
# EMDTransport
ot_emd = ot.da.EMDTransport()
@@ -127,7 +127,7 @@ I2te = minmax(mat2im(transp_Xt_sinkhorn, I2.shape))
##############################################################################
# Plot new images
-##############################################################################
+# ---------------
pl.figure(3, figsize=(8, 4))
diff --git a/examples/plot_otda_d2.py b/examples/plot_otda_d2.py
index 3daa0a6..e53d7d6 100644
--- a/examples/plot_otda_d2.py
+++ b/examples/plot_otda_d2.py
@@ -1,8 +1,8 @@
# -*- coding: utf-8 -*-
"""
-==============================
-OT for empirical distributions
-==============================
+===================================================
+OT for domain adaptation on empirical distributions
+===================================================
This example introduces a domain adaptation in a 2D setting. It explicits
the problem of domain adaptation and introduces some optimal transport
@@ -24,7 +24,7 @@ import ot
##############################################################################
# generate data
-##############################################################################
+# -------------
n_samples_source = 150
n_samples_target = 150
@@ -38,7 +38,7 @@ M = ot.dist(Xs, Xt, metric='sqeuclidean')
##############################################################################
# Instantiate the different transport algorithms and fit them
-##############################################################################
+# -----------------------------------------------------------
# EMD Transport
ot_emd = ot.da.EMDTransport()
@@ -60,7 +60,7 @@ transp_Xs_lpl1 = ot_lpl1.transform(Xs=Xs)
##############################################################################
# Fig 1 : plots source and target samples + matrix of pairwise distance
-##############################################################################
+# ---------------------------------------------------------------------
pl.figure(1, figsize=(10, 10))
pl.subplot(2, 2, 1)
@@ -87,8 +87,7 @@ pl.tight_layout()
##############################################################################
# Fig 2 : plots optimal couplings for the different methods
-##############################################################################
-
+# ---------------------------------------------------------
pl.figure(2, figsize=(10, 6))
pl.subplot(2, 3, 1)
@@ -137,7 +136,7 @@ pl.tight_layout()
##############################################################################
# Fig 3 : plot transported samples
-##############################################################################
+# --------------------------------
# display transported samples
pl.figure(4, figsize=(10, 4))
diff --git a/examples/plot_otda_mapping.py b/examples/plot_otda_mapping.py
index e78fef4..167c3a1 100644
--- a/examples/plot_otda_mapping.py
+++ b/examples/plot_otda_mapping.py
@@ -25,7 +25,7 @@ import ot
##############################################################################
# Generate data
-##############################################################################
+# -------------
n_source_samples = 100
n_target_samples = 100
@@ -45,7 +45,7 @@ Xt = Xt + 4
##############################################################################
# Plot data
-##############################################################################
+# ---------
pl.figure(1, (10, 5))
pl.clf()
@@ -57,7 +57,7 @@ pl.title('Source and target distributions')
##############################################################################
# Instantiate the different transport algorithms and fit them
-##############################################################################
+# -----------------------------------------------------------
# MappingTransport with linear kernel
ot_mapping_linear = ot.da.MappingTransport(
@@ -88,7 +88,7 @@ transp_Xs_gaussian_new = ot_mapping_gaussian.transform(Xs=Xs_new)
##############################################################################
# Plot transported samples
-##############################################################################
+# ------------------------
pl.figure(2)
pl.clf()
diff --git a/examples/plot_otda_mapping_colors_images.py b/examples/plot_otda_mapping_colors_images.py
index 5590286..5f1e844 100644
--- a/examples/plot_otda_mapping_colors_images.py
+++ b/examples/plot_otda_mapping_colors_images.py
@@ -45,7 +45,7 @@ def minmax(I):
##############################################################################
# Generate data
-##############################################################################
+# -------------
# Loading images
I1 = ndimage.imread('../data/ocean_day.jpg').astype(np.float64) / 256
@@ -66,7 +66,7 @@ Xt = X2[idx2, :]
##############################################################################
# Domain adaptation for pixel distribution transfer
-##############################################################################
+# -------------------------------------------------
# EMDTransport
ot_emd = ot.da.EMDTransport()
@@ -97,7 +97,7 @@ Image_mapping_gaussian = minmax(mat2im(X1tn, I1.shape))
##############################################################################
# Plot original images
-##############################################################################
+# --------------------
pl.figure(1, figsize=(6.4, 3))
pl.subplot(1, 2, 1)
@@ -114,7 +114,7 @@ pl.tight_layout()
##############################################################################
# Plot pixel values distribution
-##############################################################################
+# ------------------------------
pl.figure(2, figsize=(6.4, 5))
@@ -136,7 +136,7 @@ pl.tight_layout()
##############################################################################
# Plot transformed images
-##############################################################################
+# -----------------------
pl.figure(2, figsize=(10, 5))