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2e20 | 20 74 68 65 20 73 68 6f 72 74 65 73 74 5f 70 61 74 68 20 6d 61 74 72 69 78 20 63 6f 6d 69 6e 67 | .the.shortest_path.matrix.coming |
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2f60 | 6f 66 20 74 68 65 20 6c 69 6e 65 73 65 61 72 63 68 5c 6e 20 20 20 20 73 74 65 70 20 3a 20 69 6e | of.the.linesearch\n....step.:.in |
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2fa0 | 65 73 68 6f 6c 64 73 20 74 65 73 74 65 64 5c 6e 20 20 20 20 5c 22 5c 22 5c 22 5c 6e 20 20 20 20 | esholds.tested\n....\"\"\"\n.... |
2fc0 | 64 69 73 74 20 3d 20 5b 5d 5c 6e 20 20 20 20 73 65 61 72 63 68 20 3d 20 6e 70 2e 6c 69 6e 73 70 | dist.=.[]\n....search.=.np.linsp |
2fe0 | 61 63 65 28 69 6e 66 2c 20 73 75 70 2c 20 73 74 65 70 29 5c 6e 20 20 20 20 66 6f 72 20 74 68 72 | ace(inf,.sup,.step)\n....for.thr |
3000 | 65 73 68 20 69 6e 20 73 65 61 72 63 68 3a 5c 6e 20 20 20 20 20 20 20 20 43 70 72 69 6d 65 20 3d | esh.in.search:\n........Cprime.= |
3020 | 20 73 70 5f 74 6f 5f 61 64 6a 65 6e 63 79 28 43 2c 20 30 2c 20 74 68 72 65 73 68 29 5c 6e 20 20 | .sp_to_adjency(C,.0,.thresh)\n.. |
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3120 | 29 3a 5c 6e 20 20 20 20 5c 22 5c 22 5c 22 20 54 68 72 65 73 68 6f 6c 64 73 20 74 68 65 20 73 74 | ):\n....\"\"\".Thresholds.the.st |
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3180 | 61 6c 75 65 73 20 62 65 74 77 65 65 6e 20 74 68 72 65 73 68 69 6e 66 20 61 6e 64 20 74 68 72 65 | alues.between.threshinf.and.thre |
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31c0 | 67 20 63 6f 6e 6e 65 63 74 65 64 20 6e 6f 64 65 73 20 61 6e 64 20 73 65 74 20 74 6f 20 31 2e 20 | g.connected.nodes.and.set.to.1.. |
31e0 | 45 6c 73 65 20 61 72 65 20 73 65 74 20 74 6f 20 30 5c 6e 20 20 20 20 50 61 72 61 6d 65 74 65 72 | Else.are.set.to.0\n....Parameter |
3200 | 73 5c 6e 20 20 20 20 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 5c 6e 20 20 20 20 43 20 3a 20 6e 64 61 72 72 | s\n....----------\n....C.:.ndarr |
3220 | 61 79 2c 20 73 68 61 70 65 20 28 6e 5f 6e 6f 64 65 73 2c 6e 5f 6e 6f 64 65 73 29 5c 6e 20 20 20 | ay,.shape.(n_nodes,n_nodes)\n... |
3240 | 20 20 20 20 20 54 68 65 20 73 74 72 75 63 74 75 72 65 20 6d 61 74 72 69 78 20 74 6f 20 74 68 72 | .....The.structure.matrix.to.thr |
3260 | 65 73 68 6f 6c 64 5c 6e 20 20 20 20 74 68 72 65 73 68 69 6e 66 20 3a 20 66 6c 6f 61 74 5c 6e 20 | eshold\n....threshinf.:.float\n. |
3280 | 20 20 20 20 20 20 20 54 68 65 20 6d 69 6e 69 6d 75 6d 20 76 61 6c 75 65 20 6f 66 20 64 69 73 74 | .......The.minimum.value.of.dist |
32a0 | 61 6e 63 65 20 66 72 6f 6d 20 77 68 69 63 68 20 74 68 65 20 6e 65 77 20 76 61 6c 75 65 20 69 73 | ance.from.which.the.new.value.is |
32c0 | 20 73 65 74 20 74 6f 20 31 5c 6e 20 20 20 20 74 68 72 65 73 68 73 75 70 20 3a 20 66 6c 6f 61 74 | .set.to.1\n....threshsup.:.float |
32e0 | 5c 6e 20 20 20 20 20 20 20 20 54 68 65 20 6d 61 78 69 6d 75 6d 20 76 61 6c 75 65 20 6f 66 20 64 | \n........The.maximum.value.of.d |
3300 | 69 73 74 61 6e 63 65 20 66 72 6f 6d 20 77 68 69 63 68 20 74 68 65 20 6e 65 77 20 76 61 6c 75 65 | istance.from.which.the.new.value |
3320 | 20 69 73 20 73 65 74 20 74 6f 20 31 5c 6e 20 20 20 20 52 65 74 75 72 6e 73 5c 6e 20 20 20 20 2d | .is.set.to.1\n....Returns\n....- |
3340 | 2d 2d 2d 2d 2d 2d 5c 6e 20 20 20 20 43 20 3a 20 6e 64 61 72 72 61 79 2c 20 73 68 61 70 65 20 28 | ------\n....C.:.ndarray,.shape.( |
3360 | 6e 5f 6e 6f 64 65 73 2c 6e 5f 6e 6f 64 65 73 29 5c 6e 20 20 20 20 20 20 20 20 54 68 65 20 74 68 | n_nodes,n_nodes)\n........The.th |
3380 | 72 65 73 68 6f 6c 64 20 6d 61 74 72 69 78 2e 20 45 61 63 68 20 65 6c 65 6d 65 6e 74 20 69 73 20 | reshold.matrix..Each.element.is. |
33a0 | 69 6e 20 7b 30 2c 31 7d 5c 6e 20 20 20 20 5c 22 5c 22 5c 22 5c 6e 20 20 20 20 48 20 3d 20 6e 70 | in.{0,1}\n....\"\"\"\n....H.=.np |
33c0 | 2e 7a 65 72 6f 73 5f 6c 69 6b 65 28 43 29 5c 6e 20 20 20 20 6e 70 2e 66 69 6c 6c 5f 64 69 61 67 | .zeros_like(C)\n....np.fill_diag |
33e0 | 6f 6e 61 6c 28 48 2c 20 6e 70 2e 64 69 61 67 6f 6e 61 6c 28 43 29 29 5c 6e 20 20 20 20 43 20 3d | onal(H,.np.diagonal(C))\n....C.= |
3400 | 20 43 20 2d 20 48 5c 6e 20 20 20 20 43 20 3d 20 6e 70 2e 6d 69 6e 69 6d 75 6d 28 6e 70 2e 6d 61 | .C.-.H\n....C.=.np.minimum(np.ma |
3420 | 78 69 6d 75 6d 28 43 2c 20 74 68 72 65 73 68 69 6e 66 29 2c 20 74 68 72 65 73 68 73 75 70 29 5c | ximum(C,.threshinf),.threshsup)\ |
3440 | 6e 20 20 20 20 43 5b 43 20 3d 3d 20 74 68 72 65 73 68 73 75 70 5d 20 3d 20 30 5c 6e 20 20 20 20 | n....C[C.==.threshsup].=.0\n.... |
3460 | 43 5b 43 20 21 3d 20 30 5d 20 3d 20 31 5c 6e 5c 6e 20 20 20 20 72 65 74 75 72 6e 20 43 5c 6e 5c | C[C.!=.0].=.1\n\n....return.C\n\ |
3480 | 6e 5c 6e 64 65 66 20 62 75 69 6c 64 5f 6e 6f 69 73 79 5f 63 69 72 63 75 6c 61 72 5f 67 72 61 70 | n\ndef.build_noisy_circular_grap |
34a0 | 68 28 4e 3d 32 30 2c 20 6d 75 3d 30 2c 20 73 69 67 6d 61 3d 30 2e 33 2c 20 77 69 74 68 5f 6e 6f | h(N=20,.mu=0,.sigma=0.3,.with_no |
34c0 | 69 73 65 3d 46 61 6c 73 65 2c 20 73 74 72 75 63 74 75 72 65 5f 6e 6f 69 73 65 3d 46 61 6c 73 65 | ise=False,.structure_noise=False |
34e0 | 2c 20 70 3d 4e 6f 6e 65 29 3a 5c 6e 20 20 20 20 5c 22 5c 22 5c 22 20 43 72 65 61 74 65 20 61 20 | ,.p=None):\n....\"\"\".Create.a. |
3500 | 6e 6f 69 73 79 20 63 69 72 63 75 6c 61 72 20 67 72 61 70 68 5c 6e 20 20 20 20 5c 22 5c 22 5c 22 | noisy.circular.graph\n....\"\"\" |
3520 | 5c 6e 20 20 20 20 67 20 3d 20 6e 78 2e 47 72 61 70 68 28 29 5c 6e 20 20 20 20 67 2e 61 64 64 5f | \n....g.=.nx.Graph()\n....g.add_ |
3540 | 6e 6f 64 65 73 5f 66 72 6f 6d 28 6c 69 73 74 28 72 61 6e 67 65 28 4e 29 29 29 5c 6e 20 20 20 20 | nodes_from(list(range(N)))\n.... |
3560 | 66 6f 72 20 69 20 69 6e 20 72 61 6e 67 65 28 4e 29 3a 5c 6e 20 20 20 20 20 20 20 20 6e 6f 69 73 | for.i.in.range(N):\n........nois |
3580 | 65 20 3d 20 66 6c 6f 61 74 28 6e 70 2e 72 61 6e 64 6f 6d 2e 6e 6f 72 6d 61 6c 28 6d 75 2c 20 73 | e.=.float(np.random.normal(mu,.s |
35a0 | 69 67 6d 61 2c 20 31 29 29 5c 6e 20 20 20 20 20 20 20 20 69 66 20 77 69 74 68 5f 6e 6f 69 73 65 | igma,.1))\n........if.with_noise |
35c0 | 3a 5c 6e 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 67 2e 61 64 64 5f 6e 6f 64 65 28 69 2c 20 61 74 74 | :\n............g.add_node(i,.att |
35e0 | 72 5f 6e 61 6d 65 3d 6d 61 74 68 2e 73 69 6e 28 28 32 20 2a 20 69 20 2a 20 6d 61 74 68 2e 70 69 | r_name=math.sin((2.*.i.*.math.pi |
3600 | 20 2f 20 4e 29 29 20 2b 20 6e 6f 69 73 65 29 5c 6e 20 20 20 20 20 20 20 20 65 6c 73 65 3a 5c 6e | ./.N)).+.noise)\n........else:\n |
3620 | 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 67 2e 61 64 64 5f 6e 6f 64 65 28 69 2c 20 61 74 74 72 5f 6e | ............g.add_node(i,.attr_n |
3640 | 61 6d 65 3d 6d 61 74 68 2e 73 69 6e 28 32 20 2a 20 69 20 2a 20 6d 61 74 68 2e 70 69 20 2f 20 4e | ame=math.sin(2.*.i.*.math.pi./.N |
3660 | 29 29 5c 6e 20 20 20 20 20 20 20 20 67 2e 61 64 64 5f 65 64 67 65 28 69 2c 20 69 20 2b 20 31 29 | ))\n........g.add_edge(i,.i.+.1) |
3680 | 5c 6e 20 20 20 20 20 20 20 20 69 66 20 73 74 72 75 63 74 75 72 65 5f 6e 6f 69 73 65 3a 5c 6e 20 | \n........if.structure_noise:\n. |
36a0 | 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 72 61 6e 64 6f 6d 69 6e 74 20 3d 20 6e 70 2e 72 61 6e 64 6f 6d | ...........randomint.=.np.random |
36c0 | 2e 72 61 6e 64 69 6e 74 28 30 2c 20 70 29 5c 6e 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 69 66 20 72 | .randint(0,.p)\n............if.r |
36e0 | 61 6e 64 6f 6d 69 6e 74 20 3d 3d 20 30 3a 5c 6e 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 | andomint.==.0:\n................ |
3700 | 69 66 20 69 20 3c 3d 20 4e 20 2d 20 33 3a 5c 6e 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 | if.i.<=.N.-.3:\n................ |
3720 | 20 20 20 20 67 2e 61 64 64 5f 65 64 67 65 28 69 2c 20 69 20 2b 20 32 29 5c 6e 20 20 20 20 20 20 | ....g.add_edge(i,.i.+.2)\n...... |
3740 | 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 69 66 20 69 20 3d 3d 20 4e 20 2d 20 32 3a 5c 6e 20 20 20 20 20 20 | ..........if.i.==.N.-.2:\n...... |
3760 | 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 67 2e 61 64 64 5f 65 64 67 65 28 69 2c 20 30 29 5c 6e | ..............g.add_edge(i,.0)\n |
3780 | 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 69 66 20 69 20 3d 3d 20 4e 20 2d 20 31 3a 5c 6e | ................if.i.==.N.-.1:\n |
37a0 | 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 67 2e 61 64 64 5f 65 64 67 65 28 69 | ....................g.add_edge(i |
37c0 | 2c 20 31 29 5c 6e 20 20 20 20 67 2e 61 64 64 5f 65 64 67 65 28 4e 2c 20 30 29 5c 6e 20 20 20 20 | ,.1)\n....g.add_edge(N,.0)\n.... |
37e0 | 6e 6f 69 73 65 20 3d 20 66 6c 6f 61 74 28 6e 70 2e 72 61 6e 64 6f 6d 2e 6e 6f 72 6d 61 6c 28 6d | noise.=.float(np.random.normal(m |
3800 | 75 2c 20 73 69 67 6d 61 2c 20 31 29 29 5c 6e 20 20 20 20 69 66 20 77 69 74 68 5f 6e 6f 69 73 65 | u,.sigma,.1))\n....if.with_noise |
3820 | 3a 5c 6e 20 20 20 20 20 20 20 20 67 2e 61 64 64 5f 6e 6f 64 65 28 4e 2c 20 61 74 74 72 5f 6e 61 | :\n........g.add_node(N,.attr_na |
3840 | 6d 65 3d 6d 61 74 68 2e 73 69 6e 28 28 32 20 2a 20 4e 20 2a 20 6d 61 74 68 2e 70 69 20 2f 20 4e | me=math.sin((2.*.N.*.math.pi./.N |
3860 | 29 29 20 2b 20 6e 6f 69 73 65 29 5c 6e 20 20 20 20 65 6c 73 65 3a 5c 6e 20 20 20 20 20 20 20 20 | )).+.noise)\n....else:\n........ |
3880 | 67 2e 61 64 64 5f 6e 6f 64 65 28 4e 2c 20 61 74 74 72 5f 6e 61 6d 65 3d 6d 61 74 68 2e 73 69 6e | g.add_node(N,.attr_name=math.sin |
38a0 | 28 32 20 2a 20 4e 20 2a 20 6d 61 74 68 2e 70 69 20 2f 20 4e 29 29 5c 6e 20 20 20 20 72 65 74 75 | (2.*.N.*.math.pi./.N))\n....retu |
38c0 | 72 6e 20 67 5c 6e 5c 6e 5c 6e 64 65 66 20 67 72 61 70 68 5f 63 6f 6c 6f 72 73 28 6e 78 5f 67 72 | rn.g\n\n\ndef.graph_colors(nx_gr |
38e0 | 61 70 68 2c 20 76 6d 69 6e 3d 30 2c 20 76 6d 61 78 3d 37 29 3a 5c 6e 20 20 20 20 63 6e 6f 72 6d | aph,.vmin=0,.vmax=7):\n....cnorm |
3900 | 20 3d 20 6d 63 6f 6c 2e 4e 6f 72 6d 61 6c 69 7a 65 28 76 6d 69 6e 3d 76 6d 69 6e 2c 20 76 6d 61 | .=.mcol.Normalize(vmin=vmin,.vma |
3920 | 78 3d 76 6d 61 78 29 5c 6e 20 20 20 20 63 70 69 63 6b 20 3d 20 63 6d 2e 53 63 61 6c 61 72 4d 61 | x=vmax)\n....cpick.=.cm.ScalarMa |
3940 | 70 70 61 62 6c 65 28 6e 6f 72 6d 3d 63 6e 6f 72 6d 2c 20 63 6d 61 70 3d 27 76 69 72 69 64 69 73 | ppable(norm=cnorm,.cmap='viridis |
3960 | 27 29 5c 6e 20 20 20 20 63 70 69 63 6b 2e 73 65 74 5f 61 72 72 61 79 28 5b 5d 29 5c 6e 20 20 20 | ')\n....cpick.set_array([])\n... |
3980 | 20 76 61 6c 5f 6d 61 70 20 3d 20 7b 7d 5c 6e 20 20 20 20 66 6f 72 20 6b 2c 20 76 20 69 6e 20 6e | .val_map.=.{}\n....for.k,.v.in.n |
39a0 | 78 2e 67 65 74 5f 6e 6f 64 65 5f 61 74 74 72 69 62 75 74 65 73 28 6e 78 5f 67 72 61 70 68 2c 20 | x.get_node_attributes(nx_graph,. |
39c0 | 27 61 74 74 72 5f 6e 61 6d 65 27 29 2e 69 74 65 6d 73 28 29 3a 5c 6e 20 20 20 20 20 20 20 20 76 | 'attr_name').items():\n........v |
39e0 | 61 6c 5f 6d 61 70 5b 6b 5d 20 3d 20 63 70 69 63 6b 2e 74 6f 5f 72 67 62 61 28 76 29 5c 6e 20 20 | al_map[k].=.cpick.to_rgba(v)\n.. |
3a00 | 20 20 63 6f 6c 6f 72 73 20 3d 20 5b 5d 5c 6e 20 20 20 20 66 6f 72 20 6e 6f 64 65 20 69 6e 20 6e | ..colors.=.[]\n....for.node.in.n |
3a20 | 78 5f 67 72 61 70 68 2e 6e 6f 64 65 73 28 29 3a 5c 6e 20 20 20 20 20 20 20 20 63 6f 6c 6f 72 73 | x_graph.nodes():\n........colors |
3a40 | 2e 61 70 70 65 6e 64 28 76 61 6c 5f 6d 61 70 5b 6e 6f 64 65 5d 29 5c 6e 20 20 20 20 72 65 74 75 | .append(val_map[node])\n....retu |
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53c0 | 65 67 6d 61 6e 2e 62 61 72 79 63 65 6e 74 65 72 28 41 2c 20 4d 2c 20 72 65 67 2c 20 77 65 69 67 | egman.barycenter(A,.M,.reg,.weig |
53e0 | 68 74 73 29 5c 6e 5c 6e 70 6c 2e 66 69 67 75 72 65 28 32 29 5c 6e 70 6c 2e 63 6c 66 28 29 5c 6e | hts)\n\npl.figure(2)\npl.clf()\n |
5400 | 70 6c 2e 73 75 62 70 6c 6f 74 28 32 2c 20 31 2c 20 31 29 5c 6e 66 6f 72 20 69 20 69 6e 20 72 61 | pl.subplot(2,.1,.1)\nfor.i.in.ra |
5420 | 6e 67 65 28 6e 5f 64 69 73 74 72 69 62 75 74 69 6f 6e 73 29 3a 5c 6e 20 20 20 20 70 6c 2e 70 6c | nge(n_distributions):\n....pl.pl |
5440 | 6f 74 28 78 2c 20 41 5b 3a 2c 20 69 5d 29 5c 6e 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 44 69 73 74 72 69 | ot(x,.A[:,.i])\npl.title('Distri |
5460 | 62 75 74 69 6f 6e 73 27 29 5c 6e 5c 6e 70 6c 2e 73 75 62 70 6c 6f 74 28 32 2c 20 31 2c 20 32 29 | butions')\n\npl.subplot(2,.1,.2) |
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54e0 | 6e 64 28 29 5c 6e 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 42 61 72 79 63 65 6e 74 65 72 73 27 29 5c 6e 70 | nd()\npl.title('Barycenters')\np |
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5580 | 69 63 20 69 6e 74 65 72 70 6f 6c 61 74 69 6f 6e 5c 6e 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d | ic.interpolation\n-------------- |
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55c0 | 20 20 20 20 7b 0a 20 20 20 20 20 20 22 63 65 6c 6c 5f 74 79 70 65 22 3a 20 22 63 6f 64 65 22 2c | ....{......."cell_type":."code", |
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5720 | 73 20 3d 20 6e 70 2e 61 72 72 61 79 28 5b 31 20 2d 20 61 6c 70 68 61 2c 20 61 6c 70 68 61 5d 29 | s.=.np.array([1.-.alpha,.alpha]) |
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58a0 | 5f 6c 69 73 74 5c 6e 66 6f 72 20 69 2c 20 7a 20 69 6e 20 65 6e 75 6d 65 72 61 74 65 28 7a 73 29 | _list\nfor.i,.z.in.enumerate(zs) |
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5980 | 6e 61 78 2e 61 64 64 5f 63 6f 6c 6c 65 63 74 69 6f 6e 33 64 28 70 6f 6c 79 2c 20 7a 73 3d 7a 73 | nax.add_collection3d(poly,.zs=zs |
59a0 | 2c 20 7a 64 69 72 3d 27 79 27 29 5c 6e 61 78 2e 73 65 74 5f 78 6c 61 62 65 6c 28 27 78 27 29 5c | ,.zdir='y')\nax.set_xlabel('x')\ |
59c0 | 6e 61 78 2e 73 65 74 5f 78 6c 69 6d 33 64 28 30 2c 20 6e 29 5c 6e 61 78 2e 73 65 74 5f 79 6c 61 | nax.set_xlim3d(0,.n)\nax.set_yla |
59e0 | 62 65 6c 28 27 24 5c 5c 5c 5c 61 6c 70 68 61 24 27 29 5c 6e 61 78 2e 73 65 74 5f 79 6c 69 6d 33 | bel('$\\\\alpha$')\nax.set_ylim3 |
5a00 | 64 28 30 2c 20 31 29 5c 6e 61 78 2e 73 65 74 5f 7a 6c 61 62 65 6c 28 27 27 29 5c 6e 61 78 2e 73 | d(0,.1)\nax.set_zlabel('')\nax.s |
5a20 | 65 74 5f 7a 6c 69 6d 33 64 28 30 2c 20 42 5f 6c 32 2e 6d 61 78 28 29 20 2a 20 31 2e 30 31 29 5c | et_zlim3d(0,.B_l2.max().*.1.01)\ |
5a40 | 6e 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 42 61 72 79 63 65 6e 74 65 72 20 69 6e 74 65 72 70 6f 6c 61 74 | npl.title('Barycenter.interpolat |
5a60 | 69 6f 6e 20 77 69 74 68 20 6c 32 27 29 5c 6e 70 6c 2e 74 69 67 68 74 5f 6c 61 79 6f 75 74 28 29 | ion.with.l2')\npl.tight_layout() |
5a80 | 5c 6e 5c 6e 70 6c 2e 66 69 67 75 72 65 28 34 29 5c 6e 63 6d 61 70 20 3d 20 70 6c 2e 63 6d 2e 67 | \n\npl.figure(4)\ncmap.=.pl.cm.g |
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5ac0 | 7a 73 20 3d 20 61 6c 70 68 61 5f 6c 69 73 74 5c 6e 66 6f 72 20 69 2c 20 7a 20 69 6e 20 65 6e 75 | zs.=.alpha_list\nfor.i,.z.in.enu |
5ae0 | 6d 65 72 61 74 65 28 7a 73 29 3a 5c 6e 20 20 20 20 79 73 20 3d 20 42 5f 77 61 73 73 5b 3a 2c 20 | merate(zs):\n....ys.=.B_wass[:,. |
5b00 | 69 5d 5c 6e 20 20 20 20 76 65 72 74 73 2e 61 70 70 65 6e 64 28 6c 69 73 74 28 7a 69 70 28 78 2c | i]\n....verts.append(list(zip(x, |
5b20 | 20 79 73 29 29 29 5c 6e 5c 6e 61 78 20 3d 20 70 6c 2e 67 63 66 28 29 2e 67 63 61 28 70 72 6f 6a | .ys)))\n\nax.=.pl.gcf().gca(proj |
5b40 | 65 63 74 69 6f 6e 3d 27 33 64 27 29 5c 6e 5c 6e 70 6f 6c 79 20 3d 20 50 6f 6c 79 43 6f 6c 6c 65 | ection='3d')\n\npoly.=.PolyColle |
5b60 | 63 74 69 6f 6e 28 76 65 72 74 73 2c 20 66 61 63 65 63 6f 6c 6f 72 73 3d 5b 63 6d 61 70 28 61 29 | ction(verts,.facecolors=[cmap(a) |
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5ba0 | 5f 61 6c 70 68 61 28 30 2e 37 29 5c 6e 61 78 2e 61 64 64 5f 63 6f 6c 6c 65 63 74 69 6f 6e 33 64 | _alpha(0.7)\nax.add_collection3d |
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65c0 | 20 20 20 7d 2c 0a 20 20 20 20 7b 0a 20 20 20 20 20 20 22 63 65 6c 6c 5f 74 79 70 65 22 3a 20 22 | ...},.....{......."cell_type":." |
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6660 | 22 3a 20 5b 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 22 70 6c 2e 66 69 67 75 72 65 28 31 29 5c 6e 70 6c 2e 70 | ":.[........."pl.figure(1)\npl.p |
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6700 | 30 29 5c 6e 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 53 6f 75 72 63 65 20 61 6e 64 20 74 61 72 67 65 74 20 | 0)\npl.title('Source.and.target. |
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6740 | 6e 70 6c 2e 69 6d 73 68 6f 77 28 4d 2c 20 69 6e 74 65 72 70 6f 6c 61 74 69 6f 6e 3d 27 6e 65 61 | npl.imshow(M,.interpolation='nea |
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67a0 | 65 6c 6c 5f 74 79 70 65 22 3a 20 22 6d 61 72 6b 64 6f 77 6e 22 2c 0a 20 20 20 20 20 20 22 6d 65 | ell_type":."markdown",......."me |
67c0 | 74 61 64 61 74 61 22 3a 20 7b 7d 2c 0a 20 20 20 20 20 20 22 73 6f 75 72 63 65 22 3a 20 5b 0a 20 | tadata":.{},......."source":.[.. |
67e0 | 20 20 20 20 20 20 20 22 43 6f 6d 70 75 74 65 20 45 4d 44 5c 6e 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d | ......."Compute.EMD\n----------- |
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6900 | 6e 65 61 72 65 73 74 27 29 5c 6e 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 4f 54 20 6d 61 74 72 69 78 20 47 | nearest')\npl.title('OT.matrix.G |
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6940 | 74 32 44 5f 73 61 6d 70 6c 65 73 5f 6d 61 74 28 78 73 2c 20 78 74 2c 20 47 30 2c 20 63 3d 5b 2e | t2D_samples_mat(xs,.xt,.G0,.c=[. |
6960 | 35 2c 20 2e 35 2c 20 31 5d 29 5c 6e 70 6c 2e 70 6c 6f 74 28 78 73 5b 3a 2c 20 30 5d 2c 20 78 73 | 5,..5,.1])\npl.plot(xs[:,.0],.xs |
6980 | 5b 3a 2c 20 31 5d 2c 20 27 2b 62 27 2c 20 6c 61 62 65 6c 3d 27 53 6f 75 72 63 65 20 73 61 6d 70 | [:,.1],.'+b',.label='Source.samp |
69a0 | 6c 65 73 27 29 5c 6e 70 6c 2e 70 6c 6f 74 28 78 74 5b 3a 2c 20 30 5d 2c 20 78 74 5b 3a 2c 20 31 | les')\npl.plot(xt[:,.0],.xt[:,.1 |
69c0 | 5d 2c 20 27 78 72 27 2c 20 6c 61 62 65 6c 3d 27 54 61 72 67 65 74 20 73 61 6d 70 6c 65 73 27 29 | ],.'xr',.label='Target.samples') |
69e0 | 5c 6e 70 6c 2e 6c 65 67 65 6e 64 28 6c 6f 63 3d 30 29 5c 6e 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 4f 54 | \npl.legend(loc=0)\npl.title('OT |
6a00 | 20 6d 61 74 72 69 78 20 77 69 74 68 20 73 61 6d 70 6c 65 73 27 29 22 0a 20 20 20 20 20 20 5d 0a | .matrix.with.samples')".......]. |
6a20 | 20 20 20 20 7d 2c 0a 20 20 20 20 7b 0a 20 20 20 20 20 20 22 63 65 6c 6c 5f 74 79 70 65 22 3a 20 | ....},.....{......."cell_type":. |
6a40 | 22 6d 61 72 6b 64 6f 77 6e 22 2c 0a 20 20 20 20 20 20 22 6d 65 74 61 64 61 74 61 22 3a 20 7b 7d | "markdown",......."metadata":.{} |
6a60 | 2c 0a 20 20 20 20 20 20 22 73 6f 75 72 63 65 22 3a 20 5b 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 22 43 6f 6d | ,......."source":.[........."Com |
6a80 | 70 75 74 65 20 53 69 6e 6b 68 6f 72 6e 5c 6e 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 5c | pute.Sinkhorn\n----------------\ |
6aa0 | 6e 5c 6e 22 0a 20 20 20 20 20 20 5d 0a 20 20 20 20 7d 2c 0a 20 20 20 20 7b 0a 20 20 20 20 20 20 | n\n".......].....},.....{....... |
6ac0 | 22 63 65 6c 6c 5f 74 79 70 65 22 3a 20 22 63 6f 64 65 22 2c 0a 20 20 20 20 20 20 22 65 78 65 63 | "cell_type":."code",......."exec |
6ae0 | 75 74 69 6f 6e 5f 63 6f 75 6e 74 22 3a 20 6e 75 6c 6c 2c 0a 20 20 20 20 20 20 22 6d 65 74 61 64 | ution_count":.null,......."metad |
6b00 | 61 74 61 22 3a 20 7b 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 22 63 6f 6c 6c 61 70 73 65 64 22 3a 20 66 61 6c | ata":.{........."collapsed":.fal |
6b20 | 73 65 0a 20 20 20 20 20 20 7d 2c 0a 20 20 20 20 20 20 22 6f 75 74 70 75 74 73 22 3a 20 5b 5d 2c | se.......},......."outputs":.[], |
6b40 | 0a 20 20 20 20 20 20 22 73 6f 75 72 63 65 22 3a 20 5b 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 22 23 20 72 65 | ......."source":.[........."#.re |
6b60 | 67 20 74 65 72 6d 5c 6e 6c 61 6d 62 64 20 3d 20 31 65 2d 33 5c 6e 5c 6e 47 73 20 3d 20 6f 74 2e | g.term\nlambd.=.1e-3\n\nGs.=.ot. |
6b80 | 73 69 6e 6b 68 6f 72 6e 28 61 2c 20 62 2c 20 4d 2c 20 6c 61 6d 62 64 29 5c 6e 5c 6e 70 6c 2e 66 | sinkhorn(a,.b,.M,.lambd)\n\npl.f |
6ba0 | 69 67 75 72 65 28 35 29 5c 6e 70 6c 2e 69 6d 73 68 6f 77 28 47 73 2c 20 69 6e 74 65 72 70 6f 6c | igure(5)\npl.imshow(Gs,.interpol |
6bc0 | 61 74 69 6f 6e 3d 27 6e 65 61 72 65 73 74 27 29 5c 6e 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 4f 54 20 6d | ation='nearest')\npl.title('OT.m |
6be0 | 61 74 72 69 78 20 73 69 6e 6b 68 6f 72 6e 27 29 5c 6e 5c 6e 70 6c 2e 66 69 67 75 72 65 28 36 29 | atrix.sinkhorn')\n\npl.figure(6) |
6c00 | 5c 6e 6f 74 2e 70 6c 6f 74 2e 70 6c 6f 74 32 44 5f 73 61 6d 70 6c 65 73 5f 6d 61 74 28 78 73 2c | \not.plot.plot2D_samples_mat(xs, |
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6c40 | 70 6c 6f 74 28 78 73 5b 3a 2c 20 30 5d 2c 20 78 73 5b 3a 2c 20 31 5d 2c 20 27 2b 62 27 2c 20 6c | plot(xs[:,.0],.xs[:,.1],.'+b',.l |
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8b80 | 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 42 61 72 79 63 65 6e 74 65 72 73 27 29 5c 6e 70 6c 2e 74 69 67 68 | pl.title('Barycenters')\npl.tigh |
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8bc0 | 0a 20 20 20 20 20 20 22 63 65 6c 6c 5f 74 79 70 65 22 3a 20 22 6d 61 72 6b 64 6f 77 6e 22 2c 0a | ......."cell_type":."markdown",. |
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12d40 | 30 2c 5c 6e 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 | 0,\n............................ |
12d60 | 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 76 65 72 62 6f 73 65 3d 54 72 75 65 29 5c 6e 6f 74 5f 6c 31 6c 32 | ..........verbose=True)\not_l1l2 |
12d80 | 2e 66 69 74 28 58 73 3d 58 73 2c 20 79 73 3d 79 73 2c 20 58 74 3d 58 74 29 5c 6e 5c 6e 23 20 74 | .fit(Xs=Xs,.ys=ys,.Xt=Xt)\n\n#.t |
12da0 | 72 61 6e 73 70 6f 72 74 20 73 6f 75 72 63 65 20 73 61 6d 70 6c 65 73 20 6f 6e 74 6f 20 74 61 72 | ransport.source.samples.onto.tar |
12dc0 | 67 65 74 20 73 61 6d 70 6c 65 73 5c 6e 74 72 61 6e 73 70 5f 58 73 5f 65 6d 64 20 3d 20 6f 74 5f | get.samples\ntransp_Xs_emd.=.ot_ |
12de0 | 65 6d 64 2e 74 72 61 6e 73 66 6f 72 6d 28 58 73 3d 58 73 29 5c 6e 74 72 61 6e 73 70 5f 58 73 5f | emd.transform(Xs=Xs)\ntransp_Xs_ |
12e00 | 73 69 6e 6b 68 6f 72 6e 20 3d 20 6f 74 5f 73 69 6e 6b 68 6f 72 6e 2e 74 72 61 6e 73 66 6f 72 6d | sinkhorn.=.ot_sinkhorn.transform |
12e20 | 28 58 73 3d 58 73 29 5c 6e 74 72 61 6e 73 70 5f 58 73 5f 6c 70 6c 31 20 3d 20 6f 74 5f 6c 70 6c | (Xs=Xs)\ntransp_Xs_lpl1.=.ot_lpl |
12e40 | 31 2e 74 72 61 6e 73 66 6f 72 6d 28 58 73 3d 58 73 29 5c 6e 74 72 61 6e 73 70 5f 58 73 5f 6c 31 | 1.transform(Xs=Xs)\ntransp_Xs_l1 |
12e60 | 6c 32 20 3d 20 6f 74 5f 6c 31 6c 32 2e 74 72 61 6e 73 66 6f 72 6d 28 58 73 3d 58 73 29 22 0a 20 | l2.=.ot_l1l2.transform(Xs=Xs)".. |
12e80 | 20 20 20 20 20 5d 0a 20 20 20 20 7d 2c 0a 20 20 20 20 7b 0a 20 20 20 20 20 20 22 63 65 6c 6c 5f | .....].....},.....{......."cell_ |
12ea0 | 74 79 70 65 22 3a 20 22 6d 61 72 6b 64 6f 77 6e 22 2c 0a 20 20 20 20 20 20 22 6d 65 74 61 64 61 | type":."markdown",......."metada |
12ec0 | 74 61 22 3a 20 7b 7d 2c 0a 20 20 20 20 20 20 22 73 6f 75 72 63 65 22 3a 20 5b 0a 20 20 20 20 20 | ta":.{},......."source":.[...... |
12ee0 | 20 20 20 22 46 69 67 20 31 20 3a 20 70 6c 6f 74 73 20 73 6f 75 72 63 65 20 61 6e 64 20 74 61 72 | ..."Fig.1.:.plots.source.and.tar |
12f00 | 67 65 74 20 73 61 6d 70 6c 65 73 5c 6e 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d | get.samples\n------------------- |
12f20 | 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 5c 6e 5c 6e 22 0a 20 20 20 20 20 20 | --------------------\n\n"....... |
12f40 | 5d 0a 20 20 20 20 7d 2c 0a 20 20 20 20 7b 0a 20 20 20 20 20 20 22 63 65 6c 6c 5f 74 79 70 65 22 | ].....},.....{......."cell_type" |
12f60 | 3a 20 22 63 6f 64 65 22 2c 0a 20 20 20 20 20 20 22 65 78 65 63 75 74 69 6f 6e 5f 63 6f 75 6e 74 | :."code",......."execution_count |
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12fa0 | 20 20 20 20 20 22 63 6f 6c 6c 61 70 73 65 64 22 3a 20 66 61 6c 73 65 0a 20 20 20 20 20 20 7d 2c | ....."collapsed":.false.......}, |
12fc0 | 0a 20 20 20 20 20 20 22 6f 75 74 70 75 74 73 22 3a 20 5b 5d 2c 0a 20 20 20 20 20 20 22 73 6f 75 | ......."outputs":.[],......."sou |
12fe0 | 72 63 65 22 3a 20 5b 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 22 70 6c 2e 66 69 67 75 72 65 28 31 2c 20 66 69 | rce":.[........."pl.figure(1,.fi |
13000 | 67 73 69 7a 65 3d 28 31 30 2c 20 35 29 29 5c 6e 70 6c 2e 73 75 62 70 6c 6f 74 28 31 2c 20 32 2c | gsize=(10,.5))\npl.subplot(1,.2, |
13020 | 20 31 29 5c 6e 70 6c 2e 73 63 61 74 74 65 72 28 58 73 5b 3a 2c 20 30 5d 2c 20 58 73 5b 3a 2c 20 | .1)\npl.scatter(Xs[:,.0],.Xs[:,. |
13040 | 31 5d 2c 20 63 3d 79 73 2c 20 6d 61 72 6b 65 72 3d 27 2b 27 2c 20 6c 61 62 65 6c 3d 27 53 6f 75 | 1],.c=ys,.marker='+',.label='Sou |
13060 | 72 63 65 20 73 61 6d 70 6c 65 73 27 29 5c 6e 70 6c 2e 78 74 69 63 6b 73 28 5b 5d 29 5c 6e 70 6c | rce.samples')\npl.xticks([])\npl |
13080 | 2e 79 74 69 63 6b 73 28 5b 5d 29 5c 6e 70 6c 2e 6c 65 67 65 6e 64 28 6c 6f 63 3d 30 29 5c 6e 70 | .yticks([])\npl.legend(loc=0)\np |
130a0 | 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 53 6f 75 72 63 65 20 20 73 61 6d 70 6c 65 73 27 29 5c 6e 5c 6e 70 6c | l.title('Source..samples')\n\npl |
130c0 | 2e 73 75 62 70 6c 6f 74 28 31 2c 20 32 2c 20 32 29 5c 6e 70 6c 2e 73 63 61 74 74 65 72 28 58 74 | .subplot(1,.2,.2)\npl.scatter(Xt |
130e0 | 5b 3a 2c 20 30 5d 2c 20 58 74 5b 3a 2c 20 31 5d 2c 20 63 3d 79 74 2c 20 6d 61 72 6b 65 72 3d 27 | [:,.0],.Xt[:,.1],.c=yt,.marker=' |
13100 | 6f 27 2c 20 6c 61 62 65 6c 3d 27 54 61 72 67 65 74 20 73 61 6d 70 6c 65 73 27 29 5c 6e 70 6c 2e | o',.label='Target.samples')\npl. |
13120 | 78 74 69 63 6b 73 28 5b 5d 29 5c 6e 70 6c 2e 79 74 69 63 6b 73 28 5b 5d 29 5c 6e 70 6c 2e 6c 65 | xticks([])\npl.yticks([])\npl.le |
13140 | 67 65 6e 64 28 6c 6f 63 3d 30 29 5c 6e 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 54 61 72 67 65 74 20 73 61 | gend(loc=0)\npl.title('Target.sa |
13160 | 6d 70 6c 65 73 27 29 5c 6e 70 6c 2e 74 69 67 68 74 5f 6c 61 79 6f 75 74 28 29 22 0a 20 20 20 20 | mples')\npl.tight_layout()"..... |
13180 | 20 20 5d 0a 20 20 20 20 7d 2c 0a 20 20 20 20 7b 0a 20 20 20 20 20 20 22 63 65 6c 6c 5f 74 79 70 | ..].....},.....{......."cell_typ |
131a0 | 65 22 3a 20 22 6d 61 72 6b 64 6f 77 6e 22 2c 0a 20 20 20 20 20 20 22 6d 65 74 61 64 61 74 61 22 | e":."markdown",......."metadata" |
131c0 | 3a 20 7b 7d 2c 0a 20 20 20 20 20 20 22 73 6f 75 72 63 65 22 3a 20 5b 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 | :.{},......."source":.[......... |
131e0 | 22 46 69 67 20 32 20 3a 20 70 6c 6f 74 20 6f 70 74 69 6d 61 6c 20 63 6f 75 70 6c 69 6e 67 73 20 | "Fig.2.:.plot.optimal.couplings. |
13200 | 61 6e 64 20 74 72 61 6e 73 70 6f 72 74 65 64 20 73 61 6d 70 6c 65 73 5c 6e 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d | and.transported.samples\n------- |
13220 | 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d | -------------------------------- |
13240 | 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 5c 6e 5c 6e 22 0a 20 20 20 20 20 20 5d 0a 20 20 20 | ---------------\n\n".......].... |
13260 | 20 7d 2c 0a 20 20 20 20 7b 0a 20 20 20 20 20 20 22 63 65 6c 6c 5f 74 79 70 65 22 3a 20 22 63 6f | .},.....{......."cell_type":."co |
13280 | 64 65 22 2c 0a 20 20 20 20 20 20 22 65 78 65 63 75 74 69 6f 6e 5f 63 6f 75 6e 74 22 3a 20 6e 75 | de",......."execution_count":.nu |
132a0 | 6c 6c 2c 0a 20 20 20 20 20 20 22 6d 65 74 61 64 61 74 61 22 3a 20 7b 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 | ll,......."metadata":.{......... |
132c0 | 22 63 6f 6c 6c 61 70 73 65 64 22 3a 20 66 61 6c 73 65 0a 20 20 20 20 20 20 7d 2c 0a 20 20 20 20 | "collapsed":.false.......},..... |
132e0 | 20 20 22 6f 75 74 70 75 74 73 22 3a 20 5b 5d 2c 0a 20 20 20 20 20 20 22 73 6f 75 72 63 65 22 3a | .."outputs":.[],......."source": |
13300 | 20 5b 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 22 70 61 72 61 6d 5f 69 6d 67 20 3d 20 7b 27 69 6e 74 65 72 70 | .[........."param_img.=.{'interp |
13320 | 6f 6c 61 74 69 6f 6e 27 3a 20 27 6e 65 61 72 65 73 74 27 7d 5c 6e 5c 6e 70 6c 2e 66 69 67 75 72 | olation':.'nearest'}\n\npl.figur |
13340 | 65 28 32 2c 20 66 69 67 73 69 7a 65 3d 28 31 35 2c 20 38 29 29 5c 6e 70 6c 2e 73 75 62 70 6c 6f | e(2,.figsize=(15,.8))\npl.subplo |
13360 | 74 28 32 2c 20 34 2c 20 31 29 5c 6e 70 6c 2e 69 6d 73 68 6f 77 28 6f 74 5f 65 6d 64 2e 63 6f 75 | t(2,.4,.1)\npl.imshow(ot_emd.cou |
13380 | 70 6c 69 6e 67 5f 2c 20 2a 2a 70 61 72 61 6d 5f 69 6d 67 29 5c 6e 70 6c 2e 78 74 69 63 6b 73 28 | pling_,.**param_img)\npl.xticks( |
133a0 | 5b 5d 29 5c 6e 70 6c 2e 79 74 69 63 6b 73 28 5b 5d 29 5c 6e 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 4f 70 | [])\npl.yticks([])\npl.title('Op |
133c0 | 74 69 6d 61 6c 20 63 6f 75 70 6c 69 6e 67 5c 5c 6e 45 4d 44 54 72 61 6e 73 70 6f 72 74 27 29 5c | timal.coupling\\nEMDTransport')\ |
133e0 | 6e 5c 6e 70 6c 2e 73 75 62 70 6c 6f 74 28 32 2c 20 34 2c 20 32 29 5c 6e 70 6c 2e 69 6d 73 68 6f | n\npl.subplot(2,.4,.2)\npl.imsho |
13400 | 77 28 6f 74 5f 73 69 6e 6b 68 6f 72 6e 2e 63 6f 75 70 6c 69 6e 67 5f 2c 20 2a 2a 70 61 72 61 6d | w(ot_sinkhorn.coupling_,.**param |
13420 | 5f 69 6d 67 29 5c 6e 70 6c 2e 78 74 69 63 6b 73 28 5b 5d 29 5c 6e 70 6c 2e 79 74 69 63 6b 73 28 | _img)\npl.xticks([])\npl.yticks( |
13440 | 5b 5d 29 5c 6e 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 4f 70 74 69 6d 61 6c 20 63 6f 75 70 6c 69 6e 67 5c | [])\npl.title('Optimal.coupling\ |
13460 | 5c 6e 53 69 6e 6b 68 6f 72 6e 54 72 61 6e 73 70 6f 72 74 27 29 5c 6e 5c 6e 70 6c 2e 73 75 62 70 | \nSinkhornTransport')\n\npl.subp |
13480 | 6c 6f 74 28 32 2c 20 34 2c 20 33 29 5c 6e 70 6c 2e 69 6d 73 68 6f 77 28 6f 74 5f 6c 70 6c 31 2e | lot(2,.4,.3)\npl.imshow(ot_lpl1. |
134a0 | 63 6f 75 70 6c 69 6e 67 5f 2c 20 2a 2a 70 61 72 61 6d 5f 69 6d 67 29 5c 6e 70 6c 2e 78 74 69 63 | coupling_,.**param_img)\npl.xtic |
134c0 | 6b 73 28 5b 5d 29 5c 6e 70 6c 2e 79 74 69 63 6b 73 28 5b 5d 29 5c 6e 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 | ks([])\npl.yticks([])\npl.title( |
134e0 | 27 4f 70 74 69 6d 61 6c 20 63 6f 75 70 6c 69 6e 67 5c 5c 6e 53 69 6e 6b 68 6f 72 6e 4c 70 6c 31 | 'Optimal.coupling\\nSinkhornLpl1 |
13500 | 54 72 61 6e 73 70 6f 72 74 27 29 5c 6e 5c 6e 70 6c 2e 73 75 62 70 6c 6f 74 28 32 2c 20 34 2c 20 | Transport')\n\npl.subplot(2,.4,. |
13520 | 34 29 5c 6e 70 6c 2e 69 6d 73 68 6f 77 28 6f 74 5f 6c 31 6c 32 2e 63 6f 75 70 6c 69 6e 67 5f 2c | 4)\npl.imshow(ot_l1l2.coupling_, |
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13560 | 2e 79 74 69 63 6b 73 28 5b 5d 29 5c 6e 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 4f 70 74 69 6d 61 6c 20 63 | .yticks([])\npl.title('Optimal.c |
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147c0 | 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 6c 6f 67 3d 54 72 75 65 29 5c 6e 5c 6e 70 | ..................log=True)\n\np |
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14b20 | 20 20 20 20 7d 2c 0a 20 20 20 20 7b 0a 20 20 20 20 20 20 22 63 65 6c 6c 5f 74 79 70 65 22 3a 20 | ....},.....{......."cell_type":. |
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14ce0 | 30 2c 20 30 2c 20 31 5d 5d 29 5c 6e 5c 6e 5c 6e 78 73 20 3d 20 6f 74 2e 64 61 74 61 73 65 74 73 | 0,.0,.1]])\n\n\nxs.=.ot.datasets |
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14de0 | 2c 20 28 28 6e 70 2e 72 61 6e 64 6f 6d 2e 72 61 6e 64 28 6e 5f 6e 6f 69 73 65 2c 20 33 29 20 2b | ,.((np.random.rand(n_noise,.3).+ |
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14f00 | 20 20 20 7b 0a 20 20 20 20 20 20 22 63 65 6c 6c 5f 74 79 70 65 22 3a 20 22 6d 61 72 6b 64 6f 77 | ...{......."cell_type":."markdow |
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14fa0 | 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d | -------------------------------- |
14fc0 | 2d 5c 6e 5c 6e 22 0a 20 20 20 20 20 20 5d 0a 20 20 20 20 7d 2c 0a 20 20 20 20 7b 0a 20 20 20 20 | -\n\n".......].....},.....{..... |
14fe0 | 20 20 22 63 65 6c 6c 5f 74 79 70 65 22 3a 20 22 63 6f 64 65 22 2c 0a 20 20 20 20 20 20 22 65 78 | .."cell_type":."code",......."ex |
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15020 | 61 64 61 74 61 22 3a 20 7b 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 22 63 6f 6c 6c 61 70 73 65 64 22 3a 20 66 | adata":.{........."collapsed":.f |
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15060 | 5d 2c 0a 20 20 20 20 20 20 22 73 6f 75 72 63 65 22 3a 20 5b 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 22 43 31 | ],......."source":.[........."C1 |
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15160 | 6c 6f 67 20 3d 20 6f 74 2e 70 61 72 74 69 61 6c 2e 65 6e 74 72 6f 70 69 63 5f 70 61 72 74 69 61 | log.=.ot.partial.entropic_partia |
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151c0 | 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 | ................................ |
151e0 | 20 20 6d 3d 6d 2c 20 6c 6f 67 3d 54 72 75 65 29 5c 6e 5c 6e 70 72 69 6e 74 28 27 57 61 73 73 65 | ..m=m,.log=True)\n\nprint('Wasse |
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15280 | 77 5f 64 69 73 74 27 5d 29 29 5c 6e 5c 6e 70 6c 2e 66 69 67 75 72 65 28 31 2c 20 28 31 30 2c 20 | w_dist']))\n\npl.figure(1,.(10,. |
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15300 | 29 5c 6e 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 57 61 73 73 65 72 73 74 65 69 6e 27 29 5c 6e 70 6c 2e 73 | )\npl.title('Wasserstein')\npl.s |
15320 | 75 62 70 6c 6f 74 28 31 2c 20 32 2c 20 32 29 5c 6e 70 6c 2e 69 6d 73 68 6f 77 28 72 65 73 2c 20 | ubplot(1,.2,.2)\npl.imshow(res,. |
15340 | 63 6d 61 70 3d 27 6a 65 74 27 29 5c 6e 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 45 6e 74 72 6f 70 69 63 20 | cmap='jet')\npl.title('Entropic. |
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153c0 | 20 6c 6f 67 30 20 3d 20 6f 74 2e 70 61 72 74 69 61 6c 2e 70 61 72 74 69 61 6c 5f 67 72 6f 6d 6f | .log0.=.ot.partial.partial_gromo |
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15400 | 20 6c 6f 67 3d 54 72 75 65 29 5c 6e 72 65 73 2c 20 6c 6f 67 20 3d 20 6f 74 2e 70 61 72 74 69 61 | .log=True)\nres,.log.=.ot.partia |
15420 | 6c 2e 65 6e 74 72 6f 70 69 63 5f 70 61 72 74 69 61 6c 5f 67 72 6f 6d 6f 76 5f 77 61 73 73 65 72 | l.entropic_partial_gromov_wasser |
15440 | 73 74 65 69 6e 28 43 31 2c 20 43 32 2c 20 70 2c 20 71 2c 20 31 30 2c 5c 6e 20 20 20 20 20 20 20 | stein(C1,.C2,.p,.q,.10,\n....... |
15460 | 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 | ................................ |
15480 | 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 6d 3d 6d 2c 20 6c 6f 67 3d 54 72 75 65 | ...................m=m,.log=True |
154a0 | 29 5c 6e 5c 6e 70 72 69 6e 74 28 27 50 61 72 74 69 61 6c 20 57 61 73 73 65 72 73 74 65 69 6e 20 | )\n\nprint('Partial.Wasserstein. |
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15500 | 69 6e 74 28 27 45 6e 74 72 6f 70 69 63 20 70 61 72 74 69 61 6c 20 57 61 73 73 65 72 73 74 65 69 | int('Entropic.partial.Wasserstei |
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15540 | 20 73 74 72 28 6c 6f 67 5b 27 70 61 72 74 69 61 6c 5f 67 77 5f 64 69 73 74 27 5d 29 29 5c 6e 5c | .str(log['partial_gw_dist']))\n\ |
15560 | 6e 70 6c 2e 66 69 67 75 72 65 28 31 2c 20 28 31 30 2c 20 35 29 29 5c 6e 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 | npl.figure(1,.(10,.5))\npl.title |
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15600 | 6c 6f 74 28 31 2c 20 32 2c 20 32 29 5c 6e 70 6c 2e 69 6d 73 68 6f 77 28 72 65 73 2c 20 63 6d 61 | lot(1,.2,.2)\npl.imshow(res,.cma |
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17020 | 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 6e 75 6d 49 74 65 72 6d 61 78 29 5c 6e | ...................numItermax)\n |
17040 | 70 72 69 6e 74 28 73 61 67 5f 70 69 29 22 0a 20 20 20 20 20 20 5d 0a 20 20 20 20 7d 2c 0a 20 20 | print(sag_pi)".......].....},... |
17060 | 20 20 7b 0a 20 20 20 20 20 20 22 63 65 6c 6c 5f 74 79 70 65 22 3a 20 22 6d 61 72 6b 64 6f 77 6e | ..{......."cell_type":."markdown |
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17320 | 5c 6e 5c 6e 72 6e 67 20 3d 20 6e 70 2e 72 61 6e 64 6f 6d 2e 52 61 6e 64 6f 6d 53 74 61 74 65 28 | \n\nrng.=.np.random.RandomState( |
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17380 | 72 67 65 74 2c 20 32 29 5c 6e 4d 20 3d 20 6f 74 2e 64 69 73 74 28 58 5f 73 6f 75 72 63 65 2c 20 | rget,.2)\nM.=.ot.dist(X_source,. |
173a0 | 59 5f 74 61 72 67 65 74 29 22 0a 20 20 20 20 20 20 5d 0a 20 20 20 20 7d 2c 0a 20 20 20 20 7b 0a | Y_target)".......].....},.....{. |
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17460 | 6e 63 61 73 65 5c 6e 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d | ncase\n------------------------- |
17480 | 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 5c 6e 5c 6e 44 65 66 69 6e 65 20 74 | --------------------\n\nDefine.t |
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175a0 | 20 20 20 20 20 20 20 22 6d 65 74 68 6f 64 20 3d 20 5c 22 41 53 47 44 5c 22 5c 6e 61 73 67 64 5f | ......."method.=.\"ASGD\"\nasgd_ |
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17620 | 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 | ................................ |
17640 | 20 20 20 20 20 20 20 20 6e 75 6d 49 74 65 72 6d 61 78 2c 20 6c 6f 67 3d 6c 6f 67 29 5c 6e 70 72 | ........numItermax,.log=log)\npr |
17660 | 69 6e 74 28 6c 6f 67 5f 61 73 67 64 5b 27 61 6c 70 68 61 27 5d 2c 20 6c 6f 67 5f 61 73 67 64 5b | int(log_asgd['alpha'],.log_asgd[ |
17680 | 27 62 65 74 61 27 5d 29 5c 6e 70 72 69 6e 74 28 61 73 67 64 5f 70 69 29 22 0a 20 20 20 20 20 20 | 'beta'])\nprint(asgd_pi)"....... |
176a0 | 5d 0a 20 20 20 20 7d 2c 0a 20 20 20 20 7b 0a 20 20 20 20 20 20 22 63 65 6c 6c 5f 74 79 70 65 22 | ].....},.....{......."cell_type" |
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17740 | 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 5c 6e 5c | -----------------------------\n\ |
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177a0 | 20 20 20 20 20 20 22 63 65 6c 6c 5f 74 79 70 65 22 3a 20 22 63 6f 64 65 22 2c 0a 20 20 20 20 20 | ......"cell_type":."code",...... |
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17f40 | 23 23 23 23 5c 6e 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ####\n########################## |
17f60 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
17f80 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 5c 6e 20 53 45 4d 49 43 4f 4e 54 49 4e 4f | ##################\n.SEMICONTINO |
17fa0 | 55 53 20 43 41 53 45 3a 5c 6e 5c 6e 20 53 61 6d 70 6c 65 20 6f 6e 65 20 67 65 6e 65 72 61 6c 20 | US.CASE:\n\n.Sample.one.general. |
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17fe0 | 20 62 20 66 6f 72 20 74 68 65 20 73 65 6d 69 63 6f 6e 74 69 6e 6f 75 73 5c 6e 20 63 61 73 65 5c | .b.for.the.semicontinous\n.case\ |
18000 | 6e 20 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d | n.------------------------------ |
18020 | 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 5c 6e 5c 6e 20 44 65 66 69 6e 65 20 6f 6e 65 20 67 | ---------------\n\n.Define.one.g |
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1b260 | 5c 6e 70 6c 2e 70 6c 6f 74 28 78 74 5b 3a 2c 20 30 5d 2c 20 78 74 5b 3a 2c 20 31 5d 2c 20 27 78 | \npl.plot(xt[:,.0],.xt[:,.1],.'x |
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1b2a0 | 61 78 69 73 28 27 65 71 75 61 6c 27 29 5c 6e 23 20 70 6c 2e 6c 65 67 65 6e 64 28 6c 6f 63 3d 30 | axis('equal')\n#.pl.legend(loc=0 |
1b2c0 | 29 5c 6e 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 4f 54 20 45 75 63 6c 69 64 65 61 6e 27 29 5c 6e 5c 6e 70 | )\npl.title('OT.Euclidean')\n\np |
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1b320 | 2c 20 2e 35 2c 20 31 5d 29 5c 6e 70 6c 2e 70 6c 6f 74 28 78 73 5b 3a 2c 20 30 5d 2c 20 78 73 5b | ,..5,.1])\npl.plot(xs[:,.0],.xs[ |
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1b3c0 | 6f 63 3d 30 29 5c 6e 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 4f 54 20 73 71 75 61 72 65 64 20 45 75 63 6c | oc=0)\npl.title('OT.squared.Eucl |
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1b420 | 74 2c 20 47 70 2c 20 63 3d 5b 2e 35 2c 20 2e 35 2c 20 31 5d 29 5c 6e 70 6c 2e 70 6c 6f 74 28 78 | t,.Gp,.c=[.5,..5,.1])\npl.plot(x |
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1b4c0 | 20 70 6c 2e 6c 65 67 65 6e 64 28 6c 6f 63 3d 30 29 5c 6e 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 4f 54 20 | .pl.legend(loc=0)\npl.title('OT. |
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1b520 | 0a 20 20 20 20 7b 0a 20 20 20 20 20 20 22 63 65 6c 6c 5f 74 79 70 65 22 3a 20 22 6d 61 72 6b 64 | .....{......."cell_type":."markd |
1b540 | 6f 77 6e 22 2c 0a 20 20 20 20 20 20 22 6d 65 74 61 64 61 74 61 22 3a 20 7b 7d 2c 0a 20 20 20 20 | own",......."metadata":.{},..... |
1b560 | 20 20 22 73 6f 75 72 63 65 22 3a 20 5b 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 22 44 61 74 61 73 65 74 20 32 | .."source":.[........."Dataset.2 |
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1b5a0 | 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 5c 6e 5c 6e 22 0a 20 20 20 20 20 20 5d 0a 20 20 20 20 7d | -------------\n\n".......].....} |
1b5c0 | 2c 0a 20 20 20 20 7b 0a 20 20 20 20 20 20 22 63 65 6c 6c 5f 74 79 70 65 22 3a 20 22 63 6f 64 65 | ,.....{......."cell_type":."code |
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1b720 | 20 2a 20 30 2e 39 20 2f 20 28 6e 20 2b 20 32 29 20 2a 20 32 20 2a 20 6e 70 2e 70 69 29 5c 6e 5c | .*.0.9./.(n.+.2).*.2.*.np.pi)\n\ |
1b740 | 6e 78 73 20 3d 20 78 74 6f 74 5b 3a 6e 2c 20 3a 5d 5c 6e 78 74 20 3d 20 78 74 6f 74 5b 31 3a 2c | nxs.=.xtot[:n,.:]\nxt.=.xtot[1:, |
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1b800 | 72 69 78 5c 6e 4d 32 20 3d 20 6f 74 2e 64 69 73 74 28 78 73 2c 20 78 74 2c 20 6d 65 74 72 69 63 | rix\nM2.=.ot.dist(xs,.xt,.metric |
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1b840 | 6e 5c 6e 23 20 6c 6f 73 73 20 6d 61 74 72 69 78 5c 6e 4d 70 20 3d 20 6e 70 2e 73 71 72 74 28 6f | n\n#.loss.matrix\nMp.=.np.sqrt(o |
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1b9e0 | 69 6f 6e 3d 27 6e 65 61 72 65 73 74 27 29 5c 6e 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 45 75 63 6c 69 64 | ion='nearest')\npl.title('Euclid |
1ba00 | 65 61 6e 20 63 6f 73 74 27 29 5c 6e 5c 6e 70 6c 2e 73 75 62 70 6c 6f 74 28 31 2c 20 33 2c 20 32 | ean.cost')\n\npl.subplot(1,.3,.2 |
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1f480 | 20 74 6f 6c 3d 31 65 2d 39 2c 20 76 65 72 62 6f 73 65 3d 54 72 75 65 2c 20 6c 6f 67 3d 54 72 75 | .tol=1e-9,.verbose=True,.log=Tru |
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1f520 | 5b 31 5d 29 5c 6e 5c 6e 70 6c 2e 66 69 67 75 72 65 28 33 29 5c 6e 70 6c 2e 63 6c 66 28 29 5c 6e | [1])\n\npl.figure(3)\npl.clf()\n |
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1f560 | 61 78 28 64 65 63 32 2c 20 27 53 6f 75 72 63 65 20 32 27 29 5c 6e 70 6c 6f 74 5f 61 78 28 64 65 | ax(dec2,.'Source.2')\nplot_ax(de |
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1f5c0 | 27 5d 5b 30 5d 2c 20 72 65 67 3d 31 65 2d 31 29 2c 20 78 73 31 2c 20 79 73 31 2c 20 78 74 29 5c | '][0],.reg=1e-1),.xs1,.ys1,.xt)\ |
1f5e0 | 6e 70 72 69 6e 74 5f 47 28 6f 74 2e 62 72 65 67 6d 61 6e 2e 73 69 6e 6b 68 6f 72 6e 28 77 73 32 | nprint_G(ot.bregman.sinkhorn(ws2 |
1f600 | 2c 20 5b 5d 2c 20 6f 74 64 61 2e 6c 6f 67 5f 5b 27 4d 27 5d 5b 31 5d 2c 20 72 65 67 3d 31 65 2d | ,.[],.otda.log_['M'][1],.reg=1e- |
1f620 | 31 29 2c 20 78 73 32 2c 20 79 73 32 2c 20 78 74 29 5c 6e 70 6c 2e 73 63 61 74 74 65 72 28 78 73 | 1),.xs2,.ys2,.xt)\npl.scatter(xs |
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1f660 | 20 6d 61 72 6b 65 72 3d 27 78 27 2c 20 63 6d 61 70 3d 27 53 65 74 31 27 2c 20 76 6d 61 78 3d 39 | .marker='x',.cmap='Set1',.vmax=9 |
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1f720 | 5c 6e 70 6c 2e 70 6c 6f 74 28 5b 5d 2c 20 5b 5d 2c 20 27 72 27 2c 20 61 6c 70 68 61 3d 2e 32 2c | \npl.plot([],.[],.'r',.alpha=.2, |
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1f760 | 70 6c 6f 74 28 5b 5d 2c 20 5b 5d 2c 20 27 62 27 2c 20 61 6c 70 68 61 3d 2e 32 2c 20 6c 61 62 65 | plot([],.[],.'b',.alpha=.2,.labe |
1f780 | 6c 3d 27 4d 61 73 73 20 66 72 6f 6d 20 43 6c 61 73 73 20 32 27 29 5c 6e 5c 6e 70 6c 2e 74 69 74 | l='Mass.from.Class.2')\n\npl.tit |
1f7a0 | 6c 65 28 27 4f 54 20 77 69 74 68 20 70 72 6f 70 20 65 73 74 69 6d 61 74 69 6f 6e 20 28 7b 3a 31 | le('OT.with.prop.estimation.({:1 |
1f7c0 | 2e 33 66 7d 2c 7b 3a 31 2e 33 66 7d 29 27 2e 66 6f 72 6d 61 74 28 6f 74 64 61 2e 70 72 6f 70 6f | .3f},{:1.3f})'.format(otda.propo |
1f7e0 | 72 74 69 6f 6e 73 5f 5b 30 5d 2c 20 6f 74 64 61 2e 70 72 6f 70 6f 72 74 69 6f 6e 73 5f 5b 31 5d | rtions_[0],.otda.proportions_[1] |
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1f820 | 6c 27 29 5c 6e 70 6c 2e 61 78 69 73 28 27 6f 66 66 27 29 22 0a 20 20 20 20 20 20 5d 0a 20 20 20 | l')\npl.axis('off')".......].... |
1f840 | 20 7d 2c 0a 20 20 20 20 7b 0a 20 20 20 20 20 20 22 63 65 6c 6c 5f 74 79 70 65 22 3a 20 22 6d 61 | .},.....{......."cell_type":."ma |
1f860 | 72 6b 64 6f 77 6e 22 2c 0a 20 20 20 20 20 20 22 6d 65 74 61 64 61 74 61 22 3a 20 7b 7d 2c 0a 20 | rkdown",......."metadata":.{},.. |
1f880 | 20 20 20 20 20 22 73 6f 75 72 63 65 22 3a 20 5b 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 22 52 75 6e 20 6f 72 | ....."source":.[........."Run.or |
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1f8c0 | 6f 77 6e 20 70 72 6f 70 6f 72 74 69 6f 6e 73 5c 6e 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d | own.proportions\n--------------- |
1f8e0 | 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d | -------------------------------- |
1f900 | 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 5c 6e 5c | -----------------------------\n\ |
1f920 | 6e 22 0a 20 20 20 20 20 20 5d 0a 20 20 20 20 7d 2c 0a 20 20 20 20 7b 0a 20 20 20 20 20 20 22 63 | n".......].....},.....{......."c |
1f940 | 65 6c 6c 5f 74 79 70 65 22 3a 20 22 63 6f 64 65 22 2c 0a 20 20 20 20 20 20 22 65 78 65 63 75 74 | ell_type":."code",......."execut |
1f960 | 69 6f 6e 5f 63 6f 75 6e 74 22 3a 20 6e 75 6c 6c 2c 0a 20 20 20 20 20 20 22 6d 65 74 61 64 61 74 | ion_count":.null,......."metadat |
1f980 | 61 22 3a 20 7b 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 22 63 6f 6c 6c 61 70 73 65 64 22 3a 20 66 61 6c 73 65 | a":.{........."collapsed":.false |
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1f9c0 | 20 20 20 20 20 22 73 6f 75 72 63 65 22 3a 20 5b 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 22 68 5f 72 65 73 20 | ....."source":.[........."h_res. |
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20d20 | 6f 75 72 63 65 20 73 61 6d 70 6c 65 73 27 29 5c 6e 70 6c 2e 78 74 69 63 6b 73 28 5b 5d 29 5c 6e | ource.samples')\npl.xticks([])\n |
20d40 | 70 6c 2e 79 74 69 63 6b 73 28 5b 5d 29 5c 6e 70 6c 2e 6c 65 67 65 6e 64 28 6c 6f 63 3d 30 29 5c | pl.yticks([])\npl.legend(loc=0)\ |
20d60 | 6e 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 53 6f 75 72 63 65 20 20 73 61 6d 70 6c 65 73 27 29 5c 6e 5c 6e | npl.title('Source..samples')\n\n |
20d80 | 70 6c 2e 73 75 62 70 6c 6f 74 28 32 2c 20 32 2c 20 32 29 5c 6e 70 6c 2e 73 63 61 74 74 65 72 28 | pl.subplot(2,.2,.2)\npl.scatter( |
20da0 | 58 74 5b 3a 2c 20 30 5d 2c 20 58 74 5b 3a 2c 20 31 5d 2c 20 63 3d 79 74 2c 20 6d 61 72 6b 65 72 | Xt[:,.0],.Xt[:,.1],.c=yt,.marker |
20dc0 | 3d 27 6f 27 2c 20 6c 61 62 65 6c 3d 27 54 61 72 67 65 74 20 73 61 6d 70 6c 65 73 27 29 5c 6e 70 | ='o',.label='Target.samples')\np |
20de0 | 6c 2e 78 74 69 63 6b 73 28 5b 5d 29 5c 6e 70 6c 2e 79 74 69 63 6b 73 28 5b 5d 29 5c 6e 70 6c 2e | l.xticks([])\npl.yticks([])\npl. |
20e00 | 6c 65 67 65 6e 64 28 6c 6f 63 3d 30 29 5c 6e 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 54 61 72 67 65 74 20 | legend(loc=0)\npl.title('Target. |
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20e40 | 5c 6e 70 6c 2e 69 6d 73 68 6f 77 28 6f 74 5f 73 69 6e 6b 68 6f 72 6e 5f 75 6e 2e 63 6f 73 74 5f | \npl.imshow(ot_sinkhorn_un.cost_ |
20e60 | 2c 20 69 6e 74 65 72 70 6f 6c 61 74 69 6f 6e 3d 27 6e 65 61 72 65 73 74 27 29 5c 6e 70 6c 2e 78 | ,.interpolation='nearest')\npl.x |
20e80 | 74 69 63 6b 73 28 5b 5d 29 5c 6e 70 6c 2e 79 74 69 63 6b 73 28 5b 5d 29 5c 6e 70 6c 2e 74 69 74 | ticks([])\npl.yticks([])\npl.tit |
20ea0 | 6c 65 28 27 43 6f 73 74 20 6d 61 74 72 69 78 20 2d 20 75 6e 73 75 70 65 72 76 69 73 65 64 20 44 | le('Cost.matrix.-.unsupervised.D |
20ec0 | 41 27 29 5c 6e 5c 6e 70 6c 2e 73 75 62 70 6c 6f 74 28 32 2c 20 32 2c 20 34 29 5c 6e 70 6c 2e 69 | A')\n\npl.subplot(2,.2,.4)\npl.i |
20ee0 | 6d 73 68 6f 77 28 6f 74 5f 73 69 6e 6b 68 6f 72 6e 5f 73 65 6d 69 2e 63 6f 73 74 5f 2c 20 69 6e | mshow(ot_sinkhorn_semi.cost_,.in |
20f00 | 74 65 72 70 6f 6c 61 74 69 6f 6e 3d 27 6e 65 61 72 65 73 74 27 29 5c 6e 70 6c 2e 78 74 69 63 6b | terpolation='nearest')\npl.xtick |
20f20 | 73 28 5b 5d 29 5c 6e 70 6c 2e 79 74 69 63 6b 73 28 5b 5d 29 5c 6e 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 | s([])\npl.yticks([])\npl.title(' |
20f40 | 43 6f 73 74 20 6d 61 74 72 69 78 20 2d 20 73 65 6d 69 73 75 70 65 72 76 69 73 65 64 20 44 41 27 | Cost.matrix.-.semisupervised.DA' |
20f60 | 29 5c 6e 5c 6e 70 6c 2e 74 69 67 68 74 5f 6c 61 79 6f 75 74 28 29 5c 6e 5c 6e 23 20 74 68 65 20 | )\n\npl.tight_layout()\n\n#.the. |
20f80 | 6f 70 74 69 6d 61 6c 20 63 6f 75 70 6c 69 6e 67 20 69 6e 20 74 68 65 20 73 65 6d 69 2d 73 75 70 | optimal.coupling.in.the.semi-sup |
20fa0 | 65 72 76 69 73 65 64 20 44 41 20 63 61 73 65 20 77 69 6c 6c 20 65 78 68 69 62 69 74 20 5c 22 20 | ervised.DA.case.will.exhibit.\". |
20fc0 | 73 68 61 70 65 5c 6e 23 20 73 69 6d 69 6c 61 72 5c 22 20 74 6f 20 74 68 65 20 63 6f 73 74 20 6d | shape\n#.similar\".to.the.cost.m |
20fe0 | 61 74 72 69 78 2c 20 28 62 6c 6f 63 6b 20 64 69 61 67 6f 6e 61 6c 20 6d 61 74 72 69 78 29 22 0a | atrix,.(block.diagonal.matrix)". |
21000 | 20 20 20 20 20 20 5d 0a 20 20 20 20 7d 2c 0a 20 20 20 20 7b 0a 20 20 20 20 20 20 22 63 65 6c 6c | ......].....},.....{......."cell |
21020 | 5f 74 79 70 65 22 3a 20 22 6d 61 72 6b 64 6f 77 6e 22 2c 0a 20 20 20 20 20 20 22 6d 65 74 61 64 | _type":."markdown",......."metad |
21040 | 61 74 61 22 3a 20 7b 7d 2c 0a 20 20 20 20 20 20 22 73 6f 75 72 63 65 22 3a 20 5b 0a 20 20 20 20 | ata":.{},......."source":.[..... |
21060 | 20 20 20 20 22 46 69 67 20 32 20 3a 20 70 6c 6f 74 73 20 6f 70 74 69 6d 61 6c 20 63 6f 75 70 6c | ...."Fig.2.:.plots.optimal.coupl |
21080 | 69 6e 67 73 20 66 6f 72 20 74 68 65 20 64 69 66 66 65 72 65 6e 74 20 6d 65 74 68 6f 64 73 5c 6e | ings.for.the.different.methods\n |
210a0 | 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d | -------------------------------- |
210c0 | 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 5c 6e 5c 6e 22 0a 20 | -------------------------\n\n".. |
210e0 | 20 20 20 20 20 5d 0a 20 20 20 20 7d 2c 0a 20 20 20 20 7b 0a 20 20 20 20 20 20 22 63 65 6c 6c 5f | .....].....},.....{......."cell_ |
21100 | 74 79 70 65 22 3a 20 22 63 6f 64 65 22 2c 0a 20 20 20 20 20 20 22 65 78 65 63 75 74 69 6f 6e 5f | type":."code",......."execution_ |
21120 | 63 6f 75 6e 74 22 3a 20 6e 75 6c 6c 2c 0a 20 20 20 20 20 20 22 6d 65 74 61 64 61 74 61 22 3a 20 | count":.null,......."metadata":. |
21140 | 7b 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 22 63 6f 6c 6c 61 70 73 65 64 22 3a 20 66 61 6c 73 65 0a 20 20 20 | {........."collapsed":.false.... |
21160 | 20 20 20 7d 2c 0a 20 20 20 20 20 20 22 6f 75 74 70 75 74 73 22 3a 20 5b 5d 2c 0a 20 20 20 20 20 | ...},......."outputs":.[],...... |
21180 | 20 22 73 6f 75 72 63 65 22 3a 20 5b 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 22 70 6c 2e 66 69 67 75 72 65 28 | ."source":.[........."pl.figure( |
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211c0 | 28 31 2c 20 32 2c 20 31 29 5c 6e 70 6c 2e 69 6d 73 68 6f 77 28 6f 74 5f 73 69 6e 6b 68 6f 72 6e | (1,.2,.1)\npl.imshow(ot_sinkhorn |
211e0 | 5f 75 6e 2e 63 6f 75 70 6c 69 6e 67 5f 2c 20 69 6e 74 65 72 70 6f 6c 61 74 69 6f 6e 3d 27 6e 65 | _un.coupling_,.interpolation='ne |
21200 | 61 72 65 73 74 27 29 5c 6e 70 6c 2e 78 74 69 63 6b 73 28 5b 5d 29 5c 6e 70 6c 2e 79 74 69 63 6b | arest')\npl.xticks([])\npl.ytick |
21220 | 73 28 5b 5d 29 5c 6e 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 4f 70 74 69 6d 61 6c 20 63 6f 75 70 6c 69 6e | s([])\npl.title('Optimal.couplin |
21240 | 67 5c 5c 6e 55 6e 73 75 70 65 72 76 69 73 65 64 20 44 41 27 29 5c 6e 5c 6e 70 6c 2e 73 75 62 70 | g\\nUnsupervised.DA')\n\npl.subp |
21260 | 6c 6f 74 28 31 2c 20 32 2c 20 32 29 5c 6e 70 6c 2e 69 6d 73 68 6f 77 28 6f 74 5f 73 69 6e 6b 68 | lot(1,.2,.2)\npl.imshow(ot_sinkh |
21280 | 6f 72 6e 5f 73 65 6d 69 2e 63 6f 75 70 6c 69 6e 67 5f 2c 20 69 6e 74 65 72 70 6f 6c 61 74 69 6f | orn_semi.coupling_,.interpolatio |
212a0 | 6e 3d 27 6e 65 61 72 65 73 74 27 29 5c 6e 70 6c 2e 78 74 69 63 6b 73 28 5b 5d 29 5c 6e 70 6c 2e | n='nearest')\npl.xticks([])\npl. |
212c0 | 79 74 69 63 6b 73 28 5b 5d 29 5c 6e 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 4f 70 74 69 6d 61 6c 20 63 6f | yticks([])\npl.title('Optimal.co |
212e0 | 75 70 6c 69 6e 67 5c 5c 6e 53 65 6d 69 2d 73 75 70 65 72 76 69 73 65 64 20 44 41 27 29 5c 6e 5c | upling\\nSemi-supervised.DA')\n\ |
21300 | 6e 70 6c 2e 74 69 67 68 74 5f 6c 61 79 6f 75 74 28 29 22 0a 20 20 20 20 20 20 5d 0a 20 20 20 20 | npl.tight_layout()".......]..... |
21320 | 7d 2c 0a 20 20 20 20 7b 0a 20 20 20 20 20 20 22 63 65 6c 6c 5f 74 79 70 65 22 3a 20 22 6d 61 72 | },.....{......."cell_type":."mar |
21340 | 6b 64 6f 77 6e 22 2c 0a 20 20 20 20 20 20 22 6d 65 74 61 64 61 74 61 22 3a 20 7b 7d 2c 0a 20 20 | kdown",......."metadata":.{},... |
21360 | 20 20 20 20 22 73 6f 75 72 63 65 22 3a 20 5b 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 22 46 69 67 20 33 20 3a | ...."source":.[........."Fig.3.: |
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213a0 | 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 5c 6e 5c 6e 22 | ---------------------------\n\n" |
213c0 | 0a 20 20 20 20 20 20 5d 0a 20 20 20 20 7d 2c 0a 20 20 20 20 7b 0a 20 20 20 20 20 20 22 63 65 6c | .......].....},.....{......."cel |
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21400 | 6e 5f 63 6f 75 6e 74 22 3a 20 6e 75 6c 6c 2c 0a 20 20 20 20 20 20 22 6d 65 74 61 64 61 74 61 22 | n_count":.null,......."metadata" |
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21440 | 20 20 20 20 20 7d 2c 0a 20 20 20 20 20 20 22 6f 75 74 70 75 74 73 22 3a 20 5b 5d 2c 0a 20 20 20 | .....},......."outputs":.[],.... |
21460 | 20 20 20 22 73 6f 75 72 63 65 22 3a 20 5b 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 22 23 20 64 69 73 70 6c 61 | ..."source":.[........."#.displa |
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214c0 | 31 2c 20 32 2c 20 31 29 5c 6e 70 6c 2e 73 63 61 74 74 65 72 28 58 74 5b 3a 2c 20 30 5d 2c 20 58 | 1,.2,.1)\npl.scatter(Xt[:,.0],.X |
214e0 | 74 5b 3a 2c 20 31 5d 2c 20 63 3d 79 74 2c 20 6d 61 72 6b 65 72 3d 27 6f 27 2c 5c 6e 20 20 20 20 | t[:,.1],.c=yt,.marker='o',\n.... |
21500 | 20 20 20 20 20 20 20 6c 61 62 65 6c 3d 27 54 61 72 67 65 74 20 73 61 6d 70 6c 65 73 27 2c 20 61 | .......label='Target.samples',.a |
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22620 | 69 6e 65 61 72 2e 74 72 61 6e 73 66 6f 72 6d 28 58 73 3d 58 73 29 5c 6e 5c 6e 23 20 66 6f 72 20 | inear.transform(Xs=Xs)\n\n#.for. |
22640 | 6f 75 74 20 6f 66 20 73 6f 75 72 63 65 20 73 61 6d 70 6c 65 73 2c 20 74 72 61 6e 73 66 6f 72 6d | out.of.source.samples,.transform |
22660 | 20 61 70 70 6c 69 65 73 20 74 68 65 20 6c 69 6e 65 61 72 20 6d 61 70 70 69 6e 67 5c 6e 74 72 61 | .applies.the.linear.mapping\ntra |
22680 | 6e 73 70 5f 58 73 5f 6c 69 6e 65 61 72 5f 6e 65 77 20 3d 20 6f 74 5f 6d 61 70 70 69 6e 67 5f 6c | nsp_Xs_linear_new.=.ot_mapping_l |
226a0 | 69 6e 65 61 72 2e 74 72 61 6e 73 66 6f 72 6d 28 58 73 3d 58 73 5f 6e 65 77 29 5c 6e 5c 6e 5c 6e | inear.transform(Xs=Xs_new)\n\n\n |
226c0 | 23 20 4d 61 70 70 69 6e 67 54 72 61 6e 73 70 6f 72 74 20 77 69 74 68 20 67 61 75 73 73 69 61 6e | #.MappingTransport.with.gaussian |
226e0 | 20 6b 65 72 6e 65 6c 5c 6e 6f 74 5f 6d 61 70 70 69 6e 67 5f 67 61 75 73 73 69 61 6e 20 3d 20 6f | .kernel\not_mapping_gaussian.=.o |
22700 | 74 2e 64 61 2e 4d 61 70 70 69 6e 67 54 72 61 6e 73 70 6f 72 74 28 5c 6e 20 20 20 20 6b 65 72 6e | t.da.MappingTransport(\n....kern |
22720 | 65 6c 3d 5c 22 67 61 75 73 73 69 61 6e 5c 22 2c 20 65 74 61 3d 31 65 2d 35 2c 20 6d 75 3d 31 65 | el=\"gaussian\",.eta=1e-5,.mu=1e |
22740 | 2d 31 2c 20 62 69 61 73 3d 54 72 75 65 2c 20 73 69 67 6d 61 3d 31 2c 5c 6e 20 20 20 20 6d 61 78 | -1,.bias=True,.sigma=1,\n....max |
22760 | 5f 69 74 65 72 3d 31 30 2c 20 76 65 72 62 6f 73 65 3d 54 72 75 65 29 5c 6e 6f 74 5f 6d 61 70 70 | _iter=10,.verbose=True)\not_mapp |
22780 | 69 6e 67 5f 67 61 75 73 73 69 61 6e 2e 66 69 74 28 58 73 3d 58 73 2c 20 58 74 3d 58 74 29 5c 6e | ing_gaussian.fit(Xs=Xs,.Xt=Xt)\n |
227a0 | 5c 6e 23 20 66 6f 72 20 6f 72 69 67 69 6e 61 6c 20 73 6f 75 72 63 65 20 73 61 6d 70 6c 65 73 2c | \n#.for.original.source.samples, |
227c0 | 20 74 72 61 6e 73 66 6f 72 6d 20 61 70 70 6c 69 65 73 20 62 61 72 79 63 65 6e 74 72 69 63 20 6d | .transform.applies.barycentric.m |
227e0 | 61 70 70 69 6e 67 5c 6e 74 72 61 6e 73 70 5f 58 73 5f 67 61 75 73 73 69 61 6e 20 3d 20 6f 74 5f | apping\ntransp_Xs_gaussian.=.ot_ |
22800 | 6d 61 70 70 69 6e 67 5f 67 61 75 73 73 69 61 6e 2e 74 72 61 6e 73 66 6f 72 6d 28 58 73 3d 58 73 | mapping_gaussian.transform(Xs=Xs |
22820 | 29 5c 6e 5c 6e 23 20 66 6f 72 20 6f 75 74 20 6f 66 20 73 6f 75 72 63 65 20 73 61 6d 70 6c 65 73 | )\n\n#.for.out.of.source.samples |
22840 | 2c 20 74 72 61 6e 73 66 6f 72 6d 20 61 70 70 6c 69 65 73 20 74 68 65 20 67 61 75 73 73 69 61 6e | ,.transform.applies.the.gaussian |
22860 | 20 6d 61 70 70 69 6e 67 5c 6e 74 72 61 6e 73 70 5f 58 73 5f 67 61 75 73 73 69 61 6e 5f 6e 65 77 | .mapping\ntransp_Xs_gaussian_new |
22880 | 20 3d 20 6f 74 5f 6d 61 70 70 69 6e 67 5f 67 61 75 73 73 69 61 6e 2e 74 72 61 6e 73 66 6f 72 6d | .=.ot_mapping_gaussian.transform |
228a0 | 28 58 73 3d 58 73 5f 6e 65 77 29 22 0a 20 20 20 20 20 20 5d 0a 20 20 20 20 7d 2c 0a 20 20 20 20 | (Xs=Xs_new)".......].....},..... |
228c0 | 7b 0a 20 20 20 20 20 20 22 63 65 6c 6c 5f 74 79 70 65 22 3a 20 22 6d 61 72 6b 64 6f 77 6e 22 2c | {......."cell_type":."markdown", |
228e0 | 0a 20 20 20 20 20 20 22 6d 65 74 61 64 61 74 61 22 3a 20 7b 7d 2c 0a 20 20 20 20 20 20 22 73 6f | ......."metadata":.{},......."so |
22900 | 75 72 63 65 22 3a 20 5b 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 22 50 6c 6f 74 20 74 72 61 6e 73 70 6f 72 74 | urce":.[........."Plot.transport |
22920 | 65 64 20 73 61 6d 70 6c 65 73 5c 6e 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d | ed.samples\n-------------------- |
22940 | 2d 2d 2d 2d 5c 6e 5c 6e 22 0a 20 20 20 20 20 20 5d 0a 20 20 20 20 7d 2c 0a 20 20 20 20 7b 0a 20 | ----\n\n".......].....},.....{.. |
22960 | 20 20 20 20 20 22 63 65 6c 6c 5f 74 79 70 65 22 3a 20 22 63 6f 64 65 22 2c 0a 20 20 20 20 20 20 | ....."cell_type":."code",....... |
22980 | 22 65 78 65 63 75 74 69 6f 6e 5f 63 6f 75 6e 74 22 3a 20 6e 75 6c 6c 2c 0a 20 20 20 20 20 20 22 | "execution_count":.null,......." |
229a0 | 6d 65 74 61 64 61 74 61 22 3a 20 7b 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 22 63 6f 6c 6c 61 70 73 65 64 22 | metadata":.{........."collapsed" |
229c0 | 3a 20 66 61 6c 73 65 0a 20 20 20 20 20 20 7d 2c 0a 20 20 20 20 20 20 22 6f 75 74 70 75 74 73 22 | :.false.......},......."outputs" |
229e0 | 3a 20 5b 5d 2c 0a 20 20 20 20 20 20 22 73 6f 75 72 63 65 22 3a 20 5b 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 | :.[],......."source":.[......... |
22a00 | 22 70 6c 2e 66 69 67 75 72 65 28 32 29 5c 6e 70 6c 2e 63 6c 66 28 29 5c 6e 70 6c 2e 73 75 62 70 | "pl.figure(2)\npl.clf()\npl.subp |
22a20 | 6c 6f 74 28 32 2c 20 32 2c 20 31 29 5c 6e 70 6c 2e 73 63 61 74 74 65 72 28 58 74 5b 3a 2c 20 30 | lot(2,.2,.1)\npl.scatter(Xt[:,.0 |
22a40 | 5d 2c 20 58 74 5b 3a 2c 20 31 5d 2c 20 63 3d 79 74 2c 20 6d 61 72 6b 65 72 3d 27 6f 27 2c 5c 6e | ],.Xt[:,.1],.c=yt,.marker='o',\n |
22a60 | 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 6c 61 62 65 6c 3d 27 54 61 72 67 65 74 20 73 61 6d 70 6c 65 73 | ...........label='Target.samples |
22a80 | 27 2c 20 61 6c 70 68 61 3d 2e 32 29 5c 6e 70 6c 2e 73 63 61 74 74 65 72 28 74 72 61 6e 73 70 5f | ',.alpha=.2)\npl.scatter(transp_ |
22aa0 | 58 73 5f 6c 69 6e 65 61 72 5b 3a 2c 20 30 5d 2c 20 74 72 61 6e 73 70 5f 58 73 5f 6c 69 6e 65 61 | Xs_linear[:,.0],.transp_Xs_linea |
22ac0 | 72 5b 3a 2c 20 31 5d 2c 20 63 3d 79 73 2c 20 6d 61 72 6b 65 72 3d 27 2b 27 2c 5c 6e 20 20 20 20 | r[:,.1],.c=ys,.marker='+',\n.... |
22ae0 | 20 20 20 20 20 20 20 6c 61 62 65 6c 3d 27 4d 61 70 70 65 64 20 73 6f 75 72 63 65 20 73 61 6d 70 | .......label='Mapped.source.samp |
22b00 | 6c 65 73 27 29 5c 6e 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 5c 22 42 61 72 79 2e 20 6d 61 70 70 69 6e 67 20 | les')\npl.title(\"Bary..mapping. |
22b20 | 28 6c 69 6e 65 61 72 29 5c 22 29 5c 6e 70 6c 2e 6c 65 67 65 6e 64 28 6c 6f 63 3d 30 29 5c 6e 5c | (linear)\")\npl.legend(loc=0)\n\ |
22b40 | 6e 70 6c 2e 73 75 62 70 6c 6f 74 28 32 2c 20 32 2c 20 32 29 5c 6e 70 6c 2e 73 63 61 74 74 65 72 | npl.subplot(2,.2,.2)\npl.scatter |
22b60 | 28 58 74 5b 3a 2c 20 30 5d 2c 20 58 74 5b 3a 2c 20 31 5d 2c 20 63 3d 79 74 2c 20 6d 61 72 6b 65 | (Xt[:,.0],.Xt[:,.1],.c=yt,.marke |
22b80 | 72 3d 27 6f 27 2c 5c 6e 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 6c 61 62 65 6c 3d 27 54 61 72 67 65 74 | r='o',\n...........label='Target |
22ba0 | 20 73 61 6d 70 6c 65 73 27 2c 20 61 6c 70 68 61 3d 2e 32 29 5c 6e 70 6c 2e 73 63 61 74 74 65 72 | .samples',.alpha=.2)\npl.scatter |
22bc0 | 28 74 72 61 6e 73 70 5f 58 73 5f 6c 69 6e 65 61 72 5f 6e 65 77 5b 3a 2c 20 30 5d 2c 20 74 72 61 | (transp_Xs_linear_new[:,.0],.tra |
22be0 | 6e 73 70 5f 58 73 5f 6c 69 6e 65 61 72 5f 6e 65 77 5b 3a 2c 20 31 5d 2c 5c 6e 20 20 20 20 20 20 | nsp_Xs_linear_new[:,.1],\n...... |
22c00 | 20 20 20 20 20 63 3d 79 73 2c 20 6d 61 72 6b 65 72 3d 27 2b 27 2c 20 6c 61 62 65 6c 3d 27 4c 65 | .....c=ys,.marker='+',.label='Le |
22c20 | 61 72 6e 65 64 20 6d 61 70 70 69 6e 67 27 29 5c 6e 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 5c 22 45 73 74 69 | arned.mapping')\npl.title(\"Esti |
22c40 | 6d 2e 20 6d 61 70 70 69 6e 67 20 28 6c 69 6e 65 61 72 29 5c 22 29 5c 6e 5c 6e 70 6c 2e 73 75 62 | m..mapping.(linear)\")\n\npl.sub |
22c60 | 70 6c 6f 74 28 32 2c 20 32 2c 20 33 29 5c 6e 70 6c 2e 73 63 61 74 74 65 72 28 58 74 5b 3a 2c 20 | plot(2,.2,.3)\npl.scatter(Xt[:,. |
22c80 | 30 5d 2c 20 58 74 5b 3a 2c 20 31 5d 2c 20 63 3d 79 74 2c 20 6d 61 72 6b 65 72 3d 27 6f 27 2c 5c | 0],.Xt[:,.1],.c=yt,.marker='o',\ |
22ca0 | 6e 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 6c 61 62 65 6c 3d 27 54 61 72 67 65 74 20 73 61 6d 70 6c 65 | n...........label='Target.sample |
22cc0 | 73 27 2c 20 61 6c 70 68 61 3d 2e 32 29 5c 6e 70 6c 2e 73 63 61 74 74 65 72 28 74 72 61 6e 73 70 | s',.alpha=.2)\npl.scatter(transp |
22ce0 | 5f 58 73 5f 67 61 75 73 73 69 61 6e 5b 3a 2c 20 30 5d 2c 20 74 72 61 6e 73 70 5f 58 73 5f 67 61 | _Xs_gaussian[:,.0],.transp_Xs_ga |
22d00 | 75 73 73 69 61 6e 5b 3a 2c 20 31 5d 2c 20 63 3d 79 73 2c 5c 6e 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 | ussian[:,.1],.c=ys,\n........... |
22d20 | 6d 61 72 6b 65 72 3d 27 2b 27 2c 20 6c 61 62 65 6c 3d 27 62 61 72 79 63 65 6e 74 72 69 63 20 6d | marker='+',.label='barycentric.m |
22d40 | 61 70 70 69 6e 67 27 29 5c 6e 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 5c 22 42 61 72 79 2e 20 6d 61 70 70 69 | apping')\npl.title(\"Bary..mappi |
22d60 | 6e 67 20 28 6b 65 72 6e 65 6c 29 5c 22 29 5c 6e 5c 6e 70 6c 2e 73 75 62 70 6c 6f 74 28 32 2c 20 | ng.(kernel)\")\n\npl.subplot(2,. |
22d80 | 32 2c 20 34 29 5c 6e 70 6c 2e 73 63 61 74 74 65 72 28 58 74 5b 3a 2c 20 30 5d 2c 20 58 74 5b 3a | 2,.4)\npl.scatter(Xt[:,.0],.Xt[: |
22da0 | 2c 20 31 5d 2c 20 63 3d 79 74 2c 20 6d 61 72 6b 65 72 3d 27 6f 27 2c 5c 6e 20 20 20 20 20 20 20 | ,.1],.c=yt,.marker='o',\n....... |
22dc0 | 20 20 20 20 6c 61 62 65 6c 3d 27 54 61 72 67 65 74 20 73 61 6d 70 6c 65 73 27 2c 20 61 6c 70 68 | ....label='Target.samples',.alph |
22de0 | 61 3d 2e 32 29 5c 6e 70 6c 2e 73 63 61 74 74 65 72 28 74 72 61 6e 73 70 5f 58 73 5f 67 61 75 73 | a=.2)\npl.scatter(transp_Xs_gaus |
22e00 | 73 69 61 6e 5f 6e 65 77 5b 3a 2c 20 30 5d 2c 20 74 72 61 6e 73 70 5f 58 73 5f 67 61 75 73 73 69 | sian_new[:,.0],.transp_Xs_gaussi |
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23ea0 | 29 5c 6e 70 6c 2e 74 69 67 68 74 5f 6c 61 79 6f 75 74 28 29 22 0a 20 20 20 20 20 20 5d 0a 20 20 | )\npl.tight_layout()".......]... |
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23f00 | 20 20 20 20 20 20 22 73 6f 75 72 63 65 22 3a 20 5b 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 22 46 69 67 20 32 | ......"source":.[........."Fig.2 |
23f20 | 20 3a 20 70 6c 6f 74 73 20 6f 70 74 69 6d 61 6c 20 63 6f 75 70 6c 69 6e 67 73 20 66 6f 72 20 74 | .:.plots.optimal.couplings.for.t |
23f40 | 68 65 20 64 69 66 66 65 72 65 6e 74 20 6d 65 74 68 6f 64 73 5c 6e 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d | he.different.methods\n---------- |
23f60 | 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d | -------------------------------- |
23f80 | 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 5c 6e 5c 6e 22 0a 20 20 20 20 20 20 5d 0a 20 20 20 | ---------------\n\n".......].... |
23fa0 | 20 7d 2c 0a 20 20 20 20 7b 0a 20 20 20 20 20 20 22 63 65 6c 6c 5f 74 79 70 65 22 3a 20 22 63 6f | .},.....{......."cell_type":."co |
23fc0 | 64 65 22 2c 0a 20 20 20 20 20 20 22 65 78 65 63 75 74 69 6f 6e 5f 63 6f 75 6e 74 22 3a 20 6e 75 | de",......."execution_count":.nu |
23fe0 | 6c 6c 2c 0a 20 20 20 20 20 20 22 6d 65 74 61 64 61 74 61 22 3a 20 7b 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 | ll,......."metadata":.{......... |
24000 | 22 63 6f 6c 6c 61 70 73 65 64 22 3a 20 66 61 6c 73 65 0a 20 20 20 20 20 20 7d 2c 0a 20 20 20 20 | "collapsed":.false.......},..... |
24020 | 20 20 22 6f 75 74 70 75 74 73 22 3a 20 5b 5d 2c 0a 20 20 20 20 20 20 22 73 6f 75 72 63 65 22 3a | .."outputs":.[],......."source": |
24040 | 20 5b 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 22 70 6c 2e 66 69 67 75 72 65 28 32 2c 20 66 69 67 73 69 7a 65 | .[........."pl.figure(2,.figsize |
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24080 | 5c 6e 70 6c 2e 69 6d 73 68 6f 77 28 6f 74 5f 65 6d 64 2e 63 6f 75 70 6c 69 6e 67 5f 2c 20 69 6e | \npl.imshow(ot_emd.coupling_,.in |
240a0 | 74 65 72 70 6f 6c 61 74 69 6f 6e 3d 27 6e 65 61 72 65 73 74 27 29 5c 6e 70 6c 2e 78 74 69 63 6b | terpolation='nearest')\npl.xtick |
240c0 | 73 28 5b 5d 29 5c 6e 70 6c 2e 79 74 69 63 6b 73 28 5b 5d 29 5c 6e 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 | s([])\npl.yticks([])\npl.title(' |
240e0 | 4f 70 74 69 6d 61 6c 20 63 6f 75 70 6c 69 6e 67 5c 5c 6e 45 4d 44 54 72 61 6e 73 70 6f 72 74 27 | Optimal.coupling\\nEMDTransport' |
24100 | 29 5c 6e 5c 6e 70 6c 2e 73 75 62 70 6c 6f 74 28 32 2c 20 33 2c 20 32 29 5c 6e 70 6c 2e 69 6d 73 | )\n\npl.subplot(2,.3,.2)\npl.ims |
24120 | 68 6f 77 28 6f 74 5f 73 69 6e 6b 68 6f 72 6e 2e 63 6f 75 70 6c 69 6e 67 5f 2c 20 69 6e 74 65 72 | how(ot_sinkhorn.coupling_,.inter |
24140 | 70 6f 6c 61 74 69 6f 6e 3d 27 6e 65 61 72 65 73 74 27 29 5c 6e 70 6c 2e 78 74 69 63 6b 73 28 5b | polation='nearest')\npl.xticks([ |
24160 | 5d 29 5c 6e 70 6c 2e 79 74 69 63 6b 73 28 5b 5d 29 5c 6e 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 4f 70 74 | ])\npl.yticks([])\npl.title('Opt |
24180 | 69 6d 61 6c 20 63 6f 75 70 6c 69 6e 67 5c 5c 6e 53 69 6e 6b 68 6f 72 6e 54 72 61 6e 73 70 6f 72 | imal.coupling\\nSinkhornTranspor |
241a0 | 74 27 29 5c 6e 5c 6e 70 6c 2e 73 75 62 70 6c 6f 74 28 32 2c 20 33 2c 20 33 29 5c 6e 70 6c 2e 69 | t')\n\npl.subplot(2,.3,.3)\npl.i |
241c0 | 6d 73 68 6f 77 28 6f 74 5f 6c 70 6c 31 2e 63 6f 75 70 6c 69 6e 67 5f 2c 20 69 6e 74 65 72 70 6f | mshow(ot_lpl1.coupling_,.interpo |
241e0 | 6c 61 74 69 6f 6e 3d 27 6e 65 61 72 65 73 74 27 29 5c 6e 70 6c 2e 78 74 69 63 6b 73 28 5b 5d 29 | lation='nearest')\npl.xticks([]) |
24200 | 5c 6e 70 6c 2e 79 74 69 63 6b 73 28 5b 5d 29 5c 6e 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 4f 70 74 69 6d | \npl.yticks([])\npl.title('Optim |
24220 | 61 6c 20 63 6f 75 70 6c 69 6e 67 5c 5c 6e 53 69 6e 6b 68 6f 72 6e 4c 70 6c 31 54 72 61 6e 73 70 | al.coupling\\nSinkhornLpl1Transp |
24240 | 6f 72 74 27 29 5c 6e 5c 6e 70 6c 2e 73 75 62 70 6c 6f 74 28 32 2c 20 33 2c 20 34 29 5c 6e 6f 74 | ort')\n\npl.subplot(2,.3,.4)\not |
24260 | 2e 70 6c 6f 74 2e 70 6c 6f 74 32 44 5f 73 61 6d 70 6c 65 73 5f 6d 61 74 28 58 73 2c 20 58 74 2c | .plot.plot2D_samples_mat(Xs,.Xt, |
24280 | 20 6f 74 5f 65 6d 64 2e 63 6f 75 70 6c 69 6e 67 5f 2c 20 63 3d 5b 2e 35 2c 20 2e 35 2c 20 31 5d | .ot_emd.coupling_,.c=[.5,..5,.1] |
242a0 | 29 5c 6e 70 6c 2e 73 63 61 74 74 65 72 28 58 73 5b 3a 2c 20 30 5d 2c 20 58 73 5b 3a 2c 20 31 5d | )\npl.scatter(Xs[:,.0],.Xs[:,.1] |
242c0 | 2c 20 63 3d 79 73 2c 20 6d 61 72 6b 65 72 3d 27 2b 27 2c 20 6c 61 62 65 6c 3d 27 53 6f 75 72 63 | ,.c=ys,.marker='+',.label='Sourc |
242e0 | 65 20 73 61 6d 70 6c 65 73 27 29 5c 6e 70 6c 2e 73 63 61 74 74 65 72 28 58 74 5b 3a 2c 20 30 5d | e.samples')\npl.scatter(Xt[:,.0] |
24300 | 2c 20 58 74 5b 3a 2c 20 31 5d 2c 20 63 3d 79 74 2c 20 6d 61 72 6b 65 72 3d 27 6f 27 2c 20 6c 61 | ,.Xt[:,.1],.c=yt,.marker='o',.la |
24320 | 62 65 6c 3d 27 54 61 72 67 65 74 20 73 61 6d 70 6c 65 73 27 29 5c 6e 70 6c 2e 78 74 69 63 6b 73 | bel='Target.samples')\npl.xticks |
24340 | 28 5b 5d 29 5c 6e 70 6c 2e 79 74 69 63 6b 73 28 5b 5d 29 5c 6e 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 4d | ([])\npl.yticks([])\npl.title('M |
24360 | 61 69 6e 20 63 6f 75 70 6c 69 6e 67 20 63 6f 65 66 66 69 63 69 65 6e 74 73 5c 5c 6e 45 4d 44 54 | ain.coupling.coefficients\\nEMDT |
24380 | 72 61 6e 73 70 6f 72 74 27 29 5c 6e 5c 6e 70 6c 2e 73 75 62 70 6c 6f 74 28 32 2c 20 33 2c 20 35 | ransport')\n\npl.subplot(2,.3,.5 |
243a0 | 29 5c 6e 6f 74 2e 70 6c 6f 74 2e 70 6c 6f 74 32 44 5f 73 61 6d 70 6c 65 73 5f 6d 61 74 28 58 73 | )\not.plot.plot2D_samples_mat(Xs |
243c0 | 2c 20 58 74 2c 20 6f 74 5f 73 69 6e 6b 68 6f 72 6e 2e 63 6f 75 70 6c 69 6e 67 5f 2c 20 63 3d 5b | ,.Xt,.ot_sinkhorn.coupling_,.c=[ |
243e0 | 2e 35 2c 20 2e 35 2c 20 31 5d 29 5c 6e 70 6c 2e 73 63 61 74 74 65 72 28 58 73 5b 3a 2c 20 30 5d | .5,..5,.1])\npl.scatter(Xs[:,.0] |
24400 | 2c 20 58 73 5b 3a 2c 20 31 5d 2c 20 63 3d 79 73 2c 20 6d 61 72 6b 65 72 3d 27 2b 27 2c 20 6c 61 | ,.Xs[:,.1],.c=ys,.marker='+',.la |
24420 | 62 65 6c 3d 27 53 6f 75 72 63 65 20 73 61 6d 70 6c 65 73 27 29 5c 6e 70 6c 2e 73 63 61 74 74 65 | bel='Source.samples')\npl.scatte |
24440 | 72 28 58 74 5b 3a 2c 20 30 5d 2c 20 58 74 5b 3a 2c 20 31 5d 2c 20 63 3d 79 74 2c 20 6d 61 72 6b | r(Xt[:,.0],.Xt[:,.1],.c=yt,.mark |
24460 | 65 72 3d 27 6f 27 2c 20 6c 61 62 65 6c 3d 27 54 61 72 67 65 74 20 73 61 6d 70 6c 65 73 27 29 5c | er='o',.label='Target.samples')\ |
24480 | 6e 70 6c 2e 78 74 69 63 6b 73 28 5b 5d 29 5c 6e 70 6c 2e 79 74 69 63 6b 73 28 5b 5d 29 5c 6e 70 | npl.xticks([])\npl.yticks([])\np |
244a0 | 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 4d 61 69 6e 20 63 6f 75 70 6c 69 6e 67 20 63 6f 65 66 66 69 63 69 65 | l.title('Main.coupling.coefficie |
244c0 | 6e 74 73 5c 5c 6e 53 69 6e 6b 68 6f 72 6e 54 72 61 6e 73 70 6f 72 74 27 29 5c 6e 5c 6e 70 6c 2e | nts\\nSinkhornTransport')\n\npl. |
244e0 | 73 75 62 70 6c 6f 74 28 32 2c 20 33 2c 20 36 29 5c 6e 6f 74 2e 70 6c 6f 74 2e 70 6c 6f 74 32 44 | subplot(2,.3,.6)\not.plot.plot2D |
24500 | 5f 73 61 6d 70 6c 65 73 5f 6d 61 74 28 58 73 2c 20 58 74 2c 20 6f 74 5f 6c 70 6c 31 2e 63 6f 75 | _samples_mat(Xs,.Xt,.ot_lpl1.cou |
24520 | 70 6c 69 6e 67 5f 2c 20 63 3d 5b 2e 35 2c 20 2e 35 2c 20 31 5d 29 5c 6e 70 6c 2e 73 63 61 74 74 | pling_,.c=[.5,..5,.1])\npl.scatt |
24540 | 65 72 28 58 73 5b 3a 2c 20 30 5d 2c 20 58 73 5b 3a 2c 20 31 5d 2c 20 63 3d 79 73 2c 20 6d 61 72 | er(Xs[:,.0],.Xs[:,.1],.c=ys,.mar |
24560 | 6b 65 72 3d 27 2b 27 2c 20 6c 61 62 65 6c 3d 27 53 6f 75 72 63 65 20 73 61 6d 70 6c 65 73 27 29 | ker='+',.label='Source.samples') |
24580 | 5c 6e 70 6c 2e 73 63 61 74 74 65 72 28 58 74 5b 3a 2c 20 30 5d 2c 20 58 74 5b 3a 2c 20 31 5d 2c | \npl.scatter(Xt[:,.0],.Xt[:,.1], |
245a0 | 20 63 3d 79 74 2c 20 6d 61 72 6b 65 72 3d 27 6f 27 2c 20 6c 61 62 65 6c 3d 27 54 61 72 67 65 74 | .c=yt,.marker='o',.label='Target |
245c0 | 20 73 61 6d 70 6c 65 73 27 29 5c 6e 70 6c 2e 78 74 69 63 6b 73 28 5b 5d 29 5c 6e 70 6c 2e 79 74 | .samples')\npl.xticks([])\npl.yt |
245e0 | 69 63 6b 73 28 5b 5d 29 5c 6e 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 4d 61 69 6e 20 63 6f 75 70 6c 69 6e | icks([])\npl.title('Main.couplin |
24600 | 67 20 63 6f 65 66 66 69 63 69 65 6e 74 73 5c 5c 6e 53 69 6e 6b 68 6f 72 6e 4c 70 6c 31 54 72 61 | g.coefficients\\nSinkhornLpl1Tra |
24620 | 6e 73 70 6f 72 74 27 29 5c 6e 70 6c 2e 74 69 67 68 74 5f 6c 61 79 6f 75 74 28 29 22 0a 20 20 20 | nsport')\npl.tight_layout()".... |
24640 | 20 20 20 5d 0a 20 20 20 20 7d 2c 0a 20 20 20 20 7b 0a 20 20 20 20 20 20 22 63 65 6c 6c 5f 74 79 | ...].....},.....{......."cell_ty |
24660 | 70 65 22 3a 20 22 6d 61 72 6b 64 6f 77 6e 22 2c 0a 20 20 20 20 20 20 22 6d 65 74 61 64 61 74 61 | pe":."markdown",......."metadata |
24680 | 22 3a 20 7b 7d 2c 0a 20 20 20 20 20 20 22 73 6f 75 72 63 65 22 3a 20 5b 0a 20 20 20 20 20 20 20 | ":.{},......."source":.[........ |
246a0 | 20 22 46 69 67 20 33 20 3a 20 70 6c 6f 74 20 74 72 61 6e 73 70 6f 72 74 65 64 20 73 61 6d 70 6c | ."Fig.3.:.plot.transported.sampl |
246c0 | 65 73 5c 6e 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d | es\n---------------------------- |
246e0 | 2d 2d 2d 2d 5c 6e 5c 6e 22 0a 20 20 20 20 20 20 5d 0a 20 20 20 20 7d 2c 0a 20 20 20 20 7b 0a 20 | ----\n\n".......].....},.....{.. |
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257e0 | 6f 6c 6c 61 70 73 65 64 22 3a 20 66 61 6c 73 65 0a 20 20 20 20 20 20 7d 2c 0a 20 20 20 20 20 20 | ollapsed":.false.......},....... |
25800 | 22 6f 75 74 70 75 74 73 22 3a 20 5b 5d 2c 0a 20 20 20 20 20 20 22 73 6f 75 72 63 65 22 3a 20 5b | "outputs":.[],......."source":.[ |
25820 | 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 22 70 6c 2e 66 69 67 75 72 65 28 31 2c 20 66 69 67 73 69 7a 65 3d 28 | ........."pl.figure(1,.figsize=( |
25840 | 31 30 2c 20 35 29 29 5c 6e 70 6c 2e 73 75 62 70 6c 6f 74 28 31 2c 20 32 2c 20 31 29 5c 6e 70 6c | 10,.5))\npl.subplot(1,.2,.1)\npl |
25860 | 2e 73 63 61 74 74 65 72 28 58 73 5b 3a 2c 20 30 5d 2c 20 58 73 5b 3a 2c 20 31 5d 2c 20 63 3d 79 | .scatter(Xs[:,.0],.Xs[:,.1],.c=y |
25880 | 73 2c 20 6d 61 72 6b 65 72 3d 27 2b 27 2c 20 6c 61 62 65 6c 3d 27 53 6f 75 72 63 65 20 73 61 6d | s,.marker='+',.label='Source.sam |
258a0 | 70 6c 65 73 27 29 5c 6e 70 6c 2e 78 74 69 63 6b 73 28 5b 5d 29 5c 6e 70 6c 2e 79 74 69 63 6b 73 | ples')\npl.xticks([])\npl.yticks |
258c0 | 28 5b 5d 29 5c 6e 70 6c 2e 6c 65 67 65 6e 64 28 6c 6f 63 3d 30 29 5c 6e 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 | ([])\npl.legend(loc=0)\npl.title |
258e0 | 28 27 53 6f 75 72 63 65 20 20 73 61 6d 70 6c 65 73 27 29 5c 6e 5c 6e 70 6c 2e 73 75 62 70 6c 6f | ('Source..samples')\n\npl.subplo |
25900 | 74 28 31 2c 20 32 2c 20 32 29 5c 6e 70 6c 2e 73 63 61 74 74 65 72 28 58 74 5b 3a 2c 20 30 5d 2c | t(1,.2,.2)\npl.scatter(Xt[:,.0], |
25920 | 20 58 74 5b 3a 2c 20 31 5d 2c 20 63 3d 79 74 2c 20 6d 61 72 6b 65 72 3d 27 6f 27 2c 20 6c 61 62 | .Xt[:,.1],.c=yt,.marker='o',.lab |
25940 | 65 6c 3d 27 54 61 72 67 65 74 20 73 61 6d 70 6c 65 73 27 29 5c 6e 70 6c 2e 78 74 69 63 6b 73 28 | el='Target.samples')\npl.xticks( |
25960 | 5b 5d 29 5c 6e 70 6c 2e 79 74 69 63 6b 73 28 5b 5d 29 5c 6e 70 6c 2e 6c 65 67 65 6e 64 28 6c 6f | [])\npl.yticks([])\npl.legend(lo |
25980 | 63 3d 30 29 5c 6e 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 54 61 72 67 65 74 20 73 61 6d 70 6c 65 73 27 29 | c=0)\npl.title('Target.samples') |
259a0 | 5c 6e 70 6c 2e 74 69 67 68 74 5f 6c 61 79 6f 75 74 28 29 22 0a 20 20 20 20 20 20 5d 0a 20 20 20 | \npl.tight_layout()".......].... |
259c0 | 20 7d 2c 0a 20 20 20 20 7b 0a 20 20 20 20 20 20 22 63 65 6c 6c 5f 74 79 70 65 22 3a 20 22 6d 61 | .},.....{......."cell_type":."ma |
259e0 | 72 6b 64 6f 77 6e 22 2c 0a 20 20 20 20 20 20 22 6d 65 74 61 64 61 74 61 22 3a 20 7b 7d 2c 0a 20 | rkdown",......."metadata":.{},.. |
25a00 | 20 20 20 20 20 22 73 6f 75 72 63 65 22 3a 20 5b 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 22 46 69 67 20 32 20 | ....."source":.[........."Fig.2. |
25a20 | 3a 20 70 6c 6f 74 20 6f 70 74 69 6d 61 6c 20 63 6f 75 70 6c 69 6e 67 73 20 61 6e 64 20 74 72 61 | :.plot.optimal.couplings.and.tra |
25a40 | 6e 73 70 6f 72 74 65 64 20 73 61 6d 70 6c 65 73 5c 6e 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d | nsported.samples\n-------------- |
25a60 | 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d | -------------------------------- |
25a80 | 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 5c 6e 5c 6e 22 0a 20 20 20 20 20 20 5d 0a 20 20 20 20 7d 2c 0a 20 20 20 | --------\n\n".......].....},.... |
25aa0 | 20 7b 0a 20 20 20 20 20 20 22 63 65 6c 6c 5f 74 79 70 65 22 3a 20 22 63 6f 64 65 22 2c 0a 20 20 | .{......."cell_type":."code",... |
25ac0 | 20 20 20 20 22 65 78 65 63 75 74 69 6f 6e 5f 63 6f 75 6e 74 22 3a 20 6e 75 6c 6c 2c 0a 20 20 20 | ...."execution_count":.null,.... |
25ae0 | 20 20 20 22 6d 65 74 61 64 61 74 61 22 3a 20 7b 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 22 63 6f 6c 6c 61 70 | ..."metadata":.{........."collap |
25b00 | 73 65 64 22 3a 20 66 61 6c 73 65 0a 20 20 20 20 20 20 7d 2c 0a 20 20 20 20 20 20 22 6f 75 74 70 | sed":.false.......},......."outp |
25b20 | 75 74 73 22 3a 20 5b 5d 2c 0a 20 20 20 20 20 20 22 73 6f 75 72 63 65 22 3a 20 5b 0a 20 20 20 20 | uts":.[],......."source":.[..... |
25b40 | 20 20 20 20 22 70 61 72 61 6d 5f 69 6d 67 20 3d 20 7b 27 69 6e 74 65 72 70 6f 6c 61 74 69 6f 6e | ...."param_img.=.{'interpolation |
25b60 | 27 3a 20 27 6e 65 61 72 65 73 74 27 7d 5c 6e 5c 6e 70 6c 2e 66 69 67 75 72 65 28 32 2c 20 66 69 | ':.'nearest'}\n\npl.figure(2,.fi |
25b80 | 67 73 69 7a 65 3d 28 31 35 2c 20 38 29 29 5c 6e 70 6c 2e 73 75 62 70 6c 6f 74 28 32 2c 20 33 2c | gsize=(15,.8))\npl.subplot(2,.3, |
25ba0 | 20 31 29 5c 6e 70 6c 2e 69 6d 73 68 6f 77 28 6f 74 5f 65 6d 64 2e 63 6f 75 70 6c 69 6e 67 5f 2c | .1)\npl.imshow(ot_emd.coupling_, |
25bc0 | 20 2a 2a 70 61 72 61 6d 5f 69 6d 67 29 5c 6e 70 6c 2e 78 74 69 63 6b 73 28 5b 5d 29 5c 6e 70 6c | .**param_img)\npl.xticks([])\npl |
25be0 | 2e 79 74 69 63 6b 73 28 5b 5d 29 5c 6e 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 4f 70 74 69 6d 61 6c 20 63 | .yticks([])\npl.title('Optimal.c |
25c00 | 6f 75 70 6c 69 6e 67 5c 5c 6e 45 4d 44 54 72 61 6e 73 70 6f 72 74 27 29 5c 6e 5c 6e 70 6c 2e 66 | oupling\\nEMDTransport')\n\npl.f |
25c20 | 69 67 75 72 65 28 32 2c 20 66 69 67 73 69 7a 65 3d 28 31 35 2c 20 38 29 29 5c 6e 70 6c 2e 73 75 | igure(2,.figsize=(15,.8))\npl.su |
25c40 | 62 70 6c 6f 74 28 32 2c 20 33 2c 20 32 29 5c 6e 70 6c 2e 69 6d 73 68 6f 77 28 6f 74 5f 73 69 6e | bplot(2,.3,.2)\npl.imshow(ot_sin |
25c60 | 6b 68 6f 72 6e 2e 63 6f 75 70 6c 69 6e 67 5f 2c 20 2a 2a 70 61 72 61 6d 5f 69 6d 67 29 5c 6e 70 | khorn.coupling_,.**param_img)\np |
25c80 | 6c 2e 78 74 69 63 6b 73 28 5b 5d 29 5c 6e 70 6c 2e 79 74 69 63 6b 73 28 5b 5d 29 5c 6e 70 6c 2e | l.xticks([])\npl.yticks([])\npl. |
25ca0 | 74 69 74 6c 65 28 27 4f 70 74 69 6d 61 6c 20 63 6f 75 70 6c 69 6e 67 5c 5c 6e 53 69 6e 6b 68 6f | title('Optimal.coupling\\nSinkho |
25cc0 | 72 6e 54 72 61 6e 73 70 6f 72 74 27 29 5c 6e 5c 6e 70 6c 2e 73 75 62 70 6c 6f 74 28 32 2c 20 33 | rnTransport')\n\npl.subplot(2,.3 |
25ce0 | 2c 20 33 29 5c 6e 70 6c 2e 69 6d 73 68 6f 77 28 6f 74 5f 65 6d 64 5f 6c 61 70 6c 61 63 65 2e 63 | ,.3)\npl.imshow(ot_emd_laplace.c |
25d00 | 6f 75 70 6c 69 6e 67 5f 2c 20 2a 2a 70 61 72 61 6d 5f 69 6d 67 29 5c 6e 70 6c 2e 78 74 69 63 6b | oupling_,.**param_img)\npl.xtick |
25d20 | 73 28 5b 5d 29 5c 6e 70 6c 2e 79 74 69 63 6b 73 28 5b 5d 29 5c 6e 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 | s([])\npl.yticks([])\npl.title(' |
25d40 | 4f 70 74 69 6d 61 6c 20 63 6f 75 70 6c 69 6e 67 5c 5c 6e 45 4d 44 4c 61 70 6c 61 63 65 54 72 61 | Optimal.coupling\\nEMDLaplaceTra |
25d60 | 6e 73 70 6f 72 74 27 29 5c 6e 5c 6e 70 6c 2e 73 75 62 70 6c 6f 74 28 32 2c 20 33 2c 20 34 29 5c | nsport')\n\npl.subplot(2,.3,.4)\ |
25d80 | 6e 70 6c 2e 73 63 61 74 74 65 72 28 58 74 5b 3a 2c 20 30 5d 2c 20 58 74 5b 3a 2c 20 31 5d 2c 20 | npl.scatter(Xt[:,.0],.Xt[:,.1],. |
25da0 | 63 3d 79 74 2c 20 6d 61 72 6b 65 72 3d 27 6f 27 2c 5c 6e 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 6c 61 | c=yt,.marker='o',\n...........la |
25dc0 | 62 65 6c 3d 27 54 61 72 67 65 74 20 73 61 6d 70 6c 65 73 27 2c 20 61 6c 70 68 61 3d 30 2e 33 29 | bel='Target.samples',.alpha=0.3) |
25de0 | 5c 6e 70 6c 2e 73 63 61 74 74 65 72 28 74 72 61 6e 73 70 5f 58 73 5f 65 6d 64 5b 3a 2c 20 30 5d | \npl.scatter(transp_Xs_emd[:,.0] |
25e00 | 2c 20 74 72 61 6e 73 70 5f 58 73 5f 65 6d 64 5b 3a 2c 20 31 5d 2c 20 63 3d 79 73 2c 5c 6e 20 20 | ,.transp_Xs_emd[:,.1],.c=ys,\n.. |
25e20 | 20 20 20 20 20 20 20 20 20 6d 61 72 6b 65 72 3d 27 2b 27 2c 20 6c 61 62 65 6c 3d 27 54 72 61 6e | .........marker='+',.label='Tran |
25e40 | 73 70 20 73 61 6d 70 6c 65 73 27 2c 20 73 3d 33 30 29 5c 6e 70 6c 2e 78 74 69 63 6b 73 28 5b 5d | sp.samples',.s=30)\npl.xticks([] |
25e60 | 29 5c 6e 70 6c 2e 79 74 69 63 6b 73 28 5b 5d 29 5c 6e 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 54 72 61 6e | )\npl.yticks([])\npl.title('Tran |
25e80 | 73 70 6f 72 74 65 64 20 73 61 6d 70 6c 65 73 5c 5c 6e 45 6d 64 54 72 61 6e 73 70 6f 72 74 27 29 | sported.samples\\nEmdTransport') |
25ea0 | 5c 6e 70 6c 2e 6c 65 67 65 6e 64 28 6c 6f 63 3d 5c 22 6c 6f 77 65 72 20 6c 65 66 74 5c 22 29 5c | \npl.legend(loc=\"lower.left\")\ |
25ec0 | 6e 5c 6e 70 6c 2e 73 75 62 70 6c 6f 74 28 32 2c 20 33 2c 20 35 29 5c 6e 70 6c 2e 73 63 61 74 74 | n\npl.subplot(2,.3,.5)\npl.scatt |
25ee0 | 65 72 28 58 74 5b 3a 2c 20 30 5d 2c 20 58 74 5b 3a 2c 20 31 5d 2c 20 63 3d 79 74 2c 20 6d 61 72 | er(Xt[:,.0],.Xt[:,.1],.c=yt,.mar |
25f00 | 6b 65 72 3d 27 6f 27 2c 5c 6e 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 6c 61 62 65 6c 3d 27 54 61 72 67 | ker='o',\n...........label='Targ |
25f20 | 65 74 20 73 61 6d 70 6c 65 73 27 2c 20 61 6c 70 68 61 3d 30 2e 33 29 5c 6e 70 6c 2e 73 63 61 74 | et.samples',.alpha=0.3)\npl.scat |
25f40 | 74 65 72 28 74 72 61 6e 73 70 5f 58 73 5f 73 69 6e 6b 68 6f 72 6e 5b 3a 2c 20 30 5d 2c 20 74 72 | ter(transp_Xs_sinkhorn[:,.0],.tr |
25f60 | 61 6e 73 70 5f 58 73 5f 73 69 6e 6b 68 6f 72 6e 5b 3a 2c 20 31 5d 2c 20 63 3d 79 73 2c 5c 6e 20 | ansp_Xs_sinkhorn[:,.1],.c=ys,\n. |
25f80 | 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 6d 61 72 6b 65 72 3d 27 2b 27 2c 20 6c 61 62 65 6c 3d 27 54 72 61 | ..........marker='+',.label='Tra |
25fa0 | 6e 73 70 20 73 61 6d 70 6c 65 73 27 2c 20 73 3d 33 30 29 5c 6e 70 6c 2e 78 74 69 63 6b 73 28 5b | nsp.samples',.s=30)\npl.xticks([ |
25fc0 | 5d 29 5c 6e 70 6c 2e 79 74 69 63 6b 73 28 5b 5d 29 5c 6e 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 54 72 61 | ])\npl.yticks([])\npl.title('Tra |
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275c0 | 20 31 5d 29 5c 6e 70 6c 2e 78 6c 61 62 65 6c 28 27 52 65 64 27 29 5c 6e 70 6c 2e 79 6c 61 62 65 | .1])\npl.xlabel('Red')\npl.ylabe |
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276c0 | 20 7b 0a 20 20 20 20 20 20 22 63 65 6c 6c 5f 74 79 70 65 22 3a 20 22 63 6f 64 65 22 2c 0a 20 20 | .{......."cell_type":."code",... |
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27720 | 73 65 64 22 3a 20 66 61 6c 73 65 0a 20 20 20 20 20 20 7d 2c 0a 20 20 20 20 20 20 22 6f 75 74 70 | sed":.false.......},......."outp |
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27760 | 20 20 20 20 22 70 6c 2e 66 69 67 75 72 65 28 32 2c 20 66 69 67 73 69 7a 65 3d 28 31 30 2c 20 35 | ...."pl.figure(2,.figsize=(10,.5 |
27780 | 29 29 5c 6e 5c 6e 70 6c 2e 73 75 62 70 6c 6f 74 28 32 2c 20 33 2c 20 31 29 5c 6e 70 6c 2e 69 6d | ))\n\npl.subplot(2,.3,.1)\npl.im |
277a0 | 73 68 6f 77 28 49 31 29 5c 6e 70 6c 2e 61 78 69 73 28 27 6f 66 66 27 29 5c 6e 70 6c 2e 74 69 74 | show(I1)\npl.axis('off')\npl.tit |
277c0 | 6c 65 28 27 49 6d 2e 20 31 27 29 5c 6e 5c 6e 70 6c 2e 73 75 62 70 6c 6f 74 28 32 2c 20 33 2c 20 | le('Im..1')\n\npl.subplot(2,.3,. |
277e0 | 34 29 5c 6e 70 6c 2e 69 6d 73 68 6f 77 28 49 32 29 5c 6e 70 6c 2e 61 78 69 73 28 27 6f 66 66 27 | 4)\npl.imshow(I2)\npl.axis('off' |
27800 | 29 5c 6e 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 49 6d 2e 20 32 27 29 5c 6e 5c 6e 70 6c 2e 73 75 62 70 6c | )\npl.title('Im..2')\n\npl.subpl |
27820 | 6f 74 28 32 2c 20 33 2c 20 32 29 5c 6e 70 6c 2e 69 6d 73 68 6f 77 28 49 6d 61 67 65 5f 65 6d 64 | ot(2,.3,.2)\npl.imshow(Image_emd |
27840 | 29 5c 6e 70 6c 2e 61 78 69 73 28 27 6f 66 66 27 29 5c 6e 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 45 6d 64 | )\npl.axis('off')\npl.title('Emd |
27860 | 54 72 61 6e 73 70 6f 72 74 27 29 5c 6e 5c 6e 70 6c 2e 73 75 62 70 6c 6f 74 28 32 2c 20 33 2c 20 | Transport')\n\npl.subplot(2,.3,. |
27880 | 35 29 5c 6e 70 6c 2e 69 6d 73 68 6f 77 28 49 6d 61 67 65 5f 73 69 6e 6b 68 6f 72 6e 29 5c 6e 70 | 5)\npl.imshow(Image_sinkhorn)\np |
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28e20 | 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5d 2c 20 70 2c 20 6c 61 6d 62 64 61 73 | ...................],.p,.lambdas |
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28e80 | 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 6d 61 78 5f 69 74 65 72 3d 31 30 30 2c 20 74 6f 6c 3d 31 65 2d 33 | ..........max_iter=100,.tol=1e-3 |
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28f40 | 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5b 70 73 5b 30 5d 2c 20 70 73 5b 32 5d 5c 6e 20 20 20 20 20 20 20 20 | .........[ps[0],.ps[2]\n........ |
28f60 | 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 | ................................ |
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28fc0 | 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 6d 61 78 5f 69 | ...........................max_i |
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29080 | 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5b 70 73 5b 31 5d | ..........................[ps[1] |
290a0 | 2c 20 70 73 5b 33 5d 5c 6e 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 | ,.ps[3]\n....................... |
290c0 | 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5d 2c 20 70 2c 20 6c 61 6d 62 64 | .....................],.p,.lambd |
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29100 | 6e 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 | n............................... |
29120 | 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 6d 61 78 5f 69 74 65 72 3d 31 30 30 2c 20 74 6f 6c 3d 31 65 | ............max_iter=100,.tol=1e |
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2a3a0 | 00 00 00 00 00 b4 81 4e 58 01 00 70 6c 6f 74 5f 4f 54 5f 31 44 2e 69 70 79 6e 62 50 4b 01 02 14 | .......NX..plot_OT_1D.ipynbPK... |
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2a5c0 | 00 b4 81 6d 19 02 00 70 6c 6f 74 5f 6f 74 64 61 5f 6d 61 70 70 69 6e 67 2e 69 70 79 6e 62 50 4b | ...m...plot_otda_mapping.ipynbPK |
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2a6e0 | b4 81 bf 7b 02 00 70 6c 6f 74 5f 67 72 6f 6d 6f 76 5f 62 61 72 79 63 65 6e 74 65 72 2e 69 70 79 | ...{..plot_gromov_barycenter.ipy |
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