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| 2180 | 73 74 79 70 65 28 6e 70 2e 66 6c 6f 61 74 36 34 29 5b 3a 2c 20 3a 2c 20 32 5d 20 2f 20 32 35 36 | stype(np.float64)[:,.:,.2]./.256 |
| 21a0 | 0d 0a 73 74 61 72 20 3d 20 73 70 69 2e 69 6d 72 65 61 64 28 27 2e 2e 2f 64 61 74 61 2f 73 74 61 | ..star.=.spi.imread('../data/sta |
| 21c0 | 72 2e 70 6e 67 27 29 2e 61 73 74 79 70 65 28 6e 70 2e 66 6c 6f 61 74 36 34 29 5b 3a 2c 20 3a 2c | r.png').astype(np.float64)[:,.:, |
| 21e0 | 20 32 5d 20 2f 20 32 35 36 0d 0a 0d 0a 73 68 61 70 65 73 20 3d 20 5b 73 71 75 61 72 65 2c 20 63 | .2]./.256....shapes.=.[square,.c |
| 2200 | 72 6f 73 73 2c 20 74 72 69 61 6e 67 6c 65 2c 20 73 74 61 72 5d 0d 0a 0d 0a 53 20 3d 20 34 0d 0a | ross,.triangle,.star]....S.=.4.. |
| 2220 | 78 73 20 3d 20 5b 5b 5d 20 66 6f 72 20 69 20 69 6e 20 72 61 6e 67 65 28 53 29 5d 0d 0a 0d 0a 0d | xs.=.[[].for.i.in.range(S)]..... |
| 2240 | 0a 66 6f 72 20 6e 62 20 69 6e 20 72 61 6e 67 65 28 34 29 3a 0d 0a 20 20 20 20 66 6f 72 20 69 20 | .for.nb.in.range(4):......for.i. |
| 2260 | 69 6e 20 72 61 6e 67 65 28 38 29 3a 0d 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 66 6f 72 20 6a 20 69 6e 20 72 | in.range(8):..........for.j.in.r |
| 2280 | 61 6e 67 65 28 38 29 3a 0d 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 69 66 20 73 68 61 70 65 73 5b | ange(8):..............if.shapes[ |
| 22a0 | 6e 62 5d 5b 69 2c 20 6a 5d 20 3c 20 30 2e 39 35 3a 0d 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 | nb][i,.j].<.0.95:............... |
| 22c0 | 20 20 20 78 73 5b 6e 62 5d 2e 61 70 70 65 6e 64 28 5b 6a 2c 20 38 20 2d 20 69 5d 29 0d 0a 0d 0a | ...xs[nb].append([j,.8.-.i]).... |
| 22e0 | 78 73 20 3d 20 6e 70 2e 61 72 72 61 79 28 5b 6e 70 2e 61 72 72 61 79 28 78 73 5b 30 5d 29 2c 20 | xs.=.np.array([np.array(xs[0]),. |
| 2300 | 6e 70 2e 61 72 72 61 79 28 78 73 5b 31 5d 29 2c 0d 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 | np.array(xs[1]),................ |
| 2320 | 20 6e 70 2e 61 72 72 61 79 28 78 73 5b 32 5d 29 2c 20 6e 70 2e 61 72 72 61 79 28 78 73 5b 33 5d | .np.array(xs[2]),.np.array(xs[3] |
| 2340 | 29 5d 29 0d 0a 0d 0a 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | )])....######################### |
| 2360 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 2380 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 0d 0a 23 20 42 61 72 79 63 65 6e | #####################..#.Barycen |
| 23a0 | 74 65 72 20 63 6f 6d 70 75 74 61 74 69 6f 6e 0d 0a 23 20 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d | ter.computation..#.------------- |
| 23c0 | 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 0d 0a 0d 0a 0d 0a 6e 73 20 3d 20 5b 6c 65 6e 28 78 73 5b 73 5d 29 20 | ---------......ns.=.[len(xs[s]). |
| 23e0 | 66 6f 72 20 73 20 69 6e 20 72 61 6e 67 65 28 53 29 5d 0d 0a 6e 5f 73 61 6d 70 6c 65 73 20 3d 20 | for.s.in.range(S)]..n_samples.=. |
| 2400 | 33 30 0d 0a 0d 0a 22 22 22 43 6f 6d 70 75 74 65 20 61 6c 6c 20 64 69 73 74 61 6e 63 65 73 20 6d | 30...."""Compute.all.distances.m |
| 2420 | 61 74 72 69 63 65 73 20 66 6f 72 20 74 68 65 20 66 6f 75 72 20 73 68 61 70 65 73 22 22 22 0d 0a | atrices.for.the.four.shapes""".. |
| 2440 | 43 73 20 3d 20 5b 73 70 2e 73 70 61 74 69 61 6c 2e 64 69 73 74 61 6e 63 65 2e 63 64 69 73 74 28 | Cs.=.[sp.spatial.distance.cdist( |
| 2460 | 78 73 5b 73 5d 2c 20 78 73 5b 73 5d 29 20 66 6f 72 20 73 20 69 6e 20 72 61 6e 67 65 28 53 29 5d | xs[s],.xs[s]).for.s.in.range(S)] |
| 2480 | 0d 0a 43 73 20 3d 20 5b 63 73 20 2f 20 63 73 2e 6d 61 78 28 29 20 66 6f 72 20 63 73 20 69 6e 20 | ..Cs.=.[cs./.cs.max().for.cs.in. |
| 24a0 | 43 73 5d 0d 0a 0d 0a 70 73 20 3d 20 5b 6f 74 2e 75 6e 69 66 28 6e 73 5b 73 5d 29 20 66 6f 72 20 | Cs]....ps.=.[ot.unif(ns[s]).for. |
| 24c0 | 73 20 69 6e 20 72 61 6e 67 65 28 53 29 5d 0d 0a 70 20 3d 20 6f 74 2e 75 6e 69 66 28 6e 5f 73 61 | s.in.range(S)]..p.=.ot.unif(n_sa |
| 24e0 | 6d 70 6c 65 73 29 0d 0a 0d 0a 0d 0a 6c 61 6d 62 64 61 73 74 20 3d 20 5b 5b 66 6c 6f 61 74 28 69 | mples)......lambdast.=.[[float(i |
| 2500 | 29 20 2f 20 33 2c 20 66 6c 6f 61 74 28 33 20 2d 20 69 29 20 2f 20 33 5d 20 66 6f 72 20 69 20 69 | )./.3,.float(3.-.i)./.3].for.i.i |
| 2520 | 6e 20 5b 31 2c 20 32 5d 5d 0d 0a 0d 0a 43 74 30 31 20 3d 20 5b 30 20 66 6f 72 20 69 20 69 6e 20 | n.[1,.2]]....Ct01.=.[0.for.i.in. |
| 2540 | 72 61 6e 67 65 28 32 29 5d 0d 0a 66 6f 72 20 69 20 69 6e 20 72 61 6e 67 65 28 32 29 3a 0d 0a 20 | range(2)]..for.i.in.range(2):... |
| 2560 | 20 20 20 43 74 30 31 5b 69 5d 20 3d 20 6f 74 2e 67 72 6f 6d 6f 76 2e 67 72 6f 6d 6f 76 5f 62 61 | ...Ct01[i].=.ot.gromov.gromov_ba |
| 2580 | 72 79 63 65 6e 74 65 72 73 28 6e 5f 73 61 6d 70 6c 65 73 2c 20 5b 43 73 5b 30 5d 2c 20 43 73 5b | rycenters(n_samples,.[Cs[0],.Cs[ |
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| 25c0 | 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5b 70 73 5b 30 5d 2c 20 70 73 5b 31 5d 0d 0a | .................[ps[0],.ps[1].. |
| 25e0 | 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 | ................................ |
| 2600 | 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5d 2c 20 70 2c 20 6c 61 6d 62 64 61 73 74 5b 69 5d 2c 20 27 | ............],.p,.lambdast[i],.' |
| 2620 | 73 71 75 61 72 65 5f 6c 6f 73 73 27 2c 20 20 23 20 35 65 2d 34 2c 0d 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 | square_loss',..#.5e-4,.......... |
| 2640 | 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 | ................................ |
| 2660 | 20 20 20 6d 61 78 5f 69 74 65 72 3d 31 30 30 2c 20 74 6f 6c 3d 31 65 2d 33 29 0d 0a 0d 0a 43 74 | ...max_iter=100,.tol=1e-3)....Ct |
| 2680 | 30 32 20 3d 20 5b 30 20 66 6f 72 20 69 20 69 6e 20 72 61 6e 67 65 28 32 29 5d 0d 0a 66 6f 72 20 | 02.=.[0.for.i.in.range(2)]..for. |
| 26a0 | 69 20 69 6e 20 72 61 6e 67 65 28 32 29 3a 0d 0a 20 20 20 20 43 74 30 32 5b 69 5d 20 3d 20 6f 74 | i.in.range(2):......Ct02[i].=.ot |
| 26c0 | 2e 67 72 6f 6d 6f 76 2e 67 72 6f 6d 6f 76 5f 62 61 72 79 63 65 6e 74 65 72 73 28 6e 5f 73 61 6d | .gromov.gromov_barycenters(n_sam |
| 26e0 | 70 6c 65 73 2c 20 5b 43 73 5b 30 5d 2c 20 43 73 5b 32 5d 5d 2c 0d 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 20 | ples,.[Cs[0],.Cs[2]],........... |
| 2700 | 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 | ................................ |
| 2720 | 20 20 5b 70 73 5b 30 5d 2c 20 70 73 5b 32 5d 0d 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 | ..[ps[0],.ps[2]................. |
| 2740 | 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5d 2c 20 | .............................],. |
| 2760 | 70 2c 20 6c 61 6d 62 64 61 73 74 5b 69 5d 2c 20 27 73 71 75 61 72 65 5f 6c 6f 73 73 27 2c 20 20 | p,.lambdast[i],.'square_loss',.. |
| 2780 | 23 20 35 65 2d 34 2c 0d 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 | #.5e-4,......................... |
| 27a0 | 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 6d 61 78 5f 69 74 65 72 3d 31 30 30 | ....................max_iter=100 |
| 27c0 | 2c 20 74 6f 6c 3d 31 65 2d 33 29 0d 0a 0d 0a 43 74 31 33 20 3d 20 5b 30 20 66 6f 72 20 69 20 69 | ,.tol=1e-3)....Ct13.=.[0.for.i.i |
| 27e0 | 6e 20 72 61 6e 67 65 28 32 29 5d 0d 0a 66 6f 72 20 69 20 69 6e 20 72 61 6e 67 65 28 32 29 3a 0d | n.range(2)]..for.i.in.range(2):. |
| 2800 | 0a 20 20 20 20 43 74 31 33 5b 69 5d 20 3d 20 6f 74 2e 67 72 6f 6d 6f 76 2e 67 72 6f 6d 6f 76 5f | .....Ct13[i].=.ot.gromov.gromov_ |
| 2820 | 62 61 72 79 63 65 6e 74 65 72 73 28 6e 5f 73 61 6d 70 6c 65 73 2c 20 5b 43 73 5b 31 5d 2c 20 43 | barycenters(n_samples,.[Cs[1],.C |
| 2840 | 73 5b 33 5d 5d 2c 0d 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 | s[3]],.......................... |
| 2860 | 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5b 70 73 5b 31 5d 2c 20 70 73 5b 33 5d | ...................[ps[1],.ps[3] |
| 2880 | 0d 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 | ................................ |
| 28a0 | 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5d 2c 20 70 2c 20 6c 61 6d 62 64 61 73 74 5b 69 5d 2c | ..............],.p,.lambdast[i], |
| 28c0 | 20 27 73 71 75 61 72 65 5f 6c 6f 73 73 27 2c 20 20 23 20 35 65 2d 34 2c 0d 0a 20 20 20 20 20 20 | .'square_loss',..#.5e-4,........ |
| 28e0 | 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 | ................................ |
| 2900 | 20 20 20 20 20 6d 61 78 5f 69 74 65 72 3d 31 30 30 2c 20 74 6f 6c 3d 31 65 2d 33 29 0d 0a 0d 0a | .....max_iter=100,.tol=1e-3).... |
| 2920 | 43 74 32 33 20 3d 20 5b 30 20 66 6f 72 20 69 20 69 6e 20 72 61 6e 67 65 28 32 29 5d 0d 0a 66 6f | Ct23.=.[0.for.i.in.range(2)]..fo |
| 2940 | 72 20 69 20 69 6e 20 72 61 6e 67 65 28 32 29 3a 0d 0a 20 20 20 20 43 74 32 33 5b 69 5d 20 3d 20 | r.i.in.range(2):......Ct23[i].=. |
| 2960 | 6f 74 2e 67 72 6f 6d 6f 76 2e 67 72 6f 6d 6f 76 5f 62 61 72 79 63 65 6e 74 65 72 73 28 6e 5f 73 | ot.gromov.gromov_barycenters(n_s |
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| 29a0 | 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 | ................................ |
| 29c0 | 20 20 20 20 5b 70 73 5b 32 5d 2c 20 70 73 5b 33 5d 0d 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 | ....[ps[2],.ps[3]............... |
| 29e0 | 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5d | ...............................] |
| 2a00 | 2c 20 70 2c 20 6c 61 6d 62 64 61 73 74 5b 69 5d 2c 20 27 73 71 75 61 72 65 5f 6c 6f 73 73 27 2c | ,.p,.lambdast[i],.'square_loss', |
| 2a20 | 20 20 23 20 35 65 2d 34 2c 0d 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 | ..#.5e-4,....................... |
| 2a40 | 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 6d 61 78 5f 69 74 65 72 3d 31 | ......................max_iter=1 |
| 2a60 | 30 30 2c 20 74 6f 6c 3d 31 65 2d 33 29 0d 0a 0d 0a 0d 0a 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | 00,.tol=1e-3)......############# |
| 2a80 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 2aa0 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 2ac0 | 23 0d 0a 23 20 56 69 73 75 61 6c 69 7a 61 74 69 6f 6e 0d 0a 23 20 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d | #..#.Visualization..#.---------- |
| 2ae0 | 2d 2d 2d 0d 0a 23 0d 0a 23 20 54 68 65 20 50 43 41 20 68 65 6c 70 73 20 69 6e 20 67 65 74 74 69 | ---..#..#.The.PCA.helps.in.getti |
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| 2b60 | 20 5b 73 6d 61 63 6f 66 5f 6d 64 73 28 43 73 5b 73 5d 2c 20 32 29 20 66 6f 72 20 73 20 69 6e 20 | .[smacof_mds(Cs[s],.2).for.s.in. |
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| 2ba0 | 70 6f 73 74 30 31 20 3d 20 5b 73 6d 61 63 6f 66 5f 6d 64 73 28 43 74 30 31 5b 73 5d 2c 20 32 29 | post01.=.[smacof_mds(Ct01[s],.2) |
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| 2c20 | 2c 20 30 5d 0d 0a 6e 70 6f 73 74 30 32 20 3d 20 5b 73 6d 61 63 6f 66 5f 6d 64 73 28 43 74 30 32 | ,.0]..npost02.=.[smacof_mds(Ct02 |
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| 2ca0 | 31 33 20 3d 20 5b 30 2c 20 30 5d 0d 0a 6e 70 6f 73 74 31 33 20 3d 20 5b 73 6d 61 63 6f 66 5f 6d | 13.=.[0,.0]..npost13.=.[smacof_m |
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| 2d00 | 6e 70 6f 73 74 31 33 5b 73 5d 29 20 66 6f 72 20 73 20 69 6e 20 72 61 6e 67 65 28 32 29 5d 0d 0a | npost13[s]).for.s.in.range(2)].. |
| 2d20 | 0d 0a 6e 70 6f 73 74 32 33 20 3d 20 5b 30 2c 20 30 5d 0d 0a 6e 70 6f 73 74 32 33 20 3d 20 5b 73 | ..npost23.=.[0,.0]..npost23.=.[s |
| 2d40 | 6d 61 63 6f 66 5f 6d 64 73 28 43 74 32 33 5b 73 5d 2c 20 32 29 20 66 6f 72 20 73 20 69 6e 20 72 | macof_mds(Ct23[s],.2).for.s.in.r |
| 2d60 | 61 6e 67 65 28 32 29 5d 0d 0a 6e 70 6f 73 74 32 33 20 3d 20 5b 63 6c 66 2e 66 69 74 5f 74 72 61 | ange(2)]..npost23.=.[clf.fit_tra |
| 2d80 | 6e 73 66 6f 72 6d 28 6e 70 6f 73 74 32 33 5b 73 5d 29 20 66 6f 72 20 73 20 69 6e 20 72 61 6e 67 | nsform(npost23[s]).for.s.in.rang |
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| 3020 | 0a 70 6c 2e 79 6c 69 6d 28 28 2d 31 2c 20 31 29 29 0d 0a 61 78 35 2e 73 63 61 74 74 65 72 28 6e | .pl.ylim((-1,.1))..ax5.scatter(n |
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| 30a0 | 28 2d 31 2c 20 31 29 29 0d 0a 70 6c 2e 79 6c 69 6d 28 28 2d 31 2c 20 31 29 29 0d 0a 61 78 36 2e | (-1,.1))..pl.ylim((-1,.1))..ax6. |
| 30c0 | 73 63 61 74 74 65 72 28 6e 70 6f 73 74 31 33 5b 31 5d 5b 3a 2c 20 30 5d 2c 20 6e 70 6f 73 74 31 | scatter(npost13[1][:,.0],.npost1 |
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| 3120 | 0a 70 6c 2e 78 6c 69 6d 28 28 2d 31 2c 20 31 29 29 0d 0a 70 6c 2e 79 6c 69 6d 28 28 2d 31 2c 20 | .pl.xlim((-1,.1))..pl.ylim((-1,. |
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| 31c0 | 6c 69 6d 28 28 2d 31 2c 20 31 29 29 0d 0a 61 78 38 2e 73 63 61 74 74 65 72 28 6e 70 6f 73 74 31 | lim((-1,.1))..ax8.scatter(npost1 |
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| 3240 | 31 29 29 0d 0a 70 6c 2e 79 6c 69 6d 28 28 2d 31 2c 20 31 29 29 0d 0a 61 78 39 2e 73 63 61 74 74 | 1))..pl.ylim((-1,.1))..ax9.scatt |
| 3260 | 65 72 28 6e 70 6f 73 5b 32 5d 5b 3a 2c 20 30 5d 2c 20 6e 70 6f 73 5b 32 5d 5b 3a 2c 20 31 5d 2c | er(npos[2][:,.0],.npos[2][:,.1], |
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| 3480 | 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 0a 52 65 67 75 6c 61 72 69 | =======================.Regulari |
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| 34c0 | 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 0a 0a 49 | =============================..I |
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| 35a0 | 35 5d 5b 37 5d 2e 0a 0a 0a 5b 35 5d 20 4e 2e 20 43 6f 75 72 74 79 3b 20 52 2e 20 46 6c 61 6d 61 | 5][7]....[5].N..Courty;.R..Flama |
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| 35e0 | 70 74 69 6d 61 6c 20 54 72 61 6e 73 70 6f 72 74 20 66 6f 72 0a 44 6f 6d 61 69 6e 20 41 64 61 70 | ptimal.Transport.for.Domain.Adap |
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| 3620 | 50 61 74 74 65 72 6e 20 41 6e 61 6c 79 73 69 73 20 61 6e 64 20 4d 61 63 68 69 6e 65 0a 49 6e 74 | Pattern.Analysis.and.Machine.Int |
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| 3680 | 2c 20 4e 2e 2c 20 50 65 79 72 c3 a9 2c 20 47 2e 2c 20 26 20 41 75 6a 6f 6c 2c 20 4a 2e 20 46 2e | ,.N.,.Peyr..,.G.,.&.Aujol,.J..F. |
| 36a0 | 20 28 32 30 31 34 29 2e 0a 52 65 67 75 6c 61 72 69 7a 65 64 20 64 69 73 63 72 65 74 65 20 6f 70 | .(2014)..Regularized.discrete.op |
| 36c0 | 74 69 6d 61 6c 20 74 72 61 6e 73 70 6f 72 74 2e 20 53 49 41 4d 20 4a 6f 75 72 6e 61 6c 20 6f 6e | timal.transport..SIAM.Journal.on |
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| 3720 | 61 72 79 2c 20 52 2e 2c 20 26 20 43 6f 75 72 74 79 2c 20 4e 2e 20 28 32 30 31 35 29 2e 20 47 65 | ary,.R.,.&.Courty,.N..(2015)..Ge |
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| 37a0 | 35 31 30 2e 30 36 35 36 37 2e 0a 0a 0a 0a 22 22 22 0a 0a 69 6d 70 6f 72 74 20 6e 75 6d 70 79 20 | 510.06567....."""..import.numpy. |
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| 39c0 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 39e0 | 23 23 23 23 23 23 23 23 0a 23 20 53 6f 6c 76 65 20 45 4d 44 0a 23 20 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d | ########.#.Solve.EMD.#.--------- |
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| 3a20 | 0a 70 6c 2e 66 69 67 75 72 65 28 33 2c 20 66 69 67 73 69 7a 65 3d 28 35 2c 20 35 29 29 0a 6f 74 | .pl.figure(3,.figsize=(5,.5)).ot |
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| 3a80 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 3aa0 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 0a 23 20 53 6f 6c | ##########################.#.Sol |
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| 3ae0 | 61 72 69 7a 61 74 69 6f 6e 0a 23 20 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d | arization.#.-------------------- |
| 3b00 | 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 0a 0a 23 25 25 20 45 78 | ------------------------..#%%.Ex |
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| 3b80 | 20 20 20 20 72 65 74 75 72 6e 20 47 0a 0a 0a 72 65 67 20 3d 20 31 65 2d 31 0a 0a 47 6c 32 20 3d | ....return.G...reg.=.1e-1..Gl2.= |
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| 3c20 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 3c40 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 3c60 | 23 23 0a 23 20 53 6f 6c 76 65 20 45 4d 44 20 77 69 74 68 20 65 6e 74 72 6f 70 69 63 20 72 65 67 | ##.#.Solve.EMD.with.entropic.reg |
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| 3ca0 | 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 0a 0a 23 25 25 20 45 78 61 6d 70 6c | --------------------..#%%.Exampl |
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| 3d20 | 75 72 6e 20 6e 70 2e 6c 6f 67 28 47 29 20 2b 20 31 2e 0a 0a 0a 72 65 67 20 3d 20 31 65 2d 33 0a | urn.np.log(G).+.1....reg.=.1e-3. |
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| 3de0 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 3e00 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 0a 23 20 53 6f 6c 76 65 | ########################.#.Solve |
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| 3e60 | 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d | -------------------------------- |
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| 4740 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 0a 23 20 46 69 67 20 31 20 3a 20 70 | ####################.#.Fig.1.:.p |
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| 4c60 | 74 69 74 6c 65 28 27 4f 70 74 69 6d 61 6c 20 63 6f 75 70 6c 69 6e 67 5c 6e 53 69 6e 6b 68 6f 72 | title('Optimal.coupling\nSinkhor |
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| 4ec0 | 78 74 69 63 6b 73 28 5b 5d 29 0a 70 6c 2e 79 74 69 63 6b 73 28 5b 5d 29 0a 70 6c 2e 74 69 74 6c | xticks([]).pl.yticks([]).pl.titl |
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| 5060 | 74 5f 6c 61 79 6f 75 74 28 29 0a 0a 0a 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | t_layout()...################### |
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| 5b40 | 5f 73 69 6e 6b 68 6f 72 6e 5f 73 65 6d 69 20 3d 20 6f 74 5f 73 69 6e 6b 68 6f 72 6e 5f 73 65 6d | _sinkhorn_semi.=.ot_sinkhorn_sem |
| 5b60 | 69 2e 74 72 61 6e 73 66 6f 72 6d 28 58 73 3d 58 73 29 0a 0a 23 20 73 65 6d 69 20 73 75 70 65 72 | i.transform(Xs=Xs)..#.semi.super |
| 5b80 | 76 69 73 65 64 20 44 41 20 75 73 65 73 20 61 76 61 69 6c 61 62 6c 65 20 6c 61 62 61 6c 65 64 20 | vised.DA.uses.available.labaled. |
| 5ba0 | 74 61 72 67 65 74 20 73 61 6d 70 6c 65 73 20 74 6f 20 6d 6f 64 69 66 79 20 74 68 65 20 63 6f 73 | target.samples.to.modify.the.cos |
| 5bc0 | 74 0a 23 20 6d 61 74 72 69 78 20 69 6e 76 6f 6c 76 65 64 20 69 6e 20 74 68 65 20 4f 54 20 70 72 | t.#.matrix.involved.in.the.OT.pr |
| 5be0 | 6f 62 6c 65 6d 2e 20 54 68 65 20 63 6f 73 74 20 6f 66 20 74 72 61 6e 73 70 6f 72 74 69 6e 67 20 | oblem..The.cost.of.transporting. |
| 5c00 | 61 20 73 6f 75 72 63 65 20 73 61 6d 70 6c 65 0a 23 20 6f 66 20 63 6c 61 73 73 20 41 20 6f 6e 74 | a.source.sample.#.of.class.A.ont |
| 5c20 | 6f 20 61 20 74 61 72 67 65 74 20 73 61 6d 70 6c 65 20 6f 66 20 63 6c 61 73 73 20 42 20 21 3d 20 | o.a.target.sample.of.class.B.!=. |
| 5c40 | 41 20 69 73 20 73 65 74 20 74 6f 20 69 6e 66 69 6e 69 74 65 2c 20 6f 72 20 61 0a 23 20 76 65 72 | A.is.set.to.infinite,.or.a.#.ver |
| 5c60 | 79 20 6c 61 72 67 65 20 76 61 6c 75 65 0a 0a 23 20 6e 6f 74 65 20 74 68 61 74 20 69 6e 20 74 68 | y.large.value..#.note.that.in.th |
| 5c80 | 65 20 70 72 65 73 65 6e 74 20 63 61 73 65 20 77 65 20 63 6f 6e 73 69 64 65 72 20 74 68 61 74 20 | e.present.case.we.consider.that. |
| 5ca0 | 61 6c 6c 20 74 68 65 20 74 61 72 67 65 74 20 73 61 6d 70 6c 65 73 20 61 72 65 0a 23 20 6c 61 62 | all.the.target.samples.are.#.lab |
| 5cc0 | 65 6c 65 64 2e 20 46 6f 72 20 64 61 69 6c 79 20 61 70 70 6c 69 63 61 74 69 6f 6e 73 2c 20 73 6f | eled..For.daily.applications,.so |
| 5ce0 | 6d 65 20 74 61 72 67 65 74 20 73 61 6d 70 6c 65 20 6d 69 67 68 74 20 6e 6f 74 20 68 61 76 65 20 | me.target.sample.might.not.have. |
| 5d00 | 6c 61 62 65 6c 73 2c 0a 23 20 69 6e 20 74 68 69 73 20 63 61 73 65 20 74 68 65 20 65 6c 65 6d 65 | labels,.#.in.this.case.the.eleme |
| 5d20 | 6e 74 20 6f 66 20 79 74 20 63 6f 72 72 65 73 70 6f 6e 64 69 6e 67 20 74 6f 20 74 68 65 73 65 20 | nt.of.yt.corresponding.to.these. |
| 5d40 | 73 61 6d 70 6c 65 73 20 73 68 6f 75 6c 64 20 62 65 0a 23 20 66 69 6c 6c 65 64 20 77 69 74 68 20 | samples.should.be.#.filled.with. |
| 5d60 | 2d 31 2e 0a 0a 23 20 57 61 72 6e 69 6e 67 3a 20 77 65 20 72 65 63 61 6c 6c 20 74 68 61 74 20 2d | -1...#.Warning:.we.recall.that.- |
| 5d80 | 31 20 63 61 6e 6e 6f 74 20 62 65 20 75 73 65 64 20 61 73 20 61 20 63 6c 61 73 73 20 6c 61 62 65 | 1.cannot.be.used.as.a.class.labe |
| 5da0 | 6c 0a 0a 0a 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | l...############################ |
| 5dc0 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 5de0 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 0a 23 20 46 69 67 20 31 20 3a 20 70 6c 6f | ##################.#.Fig.1.:.plo |
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| 5e20 | 61 74 72 69 78 20 6f 66 20 70 61 69 72 77 69 73 65 20 64 69 73 74 61 6e 63 65 0a 23 20 2d 2d 2d | atrix.of.pairwise.distance.#.--- |
| 5e40 | 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d | -------------------------------- |
| 5e60 | 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d | -------------------------------- |
| 5e80 | 2d 2d 0a 0a 70 6c 2e 66 69 67 75 72 65 28 31 2c 20 66 69 67 73 69 7a 65 3d 28 31 30 2c 20 31 30 | --..pl.figure(1,.figsize=(10,.10 |
| 5ea0 | 29 29 0a 70 6c 2e 73 75 62 70 6c 6f 74 28 32 2c 20 32 2c 20 31 29 0a 70 6c 2e 73 63 61 74 74 65 | )).pl.subplot(2,.2,.1).pl.scatte |
| 5ec0 | 72 28 58 73 5b 3a 2c 20 30 5d 2c 20 58 73 5b 3a 2c 20 31 5d 2c 20 63 3d 79 73 2c 20 6d 61 72 6b | r(Xs[:,.0],.Xs[:,.1],.c=ys,.mark |
| 5ee0 | 65 72 3d 27 2b 27 2c 20 6c 61 62 65 6c 3d 27 53 6f 75 72 63 65 20 73 61 6d 70 6c 65 73 27 29 0a | er='+',.label='Source.samples'). |
| 5f00 | 70 6c 2e 78 74 69 63 6b 73 28 5b 5d 29 0a 70 6c 2e 79 74 69 63 6b 73 28 5b 5d 29 0a 70 6c 2e 6c | pl.xticks([]).pl.yticks([]).pl.l |
| 5f20 | 65 67 65 6e 64 28 6c 6f 63 3d 30 29 0a 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 53 6f 75 72 63 65 20 20 73 | egend(loc=0).pl.title('Source..s |
| 5f40 | 61 6d 70 6c 65 73 27 29 0a 0a 70 6c 2e 73 75 62 70 6c 6f 74 28 32 2c 20 32 2c 20 32 29 0a 70 6c | amples')..pl.subplot(2,.2,.2).pl |
| 5f60 | 2e 73 63 61 74 74 65 72 28 58 74 5b 3a 2c 20 30 5d 2c 20 58 74 5b 3a 2c 20 31 5d 2c 20 63 3d 79 | .scatter(Xt[:,.0],.Xt[:,.1],.c=y |
| 5f80 | 74 2c 20 6d 61 72 6b 65 72 3d 27 6f 27 2c 20 6c 61 62 65 6c 3d 27 54 61 72 67 65 74 20 73 61 6d | t,.marker='o',.label='Target.sam |
| 5fa0 | 70 6c 65 73 27 29 0a 70 6c 2e 78 74 69 63 6b 73 28 5b 5d 29 0a 70 6c 2e 79 74 69 63 6b 73 28 5b | ples').pl.xticks([]).pl.yticks([ |
| 5fc0 | 5d 29 0a 70 6c 2e 6c 65 67 65 6e 64 28 6c 6f 63 3d 30 29 0a 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 54 61 | ]).pl.legend(loc=0).pl.title('Ta |
| 5fe0 | 72 67 65 74 20 73 61 6d 70 6c 65 73 27 29 0a 0a 70 6c 2e 73 75 62 70 6c 6f 74 28 32 2c 20 32 2c | rget.samples')..pl.subplot(2,.2, |
| 6000 | 20 33 29 0a 70 6c 2e 69 6d 73 68 6f 77 28 6f 74 5f 73 69 6e 6b 68 6f 72 6e 5f 75 6e 2e 63 6f 73 | .3).pl.imshow(ot_sinkhorn_un.cos |
| 6020 | 74 5f 2c 20 69 6e 74 65 72 70 6f 6c 61 74 69 6f 6e 3d 27 6e 65 61 72 65 73 74 27 29 0a 70 6c 2e | t_,.interpolation='nearest').pl. |
| 6040 | 78 74 69 63 6b 73 28 5b 5d 29 0a 70 6c 2e 79 74 69 63 6b 73 28 5b 5d 29 0a 70 6c 2e 74 69 74 6c | xticks([]).pl.yticks([]).pl.titl |
| 6060 | 65 28 27 43 6f 73 74 20 6d 61 74 72 69 78 20 2d 20 75 6e 73 75 70 65 72 76 69 73 65 64 20 44 41 | e('Cost.matrix.-.unsupervised.DA |
| 6080 | 27 29 0a 0a 70 6c 2e 73 75 62 70 6c 6f 74 28 32 2c 20 32 2c 20 34 29 0a 70 6c 2e 69 6d 73 68 6f | ')..pl.subplot(2,.2,.4).pl.imsho |
| 60a0 | 77 28 6f 74 5f 73 69 6e 6b 68 6f 72 6e 5f 73 65 6d 69 2e 63 6f 73 74 5f 2c 20 69 6e 74 65 72 70 | w(ot_sinkhorn_semi.cost_,.interp |
| 60c0 | 6f 6c 61 74 69 6f 6e 3d 27 6e 65 61 72 65 73 74 27 29 0a 70 6c 2e 78 74 69 63 6b 73 28 5b 5d 29 | olation='nearest').pl.xticks([]) |
| 60e0 | 0a 70 6c 2e 79 74 69 63 6b 73 28 5b 5d 29 0a 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 43 6f 73 74 20 6d 61 | .pl.yticks([]).pl.title('Cost.ma |
| 6100 | 74 72 69 78 20 2d 20 73 65 6d 69 73 75 70 65 72 76 69 73 65 64 20 44 41 27 29 0a 0a 70 6c 2e 74 | trix.-.semisupervised.DA')..pl.t |
| 6120 | 69 67 68 74 5f 6c 61 79 6f 75 74 28 29 0a 0a 23 20 74 68 65 20 6f 70 74 69 6d 61 6c 20 63 6f 75 | ight_layout()..#.the.optimal.cou |
| 6140 | 70 6c 69 6e 67 20 69 6e 20 74 68 65 20 73 65 6d 69 2d 73 75 70 65 72 76 69 73 65 64 20 44 41 20 | pling.in.the.semi-supervised.DA. |
| 6160 | 63 61 73 65 20 77 69 6c 6c 20 65 78 68 69 62 69 74 20 22 20 73 68 61 70 65 0a 23 20 73 69 6d 69 | case.will.exhibit.".shape.#.simi |
| 6180 | 6c 61 72 22 20 74 6f 20 74 68 65 20 63 6f 73 74 20 6d 61 74 72 69 78 2c 20 28 62 6c 6f 63 6b 20 | lar".to.the.cost.matrix,.(block. |
| 61a0 | 64 69 61 67 6f 6e 61 6c 20 6d 61 74 72 69 78 29 0a 0a 0a 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | diagonal.matrix)...############# |
| 61c0 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 61e0 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 6200 | 23 0a 23 20 46 69 67 20 32 20 3a 20 70 6c 6f 74 73 20 6f 70 74 69 6d 61 6c 20 63 6f 75 70 6c 69 | #.#.Fig.2.:.plots.optimal.coupli |
| 6220 | 6e 67 73 20 66 6f 72 20 74 68 65 20 64 69 66 66 65 72 65 6e 74 20 6d 65 74 68 6f 64 73 0a 23 20 | ngs.for.the.different.methods.#. |
| 6240 | 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d | -------------------------------- |
| 6260 | 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 0a 0a 70 6c 2e 66 69 | -------------------------..pl.fi |
| 6280 | 67 75 72 65 28 32 2c 20 66 69 67 73 69 7a 65 3d 28 38 2c 20 34 29 29 0a 0a 70 6c 2e 73 75 62 70 | gure(2,.figsize=(8,.4))..pl.subp |
| 62a0 | 6c 6f 74 28 31 2c 20 32 2c 20 31 29 0a 70 6c 2e 69 6d 73 68 6f 77 28 6f 74 5f 73 69 6e 6b 68 6f | lot(1,.2,.1).pl.imshow(ot_sinkho |
| 62c0 | 72 6e 5f 75 6e 2e 63 6f 75 70 6c 69 6e 67 5f 2c 20 69 6e 74 65 72 70 6f 6c 61 74 69 6f 6e 3d 27 | rn_un.coupling_,.interpolation=' |
| 62e0 | 6e 65 61 72 65 73 74 27 29 0a 70 6c 2e 78 74 69 63 6b 73 28 5b 5d 29 0a 70 6c 2e 79 74 69 63 6b | nearest').pl.xticks([]).pl.ytick |
| 6300 | 73 28 5b 5d 29 0a 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 4f 70 74 69 6d 61 6c 20 63 6f 75 70 6c 69 6e 67 | s([]).pl.title('Optimal.coupling |
| 6320 | 5c 6e 55 6e 73 75 70 65 72 76 69 73 65 64 20 44 41 27 29 0a 0a 70 6c 2e 73 75 62 70 6c 6f 74 28 | \nUnsupervised.DA')..pl.subplot( |
| 6340 | 31 2c 20 32 2c 20 32 29 0a 70 6c 2e 69 6d 73 68 6f 77 28 6f 74 5f 73 69 6e 6b 68 6f 72 6e 5f 73 | 1,.2,.2).pl.imshow(ot_sinkhorn_s |
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| 6c20 | 6f 74 2e 70 6c 6f 74 2e 70 6c 6f 74 31 44 5f 6d 61 74 28 61 2c 20 62 2c 20 4d 2c 20 27 43 6f 73 | ot.plot.plot1D_mat(a,.b,.M,.'Cos |
| 6c40 | 74 20 6d 61 74 72 69 78 20 4d 27 29 0a 0a 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | t.matrix.M')..################## |
| 6c60 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 6c80 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 0a 23 20 53 | ############################.#.S |
| 6ca0 | 6f 6c 76 65 20 45 4d 44 0a 23 20 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 0a 0a 0a 23 25 25 20 45 4d 44 0a 0a | olve.EMD.#.---------...#%%.EMD.. |
| 6cc0 | 47 30 20 3d 20 6f 74 2e 65 6d 64 28 61 2c 20 62 2c 20 4d 29 0a 0a 70 6c 2e 66 69 67 75 72 65 28 | G0.=.ot.emd(a,.b,.M)..pl.figure( |
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| 6d20 | 0a 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | .############################### |
| 6d40 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
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| 6dc0 | 61 2c 20 62 2c 20 4d 2c 20 6c 61 6d 62 64 2c 20 76 65 72 62 6f 73 65 3d 54 72 75 65 29 0a 0a 70 | a,.b,.M,.lambd,.verbose=True)..p |
| 6de0 | 6c 2e 66 69 67 75 72 65 28 34 2c 20 66 69 67 73 69 7a 65 3d 28 35 2c 20 35 29 29 0a 6f 74 2e 70 | l.figure(4,.figsize=(5,.5)).ot.p |
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| 6e20 | 72 69 78 20 53 69 6e 6b 68 6f 72 6e 27 29 0a 0a 70 6c 2e 73 68 6f 77 28 29 0a 50 4b 03 04 14 00 | rix.Sinkhorn')..pl.show().PK.... |
| 6e40 | 00 00 00 00 33 72 d9 4e 6d 8a 53 18 e2 17 00 00 e2 17 00 00 12 00 00 00 70 6c 6f 74 5f 73 74 6f | ....3r.Nm.S.............plot_sto |
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| 6e80 | 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 0a 53 74 6f 63 68 61 73 74 69 63 20 65 78 61 6d 70 6c 65 73 0a 3d 3d 3d | ========.Stochastic.examples.=== |
| 6ea0 | 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 0a 0a 54 68 69 73 20 65 78 | =======================..This.ex |
| 6ec0 | 61 6d 70 6c 65 20 69 73 20 64 65 73 69 67 6e 65 64 20 74 6f 20 73 68 6f 77 20 68 6f 77 20 74 6f | ample.is.designed.to.show.how.to |
| 6ee0 | 20 75 73 65 20 74 68 65 20 73 74 6f 63 68 61 74 69 63 20 6f 70 74 69 6d 69 7a 61 74 69 6f 6e 0a | .use.the.stochatic.optimization. |
| 6f00 | 61 6c 67 6f 72 69 74 68 6d 73 20 66 6f 72 20 64 65 73 63 72 65 74 65 20 61 6e 64 20 73 65 6d 69 | algorithms.for.descrete.and.semi |
| 6f20 | 63 6f 6e 74 69 6e 6f 75 73 20 6d 65 61 73 75 72 65 73 20 66 72 6f 6d 20 74 68 65 20 50 4f 54 20 | continous.measures.from.the.POT. |
| 6f40 | 6c 69 62 72 61 72 79 2e 0a 0a 22 22 22 0a 0a 23 20 41 75 74 68 6f 72 3a 20 4b 69 6c 69 61 6e 20 | library..."""..#.Author:.Kilian. |
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| 6f80 | 0a 23 0a 23 20 4c 69 63 65 6e 73 65 3a 20 4d 49 54 20 4c 69 63 65 6e 73 65 0a 0a 69 6d 70 6f 72 | .#.#.License:.MIT.License..impor |
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| 6fe0 | 70 6c 6f 74 0a 0a 0a 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | plot...######################### |
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| 7020 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 0a 23 20 43 4f 4d 50 55 54 45 20 54 | ####################.#.COMPUTE.T |
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| 70a0 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 0a 23 23 23 23 23 23 23 | ########################.####### |
| 70c0 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 70e0 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 7100 | 23 23 23 23 23 23 0a 23 20 44 49 53 43 52 45 54 45 20 43 41 53 45 3a 0a 23 0a 23 20 53 61 6d 70 | ######.#.DISCRETE.CASE:.#.#.Samp |
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| 7160 | 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 0a 23 | ------------------------------.# |
| 7180 | 0a 23 20 44 65 66 69 6e 65 20 32 20 64 69 73 63 72 65 74 65 20 6d 65 61 73 75 72 65 73 20 61 20 | .#.Define.2.discrete.measures.a. |
| 71a0 | 61 6e 64 20 62 2c 20 74 68 65 20 70 6f 69 6e 74 73 20 77 68 65 72 65 20 61 72 65 20 64 65 66 69 | and.b,.the.points.where.are.defi |
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| 71e0 | 6d 65 61 73 75 72 65 73 20 61 6e 64 20 66 69 6e 61 6c 6c 79 20 74 68 65 20 63 6f 73 74 20 6d 61 | measures.and.finally.the.cost.ma |
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| 7220 | 20 34 0a 72 65 67 20 3d 20 31 0a 6e 75 6d 49 74 65 72 6d 61 78 20 3d 20 31 30 30 30 0a 0a 61 20 | .4.reg.=.1.numItermax.=.1000..a. |
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| 7280 | 72 61 6e 64 6f 6d 2e 52 61 6e 64 6f 6d 53 74 61 74 65 28 30 29 0a 58 5f 73 6f 75 72 63 65 20 3d | random.RandomState(0).X_source.= |
| 72a0 | 20 72 6e 67 2e 72 61 6e 64 6e 28 6e 5f 73 6f 75 72 63 65 2c 20 32 29 0a 59 5f 74 61 72 67 65 74 | .rng.randn(n_source,.2).Y_target |
| 72c0 | 20 3d 20 72 6e 67 2e 72 61 6e 64 6e 28 6e 5f 74 61 72 67 65 74 2c 20 32 29 0a 4d 20 3d 20 6f 74 | .=.rng.randn(n_target,.2).M.=.ot |
| 72e0 | 2e 64 69 73 74 28 58 5f 73 6f 75 72 63 65 2c 20 59 5f 74 61 72 67 65 74 29 0a 0a 23 23 23 23 23 | .dist(X_source,.Y_target)..##### |
| 7300 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 7320 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 7340 | 23 23 23 23 23 23 23 23 0a 23 0a 23 20 43 61 6c 6c 20 74 68 65 20 22 53 41 47 22 20 6d 65 74 68 | ########.#.#.Call.the."SAG".meth |
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| 73a0 | 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d | -------------------------------- |
| 73c0 | 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 0a 23 0a 23 20 44 65 66 69 6e 65 20 74 68 65 20 6d 65 74 68 6f 64 20 | ---------.#.#.Define.the.method. |
| 73e0 | 22 53 41 47 22 2c 20 63 61 6c 6c 20 6f 74 2e 73 6f 6c 76 65 5f 73 65 6d 69 5f 64 75 61 6c 5f 65 | "SAG",.call.ot.solve_semi_dual_e |
| 7400 | 6e 74 72 6f 70 69 63 20 61 6e 64 20 70 6c 6f 74 20 74 68 65 0a 23 20 72 65 73 75 6c 74 73 2e 0a | ntropic.and.plot.the.#.results.. |
| 7420 | 0a 6d 65 74 68 6f 64 20 3d 20 22 53 41 47 22 0a 73 61 67 5f 70 69 20 3d 20 6f 74 2e 73 74 6f 63 | .method.=."SAG".sag_pi.=.ot.stoc |
| 7440 | 68 61 73 74 69 63 2e 73 6f 6c 76 65 5f 73 65 6d 69 5f 64 75 61 6c 5f 65 6e 74 72 6f 70 69 63 28 | hastic.solve_semi_dual_entropic( |
| 7460 | 61 2c 20 62 2c 20 4d 2c 20 72 65 67 2c 20 6d 65 74 68 6f 64 2c 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 | a,.b,.M,.reg,.method,........... |
| 7480 | 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 | ................................ |
| 74a0 | 20 20 20 20 20 20 6e 75 6d 49 74 65 72 6d 61 78 29 0a 70 72 69 6e 74 28 73 61 67 5f 70 69 29 0a | ......numItermax).print(sag_pi). |
| 74c0 | 0a 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | .############################### |
| 74e0 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 7500 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 0a 23 20 53 45 4d 49 43 4f 4e 54 49 4e 4f 55 53 20 43 | ##############.#.SEMICONTINOUS.C |
| 7520 | 41 53 45 3a 0a 23 0a 23 20 53 61 6d 70 6c 65 20 6f 6e 65 20 67 65 6e 65 72 61 6c 20 6d 65 61 73 | ASE:.#.#.Sample.one.general.meas |
| 7540 | 75 72 65 20 61 2c 20 6f 6e 65 20 64 69 73 63 72 65 74 65 20 6d 65 61 73 75 72 65 73 20 62 20 66 | ure.a,.one.discrete.measures.b.f |
| 7560 | 6f 72 20 74 68 65 20 73 65 6d 69 63 6f 6e 74 69 6e 6f 75 73 0a 23 20 63 61 73 65 0a 23 20 2d 2d | or.the.semicontinous.#.case.#.-- |
| 7580 | 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d | -------------------------------- |
| 75a0 | 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 0a 23 0a 23 20 44 65 66 69 6e 65 20 6f 6e 65 20 67 65 6e 65 72 | -----------.#.#.Define.one.gener |
| 75c0 | 61 6c 20 6d 65 61 73 75 72 65 20 61 2c 20 6f 6e 65 20 64 69 73 63 72 65 74 65 20 6d 65 61 73 75 | al.measure.a,.one.discrete.measu |
| 75e0 | 72 65 73 20 62 2c 20 74 68 65 20 70 6f 69 6e 74 73 20 77 68 65 72 65 0a 23 20 61 72 65 20 64 65 | res.b,.the.points.where.#.are.de |
| 7600 | 66 69 6e 65 64 20 74 68 65 20 73 6f 75 72 63 65 20 61 6e 64 20 74 68 65 20 74 61 72 67 65 74 20 | fined.the.source.and.the.target. |
| 7620 | 6d 65 61 73 75 72 65 73 20 61 6e 64 20 66 69 6e 61 6c 6c 79 20 74 68 65 20 63 6f 73 74 20 6d 61 | measures.and.finally.the.cost.ma |
| 7640 | 74 72 69 78 20 63 2e 0a 0a 6e 5f 73 6f 75 72 63 65 20 3d 20 37 0a 6e 5f 74 61 72 67 65 74 20 3d | trix.c...n_source.=.7.n_target.= |
| 7660 | 20 34 0a 72 65 67 20 3d 20 31 0a 6e 75 6d 49 74 65 72 6d 61 78 20 3d 20 31 30 30 30 0a 6c 6f 67 | .4.reg.=.1.numItermax.=.1000.log |
| 7680 | 20 3d 20 54 72 75 65 0a 0a 61 20 3d 20 6f 74 2e 75 74 69 6c 73 2e 75 6e 69 66 28 6e 5f 73 6f 75 | .=.True..a.=.ot.utils.unif(n_sou |
| 76a0 | 72 63 65 29 0a 62 20 3d 20 6f 74 2e 75 74 69 6c 73 2e 75 6e 69 66 28 6e 5f 74 61 72 67 65 74 29 | rce).b.=.ot.utils.unif(n_target) |
| 76c0 | 0a 0a 72 6e 67 20 3d 20 6e 70 2e 72 61 6e 64 6f 6d 2e 52 61 6e 64 6f 6d 53 74 61 74 65 28 30 29 | ..rng.=.np.random.RandomState(0) |
| 76e0 | 0a 58 5f 73 6f 75 72 63 65 20 3d 20 72 6e 67 2e 72 61 6e 64 6e 28 6e 5f 73 6f 75 72 63 65 2c 20 | .X_source.=.rng.randn(n_source,. |
| 7700 | 32 29 0a 59 5f 74 61 72 67 65 74 20 3d 20 72 6e 67 2e 72 61 6e 64 6e 28 6e 5f 74 61 72 67 65 74 | 2).Y_target.=.rng.randn(n_target |
| 7720 | 2c 20 32 29 0a 4d 20 3d 20 6f 74 2e 64 69 73 74 28 58 5f 73 6f 75 72 63 65 2c 20 59 5f 74 61 72 | ,.2).M.=.ot.dist(X_source,.Y_tar |
| 7740 | 67 65 74 29 0a 0a 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | get)..########################## |
| 7760 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 7780 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 0a 23 0a 23 20 43 61 6c 6c 20 74 68 65 | ###################.#.#.Call.the |
| 77a0 | 20 22 41 53 47 44 22 20 6d 65 74 68 6f 64 20 74 6f 20 66 69 6e 64 20 74 68 65 20 74 72 61 6e 73 | ."ASGD".method.to.find.the.trans |
| 77c0 | 70 6f 72 74 61 74 69 6f 6e 20 6d 61 74 72 69 78 20 69 6e 20 74 68 65 20 73 65 6d 69 63 6f 6e 74 | portation.matrix.in.the.semicont |
| 77e0 | 69 6e 6f 75 73 0a 23 20 63 61 73 65 0a 23 20 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d | inous.#.case.#.----------------- |
| 7800 | 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 0a 23 0a 23 | ----------------------------.#.# |
| 7820 | 20 44 65 66 69 6e 65 20 74 68 65 20 6d 65 74 68 6f 64 20 22 41 53 47 44 22 2c 20 63 61 6c 6c 20 | .Define.the.method."ASGD",.call. |
| 7840 | 6f 74 2e 73 6f 6c 76 65 5f 73 65 6d 69 5f 64 75 61 6c 5f 65 6e 74 72 6f 70 69 63 20 61 6e 64 20 | ot.solve_semi_dual_entropic.and. |
| 7860 | 70 6c 6f 74 20 74 68 65 0a 23 20 72 65 73 75 6c 74 73 2e 0a 0a 6d 65 74 68 6f 64 20 3d 20 22 41 | plot.the.#.results...method.=."A |
| 7880 | 53 47 44 22 0a 61 73 67 64 5f 70 69 2c 20 6c 6f 67 5f 61 73 67 64 20 3d 20 6f 74 2e 73 74 6f 63 | SGD".asgd_pi,.log_asgd.=.ot.stoc |
| 78a0 | 68 61 73 74 69 63 2e 73 6f 6c 76 65 5f 73 65 6d 69 5f 64 75 61 6c 5f 65 6e 74 72 6f 70 69 63 28 | hastic.solve_semi_dual_entropic( |
| 78c0 | 61 2c 20 62 2c 20 4d 2c 20 72 65 67 2c 20 6d 65 74 68 6f 64 2c 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 | a,.b,.M,.reg,.method,........... |
| 78e0 | 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 | ................................ |
| 7900 | 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 6e 75 6d 49 74 65 72 6d 61 78 2c 20 6c 6f 67 | .................numItermax,.log |
| 7920 | 3d 6c 6f 67 29 0a 70 72 69 6e 74 28 6c 6f 67 5f 61 73 67 64 5b 27 61 6c 70 68 61 27 5d 2c 20 6c | =log).print(log_asgd['alpha'],.l |
| 7940 | 6f 67 5f 61 73 67 64 5b 27 62 65 74 61 27 5d 29 0a 70 72 69 6e 74 28 61 73 67 64 5f 70 69 29 0a | og_asgd['beta']).print(asgd_pi). |
| 7960 | 0a 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | .############################### |
| 7980 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 79a0 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 0a 23 0a 23 20 43 6f 6d 70 61 72 65 20 74 68 65 20 72 | ##############.#.#.Compare.the.r |
| 79c0 | 65 73 75 6c 74 73 20 77 69 74 68 20 74 68 65 20 53 69 6e 6b 68 6f 72 6e 20 61 6c 67 6f 72 69 74 | esults.with.the.Sinkhorn.algorit |
| 79e0 | 68 6d 0a 23 20 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d | hm.#.--------------------------- |
| 7a00 | 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 0a 23 0a 23 20 43 61 6c 6c 20 74 68 65 20 | ------------------.#.#.Call.the. |
| 7a20 | 53 69 6e 6b 68 6f 72 6e 20 61 6c 67 6f 72 69 74 68 6d 20 66 72 6f 6d 20 50 4f 54 0a 0a 73 69 6e | Sinkhorn.algorithm.from.POT..sin |
| 7a40 | 6b 68 6f 72 6e 5f 70 69 20 3d 20 6f 74 2e 73 69 6e 6b 68 6f 72 6e 28 61 2c 20 62 2c 20 4d 2c 20 | khorn_pi.=.ot.sinkhorn(a,.b,.M,. |
| 7a60 | 72 65 67 29 0a 70 72 69 6e 74 28 73 69 6e 6b 68 6f 72 6e 5f 70 69 29 0a 0a 0a 23 23 23 23 23 23 | reg).print(sinkhorn_pi)...###### |
| 7a80 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 7aa0 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 7ac0 | 23 23 23 23 23 23 23 23 0a 23 20 50 4c 4f 54 20 54 52 41 4e 53 50 4f 52 54 41 54 49 4f 4e 20 4d | ########.#.PLOT.TRANSPORTATION.M |
| 7ae0 | 41 54 52 49 58 0a 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ATRIX.########################## |
| 7b00 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 7b20 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 0a 0a 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ####################..########## |
| 7b40 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 7b60 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 7b80 | 23 23 23 23 0a 23 20 50 6c 6f 74 20 53 41 47 20 72 65 73 75 6c 74 73 0a 23 20 2d 2d 2d 2d 2d 2d | ####.#.Plot.SAG.results.#.------ |
| 7ba0 | 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 0a 0a 70 6c 2e 66 69 67 75 72 65 28 34 2c 20 66 69 67 73 69 7a 65 | ----------..pl.figure(4,.figsize |
| 7bc0 | 3d 28 35 2c 20 35 29 29 0a 6f 74 2e 70 6c 6f 74 2e 70 6c 6f 74 31 44 5f 6d 61 74 28 61 2c 20 62 | =(5,.5)).ot.plot.plot1D_mat(a,.b |
| 7be0 | 2c 20 73 61 67 5f 70 69 2c 20 27 73 65 6d 69 2d 64 75 61 6c 20 3a 20 4f 54 20 6d 61 74 72 69 78 | ,.sag_pi,.'semi-dual.:.OT.matrix |
| 7c00 | 20 53 41 47 27 29 0a 70 6c 2e 73 68 6f 77 28 29 0a 0a 0a 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | .SAG').pl.show()...############# |
| 7c20 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 7c40 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 7c60 | 23 0a 23 20 50 6c 6f 74 20 41 53 47 44 20 72 65 73 75 6c 74 73 0a 23 20 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d | #.#.Plot.ASGD.results.#.-------- |
| 7c80 | 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 0a 0a 70 6c 2e 66 69 67 75 72 65 28 34 2c 20 66 69 67 73 69 7a 65 3d | ---------..pl.figure(4,.figsize= |
| 7ca0 | 28 35 2c 20 35 29 29 0a 6f 74 2e 70 6c 6f 74 2e 70 6c 6f 74 31 44 5f 6d 61 74 28 61 2c 20 62 2c | (5,.5)).ot.plot.plot1D_mat(a,.b, |
| 7cc0 | 20 61 73 67 64 5f 70 69 2c 20 27 73 65 6d 69 2d 64 75 61 6c 20 3a 20 4f 54 20 6d 61 74 72 69 78 | .asgd_pi,.'semi-dual.:.OT.matrix |
| 7ce0 | 20 41 53 47 44 27 29 0a 70 6c 2e 73 68 6f 77 28 29 0a 0a 0a 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | .ASGD').pl.show()...############ |
| 7d00 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 7d20 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 7d40 | 23 23 0a 23 20 50 6c 6f 74 20 53 69 6e 6b 68 6f 72 6e 20 72 65 73 75 6c 74 73 0a 23 20 2d 2d 2d | ##.#.Plot.Sinkhorn.results.#.--- |
| 7d60 | 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 0a 0a 70 6c 2e 66 69 67 75 72 65 28 34 2c | ------------------..pl.figure(4, |
| 7d80 | 20 66 69 67 73 69 7a 65 3d 28 35 2c 20 35 29 29 0a 6f 74 2e 70 6c 6f 74 2e 70 6c 6f 74 31 44 5f | .figsize=(5,.5)).ot.plot.plot1D_ |
| 7da0 | 6d 61 74 28 61 2c 20 62 2c 20 73 69 6e 6b 68 6f 72 6e 5f 70 69 2c 20 27 4f 54 20 6d 61 74 72 69 | mat(a,.b,.sinkhorn_pi,.'OT.matri |
| 7dc0 | 78 20 53 69 6e 6b 68 6f 72 6e 27 29 0a 70 6c 2e 73 68 6f 77 28 29 0a 0a 0a 23 23 23 23 23 23 23 | x.Sinkhorn').pl.show()...####### |
| 7de0 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 7e00 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 7e20 | 23 23 23 23 23 23 0a 23 20 43 4f 4d 50 55 54 45 20 54 52 41 4e 53 50 4f 52 54 41 54 49 4f 4e 20 | ######.#.COMPUTE.TRANSPORTATION. |
| 7e40 | 4d 41 54 52 49 58 20 46 4f 52 20 44 55 41 4c 20 50 52 4f 42 4c 45 4d 0a 23 23 23 23 23 23 23 23 | MATRIX.FOR.DUAL.PROBLEM.######## |
| 7e60 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 7e80 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 7ea0 | 23 23 23 23 23 0a 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | #####.########################## |
| 7ec0 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 7ee0 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 0a 23 20 53 45 4d 49 43 4f 4e 54 49 4e | ###################.#.SEMICONTIN |
| 7f00 | 4f 55 53 20 43 41 53 45 3a 0a 23 0a 23 20 53 61 6d 70 6c 65 20 6f 6e 65 20 67 65 6e 65 72 61 6c | OUS.CASE:.#.#.Sample.one.general |
| 7f20 | 20 6d 65 61 73 75 72 65 20 61 2c 20 6f 6e 65 20 64 69 73 63 72 65 74 65 20 6d 65 61 73 75 72 65 | .measure.a,.one.discrete.measure |
| 7f40 | 73 20 62 20 66 6f 72 20 74 68 65 20 73 65 6d 69 63 6f 6e 74 69 6e 6f 75 73 0a 23 20 63 61 73 65 | s.b.for.the.semicontinous.#.case |
| 7f60 | 0a 23 20 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d | .#.----------------------------- |
| 7f80 | 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 0a 23 0a 23 20 44 65 66 69 6e 65 20 6f 6e 65 20 | ----------------.#.#.Define.one. |
| 7fa0 | 67 65 6e 65 72 61 6c 20 6d 65 61 73 75 72 65 20 61 2c 20 6f 6e 65 20 64 69 73 63 72 65 74 65 20 | general.measure.a,.one.discrete. |
| 7fc0 | 6d 65 61 73 75 72 65 73 20 62 2c 20 74 68 65 20 70 6f 69 6e 74 73 20 77 68 65 72 65 0a 23 20 61 | measures.b,.the.points.where.#.a |
| 7fe0 | 72 65 20 64 65 66 69 6e 65 64 20 74 68 65 20 73 6f 75 72 63 65 20 61 6e 64 20 74 68 65 20 74 61 | re.defined.the.source.and.the.ta |
| 8000 | 72 67 65 74 20 6d 65 61 73 75 72 65 73 20 61 6e 64 20 66 69 6e 61 6c 6c 79 20 74 68 65 20 63 6f | rget.measures.and.finally.the.co |
| 8020 | 73 74 20 6d 61 74 72 69 78 20 63 2e 0a 0a 6e 5f 73 6f 75 72 63 65 20 3d 20 37 0a 6e 5f 74 61 72 | st.matrix.c...n_source.=.7.n_tar |
| 8040 | 67 65 74 20 3d 20 34 0a 72 65 67 20 3d 20 31 0a 6e 75 6d 49 74 65 72 6d 61 78 20 3d 20 31 30 30 | get.=.4.reg.=.1.numItermax.=.100 |
| 8060 | 30 30 30 0a 6c 72 20 3d 20 30 2e 31 0a 62 61 74 63 68 5f 73 69 7a 65 20 3d 20 33 0a 6c 6f 67 20 | 000.lr.=.0.1.batch_size.=.3.log. |
| 8080 | 3d 20 54 72 75 65 0a 0a 61 20 3d 20 6f 74 2e 75 74 69 6c 73 2e 75 6e 69 66 28 6e 5f 73 6f 75 72 | =.True..a.=.ot.utils.unif(n_sour |
| 80a0 | 63 65 29 0a 62 20 3d 20 6f 74 2e 75 74 69 6c 73 2e 75 6e 69 66 28 6e 5f 74 61 72 67 65 74 29 0a | ce).b.=.ot.utils.unif(n_target). |
| 80c0 | 0a 72 6e 67 20 3d 20 6e 70 2e 72 61 6e 64 6f 6d 2e 52 61 6e 64 6f 6d 53 74 61 74 65 28 30 29 0a | .rng.=.np.random.RandomState(0). |
| 80e0 | 58 5f 73 6f 75 72 63 65 20 3d 20 72 6e 67 2e 72 61 6e 64 6e 28 6e 5f 73 6f 75 72 63 65 2c 20 32 | X_source.=.rng.randn(n_source,.2 |
| 8100 | 29 0a 59 5f 74 61 72 67 65 74 20 3d 20 72 6e 67 2e 72 61 6e 64 6e 28 6e 5f 74 61 72 67 65 74 2c | ).Y_target.=.rng.randn(n_target, |
| 8120 | 20 32 29 0a 4d 20 3d 20 6f 74 2e 64 69 73 74 28 58 5f 73 6f 75 72 63 65 2c 20 59 5f 74 61 72 67 | .2).M.=.ot.dist(X_source,.Y_targ |
| 8140 | 65 74 29 0a 0a 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | et)..########################### |
| 8160 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 8180 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 0a 23 0a 23 20 43 61 6c 6c 20 74 68 65 20 | ##################.#.#.Call.the. |
| 81a0 | 22 53 47 44 22 20 64 75 61 6c 20 6d 65 74 68 6f 64 20 74 6f 20 66 69 6e 64 20 74 68 65 20 74 72 | "SGD".dual.method.to.find.the.tr |
| 81c0 | 61 6e 73 70 6f 72 74 61 74 69 6f 6e 20 6d 61 74 72 69 78 20 69 6e 20 74 68 65 0a 23 20 73 65 6d | ansportation.matrix.in.the.#.sem |
| 81e0 | 69 63 6f 6e 74 69 6e 6f 75 73 20 63 61 73 65 0a 23 20 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d | icontinous.case.#.-------------- |
| 8200 | 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 0a | -------------------------------. |
| 8220 | 23 0a 23 20 43 61 6c 6c 20 6f 74 2e 73 6f 6c 76 65 5f 64 75 61 6c 5f 65 6e 74 72 6f 70 69 63 20 | #.#.Call.ot.solve_dual_entropic. |
| 8240 | 61 6e 64 20 70 6c 6f 74 20 74 68 65 20 72 65 73 75 6c 74 73 2e 0a 0a 73 67 64 5f 64 75 61 6c 5f | and.plot.the.results...sgd_dual_ |
| 8260 | 70 69 2c 20 6c 6f 67 5f 73 67 64 20 3d 20 6f 74 2e 73 74 6f 63 68 61 73 74 69 63 2e 73 6f 6c 76 | pi,.log_sgd.=.ot.stochastic.solv |
| 8280 | 65 5f 64 75 61 6c 5f 65 6e 74 72 6f 70 69 63 28 61 2c 20 62 2c 20 4d 2c 20 72 65 67 2c 0a 20 20 | e_dual_entropic(a,.b,.M,.reg,... |
| 82a0 | 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 | ................................ |
| 82c0 | 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 62 61 74 63 68 5f 73 69 7a | .......................batch_siz |
| 82e0 | 65 2c 20 6e 75 6d 49 74 65 72 6d 61 78 2c 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 | e,.numItermax,.................. |
| 8300 | 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 | ................................ |
| 8320 | 20 20 20 20 20 20 20 20 6c 72 2c 20 6c 6f 67 3d 6c 6f 67 29 0a 70 72 69 6e 74 28 6c 6f 67 5f 73 | ........lr,.log=log).print(log_s |
| 8340 | 67 64 5b 27 61 6c 70 68 61 27 5d 2c 20 6c 6f 67 5f 73 67 64 5b 27 62 65 74 61 27 5d 29 0a 70 72 | gd['alpha'],.log_sgd['beta']).pr |
| 8360 | 69 6e 74 28 73 67 64 5f 64 75 61 6c 5f 70 69 29 0a 0a 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | int(sgd_dual_pi)..############## |
| 8380 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 83a0 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 0a | ###############################. |
| 83c0 | 23 0a 23 20 43 6f 6d 70 61 72 65 20 74 68 65 20 72 65 73 75 6c 74 73 20 77 69 74 68 20 74 68 65 | #.#.Compare.the.results.with.the |
| 83e0 | 20 53 69 6e 6b 68 6f 72 6e 20 61 6c 67 6f 72 69 74 68 6d 0a 23 20 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d | .Sinkhorn.algorithm.#.---------- |
| 8400 | 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d | -------------------------------- |
| 8420 | 2d 2d 2d 0a 23 0a 23 20 43 61 6c 6c 20 74 68 65 20 53 69 6e 6b 68 6f 72 6e 20 61 6c 67 6f 72 69 | ---.#.#.Call.the.Sinkhorn.algori |
| 8440 | 74 68 6d 20 66 72 6f 6d 20 50 4f 54 0a 0a 73 69 6e 6b 68 6f 72 6e 5f 70 69 20 3d 20 6f 74 2e 73 | thm.from.POT..sinkhorn_pi.=.ot.s |
| 8460 | 69 6e 6b 68 6f 72 6e 28 61 2c 20 62 2c 20 4d 2c 20 72 65 67 29 0a 70 72 69 6e 74 28 73 69 6e 6b | inkhorn(a,.b,.M,.reg).print(sink |
| 8480 | 68 6f 72 6e 5f 70 69 29 0a 0a 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | horn_pi)..###################### |
| 84a0 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 84c0 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 0a 23 20 50 6c 6f 74 20 | ########################.#.Plot. |
| 84e0 | 20 53 47 44 20 72 65 73 75 6c 74 73 0a 23 20 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d | .SGD.results.#.----------------- |
| 8500 | 0a 0a 70 6c 2e 66 69 67 75 72 65 28 34 2c 20 66 69 67 73 69 7a 65 3d 28 35 2c 20 35 29 29 0a 6f | ..pl.figure(4,.figsize=(5,.5)).o |
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| 8540 | 5f 70 69 2c 20 27 64 75 61 6c 20 3a 20 4f 54 20 6d 61 74 72 69 78 20 53 47 44 27 29 0a 70 6c 2e | _pi,.'dual.:.OT.matrix.SGD').pl. |
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| 8ee0 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
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| 9560 | 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 0a 0a 54 68 69 73 20 65 78 61 6d 70 6c | ===================..This.exampl |
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| ab20 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
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| ac00 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 0a 23 20 53 6f 6c | ##########################.#.Sol |
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| ad00 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| ad20 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 0a 23 20 53 6f 6c 76 65 20 53 6d 6f | ####################.#.Solve.Smo |
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| ad60 | 6f 6f 74 68 20 4f 54 20 77 69 74 68 20 4b 4c 20 72 65 67 75 6c 61 72 69 7a 61 74 69 6f 6e 0a 0a | ooth.OT.with.KL.regularization.. |
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| ae60 | 20 31 65 2d 31 0a 47 73 6d 20 3d 20 6f 74 2e 73 6d 6f 6f 74 68 2e 73 6d 6f 6f 74 68 5f 6f 74 5f | .1e-1.Gsm.=.ot.smooth.smooth_ot_ |
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| b720 | 3d 31 65 2d 31 29 0a 6f 74 5f 73 69 6e 6b 68 6f 72 6e 2e 66 69 74 28 58 73 3d 58 73 2c 20 58 74 | =1e-1).ot_sinkhorn.fit(Xs=Xs,.Xt |
| b740 | 3d 58 74 29 0a 74 72 61 6e 73 70 5f 58 73 5f 73 69 6e 6b 68 6f 72 6e 20 3d 20 6f 74 5f 73 69 6e | =Xt).transp_Xs_sinkhorn.=.ot_sin |
| b760 | 6b 68 6f 72 6e 2e 74 72 61 6e 73 66 6f 72 6d 28 58 73 3d 58 31 29 0a 49 6d 61 67 65 5f 73 69 6e | khorn.transform(Xs=X1).Image_sin |
| b780 | 6b 68 6f 72 6e 20 3d 20 6d 69 6e 6d 61 78 28 6d 61 74 32 69 6d 28 74 72 61 6e 73 70 5f 58 73 5f | khorn.=.minmax(mat2im(transp_Xs_ |
| b7a0 | 73 69 6e 6b 68 6f 72 6e 2c 20 49 31 2e 73 68 61 70 65 29 29 0a 0a 6f 74 5f 6d 61 70 70 69 6e 67 | sinkhorn,.I1.shape))..ot_mapping |
| b7c0 | 5f 6c 69 6e 65 61 72 20 3d 20 6f 74 2e 64 61 2e 4d 61 70 70 69 6e 67 54 72 61 6e 73 70 6f 72 74 | _linear.=.ot.da.MappingTransport |
| b7e0 | 28 0a 20 20 20 20 6d 75 3d 31 65 30 2c 20 65 74 61 3d 31 65 2d 38 2c 20 62 69 61 73 3d 54 72 75 | (.....mu=1e0,.eta=1e-8,.bias=Tru |
| b800 | 65 2c 20 6d 61 78 5f 69 74 65 72 3d 32 30 2c 20 76 65 72 62 6f 73 65 3d 54 72 75 65 29 0a 6f 74 | e,.max_iter=20,.verbose=True).ot |
| b820 | 5f 6d 61 70 70 69 6e 67 5f 6c 69 6e 65 61 72 2e 66 69 74 28 58 73 3d 58 73 2c 20 58 74 3d 58 74 | _mapping_linear.fit(Xs=Xs,.Xt=Xt |
| b840 | 29 0a 0a 58 31 74 6c 20 3d 20 6f 74 5f 6d 61 70 70 69 6e 67 5f 6c 69 6e 65 61 72 2e 74 72 61 6e | )..X1tl.=.ot_mapping_linear.tran |
| b860 | 73 66 6f 72 6d 28 58 73 3d 58 31 29 0a 49 6d 61 67 65 5f 6d 61 70 70 69 6e 67 5f 6c 69 6e 65 61 | sform(Xs=X1).Image_mapping_linea |
| b880 | 72 20 3d 20 6d 69 6e 6d 61 78 28 6d 61 74 32 69 6d 28 58 31 74 6c 2c 20 49 31 2e 73 68 61 70 65 | r.=.minmax(mat2im(X1tl,.I1.shape |
| b8a0 | 29 29 0a 0a 6f 74 5f 6d 61 70 70 69 6e 67 5f 67 61 75 73 73 69 61 6e 20 3d 20 6f 74 2e 64 61 2e | ))..ot_mapping_gaussian.=.ot.da. |
| b8c0 | 4d 61 70 70 69 6e 67 54 72 61 6e 73 70 6f 72 74 28 0a 20 20 20 20 6d 75 3d 31 65 30 2c 20 65 74 | MappingTransport(.....mu=1e0,.et |
| b8e0 | 61 3d 31 65 2d 32 2c 20 73 69 67 6d 61 3d 31 2c 20 62 69 61 73 3d 46 61 6c 73 65 2c 20 6d 61 78 | a=1e-2,.sigma=1,.bias=False,.max |
| b900 | 5f 69 74 65 72 3d 31 30 2c 20 76 65 72 62 6f 73 65 3d 54 72 75 65 29 0a 6f 74 5f 6d 61 70 70 69 | _iter=10,.verbose=True).ot_mappi |
| b920 | 6e 67 5f 67 61 75 73 73 69 61 6e 2e 66 69 74 28 58 73 3d 58 73 2c 20 58 74 3d 58 74 29 0a 0a 58 | ng_gaussian.fit(Xs=Xs,.Xt=Xt)..X |
| b940 | 31 74 6e 20 3d 20 6f 74 5f 6d 61 70 70 69 6e 67 5f 67 61 75 73 73 69 61 6e 2e 74 72 61 6e 73 66 | 1tn.=.ot_mapping_gaussian.transf |
| b960 | 6f 72 6d 28 58 73 3d 58 31 29 20 20 23 20 75 73 65 20 74 68 65 20 65 73 74 69 6d 61 74 65 64 20 | orm(Xs=X1)..#.use.the.estimated. |
| b980 | 6d 61 70 70 69 6e 67 0a 49 6d 61 67 65 5f 6d 61 70 70 69 6e 67 5f 67 61 75 73 73 69 61 6e 20 3d | mapping.Image_mapping_gaussian.= |
| b9a0 | 20 6d 69 6e 6d 61 78 28 6d 61 74 32 69 6d 28 58 31 74 6e 2c 20 49 31 2e 73 68 61 70 65 29 29 0a | .minmax(mat2im(X1tn,.I1.shape)). |
| b9c0 | 0a 0a 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ..############################## |
| b9e0 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| ba00 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 0a 23 20 50 6c 6f 74 20 6f 72 69 67 69 6e 61 6c | ################.#.Plot.original |
| ba20 | 20 69 6d 61 67 65 73 0a 23 20 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 0a 0a | .images.#.--------------------.. |
| ba40 | 70 6c 2e 66 69 67 75 72 65 28 31 2c 20 66 69 67 73 69 7a 65 3d 28 36 2e 34 2c 20 33 29 29 0a 70 | pl.figure(1,.figsize=(6.4,.3)).p |
| ba60 | 6c 2e 73 75 62 70 6c 6f 74 28 31 2c 20 32 2c 20 31 29 0a 70 6c 2e 69 6d 73 68 6f 77 28 49 31 29 | l.subplot(1,.2,.1).pl.imshow(I1) |
| ba80 | 0a 70 6c 2e 61 78 69 73 28 27 6f 66 66 27 29 0a 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 49 6d 61 67 65 20 | .pl.axis('off').pl.title('Image. |
| baa0 | 31 27 29 0a 0a 70 6c 2e 73 75 62 70 6c 6f 74 28 31 2c 20 32 2c 20 32 29 0a 70 6c 2e 69 6d 73 68 | 1')..pl.subplot(1,.2,.2).pl.imsh |
| bac0 | 6f 77 28 49 32 29 0a 70 6c 2e 61 78 69 73 28 27 6f 66 66 27 29 0a 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 | ow(I2).pl.axis('off').pl.title(' |
| bae0 | 49 6d 61 67 65 20 32 27 29 0a 70 6c 2e 74 69 67 68 74 5f 6c 61 79 6f 75 74 28 29 0a 0a 0a 23 23 | Image.2').pl.tight_layout()...## |
| bb00 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| bb20 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| bb40 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 0a 23 20 50 6c 6f 74 20 70 69 78 65 6c 20 76 61 6c 75 65 73 | ############.#.Plot.pixel.values |
| bb60 | 20 64 69 73 74 72 69 62 75 74 69 6f 6e 0a 23 20 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d | .distribution.#.---------------- |
| bb80 | 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 0a 0a 70 6c 2e 66 69 67 75 72 65 28 32 2c 20 66 69 67 | --------------..pl.figure(2,.fig |
| bba0 | 73 69 7a 65 3d 28 36 2e 34 2c 20 35 29 29 0a 0a 70 6c 2e 73 75 62 70 6c 6f 74 28 31 2c 20 32 2c | size=(6.4,.5))..pl.subplot(1,.2, |
| bbc0 | 20 31 29 0a 70 6c 2e 73 63 61 74 74 65 72 28 58 73 5b 3a 2c 20 30 5d 2c 20 58 73 5b 3a 2c 20 32 | .1).pl.scatter(Xs[:,.0],.Xs[:,.2 |
| bbe0 | 5d 2c 20 63 3d 58 73 29 0a 70 6c 2e 61 78 69 73 28 5b 30 2c 20 31 2c 20 30 2c 20 31 5d 29 0a 70 | ],.c=Xs).pl.axis([0,.1,.0,.1]).p |
| bc00 | 6c 2e 78 6c 61 62 65 6c 28 27 52 65 64 27 29 0a 70 6c 2e 79 6c 61 62 65 6c 28 27 42 6c 75 65 27 | l.xlabel('Red').pl.ylabel('Blue' |
| bc20 | 29 0a 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 49 6d 61 67 65 20 31 27 29 0a 0a 70 6c 2e 73 75 62 70 6c 6f | ).pl.title('Image.1')..pl.subplo |
| bc40 | 74 28 31 2c 20 32 2c 20 32 29 0a 70 6c 2e 73 63 61 74 74 65 72 28 58 74 5b 3a 2c 20 30 5d 2c 20 | t(1,.2,.2).pl.scatter(Xt[:,.0],. |
| bc60 | 58 74 5b 3a 2c 20 32 5d 2c 20 63 3d 58 74 29 0a 70 6c 2e 61 78 69 73 28 5b 30 2c 20 31 2c 20 30 | Xt[:,.2],.c=Xt).pl.axis([0,.1,.0 |
| bc80 | 2c 20 31 5d 29 0a 70 6c 2e 78 6c 61 62 65 6c 28 27 52 65 64 27 29 0a 70 6c 2e 79 6c 61 62 65 6c | ,.1]).pl.xlabel('Red').pl.ylabel |
| bca0 | 28 27 42 6c 75 65 27 29 0a 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 49 6d 61 67 65 20 32 27 29 0a 70 6c 2e | ('Blue').pl.title('Image.2').pl. |
| bcc0 | 74 69 67 68 74 5f 6c 61 79 6f 75 74 28 29 0a 0a 0a 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | tight_layout()...############### |
| bce0 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| bd00 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 0a | ###############################. |
| bd20 | 23 20 50 6c 6f 74 20 74 72 61 6e 73 66 6f 72 6d 65 64 20 69 6d 61 67 65 73 0a 23 20 2d 2d 2d 2d | #.Plot.transformed.images.#.---- |
| bd40 | 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 0a 0a 70 6c 2e 66 69 67 75 72 65 28 32 | -------------------..pl.figure(2 |
| bd60 | 2c 20 66 69 67 73 69 7a 65 3d 28 31 30 2c 20 35 29 29 0a 0a 70 6c 2e 73 75 62 70 6c 6f 74 28 32 | ,.figsize=(10,.5))..pl.subplot(2 |
| bd80 | 2c 20 33 2c 20 31 29 0a 70 6c 2e 69 6d 73 68 6f 77 28 49 31 29 0a 70 6c 2e 61 78 69 73 28 27 6f | ,.3,.1).pl.imshow(I1).pl.axis('o |
| bda0 | 66 66 27 29 0a 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 49 6d 2e 20 31 27 29 0a 0a 70 6c 2e 73 75 62 70 6c | ff').pl.title('Im..1')..pl.subpl |
| bdc0 | 6f 74 28 32 2c 20 33 2c 20 34 29 0a 70 6c 2e 69 6d 73 68 6f 77 28 49 32 29 0a 70 6c 2e 61 78 69 | ot(2,.3,.4).pl.imshow(I2).pl.axi |
| bde0 | 73 28 27 6f 66 66 27 29 0a 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 49 6d 2e 20 32 27 29 0a 0a 70 6c 2e 73 | s('off').pl.title('Im..2')..pl.s |
| be00 | 75 62 70 6c 6f 74 28 32 2c 20 33 2c 20 32 29 0a 70 6c 2e 69 6d 73 68 6f 77 28 49 6d 61 67 65 5f | ubplot(2,.3,.2).pl.imshow(Image_ |
| be20 | 65 6d 64 29 0a 70 6c 2e 61 78 69 73 28 27 6f 66 66 27 29 0a 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 45 6d | emd).pl.axis('off').pl.title('Em |
| be40 | 64 54 72 61 6e 73 70 6f 72 74 27 29 0a 0a 70 6c 2e 73 75 62 70 6c 6f 74 28 32 2c 20 33 2c 20 35 | dTransport')..pl.subplot(2,.3,.5 |
| be60 | 29 0a 70 6c 2e 69 6d 73 68 6f 77 28 49 6d 61 67 65 5f 73 69 6e 6b 68 6f 72 6e 29 0a 70 6c 2e 61 | ).pl.imshow(Image_sinkhorn).pl.a |
| be80 | 78 69 73 28 27 6f 66 66 27 29 0a 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 53 69 6e 6b 68 6f 72 6e 54 72 61 | xis('off').pl.title('SinkhornTra |
| bea0 | 6e 73 70 6f 72 74 27 29 0a 0a 70 6c 2e 73 75 62 70 6c 6f 74 28 32 2c 20 33 2c 20 33 29 0a 70 6c | nsport')..pl.subplot(2,.3,.3).pl |
| bec0 | 2e 69 6d 73 68 6f 77 28 49 6d 61 67 65 5f 6d 61 70 70 69 6e 67 5f 6c 69 6e 65 61 72 29 0a 70 6c | .imshow(Image_mapping_linear).pl |
| bee0 | 2e 61 78 69 73 28 27 6f 66 66 27 29 0a 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 4d 61 70 70 69 6e 67 54 72 | .axis('off').pl.title('MappingTr |
| bf00 | 61 6e 73 70 6f 72 74 20 28 6c 69 6e 65 61 72 29 27 29 0a 0a 70 6c 2e 73 75 62 70 6c 6f 74 28 32 | ansport.(linear)')..pl.subplot(2 |
| bf20 | 2c 20 33 2c 20 36 29 0a 70 6c 2e 69 6d 73 68 6f 77 28 49 6d 61 67 65 5f 6d 61 70 70 69 6e 67 5f | ,.3,.6).pl.imshow(Image_mapping_ |
| bf40 | 67 61 75 73 73 69 61 6e 29 0a 70 6c 2e 61 78 69 73 28 27 6f 66 66 27 29 0a 70 6c 2e 74 69 74 6c | gaussian).pl.axis('off').pl.titl |
| bf60 | 65 28 27 4d 61 70 70 69 6e 67 54 72 61 6e 73 70 6f 72 74 20 28 67 61 75 73 73 69 61 6e 29 27 29 | e('MappingTransport.(gaussian)') |
| bf80 | 0a 70 6c 2e 74 69 67 68 74 5f 6c 61 79 6f 75 74 28 29 0a 0a 70 6c 2e 73 68 6f 77 28 29 0a 50 4b | .pl.tight_layout()..pl.show().PK |
| bfa0 | 03 04 14 00 00 00 00 00 33 72 d9 4e 90 0c 61 ee fa 07 00 00 fa 07 00 00 1f 00 00 00 70 6c 6f 74 | ........3r.N..a.............plot |
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| d8c0 | 65 6c 28 22 24 6a 24 22 2c 20 66 6f 6e 74 73 69 7a 65 3d 66 73 29 0a 70 6c 2e 79 6c 61 62 65 6c | el("$j$",.fontsize=fs).pl.ylabel |
| d8e0 | 28 22 24 69 24 22 2c 20 66 6f 6e 74 73 69 7a 65 3d 66 73 29 0a 0a 70 6c 2e 74 69 67 68 74 5f 6c | ("$i$",.fontsize=fs)..pl.tight_l |
| d900 | 61 79 6f 75 74 28 29 0a 70 6c 2e 73 68 6f 77 28 29 0a 50 4b 03 04 14 00 00 00 00 00 33 72 d9 4e | ayout().pl.show().PK........3r.N |
| d920 | ea 88 04 1c d5 18 00 00 d5 18 00 00 16 00 00 00 70 6c 6f 74 5f 62 61 72 79 63 65 6e 74 65 72 5f | ................plot_barycenter_ |
| d940 | 66 67 77 2e 70 79 23 20 2d 2a 2d 20 63 6f 64 69 6e 67 3a 20 75 74 66 2d 38 20 2d 2a 2d 0a 22 22 | fgw.py#.-*-.coding:.utf-8.-*-."" |
| d960 | 22 0a 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d | ".============================== |
| d980 | 3d 3d 3d 0a 50 6c 6f 74 20 67 72 61 70 68 73 27 20 62 61 72 79 63 65 6e 74 65 72 20 75 73 69 6e | ===.Plot.graphs'.barycenter.usin |
| d9a0 | 67 20 46 47 57 0a 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d | g.FGW.========================== |
| d9c0 | 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 0a 0a 54 68 69 73 20 65 78 61 6d 70 6c 65 20 69 6c 6c 75 73 74 72 61 74 65 | =======..This.example.illustrate |
| d9e0 | 73 20 74 68 65 20 63 6f 6d 70 75 74 61 74 69 6f 6e 20 62 61 72 79 63 65 6e 74 65 72 20 6f 66 20 | s.the.computation.barycenter.of. |
| da00 | 6c 61 62 65 6c 65 64 20 67 72 61 70 68 73 20 75 73 69 6e 67 20 46 47 57 0a 0a 52 65 71 75 69 72 | labeled.graphs.using.FGW..Requir |
| da20 | 65 73 20 6e 65 74 77 6f 72 6b 78 20 3e 3d 32 0a 0a 2e 2e 20 5b 31 38 5d 20 56 61 79 65 72 20 54 | es.networkx.>=2.....[18].Vayer.T |
| da40 | 69 74 6f 75 61 6e 2c 20 43 68 61 70 65 6c 20 4c 61 65 74 69 74 69 61 2c 20 46 6c 61 6d 61 72 79 | itouan,.Chapel.Laetitia,.Flamary |
| da60 | 20 52 7b 5c 27 65 7d 6d 69 2c 20 54 61 76 65 6e 61 72 64 20 52 6f 6d 61 69 6e 0a 20 20 20 20 20 | .R{\'e}mi,.Tavenard.Romain...... |
| da80 | 20 61 6e 64 20 43 6f 75 72 74 79 20 4e 69 63 6f 6c 61 73 0a 20 20 20 20 22 4f 70 74 69 6d 61 6c | .and.Courty.Nicolas....."Optimal |
| daa0 | 20 54 72 61 6e 73 70 6f 72 74 20 66 6f 72 20 73 74 72 75 63 74 75 72 65 64 20 64 61 74 61 20 77 | .Transport.for.structured.data.w |
| dac0 | 69 74 68 20 61 70 70 6c 69 63 61 74 69 6f 6e 20 6f 6e 20 67 72 61 70 68 73 22 0a 20 20 20 20 49 | ith.application.on.graphs".....I |
| dae0 | 6e 74 65 72 6e 61 74 69 6f 6e 61 6c 20 43 6f 6e 66 65 72 65 6e 63 65 20 6f 6e 20 4d 61 63 68 69 | nternational.Conference.on.Machi |
| db00 | 6e 65 20 4c 65 61 72 6e 69 6e 67 20 28 49 43 4d 4c 29 2e 20 32 30 31 39 2e 0a 0a 22 22 22 0a 0a | ne.Learning.(ICML)..2019...""".. |
| db20 | 23 20 41 75 74 68 6f 72 3a 20 54 69 74 6f 75 61 6e 20 56 61 79 65 72 20 3c 74 69 74 6f 75 61 6e | #.Author:.Titouan.Vayer.<titouan |
| db40 | 2e 76 61 79 65 72 40 69 72 69 73 61 2e 66 72 3e 0a 23 0a 23 20 4c 69 63 65 6e 73 65 3a 20 4d 49 | .vayer@irisa.fr>.#.#.License:.MI |
| db60 | 54 20 4c 69 63 65 6e 73 65 0a 0a 23 25 25 20 6c 6f 61 64 20 6c 69 62 72 61 72 69 65 73 0a 69 6d | T.License..#%%.load.libraries.im |
| db80 | 70 6f 72 74 20 6e 75 6d 70 79 20 61 73 20 6e 70 0a 69 6d 70 6f 72 74 20 6d 61 74 70 6c 6f 74 6c | port.numpy.as.np.import.matplotl |
| dba0 | 69 62 2e 70 79 70 6c 6f 74 20 61 73 20 70 6c 74 0a 69 6d 70 6f 72 74 20 6e 65 74 77 6f 72 6b 78 | ib.pyplot.as.plt.import.networkx |
| dbc0 | 20 61 73 20 6e 78 0a 69 6d 70 6f 72 74 20 6d 61 74 68 0a 66 72 6f 6d 20 73 63 69 70 79 2e 73 70 | .as.nx.import.math.from.scipy.sp |
| dbe0 | 61 72 73 65 2e 63 73 67 72 61 70 68 20 69 6d 70 6f 72 74 20 73 68 6f 72 74 65 73 74 5f 70 61 74 | arse.csgraph.import.shortest_pat |
| dc00 | 68 0a 69 6d 70 6f 72 74 20 6d 61 74 70 6c 6f 74 6c 69 62 2e 63 6f 6c 6f 72 73 20 61 73 20 6d 63 | h.import.matplotlib.colors.as.mc |
| dc20 | 6f 6c 0a 66 72 6f 6d 20 6d 61 74 70 6c 6f 74 6c 69 62 20 69 6d 70 6f 72 74 20 63 6d 0a 66 72 6f | ol.from.matplotlib.import.cm.fro |
| dc40 | 6d 20 6f 74 2e 67 72 6f 6d 6f 76 20 69 6d 70 6f 72 74 20 66 67 77 5f 62 61 72 79 63 65 6e 74 65 | m.ot.gromov.import.fgw_barycente |
| dc60 | 72 73 0a 23 25 25 20 47 72 61 70 68 20 66 75 6e 63 74 69 6f 6e 73 0a 0a 0a 64 65 66 20 66 69 6e | rs.#%%.Graph.functions...def.fin |
| dc80 | 64 5f 74 68 72 65 73 68 28 43 2c 20 69 6e 66 3d 30 2e 35 2c 20 73 75 70 3d 33 2c 20 73 74 65 70 | d_thresh(C,.inf=0.5,.sup=3,.step |
| dca0 | 3d 31 30 29 3a 0a 20 20 20 20 22 22 22 20 54 72 69 63 6b 20 74 6f 20 66 69 6e 64 20 74 68 65 20 | =10):.....""".Trick.to.find.the. |
| dcc0 | 61 64 65 71 75 61 74 65 20 74 68 72 65 73 68 6f 6c 64 73 20 66 72 6f 6d 20 77 68 65 72 65 20 76 | adequate.thresholds.from.where.v |
| dce0 | 61 6c 75 65 20 6f 66 20 74 68 65 20 43 20 6d 61 74 72 69 78 20 61 72 65 20 63 6f 6e 73 69 64 65 | alue.of.the.C.matrix.are.conside |
| dd00 | 72 65 64 20 63 6c 6f 73 65 20 65 6e 6f 75 67 68 20 74 6f 20 73 61 79 20 74 68 61 74 20 6e 6f 64 | red.close.enough.to.say.that.nod |
| dd20 | 65 73 20 61 72 65 20 63 6f 6e 6e 65 63 74 65 64 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 54 74 68 65 20 74 68 | es.are.connected.........Tthe.th |
| dd40 | 72 65 73 68 6f 6c 64 20 69 73 20 66 6f 75 6e 64 20 62 79 20 61 20 6c 69 6e 65 73 65 61 72 63 68 | reshold.is.found.by.a.linesearch |
| dd60 | 20 62 65 74 77 65 65 6e 20 76 61 6c 75 65 73 20 22 69 6e 66 22 20 61 6e 64 20 22 73 75 70 22 20 | .between.values."inf".and."sup". |
| dd80 | 77 69 74 68 20 22 73 74 65 70 22 20 74 68 72 65 73 68 6f 6c 64 73 20 74 65 73 74 65 64 2e 0a 20 | with."step".thresholds.tested... |
| dda0 | 20 20 20 20 20 20 20 54 68 65 20 6f 70 74 69 6d 61 6c 20 74 68 72 65 73 68 6f 6c 64 20 69 73 20 | .......The.optimal.threshold.is. |
| ddc0 | 74 68 65 20 6f 6e 65 20 77 68 69 63 68 20 6d 69 6e 69 6d 69 7a 65 73 20 74 68 65 20 72 65 63 6f | the.one.which.minimizes.the.reco |
| dde0 | 6e 73 74 72 75 63 74 69 6f 6e 20 65 72 72 6f 72 20 62 65 74 77 65 65 6e 20 74 68 65 20 73 68 6f | nstruction.error.between.the.sho |
| de00 | 72 74 65 73 74 5f 70 61 74 68 20 6d 61 74 72 69 78 20 63 6f 6d 69 6e 67 20 66 72 6f 6d 20 74 68 | rtest_path.matrix.coming.from.th |
| de20 | 65 20 74 68 72 65 73 68 6f 6c 64 65 64 20 61 64 6a 65 6e 63 79 20 6d 61 74 72 69 78 0a 20 20 20 | e.thresholded.adjency.matrix.... |
| de40 | 20 20 20 20 20 61 6e 64 20 74 68 65 20 6f 72 69 67 69 6e 61 6c 20 6d 61 74 72 69 78 2e 0a 20 20 | .....and.the.original.matrix.... |
| de60 | 20 20 50 61 72 61 6d 65 74 65 72 73 0a 20 20 20 20 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 0a 20 20 20 20 | ..Parameters.....----------..... |
| de80 | 43 20 3a 20 6e 64 61 72 72 61 79 2c 20 73 68 61 70 65 20 28 6e 5f 6e 6f 64 65 73 2c 6e 5f 6e 6f | C.:.ndarray,.shape.(n_nodes,n_no |
| dea0 | 64 65 73 29 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 54 68 65 20 73 74 72 75 63 74 75 72 65 20 6d | des).............The.structure.m |
| dec0 | 61 74 72 69 78 20 74 6f 20 74 68 72 65 73 68 6f 6c 64 0a 20 20 20 20 69 6e 66 20 3a 20 66 6c 6f | atrix.to.threshold.....inf.:.flo |
| dee0 | 61 74 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 54 68 65 20 62 65 67 69 6e 6e 69 6e 67 20 6f 66 20 74 68 | at...........The.beginning.of.th |
| df00 | 65 20 6c 69 6e 65 73 65 61 72 63 68 0a 20 20 20 20 73 75 70 20 3a 20 66 6c 6f 61 74 0a 20 20 20 | e.linesearch.....sup.:.float.... |
| df20 | 20 20 20 20 20 20 20 54 68 65 20 65 6e 64 20 6f 66 20 74 68 65 20 6c 69 6e 65 73 65 61 72 63 68 | .......The.end.of.the.linesearch |
| df40 | 0a 20 20 20 20 73 74 65 70 20 3a 20 69 6e 74 65 67 65 72 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 | .....step.:.integer............. |
| df60 | 4e 75 6d 62 65 72 20 6f 66 20 74 68 72 65 73 68 6f 6c 64 73 20 74 65 73 74 65 64 0a 20 20 20 20 | Number.of.thresholds.tested..... |
| df80 | 22 22 22 0a 20 20 20 20 64 69 73 74 20 3d 20 5b 5d 0a 20 20 20 20 73 65 61 72 63 68 20 3d 20 6e | """.....dist.=.[].....search.=.n |
| dfa0 | 70 2e 6c 69 6e 73 70 61 63 65 28 69 6e 66 2c 20 73 75 70 2c 20 73 74 65 70 29 0a 20 20 20 20 66 | p.linspace(inf,.sup,.step).....f |
| dfc0 | 6f 72 20 74 68 72 65 73 68 20 69 6e 20 73 65 61 72 63 68 3a 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 43 70 72 | or.thresh.in.search:.........Cpr |
| dfe0 | 69 6d 65 20 3d 20 73 70 5f 74 6f 5f 61 64 6a 65 6e 63 79 28 43 2c 20 30 2c 20 74 68 72 65 73 68 | ime.=.sp_to_adjency(C,.0,.thresh |
| e000 | 29 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 53 43 20 3d 20 73 68 6f 72 74 65 73 74 5f 70 61 74 68 28 43 70 72 | ).........SC.=.shortest_path(Cpr |
| e020 | 69 6d 65 2c 20 6d 65 74 68 6f 64 3d 27 44 27 29 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 53 43 5b 53 43 20 3d | ime,.method='D').........SC[SC.= |
| e040 | 3d 20 66 6c 6f 61 74 28 27 69 6e 66 27 29 5d 20 3d 20 31 30 30 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 64 69 | =.float('inf')].=.100.........di |
| e060 | 73 74 2e 61 70 70 65 6e 64 28 6e 70 2e 6c 69 6e 61 6c 67 2e 6e 6f 72 6d 28 53 43 20 2d 20 43 29 | st.append(np.linalg.norm(SC.-.C) |
| e080 | 29 0a 20 20 20 20 72 65 74 75 72 6e 20 73 65 61 72 63 68 5b 6e 70 2e 61 72 67 6d 69 6e 28 64 69 | ).....return.search[np.argmin(di |
| e0a0 | 73 74 29 5d 2c 20 64 69 73 74 0a 0a 0a 64 65 66 20 73 70 5f 74 6f 5f 61 64 6a 65 6e 63 79 28 43 | st)],.dist...def.sp_to_adjency(C |
| e0c0 | 2c 20 74 68 72 65 73 68 69 6e 66 3d 30 2e 32 2c 20 74 68 72 65 73 68 73 75 70 3d 31 2e 38 29 3a | ,.threshinf=0.2,.threshsup=1.8): |
| e0e0 | 0a 20 20 20 20 22 22 22 20 54 68 72 65 73 68 6f 6c 64 73 20 74 68 65 20 73 74 72 75 63 74 75 72 | .....""".Thresholds.the.structur |
| e100 | 65 20 6d 61 74 72 69 78 20 69 6e 20 6f 72 64 65 72 20 74 6f 20 63 6f 6d 70 75 74 65 20 61 6e 20 | e.matrix.in.order.to.compute.an. |
| e120 | 61 64 6a 65 6e 63 79 20 6d 61 74 72 69 78 2e 0a 20 20 20 20 41 6c 6c 20 76 61 6c 75 65 73 20 62 | adjency.matrix......All.values.b |
| e140 | 65 74 77 65 65 6e 20 74 68 72 65 73 68 69 6e 66 20 61 6e 64 20 74 68 72 65 73 68 73 75 70 20 61 | etween.threshinf.and.threshsup.a |
| e160 | 72 65 20 63 6f 6e 73 69 64 65 72 65 64 20 72 65 70 72 65 73 65 6e 74 69 6e 67 20 63 6f 6e 6e 65 | re.considered.representing.conne |
| e180 | 63 74 65 64 20 6e 6f 64 65 73 20 61 6e 64 20 73 65 74 20 74 6f 20 31 2e 20 45 6c 73 65 20 61 72 | cted.nodes.and.set.to.1..Else.ar |
| e1a0 | 65 20 73 65 74 20 74 6f 20 30 0a 20 20 20 20 50 61 72 61 6d 65 74 65 72 73 0a 20 20 20 20 2d 2d | e.set.to.0.....Parameters.....-- |
| e1c0 | 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 0a 20 20 20 20 43 20 3a 20 6e 64 61 72 72 61 79 2c 20 73 68 61 70 65 20 | --------.....C.:.ndarray,.shape. |
| e1e0 | 28 6e 5f 6e 6f 64 65 73 2c 6e 5f 6e 6f 64 65 73 29 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 54 68 65 20 73 74 | (n_nodes,n_nodes).........The.st |
| e200 | 72 75 63 74 75 72 65 20 6d 61 74 72 69 78 20 74 6f 20 74 68 72 65 73 68 6f 6c 64 0a 20 20 20 20 | ructure.matrix.to.threshold..... |
| e220 | 74 68 72 65 73 68 69 6e 66 20 3a 20 66 6c 6f 61 74 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 54 68 65 20 6d 69 | threshinf.:.float.........The.mi |
| e240 | 6e 69 6d 75 6d 20 76 61 6c 75 65 20 6f 66 20 64 69 73 74 61 6e 63 65 20 66 72 6f 6d 20 77 68 69 | nimum.value.of.distance.from.whi |
| e260 | 63 68 20 74 68 65 20 6e 65 77 20 76 61 6c 75 65 20 69 73 20 73 65 74 20 74 6f 20 31 0a 20 20 20 | ch.the.new.value.is.set.to.1.... |
| e280 | 20 74 68 72 65 73 68 73 75 70 20 3a 20 66 6c 6f 61 74 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 54 68 65 20 6d | .threshsup.:.float.........The.m |
| e2a0 | 61 78 69 6d 75 6d 20 76 61 6c 75 65 20 6f 66 20 64 69 73 74 61 6e 63 65 20 66 72 6f 6d 20 77 68 | aximum.value.of.distance.from.wh |
| e2c0 | 69 63 68 20 74 68 65 20 6e 65 77 20 76 61 6c 75 65 20 69 73 20 73 65 74 20 74 6f 20 31 0a 20 20 | ich.the.new.value.is.set.to.1... |
| e2e0 | 20 20 52 65 74 75 72 6e 73 0a 20 20 20 20 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 0a 20 20 20 20 43 20 3a 20 6e 64 | ..Returns.....-------.....C.:.nd |
| e300 | 61 72 72 61 79 2c 20 73 68 61 70 65 20 28 6e 5f 6e 6f 64 65 73 2c 6e 5f 6e 6f 64 65 73 29 0a 20 | array,.shape.(n_nodes,n_nodes).. |
| e320 | 20 20 20 20 20 20 20 54 68 65 20 74 68 72 65 73 68 6f 6c 64 20 6d 61 74 72 69 78 2e 20 45 61 63 | .......The.threshold.matrix..Eac |
| e340 | 68 20 65 6c 65 6d 65 6e 74 20 69 73 20 69 6e 20 7b 30 2c 31 7d 0a 20 20 20 20 22 22 22 0a 20 20 | h.element.is.in.{0,1}....."""... |
| e360 | 20 20 48 20 3d 20 6e 70 2e 7a 65 72 6f 73 5f 6c 69 6b 65 28 43 29 0a 20 20 20 20 6e 70 2e 66 69 | ..H.=.np.zeros_like(C).....np.fi |
| e380 | 6c 6c 5f 64 69 61 67 6f 6e 61 6c 28 48 2c 20 6e 70 2e 64 69 61 67 6f 6e 61 6c 28 43 29 29 0a 20 | ll_diagonal(H,.np.diagonal(C)).. |
| e3a0 | 20 20 20 43 20 3d 20 43 20 2d 20 48 0a 20 20 20 20 43 20 3d 20 6e 70 2e 6d 69 6e 69 6d 75 6d 28 | ...C.=.C.-.H.....C.=.np.minimum( |
| e3c0 | 6e 70 2e 6d 61 78 69 6d 75 6d 28 43 2c 20 74 68 72 65 73 68 69 6e 66 29 2c 20 74 68 72 65 73 68 | np.maximum(C,.threshinf),.thresh |
| e3e0 | 73 75 70 29 0a 20 20 20 20 43 5b 43 20 3d 3d 20 74 68 72 65 73 68 73 75 70 5d 20 3d 20 30 0a 20 | sup).....C[C.==.threshsup].=.0.. |
| e400 | 20 20 20 43 5b 43 20 21 3d 20 30 5d 20 3d 20 31 0a 0a 20 20 20 20 72 65 74 75 72 6e 20 43 0a 0a | ...C[C.!=.0].=.1......return.C.. |
| e420 | 0a 64 65 66 20 62 75 69 6c 64 5f 6e 6f 69 73 79 5f 63 69 72 63 75 6c 61 72 5f 67 72 61 70 68 28 | .def.build_noisy_circular_graph( |
| e440 | 4e 3d 32 30 2c 20 6d 75 3d 30 2c 20 73 69 67 6d 61 3d 30 2e 33 2c 20 77 69 74 68 5f 6e 6f 69 73 | N=20,.mu=0,.sigma=0.3,.with_nois |
| e460 | 65 3d 46 61 6c 73 65 2c 20 73 74 72 75 63 74 75 72 65 5f 6e 6f 69 73 65 3d 46 61 6c 73 65 2c 20 | e=False,.structure_noise=False,. |
| e480 | 70 3d 4e 6f 6e 65 29 3a 0a 20 20 20 20 22 22 22 20 43 72 65 61 74 65 20 61 20 6e 6f 69 73 79 20 | p=None):.....""".Create.a.noisy. |
| e4a0 | 63 69 72 63 75 6c 61 72 20 67 72 61 70 68 0a 20 20 20 20 22 22 22 0a 20 20 20 20 67 20 3d 20 6e | circular.graph.....""".....g.=.n |
| e4c0 | 78 2e 47 72 61 70 68 28 29 0a 20 20 20 20 67 2e 61 64 64 5f 6e 6f 64 65 73 5f 66 72 6f 6d 28 6c | x.Graph().....g.add_nodes_from(l |
| e4e0 | 69 73 74 28 72 61 6e 67 65 28 4e 29 29 29 0a 20 20 20 20 66 6f 72 20 69 20 69 6e 20 72 61 6e 67 | ist(range(N))).....for.i.in.rang |
| e500 | 65 28 4e 29 3a 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 6e 6f 69 73 65 20 3d 20 66 6c 6f 61 74 28 6e 70 2e 72 | e(N):.........noise.=.float(np.r |
| e520 | 61 6e 64 6f 6d 2e 6e 6f 72 6d 61 6c 28 6d 75 2c 20 73 69 67 6d 61 2c 20 31 29 29 0a 20 20 20 20 | andom.normal(mu,.sigma,.1))..... |
| e540 | 20 20 20 20 69 66 20 77 69 74 68 5f 6e 6f 69 73 65 3a 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 67 | ....if.with_noise:.............g |
| e560 | 2e 61 64 64 5f 6e 6f 64 65 28 69 2c 20 61 74 74 72 5f 6e 61 6d 65 3d 6d 61 74 68 2e 73 69 6e 28 | .add_node(i,.attr_name=math.sin( |
| e580 | 28 32 20 2a 20 69 20 2a 20 6d 61 74 68 2e 70 69 20 2f 20 4e 29 29 20 2b 20 6e 6f 69 73 65 29 0a | (2.*.i.*.math.pi./.N)).+.noise). |
| e5a0 | 20 20 20 20 20 20 20 20 65 6c 73 65 3a 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 67 2e 61 64 64 5f | ........else:.............g.add_ |
| e5c0 | 6e 6f 64 65 28 69 2c 20 61 74 74 72 5f 6e 61 6d 65 3d 6d 61 74 68 2e 73 69 6e 28 32 20 2a 20 69 | node(i,.attr_name=math.sin(2.*.i |
| e5e0 | 20 2a 20 6d 61 74 68 2e 70 69 20 2f 20 4e 29 29 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 67 2e 61 64 64 5f 65 | .*.math.pi./.N)).........g.add_e |
| e600 | 64 67 65 28 69 2c 20 69 20 2b 20 31 29 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 69 66 20 73 74 72 75 63 74 75 | dge(i,.i.+.1).........if.structu |
| e620 | 72 65 5f 6e 6f 69 73 65 3a 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 72 61 6e 64 6f 6d 69 6e 74 20 | re_noise:.............randomint. |
| e640 | 3d 20 6e 70 2e 72 61 6e 64 6f 6d 2e 72 61 6e 64 69 6e 74 28 30 2c 20 70 29 0a 20 20 20 20 20 20 | =.np.random.randint(0,.p)....... |
| e660 | 20 20 20 20 20 20 69 66 20 72 61 6e 64 6f 6d 69 6e 74 20 3d 3d 20 30 3a 0a 20 20 20 20 20 20 20 | ......if.randomint.==.0:........ |
| e680 | 20 20 20 20 20 20 20 20 20 69 66 20 69 20 3c 3d 20 4e 20 2d 20 33 3a 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 | .........if.i.<=.N.-.3:......... |
| e6a0 | 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 67 2e 61 64 64 5f 65 64 67 65 28 69 2c 20 69 20 2b 20 32 29 | ............g.add_edge(i,.i.+.2) |
| e6c0 | 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 69 66 20 69 20 3d 3d 20 4e 20 2d 20 32 3a 0a | .................if.i.==.N.-.2:. |
| e6e0 | 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 67 2e 61 64 64 5f 65 64 67 65 28 69 | ....................g.add_edge(i |
| e700 | 2c 20 30 29 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 69 66 20 69 20 3d 3d 20 4e 20 2d | ,.0).................if.i.==.N.- |
| e720 | 20 31 3a 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 67 2e 61 64 64 5f 65 64 | .1:.....................g.add_ed |
| e740 | 67 65 28 69 2c 20 31 29 0a 20 20 20 20 67 2e 61 64 64 5f 65 64 67 65 28 4e 2c 20 30 29 0a 20 20 | ge(i,.1).....g.add_edge(N,.0)... |
| e760 | 20 20 6e 6f 69 73 65 20 3d 20 66 6c 6f 61 74 28 6e 70 2e 72 61 6e 64 6f 6d 2e 6e 6f 72 6d 61 6c | ..noise.=.float(np.random.normal |
| e780 | 28 6d 75 2c 20 73 69 67 6d 61 2c 20 31 29 29 0a 20 20 20 20 69 66 20 77 69 74 68 5f 6e 6f 69 73 | (mu,.sigma,.1)).....if.with_nois |
| e7a0 | 65 3a 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 67 2e 61 64 64 5f 6e 6f 64 65 28 4e 2c 20 61 74 74 72 5f 6e 61 | e:.........g.add_node(N,.attr_na |
| e7c0 | 6d 65 3d 6d 61 74 68 2e 73 69 6e 28 28 32 20 2a 20 4e 20 2a 20 6d 61 74 68 2e 70 69 20 2f 20 4e | me=math.sin((2.*.N.*.math.pi./.N |
| e7e0 | 29 29 20 2b 20 6e 6f 69 73 65 29 0a 20 20 20 20 65 6c 73 65 3a 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 67 2e | )).+.noise).....else:.........g. |
| e800 | 61 64 64 5f 6e 6f 64 65 28 4e 2c 20 61 74 74 72 5f 6e 61 6d 65 3d 6d 61 74 68 2e 73 69 6e 28 32 | add_node(N,.attr_name=math.sin(2 |
| e820 | 20 2a 20 4e 20 2a 20 6d 61 74 68 2e 70 69 20 2f 20 4e 29 29 0a 20 20 20 20 72 65 74 75 72 6e 20 | .*.N.*.math.pi./.N)).....return. |
| e840 | 67 0a 0a 0a 64 65 66 20 67 72 61 70 68 5f 63 6f 6c 6f 72 73 28 6e 78 5f 67 72 61 70 68 2c 20 76 | g...def.graph_colors(nx_graph,.v |
| e860 | 6d 69 6e 3d 30 2c 20 76 6d 61 78 3d 37 29 3a 0a 20 20 20 20 63 6e 6f 72 6d 20 3d 20 6d 63 6f 6c | min=0,.vmax=7):.....cnorm.=.mcol |
| e880 | 2e 4e 6f 72 6d 61 6c 69 7a 65 28 76 6d 69 6e 3d 76 6d 69 6e 2c 20 76 6d 61 78 3d 76 6d 61 78 29 | .Normalize(vmin=vmin,.vmax=vmax) |
| e8a0 | 0a 20 20 20 20 63 70 69 63 6b 20 3d 20 63 6d 2e 53 63 61 6c 61 72 4d 61 70 70 61 62 6c 65 28 6e | .....cpick.=.cm.ScalarMappable(n |
| e8c0 | 6f 72 6d 3d 63 6e 6f 72 6d 2c 20 63 6d 61 70 3d 27 76 69 72 69 64 69 73 27 29 0a 20 20 20 20 63 | orm=cnorm,.cmap='viridis').....c |
| e8e0 | 70 69 63 6b 2e 73 65 74 5f 61 72 72 61 79 28 5b 5d 29 0a 20 20 20 20 76 61 6c 5f 6d 61 70 20 3d | pick.set_array([]).....val_map.= |
| e900 | 20 7b 7d 0a 20 20 20 20 66 6f 72 20 6b 2c 20 76 20 69 6e 20 6e 78 2e 67 65 74 5f 6e 6f 64 65 5f | .{}.....for.k,.v.in.nx.get_node_ |
| e920 | 61 74 74 72 69 62 75 74 65 73 28 6e 78 5f 67 72 61 70 68 2c 20 27 61 74 74 72 5f 6e 61 6d 65 27 | attributes(nx_graph,.'attr_name' |
| e940 | 29 2e 69 74 65 6d 73 28 29 3a 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 76 61 6c 5f 6d 61 70 5b 6b 5d 20 3d 20 | ).items():.........val_map[k].=. |
| e960 | 63 70 69 63 6b 2e 74 6f 5f 72 67 62 61 28 76 29 0a 20 20 20 20 63 6f 6c 6f 72 73 20 3d 20 5b 5d | cpick.to_rgba(v).....colors.=.[] |
| e980 | 0a 20 20 20 20 66 6f 72 20 6e 6f 64 65 20 69 6e 20 6e 78 5f 67 72 61 70 68 2e 6e 6f 64 65 73 28 | .....for.node.in.nx_graph.nodes( |
| e9a0 | 29 3a 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 63 6f 6c 6f 72 73 2e 61 70 70 65 6e 64 28 76 61 6c 5f 6d 61 70 | ):.........colors.append(val_map |
| e9c0 | 5b 6e 6f 64 65 5d 29 0a 20 20 20 20 72 65 74 75 72 6e 20 63 6f 6c 6f 72 73 0a 0a 23 23 23 23 23 | [node]).....return.colors..##### |
| e9e0 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| ea00 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| ea20 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 0a 23 20 47 65 6e 65 72 61 74 65 20 64 61 74 61 0a 23 20 2d 2d 2d 2d | #########.#.Generate.data.#.---- |
| ea40 | 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 0a 0a 23 25 25 20 63 69 72 63 75 6c 61 72 20 64 61 74 61 73 65 74 0a | ---------..#%%.circular.dataset. |
| ea60 | 23 20 57 65 20 62 75 69 6c 64 20 61 20 64 61 74 61 73 65 74 20 6f 66 20 6e 6f 69 73 79 20 63 69 | #.We.build.a.dataset.of.noisy.ci |
| ea80 | 72 63 75 6c 61 72 20 67 72 61 70 68 73 2e 0a 23 20 4e 6f 69 73 65 20 69 73 20 61 64 64 65 64 20 | rcular.graphs..#.Noise.is.added. |
| eaa0 | 6f 6e 20 74 68 65 20 73 74 72 75 63 74 75 72 65 73 20 62 79 20 72 61 6e 64 6f 6d 20 63 6f 6e 6e | on.the.structures.by.random.conn |
| eac0 | 65 63 74 69 6f 6e 73 20 61 6e 64 20 6f 6e 20 74 68 65 20 66 65 61 74 75 72 65 73 20 62 79 20 67 | ections.and.on.the.features.by.g |
| eae0 | 61 75 73 73 69 61 6e 20 6e 6f 69 73 65 2e 0a 0a 0a 6e 70 2e 72 61 6e 64 6f 6d 2e 73 65 65 64 28 | aussian.noise....np.random.seed( |
| eb00 | 33 30 29 0a 58 30 20 3d 20 5b 5d 0a 66 6f 72 20 6b 20 69 6e 20 72 61 6e 67 65 28 39 29 3a 0a 20 | 30).X0.=.[].for.k.in.range(9):.. |
| eb20 | 20 20 20 58 30 2e 61 70 70 65 6e 64 28 62 75 69 6c 64 5f 6e 6f 69 73 79 5f 63 69 72 63 75 6c 61 | ...X0.append(build_noisy_circula |
| eb40 | 72 5f 67 72 61 70 68 28 6e 70 2e 72 61 6e 64 6f 6d 2e 72 61 6e 64 69 6e 74 28 31 35 2c 20 32 35 | r_graph(np.random.randint(15,.25 |
| eb60 | 29 2c 20 77 69 74 68 5f 6e 6f 69 73 65 3d 54 72 75 65 2c 20 73 74 72 75 63 74 75 72 65 5f 6e 6f | ),.with_noise=True,.structure_no |
| eb80 | 69 73 65 3d 54 72 75 65 2c 20 70 3d 33 29 29 0a 0a 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ise=True,.p=3))..############### |
| eba0 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| ebc0 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 0a | ###############################. |
| ebe0 | 23 20 50 6c 6f 74 20 64 61 74 61 0a 23 20 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 0a 0a 23 25 25 20 50 6c 6f | #.Plot.data.#.---------..#%%.Plo |
| ec00 | 74 20 67 72 61 70 68 73 0a 0a 70 6c 74 2e 66 69 67 75 72 65 28 66 69 67 73 69 7a 65 3d 28 38 2c | t.graphs..plt.figure(figsize=(8, |
| ec20 | 20 31 30 29 29 0a 66 6f 72 20 69 20 69 6e 20 72 61 6e 67 65 28 6c 65 6e 28 58 30 29 29 3a 0a 20 | .10)).for.i.in.range(len(X0)):.. |
| ec40 | 20 20 20 70 6c 74 2e 73 75 62 70 6c 6f 74 28 33 2c 20 33 2c 20 69 20 2b 20 31 29 0a 20 20 20 20 | ...plt.subplot(3,.3,.i.+.1)..... |
| ec60 | 67 20 3d 20 58 30 5b 69 5d 0a 20 20 20 20 70 6f 73 20 3d 20 6e 78 2e 6b 61 6d 61 64 61 5f 6b 61 | g.=.X0[i].....pos.=.nx.kamada_ka |
| ec80 | 77 61 69 5f 6c 61 79 6f 75 74 28 67 29 0a 20 20 20 20 6e 78 2e 64 72 61 77 28 67 2c 20 70 6f 73 | wai_layout(g).....nx.draw(g,.pos |
| eca0 | 3d 70 6f 73 2c 20 6e 6f 64 65 5f 63 6f 6c 6f 72 3d 67 72 61 70 68 5f 63 6f 6c 6f 72 73 28 67 2c | =pos,.node_color=graph_colors(g, |
| ecc0 | 20 76 6d 69 6e 3d 2d 31 2c 20 76 6d 61 78 3d 31 29 2c 20 77 69 74 68 5f 6c 61 62 65 6c 73 3d 46 | .vmin=-1,.vmax=1),.with_labels=F |
| ece0 | 61 6c 73 65 2c 20 6e 6f 64 65 5f 73 69 7a 65 3d 31 30 30 29 0a 70 6c 74 2e 73 75 70 74 69 74 6c | alse,.node_size=100).plt.suptitl |
| ed00 | 65 28 27 44 61 74 61 73 65 74 20 6f 66 20 6e 6f 69 73 79 20 67 72 61 70 68 73 2e 20 43 6f 6c 6f | e('Dataset.of.noisy.graphs..Colo |
| ed20 | 72 20 69 6e 64 69 63 61 74 65 73 20 74 68 65 20 6c 61 62 65 6c 27 2c 20 66 6f 6e 74 73 69 7a 65 | r.indicates.the.label',.fontsize |
| ed40 | 3d 32 30 29 0a 70 6c 74 2e 73 68 6f 77 28 29 0a 0a 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | =20).plt.show()..############### |
| ed60 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| ed80 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 0a | ###############################. |
| eda0 | 23 20 42 61 72 79 63 65 6e 74 65 72 20 63 6f 6d 70 75 74 61 74 69 6f 6e 0a 23 20 2d 2d 2d 2d 2d | #.Barycenter.computation.#.----- |
| edc0 | 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 0a 0a 23 25 25 20 57 65 20 63 6f 6d 70 75 74 | -----------------..#%%.We.comput |
| ede0 | 65 20 74 68 65 20 62 61 72 79 63 65 6e 74 65 72 20 75 73 69 6e 67 20 46 47 57 2e 20 53 74 72 75 | e.the.barycenter.using.FGW..Stru |
| ee00 | 63 74 75 72 65 20 6d 61 74 72 69 63 65 73 20 61 72 65 20 63 6f 6d 70 75 74 65 64 20 75 73 69 6e | cture.matrices.are.computed.usin |
| ee20 | 67 20 74 68 65 20 73 68 6f 72 74 65 73 74 5f 70 61 74 68 20 64 69 73 74 61 6e 63 65 20 69 6e 20 | g.the.shortest_path.distance.in. |
| ee40 | 74 68 65 20 67 72 61 70 68 0a 23 20 46 65 61 74 75 72 65 73 20 64 69 73 74 61 6e 63 65 73 20 61 | the.graph.#.Features.distances.a |
| ee60 | 72 65 20 74 68 65 20 65 75 63 6c 69 64 65 61 6e 20 64 69 73 74 61 6e 63 65 73 0a 43 73 20 3d 20 | re.the.euclidean.distances.Cs.=. |
| ee80 | 5b 73 68 6f 72 74 65 73 74 5f 70 61 74 68 28 6e 78 2e 61 64 6a 61 63 65 6e 63 79 5f 6d 61 74 72 | [shortest_path(nx.adjacency_matr |
| eea0 | 69 78 28 78 29 29 20 66 6f 72 20 78 20 69 6e 20 58 30 5d 0a 70 73 20 3d 20 5b 6e 70 2e 6f 6e 65 | ix(x)).for.x.in.X0].ps.=.[np.one |
| eec0 | 73 28 6c 65 6e 28 78 2e 6e 6f 64 65 73 28 29 29 29 20 2f 20 6c 65 6e 28 78 2e 6e 6f 64 65 73 28 | s(len(x.nodes()))./.len(x.nodes( |
| eee0 | 29 29 20 66 6f 72 20 78 20 69 6e 20 58 30 5d 0a 59 73 20 3d 20 5b 6e 70 2e 61 72 72 61 79 28 5b | )).for.x.in.X0].Ys.=.[np.array([ |
| ef00 | 76 20 66 6f 72 20 28 6b 2c 20 76 29 20 69 6e 20 6e 78 2e 67 65 74 5f 6e 6f 64 65 5f 61 74 74 72 | v.for.(k,.v).in.nx.get_node_attr |
| ef20 | 69 62 75 74 65 73 28 78 2c 20 27 61 74 74 72 5f 6e 61 6d 65 27 29 2e 69 74 65 6d 73 28 29 5d 29 | ibutes(x,.'attr_name').items()]) |
| ef40 | 2e 72 65 73 68 61 70 65 28 2d 31 2c 20 31 29 20 66 6f 72 20 78 20 69 6e 20 58 30 5d 0a 6c 61 6d | .reshape(-1,.1).for.x.in.X0].lam |
| ef60 | 62 64 61 73 20 3d 20 6e 70 2e 61 72 72 61 79 28 5b 6e 70 2e 6f 6e 65 73 28 6c 65 6e 28 59 73 29 | bdas.=.np.array([np.ones(len(Ys) |
| ef80 | 29 20 2f 20 6c 65 6e 28 59 73 29 5d 29 2e 72 61 76 65 6c 28 29 0a 73 69 7a 65 62 61 72 79 20 3d | )./.len(Ys)]).ravel().sizebary.= |
| efa0 | 20 31 35 20 20 23 20 77 65 20 63 68 6f 6f 73 65 20 61 20 62 61 72 79 63 65 6e 74 65 72 20 77 69 | .15..#.we.choose.a.barycenter.wi |
| efc0 | 74 68 20 31 35 20 6e 6f 64 65 73 0a 0a 41 2c 20 43 2c 20 6c 6f 67 20 3d 20 66 67 77 5f 62 61 72 | th.15.nodes..A,.C,.log.=.fgw_bar |
| efe0 | 79 63 65 6e 74 65 72 73 28 73 69 7a 65 62 61 72 79 2c 20 59 73 2c 20 43 73 2c 20 70 73 2c 20 6c | ycenters(sizebary,.Ys,.Cs,.ps,.l |
| f000 | 61 6d 62 64 61 73 2c 20 61 6c 70 68 61 3d 30 2e 39 35 2c 20 6c 6f 67 3d 54 72 75 65 29 0a 0a 23 | ambdas,.alpha=0.95,.log=True)..# |
| f020 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| f040 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| f060 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 0a 23 20 50 6c 6f 74 20 42 61 72 79 63 65 6e 74 65 72 0a | #############.#.Plot.Barycenter. |
| f080 | 23 20 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 0a 0a 23 25 25 | #.-------------------------..#%% |
| f0a0 | 20 43 72 65 61 74 65 20 74 68 65 20 62 61 72 79 63 65 6e 74 65 72 0a 62 61 72 79 20 3d 20 6e 78 | .Create.the.barycenter.bary.=.nx |
| f0c0 | 2e 66 72 6f 6d 5f 6e 75 6d 70 79 5f 6d 61 74 72 69 78 28 73 70 5f 74 6f 5f 61 64 6a 65 6e 63 79 | .from_numpy_matrix(sp_to_adjency |
| f0e0 | 28 43 2c 20 74 68 72 65 73 68 69 6e 66 3d 30 2c 20 74 68 72 65 73 68 73 75 70 3d 66 69 6e 64 5f | (C,.threshinf=0,.threshsup=find_ |
| f100 | 74 68 72 65 73 68 28 43 2c 20 73 75 70 3d 31 30 30 2c 20 73 74 65 70 3d 31 30 30 29 5b 30 5d 29 | thresh(C,.sup=100,.step=100)[0]) |
| f120 | 29 0a 66 6f 72 20 69 2c 20 76 20 69 6e 20 65 6e 75 6d 65 72 61 74 65 28 41 2e 72 61 76 65 6c 28 | ).for.i,.v.in.enumerate(A.ravel( |
| f140 | 29 29 3a 0a 20 20 20 20 62 61 72 79 2e 61 64 64 5f 6e 6f 64 65 28 69 2c 20 61 74 74 72 5f 6e 61 | )):.....bary.add_node(i,.attr_na |
| f160 | 6d 65 3d 76 29 0a 0a 23 25 25 0a 70 6f 73 20 3d 20 6e 78 2e 6b 61 6d 61 64 61 5f 6b 61 77 61 69 | me=v)..#%%.pos.=.nx.kamada_kawai |
| f180 | 5f 6c 61 79 6f 75 74 28 62 61 72 79 29 0a 6e 78 2e 64 72 61 77 28 62 61 72 79 2c 20 70 6f 73 3d | _layout(bary).nx.draw(bary,.pos= |
| f1a0 | 70 6f 73 2c 20 6e 6f 64 65 5f 63 6f 6c 6f 72 3d 67 72 61 70 68 5f 63 6f 6c 6f 72 73 28 62 61 72 | pos,.node_color=graph_colors(bar |
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| fa40 | 29 0a 70 6c 2e 70 6c 6f 74 28 78 74 5b 3a 2c 20 30 5d 2c 20 78 74 5b 3a 2c 20 31 5d 2c 20 27 78 | ).pl.plot(xt[:,.0],.xt[:,.1],.'x |
| fa60 | 72 27 2c 20 6c 61 62 65 6c 3d 27 54 61 72 67 65 74 20 73 61 6d 70 6c 65 73 27 29 0a 70 6c 2e 61 | r',.label='Target.samples').pl.a |
| fa80 | 78 69 73 28 27 65 71 75 61 6c 27 29 0a 23 20 70 6c 2e 6c 65 67 65 6e 64 28 6c 6f 63 3d 30 29 0a | xis('equal').#.pl.legend(loc=0). |
| faa0 | 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 4f 54 20 45 75 63 6c 69 64 65 61 6e 27 29 0a 0a 70 6c 2e 73 75 62 | pl.title('OT.Euclidean')..pl.sub |
| fac0 | 70 6c 6f 74 28 31 2c 20 33 2c 20 32 29 0a 6f 74 2e 70 6c 6f 74 2e 70 6c 6f 74 32 44 5f 73 61 6d | plot(1,.3,.2).ot.plot.plot2D_sam |
| fae0 | 70 6c 65 73 5f 6d 61 74 28 78 73 2c 20 78 74 2c 20 47 32 2c 20 63 3d 5b 2e 35 2c 20 2e 35 2c 20 | ples_mat(xs,.xt,.G2,.c=[.5,..5,. |
| fb00 | 31 5d 29 0a 70 6c 2e 70 6c 6f 74 28 78 73 5b 3a 2c 20 30 5d 2c 20 78 73 5b 3a 2c 20 31 5d 2c 20 | 1]).pl.plot(xs[:,.0],.xs[:,.1],. |
| fb20 | 27 2b 62 27 2c 20 6c 61 62 65 6c 3d 27 53 6f 75 72 63 65 20 73 61 6d 70 6c 65 73 27 29 0a 70 6c | '+b',.label='Source.samples').pl |
| fb40 | 2e 70 6c 6f 74 28 78 74 5b 3a 2c 20 30 5d 2c 20 78 74 5b 3a 2c 20 31 5d 2c 20 27 78 72 27 2c 20 | .plot(xt[:,.0],.xt[:,.1],.'xr',. |
| fb60 | 6c 61 62 65 6c 3d 27 54 61 72 67 65 74 20 73 61 6d 70 6c 65 73 27 29 0a 70 6c 2e 61 78 69 73 28 | label='Target.samples').pl.axis( |
| fb80 | 27 65 71 75 61 6c 27 29 0a 23 20 70 6c 2e 6c 65 67 65 6e 64 28 6c 6f 63 3d 30 29 0a 70 6c 2e 74 | 'equal').#.pl.legend(loc=0).pl.t |
| fba0 | 69 74 6c 65 28 27 4f 54 20 73 71 75 61 72 65 64 20 45 75 63 6c 69 64 65 61 6e 27 29 0a 0a 70 6c | itle('OT.squared.Euclidean')..pl |
| fbc0 | 2e 73 75 62 70 6c 6f 74 28 31 2c 20 33 2c 20 33 29 0a 6f 74 2e 70 6c 6f 74 2e 70 6c 6f 74 32 44 | .subplot(1,.3,.3).ot.plot.plot2D |
| fbe0 | 5f 73 61 6d 70 6c 65 73 5f 6d 61 74 28 78 73 2c 20 78 74 2c 20 47 70 2c 20 63 3d 5b 2e 35 2c 20 | _samples_mat(xs,.xt,.Gp,.c=[.5,. |
| fc00 | 2e 35 2c 20 31 5d 29 0a 70 6c 2e 70 6c 6f 74 28 78 73 5b 3a 2c 20 30 5d 2c 20 78 73 5b 3a 2c 20 | .5,.1]).pl.plot(xs[:,.0],.xs[:,. |
| fc20 | 31 5d 2c 20 27 2b 62 27 2c 20 6c 61 62 65 6c 3d 27 53 6f 75 72 63 65 20 73 61 6d 70 6c 65 73 27 | 1],.'+b',.label='Source.samples' |
| fc40 | 29 0a 70 6c 2e 70 6c 6f 74 28 78 74 5b 3a 2c 20 30 5d 2c 20 78 74 5b 3a 2c 20 31 5d 2c 20 27 78 | ).pl.plot(xt[:,.0],.xt[:,.1],.'x |
| fc60 | 72 27 2c 20 6c 61 62 65 6c 3d 27 54 61 72 67 65 74 20 73 61 6d 70 6c 65 73 27 29 0a 70 6c 2e 61 | r',.label='Target.samples').pl.a |
| fc80 | 78 69 73 28 27 65 71 75 61 6c 27 29 0a 23 20 70 6c 2e 6c 65 67 65 6e 64 28 6c 6f 63 3d 30 29 0a | xis('equal').#.pl.legend(loc=0). |
| fca0 | 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 4f 54 20 73 71 72 74 20 45 75 63 6c 69 64 65 61 6e 27 29 0a 70 6c | pl.title('OT.sqrt.Euclidean').pl |
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| fce0 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| fd00 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| fd20 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 0a 23 20 44 61 74 61 73 65 74 20 32 20 3a 20 50 61 72 74 69 61 | ###########.#.Dataset.2.:.Partia |
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| fde0 | 6e 70 2e 70 69 29 0a 78 74 6f 74 5b 3a 2c 20 31 5d 20 3d 20 6e 70 2e 73 69 6e 28 0a 20 20 20 20 | np.pi).xtot[:,.1].=.np.sin(..... |
| fe00 | 28 6e 70 2e 61 72 61 6e 67 65 28 6e 20 2b 20 31 29 20 2b 20 31 2e 30 29 20 2a 20 30 2e 39 20 2f | (np.arange(n.+.1).+.1.0).*.0.9./ |
| fe20 | 20 28 6e 20 2b 20 32 29 20 2a 20 32 20 2a 20 6e 70 2e 70 69 29 0a 0a 78 73 20 3d 20 78 74 6f 74 | .(n.+.2).*.2.*.np.pi)..xs.=.xtot |
| fe40 | 5b 3a 6e 2c 20 3a 5d 0a 78 74 20 3d 20 78 74 6f 74 5b 31 3a 2c 20 3a 5d 0a 0a 61 2c 20 62 20 3d | [:n,.:].xt.=.xtot[1:,.:]..a,.b.= |
| fe60 | 20 6f 74 2e 75 6e 69 66 28 6e 29 2c 20 6f 74 2e 75 6e 69 66 28 6e 29 20 20 23 20 75 6e 69 66 6f | .ot.unif(n),.ot.unif(n)..#.unifo |
| fe80 | 72 6d 20 64 69 73 74 72 69 62 75 74 69 6f 6e 20 6f 6e 20 73 61 6d 70 6c 65 73 0a 0a 23 20 6c 6f | rm.distribution.on.samples..#.lo |
| fea0 | 73 73 20 6d 61 74 72 69 78 0a 4d 31 20 3d 20 6f 74 2e 64 69 73 74 28 78 73 2c 20 78 74 2c 20 6d | ss.matrix.M1.=.ot.dist(xs,.xt,.m |
| fec0 | 65 74 72 69 63 3d 27 65 75 63 6c 69 64 65 61 6e 27 29 0a 4d 31 20 2f 3d 20 4d 31 2e 6d 61 78 28 | etric='euclidean').M1./=.M1.max( |
| fee0 | 29 0a 0a 23 20 6c 6f 73 73 20 6d 61 74 72 69 78 0a 4d 32 20 3d 20 6f 74 2e 64 69 73 74 28 78 73 | )..#.loss.matrix.M2.=.ot.dist(xs |
| ff00 | 2c 20 78 74 2c 20 6d 65 74 72 69 63 3d 27 73 71 65 75 63 6c 69 64 65 61 6e 27 29 0a 4d 32 20 2f | ,.xt,.metric='sqeuclidean').M2./ |
| ff20 | 3d 20 4d 32 2e 6d 61 78 28 29 0a 0a 23 20 6c 6f 73 73 20 6d 61 74 72 69 78 0a 4d 70 20 3d 20 6e | =.M2.max()..#.loss.matrix.Mp.=.n |
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| ff60 | 75 63 6c 69 64 65 61 6e 27 29 29 0a 4d 70 20 2f 3d 20 4d 70 2e 6d 61 78 28 29 0a 0a 0a 23 20 44 | uclidean')).Mp./=.Mp.max()...#.D |
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| 101e0 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 0a 23 20 | #############################.#. |
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| 11ba0 | 20 20 69 66 20 69 20 3d 3d 20 6e 62 6d 32 3a 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 | ..if.i.==.nbm2:.........pl.title |
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| 11fc0 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 0a 23 20 47 65 6e 65 72 61 74 65 20 64 61 74 61 | ################.#.Generate.data |
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| 12520 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 0a 23 20 43 6f 6d 70 75 74 65 20 53 69 6e | ##################.#.Compute.Sin |
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| 12b60 | 2c 20 6e 70 2e 63 6f 73 28 61 6e 67 6c 65 73 29 29 2c 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 | ,.np.cos(angles)),.............. |
| 12b80 | 20 20 20 20 20 20 20 61 78 69 73 3d 31 29 20 2b 20 73 69 67 6d 61 20 2a 20 6e 70 2e 72 61 6e 64 | .......axis=1).+.sigma.*.np.rand |
| 12ba0 | 6f 6d 2e 72 61 6e 64 6e 28 6e 2c 20 32 29 0a 78 73 5b 3a 6e 20 2f 2f 20 32 2c 20 31 5d 20 2b 3d | om.randn(n,.2).xs[:n.//.2,.1].+= |
| 12bc0 | 20 32 0a 0a 0a 23 20 74 61 72 67 65 74 20 73 61 6d 70 6c 65 73 0a 61 6e 67 6c 65 74 20 3d 20 6e | .2...#.target.samples.anglet.=.n |
| 12be0 | 70 2e 72 61 6e 64 6f 6d 2e 72 61 6e 64 28 6e 2c 20 31 29 20 2a 20 32 20 2a 20 6e 70 2e 70 69 0a | p.random.rand(n,.1).*.2.*.np.pi. |
| 12c00 | 78 74 20 3d 20 6e 70 2e 63 6f 6e 63 61 74 65 6e 61 74 65 28 28 6e 70 2e 73 69 6e 28 61 6e 67 6c | xt.=.np.concatenate((np.sin(angl |
| 12c20 | 65 74 29 2c 20 6e 70 2e 63 6f 73 28 61 6e 67 6c 65 74 29 29 2c 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 | et),.np.cos(anglet)),........... |
| 12c40 | 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 61 78 69 73 3d 31 29 20 2b 20 73 69 67 6d 61 20 2a 20 6e 70 2e 72 | ..........axis=1).+.sigma.*.np.r |
| 12c60 | 61 6e 64 6f 6d 2e 72 61 6e 64 6e 28 6e 2c 20 32 29 0a 78 74 5b 3a 6e 20 2f 2f 20 32 2c 20 31 5d | andom.randn(n,.2).xt[:n.//.2,.1] |
| 12c80 | 20 2b 3d 20 32 0a 0a 0a 41 20 3d 20 6e 70 2e 61 72 72 61 79 28 5b 5b 31 2e 35 2c 20 2e 37 5d 2c | .+=.2...A.=.np.array([[1.5,..7], |
| 12ca0 | 20 5b 2e 37 2c 20 31 2e 35 5d 5d 29 0a 62 20 3d 20 6e 70 2e 61 72 72 61 79 28 5b 5b 34 2c 20 32 | .[.7,.1.5]]).b.=.np.array([[4,.2 |
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| 12ce0 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 12d00 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 12d20 | 23 23 23 23 23 23 0a 23 20 50 6c 6f 74 20 64 61 74 61 0a 23 20 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 0a 0a | ######.#.Plot.data.#.---------.. |
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| 12dc0 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 12de0 | 23 23 23 23 23 23 23 0a 23 20 45 73 74 69 6d 61 74 65 20 6c 69 6e 65 61 72 20 6d 61 70 70 69 6e | #######.#.Estimate.linear.mappin |
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| 12e20 | 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 0a 0a 41 65 2c 20 62 65 20 | -----------------------..Ae,.be. |
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| 12e60 | 29 0a 0a 78 73 74 20 3d 20 78 73 2e 64 6f 74 28 41 65 29 20 2b 20 62 65 0a 0a 0a 23 23 23 23 23 | )..xst.=.xs.dot(Ae).+.be...##### |
| 12e80 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 12ea0 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 12ec0 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 0a 23 20 50 6c 6f 74 20 74 72 61 6e 73 70 6f 72 74 65 64 20 73 61 6d | #########.#.Plot.transported.sam |
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| 12f00 | 0a 70 6c 2e 66 69 67 75 72 65 28 31 2c 20 28 35 2c 20 35 29 29 0a 70 6c 2e 63 6c 66 28 29 0a 70 | .pl.figure(1,.(5,.5)).pl.clf().p |
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| 12f40 | 70 6c 2e 70 6c 6f 74 28 78 74 5b 3a 2c 20 30 5d 2c 20 78 74 5b 3a 2c 20 31 5d 2c 20 27 6f 27 29 | pl.plot(xt[:,.0],.xt[:,.1],.'o') |
| 12f60 | 0a 70 6c 2e 70 6c 6f 74 28 78 73 74 5b 3a 2c 20 30 5d 2c 20 78 73 74 5b 3a 2c 20 31 5d 2c 20 27 | .pl.plot(xst[:,.0],.xst[:,.1],.' |
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| 12fa0 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 12fc0 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 0a 23 | ##############################.# |
| 12fe0 | 20 4c 6f 61 64 20 69 6d 61 67 65 20 64 61 74 61 0a 23 20 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d | .Load.image.data.#.------------- |
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| 13080 | 2e 73 68 61 70 65 5b 32 5d 29 29 0a 0a 0a 64 65 66 20 6d 61 74 32 69 6d 28 58 2c 20 73 68 61 70 | .shape[2]))...def.mat2im(X,.shap |
| 130a0 | 65 29 3a 0a 20 20 20 20 22 22 22 43 6f 6e 76 65 72 74 73 20 62 61 63 6b 20 61 20 6d 61 74 72 69 | e):....."""Converts.back.a.matri |
| 130c0 | 78 20 74 6f 20 61 6e 20 69 6d 61 67 65 22 22 22 0a 20 20 20 20 72 65 74 75 72 6e 20 58 2e 72 65 | x.to.an.image""".....return.X.re |
| 130e0 | 73 68 61 70 65 28 73 68 61 70 65 29 0a 0a 0a 64 65 66 20 6d 69 6e 6d 61 78 28 49 29 3a 0a 20 20 | shape(shape)...def.minmax(I):... |
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| 13180 | 2f 64 61 74 61 2f 6f 63 65 61 6e 5f 73 75 6e 73 65 74 2e 6a 70 67 27 29 2e 61 73 74 79 70 65 28 | /data/ocean_sunset.jpg').astype( |
| 131a0 | 6e 70 2e 66 6c 6f 61 74 36 34 29 20 2f 20 32 35 36 0a 0a 0a 58 31 20 3d 20 69 6d 32 6d 61 74 28 | np.float64)./.256...X1.=.im2mat( |
| 131c0 | 49 31 29 0a 58 32 20 3d 20 69 6d 32 6d 61 74 28 49 32 29 0a 0a 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | I1).X2.=.im2mat(I2)..########### |
| 131e0 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 13200 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 13220 | 23 23 23 0a 23 20 45 73 74 69 6d 61 74 65 20 6d 61 70 70 69 6e 67 20 61 6e 64 20 61 64 61 70 74 | ###.#.Estimate.mapping.and.adapt |
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| 13bc0 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 13be0 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 0a 23 20 49 6e 73 74 | #########################.#.Inst |
| 13c00 | 61 6e 74 69 61 74 65 20 74 68 65 20 64 69 66 66 65 72 65 6e 74 20 74 72 61 6e 73 70 6f 72 74 20 | antiate.the.different.transport. |
| 13c20 | 61 6c 67 6f 72 69 74 68 6d 73 20 61 6e 64 20 66 69 74 20 74 68 65 6d 0a 23 20 2d 2d 2d 2d 2d 2d | algorithms.and.fit.them.#.------ |
| 13c40 | 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d | -------------------------------- |
| 13c60 | 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 0a 0a 23 20 4d 61 70 70 69 6e 67 | ---------------------..#.Mapping |
| 13c80 | 54 72 61 6e 73 70 6f 72 74 20 77 69 74 68 20 6c 69 6e 65 61 72 20 6b 65 72 6e 65 6c 0a 6f 74 5f | Transport.with.linear.kernel.ot_ |
| 13ca0 | 6d 61 70 70 69 6e 67 5f 6c 69 6e 65 61 72 20 3d 20 6f 74 2e 64 61 2e 4d 61 70 70 69 6e 67 54 72 | mapping_linear.=.ot.da.MappingTr |
| 13cc0 | 61 6e 73 70 6f 72 74 28 0a 20 20 20 20 6b 65 72 6e 65 6c 3d 22 6c 69 6e 65 61 72 22 2c 20 6d 75 | ansport(.....kernel="linear",.mu |
| 13ce0 | 3d 31 65 30 2c 20 65 74 61 3d 31 65 2d 38 2c 20 62 69 61 73 3d 54 72 75 65 2c 0a 20 20 20 20 6d | =1e0,.eta=1e-8,.bias=True,.....m |
| 13d00 | 61 78 5f 69 74 65 72 3d 32 30 2c 20 76 65 72 62 6f 73 65 3d 54 72 75 65 29 0a 0a 6f 74 5f 6d 61 | ax_iter=20,.verbose=True)..ot_ma |
| 13d20 | 70 70 69 6e 67 5f 6c 69 6e 65 61 72 2e 66 69 74 28 58 73 3d 58 73 2c 20 58 74 3d 58 74 29 0a 0a | pping_linear.fit(Xs=Xs,.Xt=Xt).. |
| 13d40 | 23 20 66 6f 72 20 6f 72 69 67 69 6e 61 6c 20 73 6f 75 72 63 65 20 73 61 6d 70 6c 65 73 2c 20 74 | #.for.original.source.samples,.t |
| 13d60 | 72 61 6e 73 66 6f 72 6d 20 61 70 70 6c 69 65 73 20 62 61 72 79 63 65 6e 74 72 69 63 20 6d 61 70 | ransform.applies.barycentric.map |
| 13d80 | 70 69 6e 67 0a 74 72 61 6e 73 70 5f 58 73 5f 6c 69 6e 65 61 72 20 3d 20 6f 74 5f 6d 61 70 70 69 | ping.transp_Xs_linear.=.ot_mappi |
| 13da0 | 6e 67 5f 6c 69 6e 65 61 72 2e 74 72 61 6e 73 66 6f 72 6d 28 58 73 3d 58 73 29 0a 0a 23 20 66 6f | ng_linear.transform(Xs=Xs)..#.fo |
| 13dc0 | 72 20 6f 75 74 20 6f 66 20 73 6f 75 72 63 65 20 73 61 6d 70 6c 65 73 2c 20 74 72 61 6e 73 66 6f | r.out.of.source.samples,.transfo |
| 13de0 | 72 6d 20 61 70 70 6c 69 65 73 20 74 68 65 20 6c 69 6e 65 61 72 20 6d 61 70 70 69 6e 67 0a 74 72 | rm.applies.the.linear.mapping.tr |
| 13e00 | 61 6e 73 70 5f 58 73 5f 6c 69 6e 65 61 72 5f 6e 65 77 20 3d 20 6f 74 5f 6d 61 70 70 69 6e 67 5f | ansp_Xs_linear_new.=.ot_mapping_ |
| 13e20 | 6c 69 6e 65 61 72 2e 74 72 61 6e 73 66 6f 72 6d 28 58 73 3d 58 73 5f 6e 65 77 29 0a 0a 0a 23 20 | linear.transform(Xs=Xs_new)...#. |
| 13e40 | 4d 61 70 70 69 6e 67 54 72 61 6e 73 70 6f 72 74 20 77 69 74 68 20 67 61 75 73 73 69 61 6e 20 6b | MappingTransport.with.gaussian.k |
| 13e60 | 65 72 6e 65 6c 0a 6f 74 5f 6d 61 70 70 69 6e 67 5f 67 61 75 73 73 69 61 6e 20 3d 20 6f 74 2e 64 | ernel.ot_mapping_gaussian.=.ot.d |
| 13e80 | 61 2e 4d 61 70 70 69 6e 67 54 72 61 6e 73 70 6f 72 74 28 0a 20 20 20 20 6b 65 72 6e 65 6c 3d 22 | a.MappingTransport(.....kernel=" |
| 13ea0 | 67 61 75 73 73 69 61 6e 22 2c 20 65 74 61 3d 31 65 2d 35 2c 20 6d 75 3d 31 65 2d 31 2c 20 62 69 | gaussian",.eta=1e-5,.mu=1e-1,.bi |
| 13ec0 | 61 73 3d 54 72 75 65 2c 20 73 69 67 6d 61 3d 31 2c 0a 20 20 20 20 6d 61 78 5f 69 74 65 72 3d 31 | as=True,.sigma=1,.....max_iter=1 |
| 13ee0 | 30 2c 20 76 65 72 62 6f 73 65 3d 54 72 75 65 29 0a 6f 74 5f 6d 61 70 70 69 6e 67 5f 67 61 75 73 | 0,.verbose=True).ot_mapping_gaus |
| 13f00 | 73 69 61 6e 2e 66 69 74 28 58 73 3d 58 73 2c 20 58 74 3d 58 74 29 0a 0a 23 20 66 6f 72 20 6f 72 | sian.fit(Xs=Xs,.Xt=Xt)..#.for.or |
| 13f20 | 69 67 69 6e 61 6c 20 73 6f 75 72 63 65 20 73 61 6d 70 6c 65 73 2c 20 74 72 61 6e 73 66 6f 72 6d | iginal.source.samples,.transform |
| 13f40 | 20 61 70 70 6c 69 65 73 20 62 61 72 79 63 65 6e 74 72 69 63 20 6d 61 70 70 69 6e 67 0a 74 72 61 | .applies.barycentric.mapping.tra |
| 13f60 | 6e 73 70 5f 58 73 5f 67 61 75 73 73 69 61 6e 20 3d 20 6f 74 5f 6d 61 70 70 69 6e 67 5f 67 61 75 | nsp_Xs_gaussian.=.ot_mapping_gau |
| 13f80 | 73 73 69 61 6e 2e 74 72 61 6e 73 66 6f 72 6d 28 58 73 3d 58 73 29 0a 0a 23 20 66 6f 72 20 6f 75 | ssian.transform(Xs=Xs)..#.for.ou |
| 13fa0 | 74 20 6f 66 20 73 6f 75 72 63 65 20 73 61 6d 70 6c 65 73 2c 20 74 72 61 6e 73 66 6f 72 6d 20 61 | t.of.source.samples,.transform.a |
| 13fc0 | 70 70 6c 69 65 73 20 74 68 65 20 67 61 75 73 73 69 61 6e 20 6d 61 70 70 69 6e 67 0a 74 72 61 6e | pplies.the.gaussian.mapping.tran |
| 13fe0 | 73 70 5f 58 73 5f 67 61 75 73 73 69 61 6e 5f 6e 65 77 20 3d 20 6f 74 5f 6d 61 70 70 69 6e 67 5f | sp_Xs_gaussian_new.=.ot_mapping_ |
| 14000 | 67 61 75 73 73 69 61 6e 2e 74 72 61 6e 73 66 6f 72 6d 28 58 73 3d 58 73 5f 6e 65 77 29 0a 0a 0a | gaussian.transform(Xs=Xs_new)... |
| 14020 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 14040 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 14060 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 0a 23 20 50 6c 6f 74 20 74 72 61 6e 73 70 6f 72 74 65 | ##############.#.Plot.transporte |
| 14080 | 64 20 73 61 6d 70 6c 65 73 0a 23 20 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d | d.samples.#.-------------------- |
| 140a0 | 2d 2d 2d 2d 0a 0a 70 6c 2e 66 69 67 75 72 65 28 32 29 0a 70 6c 2e 63 6c 66 28 29 0a 70 6c 2e 73 | ----..pl.figure(2).pl.clf().pl.s |
| 140c0 | 75 62 70 6c 6f 74 28 32 2c 20 32 2c 20 31 29 0a 70 6c 2e 73 63 61 74 74 65 72 28 58 74 5b 3a 2c | ubplot(2,.2,.1).pl.scatter(Xt[:, |
| 140e0 | 20 30 5d 2c 20 58 74 5b 3a 2c 20 31 5d 2c 20 63 3d 79 74 2c 20 6d 61 72 6b 65 72 3d 27 6f 27 2c | .0],.Xt[:,.1],.c=yt,.marker='o', |
| 14100 | 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 6c 61 62 65 6c 3d 27 54 61 72 67 65 74 20 73 61 6d 70 6c 65 | ............label='Target.sample |
| 14120 | 73 27 2c 20 61 6c 70 68 61 3d 2e 32 29 0a 70 6c 2e 73 63 61 74 74 65 72 28 74 72 61 6e 73 70 5f | s',.alpha=.2).pl.scatter(transp_ |
| 14140 | 58 73 5f 6c 69 6e 65 61 72 5b 3a 2c 20 30 5d 2c 20 74 72 61 6e 73 70 5f 58 73 5f 6c 69 6e 65 61 | Xs_linear[:,.0],.transp_Xs_linea |
| 14160 | 72 5b 3a 2c 20 31 5d 2c 20 63 3d 79 73 2c 20 6d 61 72 6b 65 72 3d 27 2b 27 2c 0a 20 20 20 20 20 | r[:,.1],.c=ys,.marker='+',...... |
| 14180 | 20 20 20 20 20 20 6c 61 62 65 6c 3d 27 4d 61 70 70 65 64 20 73 6f 75 72 63 65 20 73 61 6d 70 6c | ......label='Mapped.source.sampl |
| 141a0 | 65 73 27 29 0a 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 22 42 61 72 79 2e 20 6d 61 70 70 69 6e 67 20 28 6c 69 | es').pl.title("Bary..mapping.(li |
| 141c0 | 6e 65 61 72 29 22 29 0a 70 6c 2e 6c 65 67 65 6e 64 28 6c 6f 63 3d 30 29 0a 0a 70 6c 2e 73 75 62 | near)").pl.legend(loc=0)..pl.sub |
| 141e0 | 70 6c 6f 74 28 32 2c 20 32 2c 20 32 29 0a 70 6c 2e 73 63 61 74 74 65 72 28 58 74 5b 3a 2c 20 30 | plot(2,.2,.2).pl.scatter(Xt[:,.0 |
| 14200 | 5d 2c 20 58 74 5b 3a 2c 20 31 5d 2c 20 63 3d 79 74 2c 20 6d 61 72 6b 65 72 3d 27 6f 27 2c 0a 20 | ],.Xt[:,.1],.c=yt,.marker='o',.. |
| 14220 | 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 6c 61 62 65 6c 3d 27 54 61 72 67 65 74 20 73 61 6d 70 6c 65 73 27 | ..........label='Target.samples' |
| 14240 | 2c 20 61 6c 70 68 61 3d 2e 32 29 0a 70 6c 2e 73 63 61 74 74 65 72 28 74 72 61 6e 73 70 5f 58 73 | ,.alpha=.2).pl.scatter(transp_Xs |
| 14260 | 5f 6c 69 6e 65 61 72 5f 6e 65 77 5b 3a 2c 20 30 5d 2c 20 74 72 61 6e 73 70 5f 58 73 5f 6c 69 6e | _linear_new[:,.0],.transp_Xs_lin |
| 14280 | 65 61 72 5f 6e 65 77 5b 3a 2c 20 31 5d 2c 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 63 3d 79 73 2c 20 | ear_new[:,.1],............c=ys,. |
| 142a0 | 6d 61 72 6b 65 72 3d 27 2b 27 2c 20 6c 61 62 65 6c 3d 27 4c 65 61 72 6e 65 64 20 6d 61 70 70 69 | marker='+',.label='Learned.mappi |
| 142c0 | 6e 67 27 29 0a 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 22 45 73 74 69 6d 2e 20 6d 61 70 70 69 6e 67 20 28 6c | ng').pl.title("Estim..mapping.(l |
| 142e0 | 69 6e 65 61 72 29 22 29 0a 0a 70 6c 2e 73 75 62 70 6c 6f 74 28 32 2c 20 32 2c 20 33 29 0a 70 6c | inear)")..pl.subplot(2,.2,.3).pl |
| 14300 | 2e 73 63 61 74 74 65 72 28 58 74 5b 3a 2c 20 30 5d 2c 20 58 74 5b 3a 2c 20 31 5d 2c 20 63 3d 79 | .scatter(Xt[:,.0],.Xt[:,.1],.c=y |
| 14320 | 74 2c 20 6d 61 72 6b 65 72 3d 27 6f 27 2c 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 6c 61 62 65 6c 3d | t,.marker='o',............label= |
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| 14380 | 20 74 72 61 6e 73 70 5f 58 73 5f 67 61 75 73 73 69 61 6e 5b 3a 2c 20 31 5d 2c 20 63 3d 79 73 2c | .transp_Xs_gaussian[:,.1],.c=ys, |
| 143a0 | 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 6d 61 72 6b 65 72 3d 27 2b 27 2c 20 6c 61 62 65 6c 3d 27 62 | ............marker='+',.label='b |
| 143c0 | 61 72 79 63 65 6e 74 72 69 63 20 6d 61 70 70 69 6e 67 27 29 0a 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 22 42 | arycentric.mapping').pl.title("B |
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| 14ce0 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 0a 23 20 43 6f 6d 70 75 74 65 20 53 | ####################.#.Compute.S |
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| 150c0 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 0a 23 20 44 | ############################.#.D |
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| 153c0 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 0a 23 20 42 61 72 | ##########################.#.Bar |
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| 15ce0 | 2d 2d 2d 2d 2d 2d 0a 0a 23 20 4c 6f 61 64 69 6e 67 20 69 6d 61 67 65 73 0a 49 31 20 3d 20 6e 64 | ------..#.Loading.images.I1.=.nd |
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| 15d20 | 6a 70 67 27 29 2e 61 73 74 79 70 65 28 6e 70 2e 66 6c 6f 61 74 36 34 29 20 2f 20 32 35 36 0a 49 | jpg').astype(np.float64)./.256.I |
| 15d40 | 32 20 3d 20 6e 64 69 6d 61 67 65 2e 69 6d 72 65 61 64 28 27 2e 2e 2f 64 61 74 61 2f 6f 63 65 61 | 2.=.ndimage.imread('../data/ocea |
| 15d60 | 6e 5f 73 75 6e 73 65 74 2e 6a 70 67 27 29 2e 61 73 74 79 70 65 28 6e 70 2e 66 6c 6f 61 74 36 34 | n_sunset.jpg').astype(np.float64 |
| 15d80 | 29 20 2f 20 32 35 36 0a 0a 58 31 20 3d 20 69 6d 32 6d 61 74 28 49 31 29 0a 58 32 20 3d 20 69 6d | )./.256..X1.=.im2mat(I1).X2.=.im |
| 15da0 | 32 6d 61 74 28 49 32 29 0a 0a 23 20 74 72 61 69 6e 69 6e 67 20 73 61 6d 70 6c 65 73 0a 6e 62 20 | 2mat(I2)..#.training.samples.nb. |
| 15dc0 | 3d 20 31 30 30 30 0a 69 64 78 31 20 3d 20 72 2e 72 61 6e 64 69 6e 74 28 58 31 2e 73 68 61 70 65 | =.1000.idx1.=.r.randint(X1.shape |
| 15de0 | 5b 30 5d 2c 20 73 69 7a 65 3d 28 6e 62 2c 29 29 0a 69 64 78 32 20 3d 20 72 2e 72 61 6e 64 69 6e | [0],.size=(nb,)).idx2.=.r.randin |
| 15e00 | 74 28 58 32 2e 73 68 61 70 65 5b 30 5d 2c 20 73 69 7a 65 3d 28 6e 62 2c 29 29 0a 0a 58 73 20 3d | t(X2.shape[0],.size=(nb,))..Xs.= |
| 15e20 | 20 58 31 5b 69 64 78 31 2c 20 3a 5d 0a 58 74 20 3d 20 58 32 5b 69 64 78 32 2c 20 3a 5d 0a 0a 0a | .X1[idx1,.:].Xt.=.X2[idx2,.:]... |
| 15e40 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 15e60 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 15e80 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 0a 23 20 50 6c 6f 74 20 6f 72 69 67 69 6e 61 6c 20 69 | ##############.#.Plot.original.i |
| 15ea0 | 6d 61 67 65 0a 23 20 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 0a 0a 70 6c 2e 66 | mage.#.-------------------..pl.f |
| 15ec0 | 69 67 75 72 65 28 31 2c 20 66 69 67 73 69 7a 65 3d 28 36 2e 34 2c 20 33 29 29 0a 0a 70 6c 2e 73 | igure(1,.figsize=(6.4,.3))..pl.s |
| 15ee0 | 75 62 70 6c 6f 74 28 31 2c 20 32 2c 20 31 29 0a 70 6c 2e 69 6d 73 68 6f 77 28 49 31 29 0a 70 6c | ubplot(1,.2,.1).pl.imshow(I1).pl |
| 15f00 | 2e 61 78 69 73 28 27 6f 66 66 27 29 0a 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 49 6d 61 67 65 20 31 27 29 | .axis('off').pl.title('Image.1') |
| 15f20 | 0a 0a 70 6c 2e 73 75 62 70 6c 6f 74 28 31 2c 20 32 2c 20 32 29 0a 70 6c 2e 69 6d 73 68 6f 77 28 | ..pl.subplot(1,.2,.2).pl.imshow( |
| 15f40 | 49 32 29 0a 70 6c 2e 61 78 69 73 28 27 6f 66 66 27 29 0a 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 49 6d 61 | I2).pl.axis('off').pl.title('Ima |
| 15f60 | 67 65 20 32 27 29 0a 0a 0a 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ge.2')...####################### |
| 15f80 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 15fa0 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 0a 23 20 53 63 61 74 74 65 | #######################.#.Scatte |
| 15fc0 | 72 20 70 6c 6f 74 20 6f 66 20 63 6f 6c 6f 72 73 0a 23 20 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d | r.plot.of.colors.#.------------- |
| 15fe0 | 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 0a 0a 70 6c 2e 66 69 67 75 72 65 28 32 2c 20 66 69 67 73 69 7a 65 3d | ---------..pl.figure(2,.figsize= |
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| 16040 | 58 73 29 0a 70 6c 2e 61 78 69 73 28 5b 30 2c 20 31 2c 20 30 2c 20 31 5d 29 0a 70 6c 2e 78 6c 61 | Xs).pl.axis([0,.1,.0,.1]).pl.xla |
| 16060 | 62 65 6c 28 27 52 65 64 27 29 0a 70 6c 2e 79 6c 61 62 65 6c 28 27 42 6c 75 65 27 29 0a 70 6c 2e | bel('Red').pl.ylabel('Blue').pl. |
| 16080 | 74 69 74 6c 65 28 27 49 6d 61 67 65 20 31 27 29 0a 0a 70 6c 2e 73 75 62 70 6c 6f 74 28 31 2c 20 | title('Image.1')..pl.subplot(1,. |
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| 160c0 | 20 32 5d 2c 20 63 3d 58 74 29 0a 70 6c 2e 61 78 69 73 28 5b 30 2c 20 31 2c 20 30 2c 20 31 5d 29 | .2],.c=Xt).pl.axis([0,.1,.0,.1]) |
| 160e0 | 0a 70 6c 2e 78 6c 61 62 65 6c 28 27 52 65 64 27 29 0a 70 6c 2e 79 6c 61 62 65 6c 28 27 42 6c 75 | .pl.xlabel('Red').pl.ylabel('Blu |
| 16100 | 65 27 29 0a 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 49 6d 61 67 65 20 32 27 29 0a 70 6c 2e 74 69 67 68 74 | e').pl.title('Image.2').pl.tight |
| 16120 | 5f 6c 61 79 6f 75 74 28 29 0a 0a 0a 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | _layout()...#################### |
| 16140 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 16160 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 0a 23 20 49 6e 73 | ##########################.#.Ins |
| 16180 | 74 61 6e 74 69 61 74 65 20 74 68 65 20 64 69 66 66 65 72 65 6e 74 20 74 72 61 6e 73 70 6f 72 74 | tantiate.the.different.transport |
| 161a0 | 20 61 6c 67 6f 72 69 74 68 6d 73 20 61 6e 64 20 66 69 74 20 74 68 65 6d 0a 23 20 2d 2d 2d 2d 2d | .algorithms.and.fit.them.#.----- |
| 161c0 | 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d | -------------------------------- |
| 161e0 | 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 0a 0a 23 20 45 4d 44 54 72 61 | ----------------------..#.EMDTra |
| 16200 | 6e 73 70 6f 72 74 0a 6f 74 5f 65 6d 64 20 3d 20 6f 74 2e 64 61 2e 45 4d 44 54 72 61 6e 73 70 6f | nsport.ot_emd.=.ot.da.EMDTranspo |
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| 16240 | 20 53 69 6e 6b 68 6f 72 6e 54 72 61 6e 73 70 6f 72 74 0a 6f 74 5f 73 69 6e 6b 68 6f 72 6e 20 3d | .SinkhornTransport.ot_sinkhorn.= |
| 16260 | 20 6f 74 2e 64 61 2e 53 69 6e 6b 68 6f 72 6e 54 72 61 6e 73 70 6f 72 74 28 72 65 67 5f 65 3d 31 | .ot.da.SinkhornTransport(reg_e=1 |
| 16280 | 65 2d 31 29 0a 6f 74 5f 73 69 6e 6b 68 6f 72 6e 2e 66 69 74 28 58 73 3d 58 73 2c 20 58 74 3d 58 | e-1).ot_sinkhorn.fit(Xs=Xs,.Xt=X |
| 162a0 | 74 29 0a 0a 23 20 70 72 65 64 69 63 74 69 6f 6e 20 62 65 74 77 65 65 6e 20 69 6d 61 67 65 73 20 | t)..#.prediction.between.images. |
| 162c0 | 28 75 73 69 6e 67 20 6f 75 74 20 6f 66 20 73 61 6d 70 6c 65 20 70 72 65 64 69 63 74 69 6f 6e 20 | (using.out.of.sample.prediction. |
| 162e0 | 61 73 20 69 6e 20 5b 36 5d 29 0a 74 72 61 6e 73 70 5f 58 73 5f 65 6d 64 20 3d 20 6f 74 5f 65 6d | as.in.[6]).transp_Xs_emd.=.ot_em |
| 16300 | 64 2e 74 72 61 6e 73 66 6f 72 6d 28 58 73 3d 58 31 29 0a 74 72 61 6e 73 70 5f 58 74 5f 65 6d 64 | d.transform(Xs=X1).transp_Xt_emd |
| 16320 | 20 3d 20 6f 74 5f 65 6d 64 2e 69 6e 76 65 72 73 65 5f 74 72 61 6e 73 66 6f 72 6d 28 58 74 3d 58 | .=.ot_emd.inverse_transform(Xt=X |
| 16340 | 32 29 0a 0a 74 72 61 6e 73 70 5f 58 73 5f 73 69 6e 6b 68 6f 72 6e 20 3d 20 6f 74 5f 73 69 6e 6b | 2)..transp_Xs_sinkhorn.=.ot_sink |
| 16360 | 68 6f 72 6e 2e 74 72 61 6e 73 66 6f 72 6d 28 58 73 3d 58 31 29 0a 74 72 61 6e 73 70 5f 58 74 5f | horn.transform(Xs=X1).transp_Xt_ |
| 16380 | 73 69 6e 6b 68 6f 72 6e 20 3d 20 6f 74 5f 73 69 6e 6b 68 6f 72 6e 2e 69 6e 76 65 72 73 65 5f 74 | sinkhorn.=.ot_sinkhorn.inverse_t |
| 163a0 | 72 61 6e 73 66 6f 72 6d 28 58 74 3d 58 32 29 0a 0a 49 31 74 20 3d 20 6d 69 6e 6d 61 78 28 6d 61 | ransform(Xt=X2)..I1t.=.minmax(ma |
| 163c0 | 74 32 69 6d 28 74 72 61 6e 73 70 5f 58 73 5f 65 6d 64 2c 20 49 31 2e 73 68 61 70 65 29 29 0a 49 | t2im(transp_Xs_emd,.I1.shape)).I |
| 163e0 | 32 74 20 3d 20 6d 69 6e 6d 61 78 28 6d 61 74 32 69 6d 28 74 72 61 6e 73 70 5f 58 74 5f 65 6d 64 | 2t.=.minmax(mat2im(transp_Xt_emd |
| 16400 | 2c 20 49 32 2e 73 68 61 70 65 29 29 0a 0a 49 31 74 65 20 3d 20 6d 69 6e 6d 61 78 28 6d 61 74 32 | ,.I2.shape))..I1te.=.minmax(mat2 |
| 16420 | 69 6d 28 74 72 61 6e 73 70 5f 58 73 5f 73 69 6e 6b 68 6f 72 6e 2c 20 49 31 2e 73 68 61 70 65 29 | im(transp_Xs_sinkhorn,.I1.shape) |
| 16440 | 29 0a 49 32 74 65 20 3d 20 6d 69 6e 6d 61 78 28 6d 61 74 32 69 6d 28 74 72 61 6e 73 70 5f 58 74 | ).I2te.=.minmax(mat2im(transp_Xt |
| 16460 | 5f 73 69 6e 6b 68 6f 72 6e 2c 20 49 32 2e 73 68 61 70 65 29 29 0a 0a 0a 23 23 23 23 23 23 23 23 | _sinkhorn,.I2.shape))...######## |
| 16480 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 164a0 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 164c0 | 23 23 23 23 23 23 0a 23 20 50 6c 6f 74 20 6e 65 77 20 69 6d 61 67 65 73 0a 23 20 2d 2d 2d 2d 2d | ######.#.Plot.new.images.#.----- |
| 164e0 | 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 0a 0a 70 6c 2e 66 69 67 75 72 65 28 33 2c 20 66 69 67 73 69 7a 65 | ----------..pl.figure(3,.figsize |
| 16500 | 3d 28 38 2c 20 34 29 29 0a 0a 70 6c 2e 73 75 62 70 6c 6f 74 28 32 2c 20 33 2c 20 31 29 0a 70 6c | =(8,.4))..pl.subplot(2,.3,.1).pl |
| 16520 | 2e 69 6d 73 68 6f 77 28 49 31 29 0a 70 6c 2e 61 78 69 73 28 27 6f 66 66 27 29 0a 70 6c 2e 74 69 | .imshow(I1).pl.axis('off').pl.ti |
| 16540 | 74 6c 65 28 27 49 6d 61 67 65 20 31 27 29 0a 0a 70 6c 2e 73 75 62 70 6c 6f 74 28 32 2c 20 33 2c | tle('Image.1')..pl.subplot(2,.3, |
| 16560 | 20 32 29 0a 70 6c 2e 69 6d 73 68 6f 77 28 49 31 74 29 0a 70 6c 2e 61 78 69 73 28 27 6f 66 66 27 | .2).pl.imshow(I1t).pl.axis('off' |
| 16580 | 29 0a 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 49 6d 61 67 65 20 31 20 41 64 61 70 74 27 29 0a 0a 70 6c 2e | ).pl.title('Image.1.Adapt')..pl. |
| 165a0 | 73 75 62 70 6c 6f 74 28 32 2c 20 33 2c 20 33 29 0a 70 6c 2e 69 6d 73 68 6f 77 28 49 31 74 65 29 | subplot(2,.3,.3).pl.imshow(I1te) |
| 165c0 | 0a 70 6c 2e 61 78 69 73 28 27 6f 66 66 27 29 0a 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 49 6d 61 67 65 20 | .pl.axis('off').pl.title('Image. |
| 165e0 | 31 20 41 64 61 70 74 20 28 72 65 67 29 27 29 0a 0a 70 6c 2e 73 75 62 70 6c 6f 74 28 32 2c 20 33 | 1.Adapt.(reg)')..pl.subplot(2,.3 |
| 16600 | 2c 20 34 29 0a 70 6c 2e 69 6d 73 68 6f 77 28 49 32 29 0a 70 6c 2e 61 78 69 73 28 27 6f 66 66 27 | ,.4).pl.imshow(I2).pl.axis('off' |
| 16620 | 29 0a 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 49 6d 61 67 65 20 32 27 29 0a 0a 70 6c 2e 73 75 62 70 6c 6f | ).pl.title('Image.2')..pl.subplo |
| 16640 | 74 28 32 2c 20 33 2c 20 35 29 0a 70 6c 2e 69 6d 73 68 6f 77 28 49 32 74 29 0a 70 6c 2e 61 78 69 | t(2,.3,.5).pl.imshow(I2t).pl.axi |
| 16660 | 73 28 27 6f 66 66 27 29 0a 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 49 6d 61 67 65 20 32 20 41 64 61 70 74 | s('off').pl.title('Image.2.Adapt |
| 16680 | 27 29 0a 0a 70 6c 2e 73 75 62 70 6c 6f 74 28 32 2c 20 33 2c 20 36 29 0a 70 6c 2e 69 6d 73 68 6f | ')..pl.subplot(2,.3,.6).pl.imsho |
| 166a0 | 77 28 49 32 74 65 29 0a 70 6c 2e 61 78 69 73 28 27 6f 66 66 27 29 0a 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 | w(I2te).pl.axis('off').pl.title( |
| 166c0 | 27 49 6d 61 67 65 20 32 20 41 64 61 70 74 20 28 72 65 67 29 27 29 0a 70 6c 2e 74 69 67 68 74 5f | 'Image.2.Adapt.(reg)').pl.tight_ |
| 166e0 | 6c 61 79 6f 75 74 28 29 0a 0a 70 6c 2e 73 68 6f 77 28 29 0a 50 4b 01 02 14 03 14 00 00 00 00 00 | layout()..pl.show().PK.......... |
| 16700 | 33 72 d9 4e c6 3b 52 da f3 0a 00 00 f3 0a 00 00 0e 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 b4 81 00 00 | 3r.N.;R......................... |
| 16720 | 00 00 70 6c 6f 74 5f 67 72 6f 6d 6f 76 2e 70 79 50 4b 01 02 14 03 14 00 00 00 00 00 33 72 d9 4e | ..plot_gromov.pyPK..........3r.N |
| 16740 | a4 4f 47 3f 0c 0c 00 00 0c 0c 00 00 0b 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 b4 81 1f 0b 00 00 70 6c | .OG?..........................pl |
| 16760 | 6f 74 5f 57 44 41 2e 70 79 50 4b 01 02 14 03 14 00 00 00 00 00 35 72 d9 4e e5 d4 47 7d 9d 1c 00 | ot_WDA.pyPK..........5r.N..G}... |
| 16780 | 00 9d 1c 00 00 19 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 b4 81 54 17 00 00 70 6c 6f 74 5f 67 72 6f 6d | ...................T...plot_grom |
| 167a0 | 6f 76 5f 62 61 72 79 63 65 6e 74 65 72 2e 70 79 50 4b 01 02 14 03 14 00 00 00 00 00 33 72 d9 4e | ov_barycenter.pyPK..........3r.N |
| 167c0 | b8 cd f6 1b 7e 0b 00 00 7e 0b 00 00 13 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 b4 81 28 34 00 00 70 6c | ....~...~.................(4..pl |
| 167e0 | 6f 74 5f 6f 70 74 69 6d 5f 4f 54 72 65 67 2e 70 79 50 4b 01 02 14 03 14 00 00 00 00 00 33 72 d9 | ot_optim_OTreg.pyPK..........3r. |
| 16800 | 4e 39 06 7c 60 0c 15 00 00 0c 15 00 00 0f 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 b4 81 d7 3f 00 00 70 | N9.|`.......................?..p |
| 16820 | 6c 6f 74 5f 6f 74 64 61 5f 64 32 2e 70 79 50 4b 01 02 14 03 14 00 00 00 00 00 33 72 d9 4e 71 12 | lot_otda_d2.pyPK..........3r.Nq. |
| 16840 | 0d cb 23 12 00 00 23 12 00 00 1c 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 b4 81 10 55 00 00 70 6c 6f 74 | ..#...#..................U..plot |
| 16860 | 5f 6f 74 64 61 5f 73 65 6d 69 5f 73 75 70 65 72 76 69 73 65 64 2e 70 79 50 4b 01 02 14 03 14 00 | _otda_semi_supervised.pyPK...... |
| 16880 | 00 00 00 00 33 72 d9 4e 0b 5c 2a af a2 06 00 00 a2 06 00 00 0d 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 | ....3r.N.\*..................... |
| 168a0 | b4 81 6d 67 00 00 70 6c 6f 74 5f 4f 54 5f 31 44 2e 70 79 50 4b 01 02 14 03 14 00 00 00 00 00 33 | ..mg..plot_OT_1D.pyPK..........3 |
| 168c0 | 72 d9 4e 6d 8a 53 18 e2 17 00 00 e2 17 00 00 12 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 b4 81 3a 6e 00 | r.Nm.S.......................:n. |
| 168e0 | 00 70 6c 6f 74 5f 73 74 6f 63 68 61 73 74 69 63 2e 70 79 50 4b 01 02 14 03 14 00 00 00 00 00 33 | .plot_stochastic.pyPK..........3 |
| 16900 | 72 d9 4e f2 7c 7e 9e 5c 0e 00 00 5c 0e 00 00 15 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 b4 81 4c 86 00 | r.N.|~.\...\.................L.. |
| 16920 | 00 70 6c 6f 74 5f 62 61 72 79 63 65 6e 74 65 72 5f 31 44 2e 70 79 50 4b 01 02 14 03 14 00 00 00 | .plot_barycenter_1D.pyPK........ |
| 16940 | 00 00 33 72 d9 4e b0 31 70 de ee 10 00 00 ee 10 00 00 14 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 b4 81 | ..3r.N.1p....................... |
| 16960 | db 94 00 00 70 6c 6f 74 5f 6f 74 64 61 5f 63 6c 61 73 73 65 73 2e 70 79 50 4b 01 02 14 03 14 00 | ....plot_otda_classes.pyPK...... |
| 16980 | 00 00 00 00 33 72 d9 4e ff 09 e8 78 dd 08 00 00 dd 08 00 00 14 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 | ....3r.N...x.................... |
| 169a0 | b4 81 fb a5 00 00 70 6c 6f 74 5f 4f 54 5f 31 44 5f 73 6d 6f 6f 74 68 2e 70 79 50 4b 01 02 14 03 | ......plot_OT_1D_smooth.pyPK.... |
| 169c0 | 14 00 00 00 00 00 33 72 d9 4e b0 ed ff 28 54 10 00 00 54 10 00 00 22 00 00 00 00 00 00 00 00 00 | ......3r.N...(T...T..."......... |
| 169e0 | 00 00 b4 81 0a af 00 00 70 6c 6f 74 5f 6f 74 64 61 5f 6d 61 70 70 69 6e 67 5f 63 6f 6c 6f 72 73 | ........plot_otda_mapping_colors |
| 16a00 | 5f 69 6d 61 67 65 73 2e 70 79 50 4b 01 02 14 03 14 00 00 00 00 00 33 72 d9 4e 90 0c 61 ee fa 07 | _images.pyPK..........3r.N..a... |
| 16a20 | 00 00 fa 07 00 00 1f 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 b4 81 9e bf 00 00 70 6c 6f 74 5f 66 72 65 | ........................plot_fre |
| 16a40 | 65 5f 73 75 70 70 6f 72 74 5f 62 61 72 79 63 65 6e 74 65 72 2e 70 79 50 4b 01 02 14 03 14 00 00 | e_support_barycenter.pyPK....... |
| 16a60 | 00 00 00 33 72 d9 4e e5 5f 4e 9c 14 11 00 00 14 11 00 00 0b 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 b4 | ...3r.N._N...................... |
| 16a80 | 81 d5 c7 00 00 70 6c 6f 74 5f 66 67 77 2e 70 79 50 4b 01 02 14 03 14 00 00 00 00 00 33 72 d9 4e | .....plot_fgw.pyPK..........3r.N |
| 16aa0 | ea 88 04 1c d5 18 00 00 d5 18 00 00 16 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 b4 81 12 d9 00 00 70 6c | ..............................pl |
| 16ac0 | 6f 74 5f 62 61 72 79 63 65 6e 74 65 72 5f 66 67 77 2e 70 79 50 4b 01 02 14 03 14 00 00 00 00 00 | ot_barycenter_fgw.pyPK.......... |
| 16ae0 | 33 72 d9 4e 6f 6c 58 5b 88 13 00 00 88 13 00 00 13 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 b4 81 1b f2 | 3r.NolX[........................ |
| 16b00 | 00 00 70 6c 6f 74 5f 4f 54 5f 4c 31 5f 76 73 5f 4c 32 2e 70 79 50 4b 01 02 14 03 14 00 00 00 00 | ..plot_OT_L1_vs_L2.pyPK......... |
| 16b20 | 00 33 72 d9 4e a6 16 4e 83 2e 17 00 00 2e 17 00 00 21 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 b4 81 d4 | .3r.N..N.........!.............. |
| 16b40 | 05 01 00 70 6c 6f 74 5f 62 61 72 79 63 65 6e 74 65 72 5f 6c 70 5f 76 73 5f 65 6e 74 72 6f 70 69 | ...plot_barycenter_lp_vs_entropi |
| 16b60 | 63 2e 70 79 50 4b 01 02 14 03 14 00 00 00 00 00 33 72 d9 4e a7 6b f0 c3 bf 0b 00 00 bf 0b 00 00 | c.pyPK..........3r.N.k.......... |
| 16b80 | 15 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 b4 81 41 1d 01 00 70 6c 6f 74 5f 4f 54 5f 32 44 5f 73 61 6d | ..............A...plot_OT_2D_sam |
| 16ba0 | 70 6c 65 73 2e 70 79 50 4b 01 02 14 03 14 00 00 00 00 00 33 72 d9 4e 0e e0 72 82 97 0b 00 00 97 | ples.pyPK..........3r.N..r...... |
| 16bc0 | 0b 00 00 1b 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 b4 81 33 29 01 00 70 6c 6f 74 5f 6f 74 64 61 5f 6c | .................3)..plot_otda_l |
| 16be0 | 69 6e 65 61 72 5f 6d 61 70 70 69 6e 67 2e 70 79 50 4b 01 02 14 03 14 00 00 00 00 00 33 72 d9 4e | inear_mapping.pyPK..........3r.N |
| 16c00 | cd ad d9 82 f4 0f 00 00 f4 0f 00 00 14 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 b4 81 03 35 01 00 70 6c | ...........................5..pl |
| 16c20 | 6f 74 5f 6f 74 64 61 5f 6d 61 70 70 69 6e 67 2e 70 79 50 4b 01 02 14 03 14 00 00 00 00 00 33 72 | ot_otda_mapping.pyPK..........3r |
| 16c40 | d9 4e 7a 2e b5 2b 65 09 00 00 65 09 00 00 13 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 b4 81 29 45 01 00 | .Nz..+e...e.................)E.. |
| 16c60 | 70 6c 6f 74 5f 63 6f 6d 70 75 74 65 5f 65 6d 64 2e 70 79 50 4b 01 02 14 03 14 00 00 00 00 00 33 | plot_compute_emd.pyPK..........3 |
| 16c80 | 72 d9 4e d1 a8 d7 2e a9 09 00 00 a9 09 00 00 20 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 b4 81 bf 4e 01 | r.N...........................N. |
| 16ca0 | 00 70 6c 6f 74 5f 63 6f 6e 76 6f 6c 75 74 69 6f 6e 61 6c 5f 62 61 72 79 63 65 6e 74 65 72 2e 70 | .plot_convolutional_barycenter.p |
| 16cc0 | 79 50 4b 01 02 14 03 14 00 00 00 00 00 33 72 d9 4e f4 37 b2 97 17 0e 00 00 17 0e 00 00 19 00 00 | yPK..........3r.N.7............. |
| 16ce0 | 00 00 00 00 00 00 00 00 00 b4 81 a6 58 01 00 70 6c 6f 74 5f 6f 74 64 61 5f 63 6f 6c 6f 72 5f 69 | ............X..plot_otda_color_i |
| 16d00 | 6d 61 67 65 73 2e 70 79 50 4b 05 06 00 00 00 00 17 00 17 00 14 06 00 00 f4 66 01 00 00 00 | mages.pyPK...............f.... |
 |
index : debian-python-pot | |
| Debian package for POT. | gspr@nonempty.org |
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