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| 1900 | 20 66 75 6e 63 74 69 6f 6e 20 61 6c 6c 6f 77 73 20 74 6f 20 66 69 6e 64 20 61 6e 20 65 6d 62 65 | .function.allows.to.find.an.embe |
| 1920 | 64 64 69 6e 67 20 6f 66 20 70 6f 69 6e 74 73 20 67 69 76 65 6e 20 61 20 64 69 73 73 69 6d 69 6c | dding.of.points.given.a.dissimil |
| 1940 | 61 72 69 74 79 20 6d 61 74 72 69 78 0d 0a 23 20 74 68 61 74 20 77 69 6c 6c 20 62 65 20 67 69 76 | arity.matrix..#.that.will.be.giv |
| 1960 | 65 6e 20 62 79 20 74 68 65 20 6f 75 74 70 75 74 20 6f 66 20 74 68 65 20 61 6c 67 6f 72 69 74 68 | en.by.the.output.of.the.algorith |
| 1980 | 6d 0d 0a 0d 0a 0d 0a 64 65 66 20 73 6d 61 63 6f 66 5f 6d 64 73 28 43 2c 20 64 69 6d 2c 20 6d 61 | m......def.smacof_mds(C,.dim,.ma |
| 19a0 | 78 5f 69 74 65 72 3d 33 30 30 30 2c 20 65 70 73 3d 31 65 2d 39 29 3a 0d 0a 20 20 20 20 22 22 22 | x_iter=3000,.eps=1e-9):......""" |
| 19c0 | 0d 0a 20 20 20 20 52 65 74 75 72 6e 73 20 61 6e 20 69 6e 74 65 72 70 6f 6c 61 74 65 64 20 70 6f | ......Returns.an.interpolated.po |
| 19e0 | 69 6e 74 20 63 6c 6f 75 64 20 66 6f 6c 6c 6f 77 69 6e 67 20 74 68 65 20 64 69 73 73 69 6d 69 6c | int.cloud.following.the.dissimil |
| 1a00 | 61 72 69 74 79 20 6d 61 74 72 69 78 20 43 0d 0a 20 20 20 20 75 73 69 6e 67 20 53 4d 41 43 4f 46 | arity.matrix.C......using.SMACOF |
| 1a20 | 20 6d 75 6c 74 69 64 69 6d 65 6e 73 69 6f 6e 61 6c 20 73 63 61 6c 69 6e 67 20 28 4d 44 53 29 20 | .multidimensional.scaling.(MDS). |
| 1a40 | 69 6e 20 73 70 65 63 69 66 69 63 20 64 69 6d 65 6e 73 69 6f 6e 6e 65 64 0d 0a 20 20 20 20 74 61 | in.specific.dimensionned......ta |
| 1a60 | 72 67 65 74 20 73 70 61 63 65 0d 0a 0d 0a 20 20 20 20 50 61 72 61 6d 65 74 65 72 73 0d 0a 20 20 | rget.space........Parameters.... |
| 1a80 | 20 20 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 0d 0a 20 20 20 20 43 20 3a 20 6e 64 61 72 72 61 79 2c 20 73 | ..----------......C.:.ndarray,.s |
| 1aa0 | 68 61 70 65 20 28 6e 73 2c 20 6e 73 29 0d 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 64 69 73 73 69 6d 69 6c 61 | hape.(ns,.ns)..........dissimila |
| 1ac0 | 72 69 74 79 20 6d 61 74 72 69 78 0d 0a 20 20 20 20 64 69 6d 20 3a 20 69 6e 74 0d 0a 20 20 20 20 | rity.matrix......dim.:.int...... |
| 1ae0 | 20 20 20 20 20 20 64 69 6d 65 6e 73 69 6f 6e 20 6f 66 20 74 68 65 20 74 61 72 67 65 74 65 64 20 | ......dimension.of.the.targeted. |
| 1b00 | 73 70 61 63 65 0d 0a 20 20 20 20 6d 61 78 5f 69 74 65 72 20 3a 20 20 69 6e 74 0d 0a 20 20 20 20 | space......max_iter.:..int...... |
| 1b20 | 20 20 20 20 4d 61 78 69 6d 75 6d 20 6e 75 6d 62 65 72 20 6f 66 20 69 74 65 72 61 74 69 6f 6e 73 | ....Maximum.number.of.iterations |
| 1b40 | 20 6f 66 20 74 68 65 20 53 4d 41 43 4f 46 20 61 6c 67 6f 72 69 74 68 6d 20 66 6f 72 20 61 20 73 | .of.the.SMACOF.algorithm.for.a.s |
| 1b60 | 69 6e 67 6c 65 20 72 75 6e 0d 0a 20 20 20 20 65 70 73 20 3a 20 66 6c 6f 61 74 0d 0a 20 20 20 20 | ingle.run......eps.:.float...... |
| 1b80 | 20 20 20 20 72 65 6c 61 74 69 76 65 20 74 6f 6c 65 72 61 6e 63 65 20 77 2e 72 2e 74 20 73 74 72 | ....relative.tolerance.w.r.t.str |
| 1ba0 | 65 73 73 20 74 6f 20 64 65 63 6c 61 72 65 20 63 6f 6e 76 65 72 67 65 0d 0a 0d 0a 20 20 20 20 52 | ess.to.declare.converge........R |
| 1bc0 | 65 74 75 72 6e 73 0d 0a 20 20 20 20 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 0d 0a 20 20 20 20 6e 70 6f 73 20 3a 20 | eturns......-------......npos.:. |
| 1be0 | 6e 64 61 72 72 61 79 2c 20 73 68 61 70 65 20 28 52 2c 20 64 69 6d 29 0d 0a 20 20 20 20 20 20 20 | ndarray,.shape.(R,.dim)......... |
| 1c00 | 20 20 20 20 45 6d 62 65 64 64 65 64 20 63 6f 6f 72 64 69 6e 61 74 65 73 20 6f 66 20 74 68 65 20 | ....Embedded.coordinates.of.the. |
| 1c20 | 69 6e 74 65 72 70 6f 6c 61 74 65 64 20 70 6f 69 6e 74 20 63 6c 6f 75 64 20 28 64 65 66 69 6e 65 | interpolated.point.cloud.(define |
| 1c40 | 64 20 77 69 74 68 0d 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 6f 6e 65 20 69 73 6f 6d 65 74 72 79 29 | d.with.............one.isometry) |
| 1c60 | 0d 0a 20 20 20 20 22 22 22 0d 0a 0d 0a 20 20 20 20 72 6e 67 20 3d 20 6e 70 2e 72 61 6e 64 6f 6d | ......"""........rng.=.np.random |
| 1c80 | 2e 52 61 6e 64 6f 6d 53 74 61 74 65 28 73 65 65 64 3d 33 29 0d 0a 0d 0a 20 20 20 20 6d 64 73 20 | .RandomState(seed=3)........mds. |
| 1ca0 | 3d 20 6d 61 6e 69 66 6f 6c 64 2e 4d 44 53 28 0d 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 64 69 6d 2c 0d 0a 20 | =.manifold.MDS(..........dim,... |
| 1cc0 | 20 20 20 20 20 20 20 6d 61 78 5f 69 74 65 72 3d 6d 61 78 5f 69 74 65 72 2c 0d 0a 20 20 20 20 20 | .......max_iter=max_iter,....... |
| 1ce0 | 20 20 20 65 70 73 3d 31 65 2d 39 2c 0d 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 64 69 73 73 69 6d 69 6c 61 72 | ...eps=1e-9,..........dissimilar |
| 1d00 | 69 74 79 3d 27 70 72 65 63 6f 6d 70 75 74 65 64 27 2c 0d 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 6e 5f 69 6e | ity='precomputed',..........n_in |
| 1d20 | 69 74 3d 31 29 0d 0a 20 20 20 20 70 6f 73 20 3d 20 6d 64 73 2e 66 69 74 28 43 29 2e 65 6d 62 65 | it=1)......pos.=.mds.fit(C).embe |
| 1d40 | 64 64 69 6e 67 5f 0d 0a 0d 0a 20 20 20 20 6e 6d 64 73 20 3d 20 6d 61 6e 69 66 6f 6c 64 2e 4d 44 | dding_........nmds.=.manifold.MD |
| 1d60 | 53 28 0d 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 32 2c 0d 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 6d 61 78 5f 69 74 65 72 | S(..........2,..........max_iter |
| 1d80 | 3d 6d 61 78 5f 69 74 65 72 2c 0d 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 65 70 73 3d 31 65 2d 39 2c 0d 0a 20 | =max_iter,..........eps=1e-9,... |
| 1da0 | 20 20 20 20 20 20 20 64 69 73 73 69 6d 69 6c 61 72 69 74 79 3d 22 70 72 65 63 6f 6d 70 75 74 65 | .......dissimilarity="precompute |
| 1dc0 | 64 22 2c 0d 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 72 61 6e 64 6f 6d 5f 73 74 61 74 65 3d 72 6e 67 2c 0d 0a | d",..........random_state=rng,.. |
| 1de0 | 20 20 20 20 20 20 20 20 6e 5f 69 6e 69 74 3d 31 29 0d 0a 20 20 20 20 6e 70 6f 73 20 3d 20 6e 6d | ........n_init=1)......npos.=.nm |
| 1e00 | 64 73 2e 66 69 74 5f 74 72 61 6e 73 66 6f 72 6d 28 43 2c 20 69 6e 69 74 3d 70 6f 73 29 0d 0a 0d | ds.fit_transform(C,.init=pos)... |
| 1e20 | 0a 20 20 20 20 72 65 74 75 72 6e 20 6e 70 6f 73 0d 0a 0d 0a 0d 0a 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | .....return.npos......########## |
| 1e40 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 1e60 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 1e80 | 23 23 23 23 0d 0a 23 20 44 61 74 61 20 70 72 65 70 61 72 61 74 69 6f 6e 0d 0a 23 20 2d 2d 2d 2d | ####..#.Data.preparation..#.---- |
| 1ea0 | 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 0d 0a 23 0d 0a 23 20 54 68 65 20 66 6f 75 72 20 64 69 73 74 | ------------..#..#.The.four.dist |
| 1ec0 | 72 69 62 75 74 69 6f 6e 73 20 61 72 65 20 63 6f 6e 73 74 72 75 63 74 65 64 20 66 72 6f 6d 20 34 | ributions.are.constructed.from.4 |
| 1ee0 | 20 73 69 6d 70 6c 65 20 69 6d 61 67 65 73 0d 0a 0d 0a 0d 0a 64 65 66 20 69 6d 32 6d 61 74 28 49 | .simple.images......def.im2mat(I |
| 1f00 | 29 3a 0d 0a 20 20 20 20 22 22 22 43 6f 6e 76 65 72 74 73 20 61 6e 64 20 69 6d 61 67 65 20 74 6f | ):......"""Converts.and.image.to |
| 1f20 | 20 6d 61 74 72 69 78 20 28 6f 6e 65 20 70 69 78 65 6c 20 70 65 72 20 6c 69 6e 65 29 22 22 22 0d | .matrix.(one.pixel.per.line)""". |
| 1f40 | 0a 20 20 20 20 72 65 74 75 72 6e 20 49 2e 72 65 73 68 61 70 65 28 28 49 2e 73 68 61 70 65 5b 30 | .....return.I.reshape((I.shape[0 |
| 1f60 | 5d 20 2a 20 49 2e 73 68 61 70 65 5b 31 5d 2c 20 49 2e 73 68 61 70 65 5b 32 5d 29 29 0d 0a 0d 0a | ].*.I.shape[1],.I.shape[2])).... |
| 1f80 | 0d 0a 73 71 75 61 72 65 20 3d 20 73 70 69 2e 69 6d 72 65 61 64 28 27 2e 2e 2f 64 61 74 61 2f 73 | ..square.=.spi.imread('../data/s |
| 1fa0 | 71 75 61 72 65 2e 70 6e 67 27 29 2e 61 73 74 79 70 65 28 6e 70 2e 66 6c 6f 61 74 36 34 29 5b 3a | quare.png').astype(np.float64)[: |
| 1fc0 | 2c 20 3a 2c 20 32 5d 20 2f 20 32 35 36 0d 0a 63 72 6f 73 73 20 3d 20 73 70 69 2e 69 6d 72 65 61 | ,.:,.2]./.256..cross.=.spi.imrea |
| 1fe0 | 64 28 27 2e 2e 2f 64 61 74 61 2f 63 72 6f 73 73 2e 70 6e 67 27 29 2e 61 73 74 79 70 65 28 6e 70 | d('../data/cross.png').astype(np |
| 2000 | 2e 66 6c 6f 61 74 36 34 29 5b 3a 2c 20 3a 2c 20 32 5d 20 2f 20 32 35 36 0d 0a 74 72 69 61 6e 67 | .float64)[:,.:,.2]./.256..triang |
| 2020 | 6c 65 20 3d 20 73 70 69 2e 69 6d 72 65 61 64 28 27 2e 2e 2f 64 61 74 61 2f 74 72 69 61 6e 67 6c | le.=.spi.imread('../data/triangl |
| 2040 | 65 2e 70 6e 67 27 29 2e 61 73 74 79 70 65 28 6e 70 2e 66 6c 6f 61 74 36 34 29 5b 3a 2c 20 3a 2c | e.png').astype(np.float64)[:,.:, |
| 2060 | 20 32 5d 20 2f 20 32 35 36 0d 0a 73 74 61 72 20 3d 20 73 70 69 2e 69 6d 72 65 61 64 28 27 2e 2e | .2]./.256..star.=.spi.imread('.. |
| 2080 | 2f 64 61 74 61 2f 73 74 61 72 2e 70 6e 67 27 29 2e 61 73 74 79 70 65 28 6e 70 2e 66 6c 6f 61 74 | /data/star.png').astype(np.float |
| 20a0 | 36 34 29 5b 3a 2c 20 3a 2c 20 32 5d 20 2f 20 32 35 36 0d 0a 0d 0a 73 68 61 70 65 73 20 3d 20 5b | 64)[:,.:,.2]./.256....shapes.=.[ |
| 20c0 | 73 71 75 61 72 65 2c 20 63 72 6f 73 73 2c 20 74 72 69 61 6e 67 6c 65 2c 20 73 74 61 72 5d 0d 0a | square,.cross,.triangle,.star].. |
| 20e0 | 0d 0a 53 20 3d 20 34 0d 0a 78 73 20 3d 20 5b 5b 5d 20 66 6f 72 20 69 20 69 6e 20 72 61 6e 67 65 | ..S.=.4..xs.=.[[].for.i.in.range |
| 2100 | 28 53 29 5d 0d 0a 0d 0a 0d 0a 66 6f 72 20 6e 62 20 69 6e 20 72 61 6e 67 65 28 34 29 3a 0d 0a 20 | (S)]......for.nb.in.range(4):... |
| 2120 | 20 20 20 66 6f 72 20 69 20 69 6e 20 72 61 6e 67 65 28 38 29 3a 0d 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 66 | ...for.i.in.range(8):..........f |
| 2140 | 6f 72 20 6a 20 69 6e 20 72 61 6e 67 65 28 38 29 3a 0d 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 69 | or.j.in.range(8):..............i |
| 2160 | 66 20 73 68 61 70 65 73 5b 6e 62 5d 5b 69 2c 20 6a 5d 20 3c 20 30 2e 39 35 3a 0d 0a 20 20 20 20 | f.shapes[nb][i,.j].<.0.95:...... |
| 2180 | 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 78 73 5b 6e 62 5d 2e 61 70 70 65 6e 64 28 5b 6a 2c 20 38 20 | ............xs[nb].append([j,.8. |
| 21a0 | 2d 20 69 5d 29 0d 0a 0d 0a 78 73 20 3d 20 6e 70 2e 61 72 72 61 79 28 5b 6e 70 2e 61 72 72 61 79 | -.i])....xs.=.np.array([np.array |
| 21c0 | 28 78 73 5b 30 5d 29 2c 20 6e 70 2e 61 72 72 61 79 28 78 73 5b 31 5d 29 2c 0d 0a 20 20 20 20 20 | (xs[0]),.np.array(xs[1]),....... |
| 21e0 | 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 6e 70 2e 61 72 72 61 79 28 78 73 5b 32 5d 29 2c 20 6e 70 2e 61 72 | ..........np.array(xs[2]),.np.ar |
| 2200 | 72 61 79 28 78 73 5b 33 5d 29 5d 29 0d 0a 0d 0a 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ray(xs[3])])....################ |
| 2220 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 2240 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 0d 0a | ##############################.. |
| 2260 | 23 20 42 61 72 79 63 65 6e 74 65 72 20 63 6f 6d 70 75 74 61 74 69 6f 6e 0d 0a 23 20 2d 2d 2d 2d | #.Barycenter.computation..#.---- |
| 2280 | 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 0d 0a 0d 0a 0d 0a 6e 73 20 3d 20 5b 6c 65 | ------------------......ns.=.[le |
| 22a0 | 6e 28 78 73 5b 73 5d 29 20 66 6f 72 20 73 20 69 6e 20 72 61 6e 67 65 28 53 29 5d 0d 0a 6e 5f 73 | n(xs[s]).for.s.in.range(S)]..n_s |
| 22c0 | 61 6d 70 6c 65 73 20 3d 20 33 30 0d 0a 0d 0a 22 22 22 43 6f 6d 70 75 74 65 20 61 6c 6c 20 64 69 | amples.=.30...."""Compute.all.di |
| 22e0 | 73 74 61 6e 63 65 73 20 6d 61 74 72 69 63 65 73 20 66 6f 72 20 74 68 65 20 66 6f 75 72 20 73 68 | stances.matrices.for.the.four.sh |
| 2300 | 61 70 65 73 22 22 22 0d 0a 43 73 20 3d 20 5b 73 70 2e 73 70 61 74 69 61 6c 2e 64 69 73 74 61 6e | apes"""..Cs.=.[sp.spatial.distan |
| 2320 | 63 65 2e 63 64 69 73 74 28 78 73 5b 73 5d 2c 20 78 73 5b 73 5d 29 20 66 6f 72 20 73 20 69 6e 20 | ce.cdist(xs[s],.xs[s]).for.s.in. |
| 2340 | 72 61 6e 67 65 28 53 29 5d 0d 0a 43 73 20 3d 20 5b 63 73 20 2f 20 63 73 2e 6d 61 78 28 29 20 66 | range(S)]..Cs.=.[cs./.cs.max().f |
| 2360 | 6f 72 20 63 73 20 69 6e 20 43 73 5d 0d 0a 0d 0a 70 73 20 3d 20 5b 6f 74 2e 75 6e 69 66 28 6e 73 | or.cs.in.Cs]....ps.=.[ot.unif(ns |
| 2380 | 5b 73 5d 29 20 66 6f 72 20 73 20 69 6e 20 72 61 6e 67 65 28 53 29 5d 0d 0a 70 20 3d 20 6f 74 2e | [s]).for.s.in.range(S)]..p.=.ot. |
| 23a0 | 75 6e 69 66 28 6e 5f 73 61 6d 70 6c 65 73 29 0d 0a 0d 0a 0d 0a 6c 61 6d 62 64 61 73 74 20 3d 20 | unif(n_samples)......lambdast.=. |
| 23c0 | 5b 5b 66 6c 6f 61 74 28 69 29 20 2f 20 33 2c 20 66 6c 6f 61 74 28 33 20 2d 20 69 29 20 2f 20 33 | [[float(i)./.3,.float(3.-.i)./.3 |
| 23e0 | 5d 20 66 6f 72 20 69 20 69 6e 20 5b 31 2c 20 32 5d 5d 0d 0a 0d 0a 43 74 30 31 20 3d 20 5b 30 20 | ].for.i.in.[1,.2]]....Ct01.=.[0. |
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| 2420 | 67 65 28 32 29 3a 0d 0a 20 20 20 20 43 74 30 31 5b 69 5d 20 3d 20 6f 74 2e 67 72 6f 6d 6f 76 2e | ge(2):......Ct01[i].=.ot.gromov. |
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| 2480 | 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5b 70 73 5b 30 5d | ..........................[ps[0] |
| 24a0 | 2c 20 70 73 5b 31 5d 0d 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 | ,.ps[1]......................... |
| 24c0 | 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5d 2c 20 70 2c 20 6c 61 6d 62 64 | .....................],.p,.lambd |
| 24e0 | 61 73 74 5b 69 5d 2c 20 27 73 71 75 61 72 65 5f 6c 6f 73 73 27 2c 20 20 23 20 35 65 2d 34 2c 0d | ast[i],.'square_loss',..#.5e-4,. |
| 2500 | 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 | ................................ |
| 2520 | 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 6d 61 78 5f 69 74 65 72 3d 31 30 30 2c 20 74 6f 6c 3d 31 65 | ............max_iter=100,.tol=1e |
| 2540 | 2d 33 29 0d 0a 0d 0a 43 74 30 32 20 3d 20 5b 30 20 66 6f 72 20 69 20 69 6e 20 72 61 6e 67 65 28 | -3)....Ct02.=.[0.for.i.in.range( |
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| 2580 | 32 5b 69 5d 20 3d 20 6f 74 2e 67 72 6f 6d 6f 76 2e 67 72 6f 6d 6f 76 5f 62 61 72 79 63 65 6e 74 | 2[i].=.ot.gromov.gromov_barycent |
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| 25c0 | 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 | ................................ |
| 25e0 | 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5b 70 73 5b 30 5d 2c 20 70 73 5b 32 5d 0d 0a 20 20 20 20 20 20 | ...........[ps[0],.ps[2]........ |
| 2600 | 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 | ................................ |
| 2620 | 20 20 20 20 20 20 5d 2c 20 70 2c 20 6c 61 6d 62 64 61 73 74 5b 69 5d 2c 20 27 73 71 75 61 72 65 | ......],.p,.lambdast[i],.'square |
| 2640 | 5f 6c 6f 73 73 27 2c 20 20 23 20 35 65 2d 34 2c 0d 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 | _loss',..#.5e-4,................ |
| 2660 | 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 6d 61 78 | .............................max |
| 2680 | 5f 69 74 65 72 3d 31 30 30 2c 20 74 6f 6c 3d 31 65 2d 33 29 0d 0a 0d 0a 43 74 31 33 20 3d 20 5b | _iter=100,.tol=1e-3)....Ct13.=.[ |
| 26a0 | 30 20 66 6f 72 20 69 20 69 6e 20 72 61 6e 67 65 28 32 29 5d 0d 0a 66 6f 72 20 69 20 69 6e 20 72 | 0.for.i.in.range(2)]..for.i.in.r |
| 26c0 | 61 6e 67 65 28 32 29 3a 0d 0a 20 20 20 20 43 74 31 33 5b 69 5d 20 3d 20 6f 74 2e 67 72 6f 6d 6f | ange(2):......Ct13[i].=.ot.gromo |
| 26e0 | 76 2e 67 72 6f 6d 6f 76 5f 62 61 72 79 63 65 6e 74 65 72 73 28 6e 5f 73 61 6d 70 6c 65 73 2c 20 | v.gromov_barycenters(n_samples,. |
| 2700 | 5b 43 73 5b 31 5d 2c 20 43 73 5b 33 5d 5d 2c 0d 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 | [Cs[1],.Cs[3]],................. |
| 2720 | 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5b 70 73 5b | ............................[ps[ |
| 2740 | 31 5d 2c 20 70 73 5b 33 5d 0d 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 | 1],.ps[3]....................... |
| 2760 | 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5d 2c 20 70 2c 20 6c 61 6d | .......................],.p,.lam |
| 2780 | 62 64 61 73 74 5b 69 5d 2c 20 27 73 71 75 61 72 65 5f 6c 6f 73 73 27 2c 20 20 23 20 35 65 2d 34 | bdast[i],.'square_loss',..#.5e-4 |
| 27a0 | 2c 0d 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 | ,............................... |
| 27c0 | 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 6d 61 78 5f 69 74 65 72 3d 31 30 30 2c 20 74 6f 6c 3d | ..............max_iter=100,.tol= |
| 27e0 | 31 65 2d 33 29 0d 0a 0d 0a 43 74 32 33 20 3d 20 5b 30 20 66 6f 72 20 69 20 69 6e 20 72 61 6e 67 | 1e-3)....Ct23.=.[0.for.i.in.rang |
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| 2860 | 0d 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 | ................................ |
| 2880 | 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5b 70 73 5b 32 5d 2c 20 70 73 5b 33 5d 0d 0a 20 20 20 20 | .............[ps[2],.ps[3]...... |
| 28a0 | 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 | ................................ |
| 28c0 | 20 20 20 20 20 20 20 20 5d 2c 20 70 2c 20 6c 61 6d 62 64 61 73 74 5b 69 5d 2c 20 27 73 71 75 61 | ........],.p,.lambdast[i],.'squa |
| 28e0 | 72 65 5f 6c 6f 73 73 27 2c 20 20 23 20 35 65 2d 34 2c 0d 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 | re_loss',..#.5e-4,.............. |
| 2900 | 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 6d | ...............................m |
| 2920 | 61 78 5f 69 74 65 72 3d 31 30 30 2c 20 74 6f 6c 3d 31 65 2d 33 29 0d 0a 0d 0a 0d 0a 23 23 23 23 | ax_iter=100,.tol=1e-3)......#### |
| 2940 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 2960 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
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| 3a00 | 20 72 65 67 75 6c 61 72 69 7a 61 74 69 6f 6e 0a 0a 0a 64 65 66 20 66 28 47 29 3a 0a 20 20 20 20 | .regularization...def.f(G):..... |
| 3a20 | 72 65 74 75 72 6e 20 30 2e 35 20 2a 20 6e 70 2e 73 75 6d 28 47 2a 2a 32 29 0a 0a 0a 64 65 66 20 | return.0.5.*.np.sum(G**2)...def. |
| 3a40 | 64 66 28 47 29 3a 0a 20 20 20 20 72 65 74 75 72 6e 20 47 0a 0a 0a 72 65 67 20 3d 20 31 65 2d 31 | df(G):.....return.G...reg.=.1e-1 |
| 3a60 | 0a 0a 47 6c 32 20 3d 20 6f 74 2e 6f 70 74 69 6d 2e 63 67 28 61 2c 20 62 2c 20 4d 2c 20 72 65 67 | ..Gl2.=.ot.optim.cg(a,.b,.M,.reg |
| 3a80 | 2c 20 66 2c 20 64 66 2c 20 76 65 72 62 6f 73 65 3d 54 72 75 65 29 0a 0a 70 6c 2e 66 69 67 75 72 | ,.f,.df,.verbose=True)..pl.figur |
| 3aa0 | 65 28 33 29 0a 6f 74 2e 70 6c 6f 74 2e 70 6c 6f 74 31 44 5f 6d 61 74 28 61 2c 20 62 2c 20 47 6c | e(3).ot.plot.plot1D_mat(a,.b,.Gl |
| 3ac0 | 32 2c 20 27 4f 54 20 6d 61 74 72 69 78 20 46 72 6f 62 2e 20 72 65 67 27 29 0a 0a 23 23 23 23 23 | 2,.'OT.matrix.Frob..reg')..##### |
| 3ae0 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 3b00 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 3b20 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 0a 23 20 53 6f 6c 76 65 20 45 4d 44 20 77 69 74 68 20 65 6e 74 72 6f | #########.#.Solve.EMD.with.entro |
| 3b40 | 70 69 63 20 72 65 67 75 6c 61 72 69 7a 61 74 69 6f 6e 0a 23 20 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d | pic.regularization.#.----------- |
| 3b60 | 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 0a 0a 23 25 25 | ---------------------------..#%% |
| 3b80 | 20 45 78 61 6d 70 6c 65 20 77 69 74 68 20 65 6e 74 72 6f 70 69 63 20 72 65 67 75 6c 61 72 69 7a | .Example.with.entropic.regulariz |
| 3ba0 | 61 74 69 6f 6e 0a 0a 0a 64 65 66 20 66 28 47 29 3a 0a 20 20 20 20 72 65 74 75 72 6e 20 6e 70 2e | ation...def.f(G):.....return.np. |
| 3bc0 | 73 75 6d 28 47 20 2a 20 6e 70 2e 6c 6f 67 28 47 29 29 0a 0a 0a 64 65 66 20 64 66 28 47 29 3a 0a | sum(G.*.np.log(G))...def.df(G):. |
| 3be0 | 20 20 20 20 72 65 74 75 72 6e 20 6e 70 2e 6c 6f 67 28 47 29 20 2b 20 31 2e 0a 0a 0a 72 65 67 20 | ....return.np.log(G).+.1....reg. |
| 3c00 | 3d 20 31 65 2d 33 0a 0a 47 65 20 3d 20 6f 74 2e 6f 70 74 69 6d 2e 63 67 28 61 2c 20 62 2c 20 4d | =.1e-3..Ge.=.ot.optim.cg(a,.b,.M |
| 3c20 | 2c 20 72 65 67 2c 20 66 2c 20 64 66 2c 20 76 65 72 62 6f 73 65 3d 54 72 75 65 29 0a 0a 70 6c 2e | ,.reg,.f,.df,.verbose=True)..pl. |
| 3c40 | 66 69 67 75 72 65 28 34 2c 20 66 69 67 73 69 7a 65 3d 28 35 2c 20 35 29 29 0a 6f 74 2e 70 6c 6f | figure(4,.figsize=(5,.5)).ot.plo |
| 3c60 | 74 2e 70 6c 6f 74 31 44 5f 6d 61 74 28 61 2c 20 62 2c 20 47 65 2c 20 27 4f 54 20 6d 61 74 72 69 | t.plot1D_mat(a,.b,.Ge,.'OT.matri |
| 3c80 | 78 20 45 6e 74 72 6f 70 2e 20 72 65 67 27 29 0a 0a 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | x.Entrop..reg')..############### |
| 3ca0 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 3cc0 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 0a | ###############################. |
| 3ce0 | 23 20 53 6f 6c 76 65 20 45 4d 44 20 77 69 74 68 20 46 72 6f 62 65 6e 69 75 73 20 6e 6f 72 6d 20 | #.Solve.EMD.with.Frobenius.norm. |
| 3d00 | 2b 20 65 6e 74 72 6f 70 69 63 20 72 65 67 75 6c 61 72 69 7a 61 74 69 6f 6e 0a 23 20 2d 2d 2d 2d | +.entropic.regularization.#.---- |
| 3d20 | 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d | -------------------------------- |
| 3d40 | 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 0a 0a 23 25 25 20 45 78 61 6d 70 6c 65 | -------------------..#%%.Example |
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| 3d80 | 72 65 67 75 6c 61 72 69 7a 61 74 69 6f 6e 20 77 69 74 68 20 67 63 67 0a 0a 0a 64 65 66 20 66 28 | regularization.with.gcg...def.f( |
| 3da0 | 47 29 3a 0a 20 20 20 20 72 65 74 75 72 6e 20 30 2e 35 20 2a 20 6e 70 2e 73 75 6d 28 47 2a 2a 32 | G):.....return.0.5.*.np.sum(G**2 |
| 3dc0 | 29 0a 0a 0a 64 65 66 20 64 66 28 47 29 3a 0a 20 20 20 20 72 65 74 75 72 6e 20 47 0a 0a 0a 72 65 | )...def.df(G):.....return.G...re |
| 3de0 | 67 31 20 3d 20 31 65 2d 33 0a 72 65 67 32 20 3d 20 31 65 2d 31 0a 0a 47 65 6c 32 20 3d 20 6f 74 | g1.=.1e-3.reg2.=.1e-1..Gel2.=.ot |
| 3e00 | 2e 6f 70 74 69 6d 2e 67 63 67 28 61 2c 20 62 2c 20 4d 2c 20 72 65 67 31 2c 20 72 65 67 32 2c 20 | .optim.gcg(a,.b,.M,.reg1,.reg2,. |
| 3e20 | 66 2c 20 64 66 2c 20 76 65 72 62 6f 73 65 3d 54 72 75 65 29 0a 0a 70 6c 2e 66 69 67 75 72 65 28 | f,.df,.verbose=True)..pl.figure( |
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| 3e80 | 20 6d 61 74 72 69 78 20 46 72 6f 62 2e 20 72 65 67 27 29 0a 70 6c 2e 73 68 6f 77 28 29 0a 50 4b | .matrix.Frob..reg').pl.show().PK |
| 3ea0 | 03 04 14 00 00 00 00 00 17 78 50 4c 66 5a 12 7c 0a 15 00 00 0a 15 00 00 0f 00 00 00 70 6c 6f 74 | .........xPLfZ.|............plot |
| 3ec0 | 5f 6f 74 64 61 5f 64 32 2e 70 79 23 20 2d 2a 2d 20 63 6f 64 69 6e 67 3a 20 75 74 66 2d 38 20 2d | _otda_d2.py#.-*-.coding:.utf-8.- |
| 3ee0 | 2a 2d 0a 22 22 22 0a 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d | *-.""".========================= |
| 3f00 | 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 0a 4f 54 20 66 6f | ==========================.OT.fo |
| 3f20 | 72 20 64 6f 6d 61 69 6e 20 61 64 61 70 74 61 74 69 6f 6e 20 6f 6e 20 65 6d 70 69 72 69 63 61 6c | r.domain.adaptation.on.empirical |
| 3f40 | 20 64 69 73 74 72 69 62 75 74 69 6f 6e 73 0a 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d | .distributions.================= |
| 3f60 | 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d 3d | ================================ |
| 3f80 | 3d 3d 0a 0a 54 68 69 73 20 65 78 61 6d 70 6c 65 20 69 6e 74 72 6f 64 75 63 65 73 20 61 20 64 6f | ==..This.example.introduces.a.do |
| 3fa0 | 6d 61 69 6e 20 61 64 61 70 74 61 74 69 6f 6e 20 69 6e 20 61 20 32 44 20 73 65 74 74 69 6e 67 2e | main.adaptation.in.a.2D.setting. |
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| 3fe0 | 61 69 6e 20 61 64 61 70 74 61 74 69 6f 6e 20 61 6e 64 20 69 6e 74 72 6f 64 75 63 65 73 20 73 6f | ain.adaptation.and.introduces.so |
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| 4020 | 74 6f 20 73 6f 6c 76 65 20 69 74 2e 0a 0a 51 75 61 6e 74 69 74 69 65 73 20 73 75 63 68 20 61 73 | to.solve.it...Quantities.such.as |
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| 40c0 | 67 0a 6f 66 20 77 68 61 74 20 74 68 65 20 74 72 61 6e 73 70 6f 72 74 20 6d 65 74 68 6f 64 73 20 | g.of.what.the.transport.methods. |
| 40e0 | 61 72 65 20 64 6f 69 6e 67 2e 0a 22 22 22 0a 0a 23 20 41 75 74 68 6f 72 73 3a 20 52 65 6d 69 20 | are.doing.."""..#.Authors:.Remi. |
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| 4220 | 73 5f 73 6f 75 72 63 65 20 3d 20 31 35 30 0a 6e 5f 73 61 6d 70 6c 65 73 5f 74 61 72 67 65 74 20 | s_source.=.150.n_samples_target. |
| 4240 | 3d 20 31 35 30 0a 0a 58 73 2c 20 79 73 20 3d 20 6f 74 2e 64 61 74 61 73 65 74 73 2e 67 65 74 5f | =.150..Xs,.ys.=.ot.datasets.get_ |
| 4260 | 64 61 74 61 5f 63 6c 61 73 73 69 66 28 27 33 67 61 75 73 73 27 2c 20 6e 5f 73 61 6d 70 6c 65 73 | data_classif('3gauss',.n_samples |
| 4280 | 5f 73 6f 75 72 63 65 29 0a 58 74 2c 20 79 74 20 3d 20 6f 74 2e 64 61 74 61 73 65 74 73 2e 67 65 | _source).Xt,.yt.=.ot.datasets.ge |
| 42a0 | 74 5f 64 61 74 61 5f 63 6c 61 73 73 69 66 28 27 33 67 61 75 73 73 32 27 2c 20 6e 5f 73 61 6d 70 | t_data_classif('3gauss2',.n_samp |
| 42c0 | 6c 65 73 5f 74 61 72 67 65 74 29 0a 0a 23 20 43 6f 73 74 20 6d 61 74 72 69 78 0a 4d 20 3d 20 6f | les_target)..#.Cost.matrix.M.=.o |
| 42e0 | 74 2e 64 69 73 74 28 58 73 2c 20 58 74 2c 20 6d 65 74 72 69 63 3d 27 73 71 65 75 63 6c 69 64 65 | t.dist(Xs,.Xt,.metric='sqeuclide |
| 4300 | 61 6e 27 29 0a 0a 0a 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | an')...######################### |
| 4320 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 4340 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 0a 23 20 49 6e 73 74 61 6e 74 69 | #####################.#.Instanti |
| 4360 | 61 74 65 20 74 68 65 20 64 69 66 66 65 72 65 6e 74 20 74 72 61 6e 73 70 6f 72 74 20 61 6c 67 6f | ate.the.different.transport.algo |
| 4380 | 72 69 74 68 6d 73 20 61 6e 64 20 66 69 74 20 74 68 65 6d 0a 23 20 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d | rithms.and.fit.them.#.---------- |
| 43a0 | 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d | -------------------------------- |
| 43c0 | 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 0a 0a 23 20 45 4d 44 20 54 72 61 6e 73 70 6f | -----------------..#.EMD.Transpo |
| 43e0 | 72 74 0a 6f 74 5f 65 6d 64 20 3d 20 6f 74 2e 64 61 2e 45 4d 44 54 72 61 6e 73 70 6f 72 74 28 29 | rt.ot_emd.=.ot.da.EMDTransport() |
| 4400 | 0a 6f 74 5f 65 6d 64 2e 66 69 74 28 58 73 3d 58 73 2c 20 58 74 3d 58 74 29 0a 0a 23 20 53 69 6e | .ot_emd.fit(Xs=Xs,.Xt=Xt)..#.Sin |
| 4420 | 6b 68 6f 72 6e 20 54 72 61 6e 73 70 6f 72 74 0a 6f 74 5f 73 69 6e 6b 68 6f 72 6e 20 3d 20 6f 74 | khorn.Transport.ot_sinkhorn.=.ot |
| 4440 | 2e 64 61 2e 53 69 6e 6b 68 6f 72 6e 54 72 61 6e 73 70 6f 72 74 28 72 65 67 5f 65 3d 31 65 2d 31 | .da.SinkhornTransport(reg_e=1e-1 |
| 4460 | 29 0a 6f 74 5f 73 69 6e 6b 68 6f 72 6e 2e 66 69 74 28 58 73 3d 58 73 2c 20 58 74 3d 58 74 29 0a | ).ot_sinkhorn.fit(Xs=Xs,.Xt=Xt). |
| 4480 | 0a 23 20 53 69 6e 6b 68 6f 72 6e 20 54 72 61 6e 73 70 6f 72 74 20 77 69 74 68 20 47 72 6f 75 70 | .#.Sinkhorn.Transport.with.Group |
| 44a0 | 20 6c 61 73 73 6f 20 72 65 67 75 6c 61 72 69 7a 61 74 69 6f 6e 0a 6f 74 5f 6c 70 6c 31 20 3d 20 | .lasso.regularization.ot_lpl1.=. |
| 44c0 | 6f 74 2e 64 61 2e 53 69 6e 6b 68 6f 72 6e 4c 70 6c 31 54 72 61 6e 73 70 6f 72 74 28 72 65 67 5f | ot.da.SinkhornLpl1Transport(reg_ |
| 44e0 | 65 3d 31 65 2d 31 2c 20 72 65 67 5f 63 6c 3d 31 65 30 29 0a 6f 74 5f 6c 70 6c 31 2e 66 69 74 28 | e=1e-1,.reg_cl=1e0).ot_lpl1.fit( |
| 4500 | 58 73 3d 58 73 2c 20 79 73 3d 79 73 2c 20 58 74 3d 58 74 29 0a 0a 23 20 74 72 61 6e 73 70 6f 72 | Xs=Xs,.ys=ys,.Xt=Xt)..#.transpor |
| 4520 | 74 20 73 6f 75 72 63 65 20 73 61 6d 70 6c 65 73 20 6f 6e 74 6f 20 74 61 72 67 65 74 20 73 61 6d | t.source.samples.onto.target.sam |
| 4540 | 70 6c 65 73 0a 74 72 61 6e 73 70 5f 58 73 5f 65 6d 64 20 3d 20 6f 74 5f 65 6d 64 2e 74 72 61 6e | ples.transp_Xs_emd.=.ot_emd.tran |
| 4560 | 73 66 6f 72 6d 28 58 73 3d 58 73 29 0a 74 72 61 6e 73 70 5f 58 73 5f 73 69 6e 6b 68 6f 72 6e 20 | sform(Xs=Xs).transp_Xs_sinkhorn. |
| 4580 | 3d 20 6f 74 5f 73 69 6e 6b 68 6f 72 6e 2e 74 72 61 6e 73 66 6f 72 6d 28 58 73 3d 58 73 29 0a 74 | =.ot_sinkhorn.transform(Xs=Xs).t |
| 45a0 | 72 61 6e 73 70 5f 58 73 5f 6c 70 6c 31 20 3d 20 6f 74 5f 6c 70 6c 31 2e 74 72 61 6e 73 66 6f 72 | ransp_Xs_lpl1.=.ot_lpl1.transfor |
| 45c0 | 6d 28 58 73 3d 58 73 29 0a 0a 0a 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | m(Xs=Xs)...##################### |
| 45e0 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 4600 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 0a 23 20 46 69 67 20 | #########################.#.Fig. |
| 4620 | 31 20 3a 20 70 6c 6f 74 73 20 73 6f 75 72 63 65 20 61 6e 64 20 74 61 72 67 65 74 20 73 61 6d 70 | 1.:.plots.source.and.target.samp |
| 4640 | 6c 65 73 20 2b 20 6d 61 74 72 69 78 20 6f 66 20 70 61 69 72 77 69 73 65 20 64 69 73 74 61 6e 63 | les.+.matrix.of.pairwise.distanc |
| 4660 | 65 0a 23 20 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d | e.#.---------------------------- |
| 4680 | 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d | -------------------------------- |
| 46a0 | 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 0a 0a 70 6c 2e 66 69 67 75 72 65 28 31 2c 20 66 69 67 73 69 7a 65 3d | ---------..pl.figure(1,.figsize= |
| 46c0 | 28 31 30 2c 20 31 30 29 29 0a 70 6c 2e 73 75 62 70 6c 6f 74 28 32 2c 20 32 2c 20 31 29 0a 70 6c | (10,.10)).pl.subplot(2,.2,.1).pl |
| 46e0 | 2e 73 63 61 74 74 65 72 28 58 73 5b 3a 2c 20 30 5d 2c 20 58 73 5b 3a 2c 20 31 5d 2c 20 63 3d 79 | .scatter(Xs[:,.0],.Xs[:,.1],.c=y |
| 4700 | 73 2c 20 6d 61 72 6b 65 72 3d 27 2b 27 2c 20 6c 61 62 65 6c 3d 27 53 6f 75 72 63 65 20 73 61 6d | s,.marker='+',.label='Source.sam |
| 4720 | 70 6c 65 73 27 29 0a 70 6c 2e 78 74 69 63 6b 73 28 5b 5d 29 0a 70 6c 2e 79 74 69 63 6b 73 28 5b | ples').pl.xticks([]).pl.yticks([ |
| 4740 | 5d 29 0a 70 6c 2e 6c 65 67 65 6e 64 28 6c 6f 63 3d 30 29 0a 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 53 6f | ]).pl.legend(loc=0).pl.title('So |
| 4760 | 75 72 63 65 20 20 73 61 6d 70 6c 65 73 27 29 0a 0a 70 6c 2e 73 75 62 70 6c 6f 74 28 32 2c 20 32 | urce..samples')..pl.subplot(2,.2 |
| 4780 | 2c 20 32 29 0a 70 6c 2e 73 63 61 74 74 65 72 28 58 74 5b 3a 2c 20 30 5d 2c 20 58 74 5b 3a 2c 20 | ,.2).pl.scatter(Xt[:,.0],.Xt[:,. |
| 47a0 | 31 5d 2c 20 63 3d 79 74 2c 20 6d 61 72 6b 65 72 3d 27 6f 27 2c 20 6c 61 62 65 6c 3d 27 54 61 72 | 1],.c=yt,.marker='o',.label='Tar |
| 47c0 | 67 65 74 20 73 61 6d 70 6c 65 73 27 29 0a 70 6c 2e 78 74 69 63 6b 73 28 5b 5d 29 0a 70 6c 2e 79 | get.samples').pl.xticks([]).pl.y |
| 47e0 | 74 69 63 6b 73 28 5b 5d 29 0a 70 6c 2e 6c 65 67 65 6e 64 28 6c 6f 63 3d 30 29 0a 70 6c 2e 74 69 | ticks([]).pl.legend(loc=0).pl.ti |
| 4800 | 74 6c 65 28 27 54 61 72 67 65 74 20 73 61 6d 70 6c 65 73 27 29 0a 0a 70 6c 2e 73 75 62 70 6c 6f | tle('Target.samples')..pl.subplo |
| 4820 | 74 28 32 2c 20 32 2c 20 33 29 0a 70 6c 2e 69 6d 73 68 6f 77 28 4d 2c 20 69 6e 74 65 72 70 6f 6c | t(2,.2,.3).pl.imshow(M,.interpol |
| 4840 | 61 74 69 6f 6e 3d 27 6e 65 61 72 65 73 74 27 29 0a 70 6c 2e 78 74 69 63 6b 73 28 5b 5d 29 0a 70 | ation='nearest').pl.xticks([]).p |
| 4860 | 6c 2e 79 74 69 63 6b 73 28 5b 5d 29 0a 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 4d 61 74 72 69 78 20 6f 66 | l.yticks([]).pl.title('Matrix.of |
| 4880 | 20 70 61 69 72 77 69 73 65 20 64 69 73 74 61 6e 63 65 73 27 29 0a 70 6c 2e 74 69 67 68 74 5f 6c | .pairwise.distances').pl.tight_l |
| 48a0 | 61 79 6f 75 74 28 29 0a 0a 0a 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ayout()...###################### |
| 48c0 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 48e0 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 0a 23 20 46 69 67 20 32 | ########################.#.Fig.2 |
| 4900 | 20 3a 20 70 6c 6f 74 73 20 6f 70 74 69 6d 61 6c 20 63 6f 75 70 6c 69 6e 67 73 20 66 6f 72 20 74 | .:.plots.optimal.couplings.for.t |
| 4920 | 68 65 20 64 69 66 66 65 72 65 6e 74 20 6d 65 74 68 6f 64 73 0a 23 20 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d | he.different.methods.#.--------- |
| 4940 | 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d | -------------------------------- |
| 4960 | 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 0a 70 6c 2e 66 69 67 75 72 65 28 32 2c 20 66 69 | ----------------.pl.figure(2,.fi |
| 4980 | 67 73 69 7a 65 3d 28 31 30 2c 20 36 29 29 0a 0a 70 6c 2e 73 75 62 70 6c 6f 74 28 32 2c 20 33 2c | gsize=(10,.6))..pl.subplot(2,.3, |
| 49a0 | 20 31 29 0a 70 6c 2e 69 6d 73 68 6f 77 28 6f 74 5f 65 6d 64 2e 63 6f 75 70 6c 69 6e 67 5f 2c 20 | .1).pl.imshow(ot_emd.coupling_,. |
| 49c0 | 69 6e 74 65 72 70 6f 6c 61 74 69 6f 6e 3d 27 6e 65 61 72 65 73 74 27 29 0a 70 6c 2e 78 74 69 63 | interpolation='nearest').pl.xtic |
| 49e0 | 6b 73 28 5b 5d 29 0a 70 6c 2e 79 74 69 63 6b 73 28 5b 5d 29 0a 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 4f | ks([]).pl.yticks([]).pl.title('O |
| 4a00 | 70 74 69 6d 61 6c 20 63 6f 75 70 6c 69 6e 67 5c 6e 45 4d 44 54 72 61 6e 73 70 6f 72 74 27 29 0a | ptimal.coupling\nEMDTransport'). |
| 4a20 | 0a 70 6c 2e 73 75 62 70 6c 6f 74 28 32 2c 20 33 2c 20 32 29 0a 70 6c 2e 69 6d 73 68 6f 77 28 6f | .pl.subplot(2,.3,.2).pl.imshow(o |
| 4a40 | 74 5f 73 69 6e 6b 68 6f 72 6e 2e 63 6f 75 70 6c 69 6e 67 5f 2c 20 69 6e 74 65 72 70 6f 6c 61 74 | t_sinkhorn.coupling_,.interpolat |
| 4a60 | 69 6f 6e 3d 27 6e 65 61 72 65 73 74 27 29 0a 70 6c 2e 78 74 69 63 6b 73 28 5b 5d 29 0a 70 6c 2e | ion='nearest').pl.xticks([]).pl. |
| 4a80 | 79 74 69 63 6b 73 28 5b 5d 29 0a 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 4f 70 74 69 6d 61 6c 20 63 6f 75 | yticks([]).pl.title('Optimal.cou |
| 4aa0 | 70 6c 69 6e 67 5c 6e 53 69 6e 6b 68 6f 72 6e 54 72 61 6e 73 70 6f 72 74 27 29 0a 0a 70 6c 2e 73 | pling\nSinkhornTransport')..pl.s |
| 4ac0 | 75 62 70 6c 6f 74 28 32 2c 20 33 2c 20 33 29 0a 70 6c 2e 69 6d 73 68 6f 77 28 6f 74 5f 6c 70 6c | ubplot(2,.3,.3).pl.imshow(ot_lpl |
| 4ae0 | 31 2e 63 6f 75 70 6c 69 6e 67 5f 2c 20 69 6e 74 65 72 70 6f 6c 61 74 69 6f 6e 3d 27 6e 65 61 72 | 1.coupling_,.interpolation='near |
| 4b00 | 65 73 74 27 29 0a 70 6c 2e 78 74 69 63 6b 73 28 5b 5d 29 0a 70 6c 2e 79 74 69 63 6b 73 28 5b 5d | est').pl.xticks([]).pl.yticks([] |
| 4b20 | 29 0a 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 4f 70 74 69 6d 61 6c 20 63 6f 75 70 6c 69 6e 67 5c 6e 53 69 | ).pl.title('Optimal.coupling\nSi |
| 4b40 | 6e 6b 68 6f 72 6e 4c 70 6c 31 54 72 61 6e 73 70 6f 72 74 27 29 0a 0a 70 6c 2e 73 75 62 70 6c 6f | nkhornLpl1Transport')..pl.subplo |
| 4b60 | 74 28 32 2c 20 33 2c 20 34 29 0a 6f 74 2e 70 6c 6f 74 2e 70 6c 6f 74 32 44 5f 73 61 6d 70 6c 65 | t(2,.3,.4).ot.plot.plot2D_sample |
| 4b80 | 73 5f 6d 61 74 28 58 73 2c 20 58 74 2c 20 6f 74 5f 65 6d 64 2e 63 6f 75 70 6c 69 6e 67 5f 2c 20 | s_mat(Xs,.Xt,.ot_emd.coupling_,. |
| 4ba0 | 63 3d 5b 2e 35 2c 20 2e 35 2c 20 31 5d 29 0a 70 6c 2e 73 63 61 74 74 65 72 28 58 73 5b 3a 2c 20 | c=[.5,..5,.1]).pl.scatter(Xs[:,. |
| 4bc0 | 30 5d 2c 20 58 73 5b 3a 2c 20 31 5d 2c 20 63 3d 79 73 2c 20 6d 61 72 6b 65 72 3d 27 2b 27 2c 20 | 0],.Xs[:,.1],.c=ys,.marker='+',. |
| 4be0 | 6c 61 62 65 6c 3d 27 53 6f 75 72 63 65 20 73 61 6d 70 6c 65 73 27 29 0a 70 6c 2e 73 63 61 74 74 | label='Source.samples').pl.scatt |
| 4c00 | 65 72 28 58 74 5b 3a 2c 20 30 5d 2c 20 58 74 5b 3a 2c 20 31 5d 2c 20 63 3d 79 74 2c 20 6d 61 72 | er(Xt[:,.0],.Xt[:,.1],.c=yt,.mar |
| 4c20 | 6b 65 72 3d 27 6f 27 2c 20 6c 61 62 65 6c 3d 27 54 61 72 67 65 74 20 73 61 6d 70 6c 65 73 27 29 | ker='o',.label='Target.samples') |
| 4c40 | 0a 70 6c 2e 78 74 69 63 6b 73 28 5b 5d 29 0a 70 6c 2e 79 74 69 63 6b 73 28 5b 5d 29 0a 70 6c 2e | .pl.xticks([]).pl.yticks([]).pl. |
| 4c60 | 74 69 74 6c 65 28 27 4d 61 69 6e 20 63 6f 75 70 6c 69 6e 67 20 63 6f 65 66 66 69 63 69 65 6e 74 | title('Main.coupling.coefficient |
| 4c80 | 73 5c 6e 45 4d 44 54 72 61 6e 73 70 6f 72 74 27 29 0a 0a 70 6c 2e 73 75 62 70 6c 6f 74 28 32 2c | s\nEMDTransport')..pl.subplot(2, |
| 4ca0 | 20 33 2c 20 35 29 0a 6f 74 2e 70 6c 6f 74 2e 70 6c 6f 74 32 44 5f 73 61 6d 70 6c 65 73 5f 6d 61 | .3,.5).ot.plot.plot2D_samples_ma |
| 4cc0 | 74 28 58 73 2c 20 58 74 2c 20 6f 74 5f 73 69 6e 6b 68 6f 72 6e 2e 63 6f 75 70 6c 69 6e 67 5f 2c | t(Xs,.Xt,.ot_sinkhorn.coupling_, |
| 4ce0 | 20 63 3d 5b 2e 35 2c 20 2e 35 2c 20 31 5d 29 0a 70 6c 2e 73 63 61 74 74 65 72 28 58 73 5b 3a 2c | .c=[.5,..5,.1]).pl.scatter(Xs[:, |
| 4d00 | 20 30 5d 2c 20 58 73 5b 3a 2c 20 31 5d 2c 20 63 3d 79 73 2c 20 6d 61 72 6b 65 72 3d 27 2b 27 2c | .0],.Xs[:,.1],.c=ys,.marker='+', |
| 4d20 | 20 6c 61 62 65 6c 3d 27 53 6f 75 72 63 65 20 73 61 6d 70 6c 65 73 27 29 0a 70 6c 2e 73 63 61 74 | .label='Source.samples').pl.scat |
| 4d40 | 74 65 72 28 58 74 5b 3a 2c 20 30 5d 2c 20 58 74 5b 3a 2c 20 31 5d 2c 20 63 3d 79 74 2c 20 6d 61 | ter(Xt[:,.0],.Xt[:,.1],.c=yt,.ma |
| 4d60 | 72 6b 65 72 3d 27 6f 27 2c 20 6c 61 62 65 6c 3d 27 54 61 72 67 65 74 20 73 61 6d 70 6c 65 73 27 | rker='o',.label='Target.samples' |
| 4d80 | 29 0a 70 6c 2e 78 74 69 63 6b 73 28 5b 5d 29 0a 70 6c 2e 79 74 69 63 6b 73 28 5b 5d 29 0a 70 6c | ).pl.xticks([]).pl.yticks([]).pl |
| 4da0 | 2e 74 69 74 6c 65 28 27 4d 61 69 6e 20 63 6f 75 70 6c 69 6e 67 20 63 6f 65 66 66 69 63 69 65 6e | .title('Main.coupling.coefficien |
| 4dc0 | 74 73 5c 6e 53 69 6e 6b 68 6f 72 6e 54 72 61 6e 73 70 6f 72 74 27 29 0a 0a 70 6c 2e 73 75 62 70 | ts\nSinkhornTransport')..pl.subp |
| 4de0 | 6c 6f 74 28 32 2c 20 33 2c 20 36 29 0a 6f 74 2e 70 6c 6f 74 2e 70 6c 6f 74 32 44 5f 73 61 6d 70 | lot(2,.3,.6).ot.plot.plot2D_samp |
| 4e00 | 6c 65 73 5f 6d 61 74 28 58 73 2c 20 58 74 2c 20 6f 74 5f 6c 70 6c 31 2e 63 6f 75 70 6c 69 6e 67 | les_mat(Xs,.Xt,.ot_lpl1.coupling |
| 4e20 | 5f 2c 20 63 3d 5b 2e 35 2c 20 2e 35 2c 20 31 5d 29 0a 70 6c 2e 73 63 61 74 74 65 72 28 58 73 5b | _,.c=[.5,..5,.1]).pl.scatter(Xs[ |
| 4e40 | 3a 2c 20 30 5d 2c 20 58 73 5b 3a 2c 20 31 5d 2c 20 63 3d 79 73 2c 20 6d 61 72 6b 65 72 3d 27 2b | :,.0],.Xs[:,.1],.c=ys,.marker='+ |
| 4e60 | 27 2c 20 6c 61 62 65 6c 3d 27 53 6f 75 72 63 65 20 73 61 6d 70 6c 65 73 27 29 0a 70 6c 2e 73 63 | ',.label='Source.samples').pl.sc |
| 4e80 | 61 74 74 65 72 28 58 74 5b 3a 2c 20 30 5d 2c 20 58 74 5b 3a 2c 20 31 5d 2c 20 63 3d 79 74 2c 20 | atter(Xt[:,.0],.Xt[:,.1],.c=yt,. |
| 4ea0 | 6d 61 72 6b 65 72 3d 27 6f 27 2c 20 6c 61 62 65 6c 3d 27 54 61 72 67 65 74 20 73 61 6d 70 6c 65 | marker='o',.label='Target.sample |
| 4ec0 | 73 27 29 0a 70 6c 2e 78 74 69 63 6b 73 28 5b 5d 29 0a 70 6c 2e 79 74 69 63 6b 73 28 5b 5d 29 0a | s').pl.xticks([]).pl.yticks([]). |
| 4ee0 | 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 4d 61 69 6e 20 63 6f 75 70 6c 69 6e 67 20 63 6f 65 66 66 69 63 69 | pl.title('Main.coupling.coeffici |
| 4f00 | 65 6e 74 73 5c 6e 53 69 6e 6b 68 6f 72 6e 4c 70 6c 31 54 72 61 6e 73 70 6f 72 74 27 29 0a 70 6c | ents\nSinkhornLpl1Transport').pl |
| 4f20 | 2e 74 69 67 68 74 5f 6c 61 79 6f 75 74 28 29 0a 0a 0a 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | .tight_layout()...############## |
| 4f40 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 4f60 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 4f80 | 0a 23 20 46 69 67 20 33 20 3a 20 70 6c 6f 74 20 74 72 61 6e 73 70 6f 72 74 65 64 20 73 61 6d 70 | .#.Fig.3.:.plot.transported.samp |
| 4fa0 | 6c 65 73 0a 23 20 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d | les.#.-------------------------- |
| 4fc0 | 2d 2d 2d 2d 2d 2d 0a 0a 23 20 64 69 73 70 6c 61 79 20 74 72 61 6e 73 70 6f 72 74 65 64 20 73 61 | ------..#.display.transported.sa |
| 4fe0 | 6d 70 6c 65 73 0a 70 6c 2e 66 69 67 75 72 65 28 34 2c 20 66 69 67 73 69 7a 65 3d 28 31 30 2c 20 | mples.pl.figure(4,.figsize=(10,. |
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| 5020 | 65 72 28 58 74 5b 3a 2c 20 30 5d 2c 20 58 74 5b 3a 2c 20 31 5d 2c 20 63 3d 79 74 2c 20 6d 61 72 | er(Xt[:,.0],.Xt[:,.1],.c=yt,.mar |
| 5040 | 6b 65 72 3d 27 6f 27 2c 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 6c 61 62 65 6c 3d 27 54 61 72 67 65 | ker='o',............label='Targe |
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| 5080 | 72 28 74 72 61 6e 73 70 5f 58 73 5f 65 6d 64 5b 3a 2c 20 30 5d 2c 20 74 72 61 6e 73 70 5f 58 73 | r(transp_Xs_emd[:,.0],.transp_Xs |
| 50a0 | 5f 65 6d 64 5b 3a 2c 20 31 5d 2c 20 63 3d 79 73 2c 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 6d 61 72 | _emd[:,.1],.c=ys,............mar |
| 50c0 | 6b 65 72 3d 27 2b 27 2c 20 6c 61 62 65 6c 3d 27 54 72 61 6e 73 70 20 73 61 6d 70 6c 65 73 27 2c | ker='+',.label='Transp.samples', |
| 50e0 | 20 73 3d 33 30 29 0a 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 54 72 61 6e 73 70 6f 72 74 65 64 20 73 61 6d | .s=30).pl.title('Transported.sam |
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| 5140 | 29 0a 0a 70 6c 2e 73 75 62 70 6c 6f 74 28 31 2c 20 33 2c 20 32 29 0a 70 6c 2e 73 63 61 74 74 65 | )..pl.subplot(1,.3,.2).pl.scatte |
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| 51c0 | 28 74 72 61 6e 73 70 5f 58 73 5f 73 69 6e 6b 68 6f 72 6e 5b 3a 2c 20 30 5d 2c 20 74 72 61 6e 73 | (transp_Xs_sinkhorn[:,.0],.trans |
| 51e0 | 70 5f 58 73 5f 73 69 6e 6b 68 6f 72 6e 5b 3a 2c 20 31 5d 2c 20 63 3d 79 73 2c 0a 20 20 20 20 20 | p_Xs_sinkhorn[:,.1],.c=ys,...... |
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| 5220 | 73 61 6d 70 6c 65 73 27 2c 20 73 3d 33 30 29 0a 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 54 72 61 6e 73 70 | samples',.s=30).pl.title('Transp |
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| 5280 | 70 6c 2e 73 75 62 70 6c 6f 74 28 31 2c 20 33 2c 20 33 29 0a 70 6c 2e 73 63 61 74 74 65 72 28 58 | pl.subplot(1,.3,.3).pl.scatter(X |
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| 5b60 | 61 74 20 61 6c 6c 20 74 68 65 20 74 61 72 67 65 74 20 73 61 6d 70 6c 65 73 20 61 72 65 0a 23 20 | at.all.the.target.samples.are.#. |
| 5b80 | 6c 61 62 65 6c 65 64 2e 20 46 6f 72 20 64 61 69 6c 79 20 61 70 70 6c 69 63 61 74 69 6f 6e 73 2c | labeled..For.daily.applications, |
| 5ba0 | 20 73 6f 6d 65 20 74 61 72 67 65 74 20 73 61 6d 70 6c 65 20 6d 69 67 68 74 20 6e 6f 74 20 68 61 | .some.target.sample.might.not.ha |
| 5bc0 | 76 65 20 6c 61 62 65 6c 73 2c 0a 23 20 69 6e 20 74 68 69 73 20 63 61 73 65 20 74 68 65 20 65 6c | ve.labels,.#.in.this.case.the.el |
| 5be0 | 65 6d 65 6e 74 20 6f 66 20 79 74 20 63 6f 72 72 65 73 70 6f 6e 64 69 6e 67 20 74 6f 20 74 68 65 | ement.of.yt.corresponding.to.the |
| 5c00 | 73 65 20 73 61 6d 70 6c 65 73 20 73 68 6f 75 6c 64 20 62 65 0a 23 20 66 69 6c 6c 65 64 20 77 69 | se.samples.should.be.#.filled.wi |
| 5c20 | 74 68 20 2d 31 2e 0a 0a 23 20 57 61 72 6e 69 6e 67 3a 20 77 65 20 72 65 63 61 6c 6c 20 74 68 61 | th.-1...#.Warning:.we.recall.tha |
| 5c40 | 74 20 2d 31 20 63 61 6e 6e 6f 74 20 62 65 20 75 73 65 64 20 61 73 20 61 20 63 6c 61 73 73 20 6c | t.-1.cannot.be.used.as.a.class.l |
| 5c60 | 61 62 65 6c 0a 0a 0a 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | abel...######################### |
| 5c80 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 5ca0 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 0a 23 20 46 69 67 20 31 20 3a 20 | #####################.#.Fig.1.:. |
| 5cc0 | 70 6c 6f 74 73 20 73 6f 75 72 63 65 20 61 6e 64 20 74 61 72 67 65 74 20 73 61 6d 70 6c 65 73 20 | plots.source.and.target.samples. |
| 5ce0 | 2b 20 6d 61 74 72 69 78 20 6f 66 20 70 61 69 72 77 69 73 65 20 64 69 73 74 61 6e 63 65 0a 23 20 | +.matrix.of.pairwise.distance.#. |
| 5d00 | 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d | -------------------------------- |
| 5d20 | 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d | -------------------------------- |
| 5d40 | 2d 2d 2d 2d 2d 0a 0a 70 6c 2e 66 69 67 75 72 65 28 31 2c 20 66 69 67 73 69 7a 65 3d 28 31 30 2c | -----..pl.figure(1,.figsize=(10, |
| 5d60 | 20 31 30 29 29 0a 70 6c 2e 73 75 62 70 6c 6f 74 28 32 2c 20 32 2c 20 31 29 0a 70 6c 2e 73 63 61 | .10)).pl.subplot(2,.2,.1).pl.sca |
| 5d80 | 74 74 65 72 28 58 73 5b 3a 2c 20 30 5d 2c 20 58 73 5b 3a 2c 20 31 5d 2c 20 63 3d 79 73 2c 20 6d | tter(Xs[:,.0],.Xs[:,.1],.c=ys,.m |
| 5da0 | 61 72 6b 65 72 3d 27 2b 27 2c 20 6c 61 62 65 6c 3d 27 53 6f 75 72 63 65 20 73 61 6d 70 6c 65 73 | arker='+',.label='Source.samples |
| 5dc0 | 27 29 0a 70 6c 2e 78 74 69 63 6b 73 28 5b 5d 29 0a 70 6c 2e 79 74 69 63 6b 73 28 5b 5d 29 0a 70 | ').pl.xticks([]).pl.yticks([]).p |
| 5de0 | 6c 2e 6c 65 67 65 6e 64 28 6c 6f 63 3d 30 29 0a 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 53 6f 75 72 63 65 | l.legend(loc=0).pl.title('Source |
| 5e00 | 20 20 73 61 6d 70 6c 65 73 27 29 0a 0a 70 6c 2e 73 75 62 70 6c 6f 74 28 32 2c 20 32 2c 20 32 29 | ..samples')..pl.subplot(2,.2,.2) |
| 5e20 | 0a 70 6c 2e 73 63 61 74 74 65 72 28 58 74 5b 3a 2c 20 30 5d 2c 20 58 74 5b 3a 2c 20 31 5d 2c 20 | .pl.scatter(Xt[:,.0],.Xt[:,.1],. |
| 5e40 | 63 3d 79 74 2c 20 6d 61 72 6b 65 72 3d 27 6f 27 2c 20 6c 61 62 65 6c 3d 27 54 61 72 67 65 74 20 | c=yt,.marker='o',.label='Target. |
| 5e60 | 73 61 6d 70 6c 65 73 27 29 0a 70 6c 2e 78 74 69 63 6b 73 28 5b 5d 29 0a 70 6c 2e 79 74 69 63 6b | samples').pl.xticks([]).pl.ytick |
| 5e80 | 73 28 5b 5d 29 0a 70 6c 2e 6c 65 67 65 6e 64 28 6c 6f 63 3d 30 29 0a 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 | s([]).pl.legend(loc=0).pl.title( |
| 5ea0 | 27 54 61 72 67 65 74 20 73 61 6d 70 6c 65 73 27 29 0a 0a 70 6c 2e 73 75 62 70 6c 6f 74 28 32 2c | 'Target.samples')..pl.subplot(2, |
| 5ec0 | 20 32 2c 20 33 29 0a 70 6c 2e 69 6d 73 68 6f 77 28 6f 74 5f 73 69 6e 6b 68 6f 72 6e 5f 75 6e 2e | .2,.3).pl.imshow(ot_sinkhorn_un. |
| 5ee0 | 63 6f 73 74 5f 2c 20 69 6e 74 65 72 70 6f 6c 61 74 69 6f 6e 3d 27 6e 65 61 72 65 73 74 27 29 0a | cost_,.interpolation='nearest'). |
| 5f00 | 70 6c 2e 78 74 69 63 6b 73 28 5b 5d 29 0a 70 6c 2e 79 74 69 63 6b 73 28 5b 5d 29 0a 70 6c 2e 74 | pl.xticks([]).pl.yticks([]).pl.t |
| 5f20 | 69 74 6c 65 28 27 43 6f 73 74 20 6d 61 74 72 69 78 20 2d 20 75 6e 73 75 70 65 72 76 69 73 65 64 | itle('Cost.matrix.-.unsupervised |
| 5f40 | 20 44 41 27 29 0a 0a 70 6c 2e 73 75 62 70 6c 6f 74 28 32 2c 20 32 2c 20 34 29 0a 70 6c 2e 69 6d | .DA')..pl.subplot(2,.2,.4).pl.im |
| 5f60 | 73 68 6f 77 28 6f 74 5f 73 69 6e 6b 68 6f 72 6e 5f 73 65 6d 69 2e 63 6f 73 74 5f 2c 20 69 6e 74 | show(ot_sinkhorn_semi.cost_,.int |
| 5f80 | 65 72 70 6f 6c 61 74 69 6f 6e 3d 27 6e 65 61 72 65 73 74 27 29 0a 70 6c 2e 78 74 69 63 6b 73 28 | erpolation='nearest').pl.xticks( |
| 5fa0 | 5b 5d 29 0a 70 6c 2e 79 74 69 63 6b 73 28 5b 5d 29 0a 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 43 6f 73 74 | []).pl.yticks([]).pl.title('Cost |
| 5fc0 | 20 6d 61 74 72 69 78 20 2d 20 73 65 6d 69 73 75 70 65 72 76 69 73 65 64 20 44 41 27 29 0a 0a 70 | .matrix.-.semisupervised.DA')..p |
| 5fe0 | 6c 2e 74 69 67 68 74 5f 6c 61 79 6f 75 74 28 29 0a 0a 23 20 74 68 65 20 6f 70 74 69 6d 61 6c 20 | l.tight_layout()..#.the.optimal. |
| 6000 | 63 6f 75 70 6c 69 6e 67 20 69 6e 20 74 68 65 20 73 65 6d 69 2d 73 75 70 65 72 76 69 73 65 64 20 | coupling.in.the.semi-supervised. |
| 6020 | 44 41 20 63 61 73 65 20 77 69 6c 6c 20 65 78 68 69 62 69 74 20 22 20 73 68 61 70 65 0a 23 20 73 | DA.case.will.exhibit.".shape.#.s |
| 6040 | 69 6d 69 6c 61 72 22 20 74 6f 20 74 68 65 20 63 6f 73 74 20 6d 61 74 72 69 78 2c 20 28 62 6c 6f | imilar".to.the.cost.matrix,.(blo |
| 6060 | 63 6b 20 64 69 61 67 6f 6e 61 6c 20 6d 61 74 72 69 78 29 0a 0a 0a 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ck.diagonal.matrix)...########## |
| 6080 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 60a0 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 60c0 | 23 23 23 23 0a 23 20 46 69 67 20 32 20 3a 20 70 6c 6f 74 73 20 6f 70 74 69 6d 61 6c 20 63 6f 75 | ####.#.Fig.2.:.plots.optimal.cou |
| 60e0 | 70 6c 69 6e 67 73 20 66 6f 72 20 74 68 65 20 64 69 66 66 65 72 65 6e 74 20 6d 65 74 68 6f 64 73 | plings.for.the.different.methods |
| 6100 | 0a 23 20 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d | .#.----------------------------- |
| 6120 | 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 0a 0a 70 6c | ----------------------------..pl |
| 6140 | 2e 66 69 67 75 72 65 28 32 2c 20 66 69 67 73 69 7a 65 3d 28 38 2c 20 34 29 29 0a 0a 70 6c 2e 73 | .figure(2,.figsize=(8,.4))..pl.s |
| 6160 | 75 62 70 6c 6f 74 28 31 2c 20 32 2c 20 31 29 0a 70 6c 2e 69 6d 73 68 6f 77 28 6f 74 5f 73 69 6e | ubplot(1,.2,.1).pl.imshow(ot_sin |
| 6180 | 6b 68 6f 72 6e 5f 75 6e 2e 63 6f 75 70 6c 69 6e 67 5f 2c 20 69 6e 74 65 72 70 6f 6c 61 74 69 6f | khorn_un.coupling_,.interpolatio |
| 61a0 | 6e 3d 27 6e 65 61 72 65 73 74 27 29 0a 70 6c 2e 78 74 69 63 6b 73 28 5b 5d 29 0a 70 6c 2e 79 74 | n='nearest').pl.xticks([]).pl.yt |
| 61c0 | 69 63 6b 73 28 5b 5d 29 0a 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 4f 70 74 69 6d 61 6c 20 63 6f 75 70 6c | icks([]).pl.title('Optimal.coupl |
| 61e0 | 69 6e 67 5c 6e 55 6e 73 75 70 65 72 76 69 73 65 64 20 44 41 27 29 0a 0a 70 6c 2e 73 75 62 70 6c | ing\nUnsupervised.DA')..pl.subpl |
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| 6220 | 6e 5f 73 65 6d 69 2e 63 6f 75 70 6c 69 6e 67 5f 2c 20 69 6e 74 65 72 70 6f 6c 61 74 69 6f 6e 3d | n_semi.coupling_,.interpolation= |
| 6240 | 27 6e 65 61 72 65 73 74 27 29 0a 70 6c 2e 78 74 69 63 6b 73 28 5b 5d 29 0a 70 6c 2e 79 74 69 63 | 'nearest').pl.xticks([]).pl.ytic |
| 6260 | 6b 73 28 5b 5d 29 0a 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 4f 70 74 69 6d 61 6c 20 63 6f 75 70 6c 69 6e | ks([]).pl.title('Optimal.couplin |
| 6280 | 67 5c 6e 53 65 6d 69 2d 73 75 70 65 72 76 69 73 65 64 20 44 41 27 29 0a 0a 70 6c 2e 74 69 67 68 | g\nSemi-supervised.DA')..pl.tigh |
| 62a0 | 74 5f 6c 61 79 6f 75 74 28 29 0a 0a 0a 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | t_layout()...################### |
| 62c0 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 62e0 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 0a 23 20 46 69 | ###########################.#.Fi |
| 6300 | 67 20 33 20 3a 20 70 6c 6f 74 20 74 72 61 6e 73 70 6f 72 74 65 64 20 73 61 6d 70 6c 65 73 0a 23 | g.3.:.plot.transported.samples.# |
| 6320 | 20 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d | .------------------------------- |
| 6340 | 2d 0a 0a 23 20 64 69 73 70 6c 61 79 20 74 72 61 6e 73 70 6f 72 74 65 64 20 73 61 6d 70 6c 65 73 | -..#.display.transported.samples |
| 6360 | 0a 70 6c 2e 66 69 67 75 72 65 28 34 2c 20 66 69 67 73 69 7a 65 3d 28 38 2c 20 34 29 29 0a 70 6c | .pl.figure(4,.figsize=(8,.4)).pl |
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| 7ca0 | 5f 73 61 6d 70 6c 65 73 20 3d 20 31 35 30 0a 0a 58 73 2c 20 79 73 20 3d 20 6f 74 2e 64 61 74 61 | _samples.=.150..Xs,.ys.=.ot.data |
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| 7ce0 | 6e 5f 73 6f 75 72 63 65 5f 73 61 6d 70 6c 65 73 29 0a 58 74 2c 20 79 74 20 3d 20 6f 74 2e 64 61 | n_source_samples).Xt,.yt.=.ot.da |
| 7d00 | 74 61 73 65 74 73 2e 67 65 74 5f 64 61 74 61 5f 63 6c 61 73 73 69 66 28 27 33 67 61 75 73 73 32 | tasets.get_data_classif('3gauss2 |
| 7d20 | 27 2c 20 6e 5f 74 61 72 67 65 74 5f 73 61 6d 70 6c 65 73 29 0a 0a 0a 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ',.n_target_samples)...######### |
| 7d40 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 7d60 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 7d80 | 23 23 23 23 23 0a 23 20 49 6e 73 74 61 6e 74 69 61 74 65 20 74 68 65 20 64 69 66 66 65 72 65 6e | #####.#.Instantiate.the.differen |
| 7da0 | 74 20 74 72 61 6e 73 70 6f 72 74 20 61 6c 67 6f 72 69 74 68 6d 73 20 61 6e 64 20 66 69 74 20 74 | t.transport.algorithms.and.fit.t |
| 7dc0 | 68 65 6d 0a 23 20 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d | hem.#.-------------------------- |
| 7de0 | 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d | -------------------------------- |
| 7e00 | 2d 0a 0a 23 20 45 4d 44 20 54 72 61 6e 73 70 6f 72 74 0a 6f 74 5f 65 6d 64 20 3d 20 6f 74 2e 64 | -..#.EMD.Transport.ot_emd.=.ot.d |
| 7e20 | 61 2e 45 4d 44 54 72 61 6e 73 70 6f 72 74 28 29 0a 6f 74 5f 65 6d 64 2e 66 69 74 28 58 73 3d 58 | a.EMDTransport().ot_emd.fit(Xs=X |
| 7e40 | 73 2c 20 58 74 3d 58 74 29 0a 0a 23 20 53 69 6e 6b 68 6f 72 6e 20 54 72 61 6e 73 70 6f 72 74 0a | s,.Xt=Xt)..#.Sinkhorn.Transport. |
| 7e60 | 6f 74 5f 73 69 6e 6b 68 6f 72 6e 20 3d 20 6f 74 2e 64 61 2e 53 69 6e 6b 68 6f 72 6e 54 72 61 6e | ot_sinkhorn.=.ot.da.SinkhornTran |
| 7e80 | 73 70 6f 72 74 28 72 65 67 5f 65 3d 31 65 2d 31 29 0a 6f 74 5f 73 69 6e 6b 68 6f 72 6e 2e 66 69 | sport(reg_e=1e-1).ot_sinkhorn.fi |
| 7ea0 | 74 28 58 73 3d 58 73 2c 20 58 74 3d 58 74 29 0a 0a 23 20 53 69 6e 6b 68 6f 72 6e 20 54 72 61 6e | t(Xs=Xs,.Xt=Xt)..#.Sinkhorn.Tran |
| 7ec0 | 73 70 6f 72 74 20 77 69 74 68 20 47 72 6f 75 70 20 6c 61 73 73 6f 20 72 65 67 75 6c 61 72 69 7a | sport.with.Group.lasso.regulariz |
| 7ee0 | 61 74 69 6f 6e 0a 6f 74 5f 6c 70 6c 31 20 3d 20 6f 74 2e 64 61 2e 53 69 6e 6b 68 6f 72 6e 4c 70 | ation.ot_lpl1.=.ot.da.SinkhornLp |
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| 7f20 | 65 30 29 0a 6f 74 5f 6c 70 6c 31 2e 66 69 74 28 58 73 3d 58 73 2c 20 79 73 3d 79 73 2c 20 58 74 | e0).ot_lpl1.fit(Xs=Xs,.ys=ys,.Xt |
| 7f40 | 3d 58 74 29 0a 0a 23 20 53 69 6e 6b 68 6f 72 6e 20 54 72 61 6e 73 70 6f 72 74 20 77 69 74 68 20 | =Xt)..#.Sinkhorn.Transport.with. |
| 7f60 | 47 72 6f 75 70 20 6c 61 73 73 6f 20 72 65 67 75 6c 61 72 69 7a 61 74 69 6f 6e 20 6c 31 6c 32 0a | Group.lasso.regularization.l1l2. |
| 7f80 | 6f 74 5f 6c 31 6c 32 20 3d 20 6f 74 2e 64 61 2e 53 69 6e 6b 68 6f 72 6e 4c 31 6c 32 54 72 61 6e | ot_l1l2.=.ot.da.SinkhornL1l2Tran |
| 7fa0 | 73 70 6f 72 74 28 72 65 67 5f 65 3d 31 65 2d 31 2c 20 72 65 67 5f 63 6c 3d 32 65 30 2c 20 6d 61 | sport(reg_e=1e-1,.reg_cl=2e0,.ma |
| 7fc0 | 78 5f 69 74 65 72 3d 32 30 2c 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 | x_iter=20,...................... |
| 7fe0 | 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 76 65 72 62 6f 73 65 3d 54 72 75 65 29 0a 6f | .................verbose=True).o |
| 8000 | 74 5f 6c 31 6c 32 2e 66 69 74 28 58 73 3d 58 73 2c 20 79 73 3d 79 73 2c 20 58 74 3d 58 74 29 0a | t_l1l2.fit(Xs=Xs,.ys=ys,.Xt=Xt). |
| 8020 | 0a 23 20 74 72 61 6e 73 70 6f 72 74 20 73 6f 75 72 63 65 20 73 61 6d 70 6c 65 73 20 6f 6e 74 6f | .#.transport.source.samples.onto |
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| 8060 | 6f 74 5f 65 6d 64 2e 74 72 61 6e 73 66 6f 72 6d 28 58 73 3d 58 73 29 0a 74 72 61 6e 73 70 5f 58 | ot_emd.transform(Xs=Xs).transp_X |
| 8080 | 73 5f 73 69 6e 6b 68 6f 72 6e 20 3d 20 6f 74 5f 73 69 6e 6b 68 6f 72 6e 2e 74 72 61 6e 73 66 6f | s_sinkhorn.=.ot_sinkhorn.transfo |
| 80a0 | 72 6d 28 58 73 3d 58 73 29 0a 74 72 61 6e 73 70 5f 58 73 5f 6c 70 6c 31 20 3d 20 6f 74 5f 6c 70 | rm(Xs=Xs).transp_Xs_lpl1.=.ot_lp |
| 80c0 | 6c 31 2e 74 72 61 6e 73 66 6f 72 6d 28 58 73 3d 58 73 29 0a 74 72 61 6e 73 70 5f 58 73 5f 6c 31 | l1.transform(Xs=Xs).transp_Xs_l1 |
| 80e0 | 6c 32 20 3d 20 6f 74 5f 6c 31 6c 32 2e 74 72 61 6e 73 66 6f 72 6d 28 58 73 3d 58 73 29 0a 0a 0a | l2.=.ot_l1l2.transform(Xs=Xs)... |
| 8100 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 8120 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 8140 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 0a 23 20 46 69 67 20 31 20 3a 20 70 6c 6f 74 73 20 73 | ##############.#.Fig.1.:.plots.s |
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| 8180 | 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d | -------------------------------- |
| 81a0 | 2d 2d 0a 0a 70 6c 2e 66 69 67 75 72 65 28 31 2c 20 66 69 67 73 69 7a 65 3d 28 31 30 2c 20 35 29 | --..pl.figure(1,.figsize=(10,.5) |
| 81c0 | 29 0a 70 6c 2e 73 75 62 70 6c 6f 74 28 31 2c 20 32 2c 20 31 29 0a 70 6c 2e 73 63 61 74 74 65 72 | ).pl.subplot(1,.2,.1).pl.scatter |
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| 8200 | 72 3d 27 2b 27 2c 20 6c 61 62 65 6c 3d 27 53 6f 75 72 63 65 20 73 61 6d 70 6c 65 73 27 29 0a 70 | r='+',.label='Source.samples').p |
| 8220 | 6c 2e 78 74 69 63 6b 73 28 5b 5d 29 0a 70 6c 2e 79 74 69 63 6b 73 28 5b 5d 29 0a 70 6c 2e 6c 65 | l.xticks([]).pl.yticks([]).pl.le |
| 8240 | 67 65 6e 64 28 6c 6f 63 3d 30 29 0a 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 53 6f 75 72 63 65 20 20 73 61 | gend(loc=0).pl.title('Source..sa |
| 8260 | 6d 70 6c 65 73 27 29 0a 0a 70 6c 2e 73 75 62 70 6c 6f 74 28 31 2c 20 32 2c 20 32 29 0a 70 6c 2e | mples')..pl.subplot(1,.2,.2).pl. |
| 8280 | 73 63 61 74 74 65 72 28 58 74 5b 3a 2c 20 30 5d 2c 20 58 74 5b 3a 2c 20 31 5d 2c 20 63 3d 79 74 | scatter(Xt[:,.0],.Xt[:,.1],.c=yt |
| 82a0 | 2c 20 6d 61 72 6b 65 72 3d 27 6f 27 2c 20 6c 61 62 65 6c 3d 27 54 61 72 67 65 74 20 73 61 6d 70 | ,.marker='o',.label='Target.samp |
| 82c0 | 6c 65 73 27 29 0a 70 6c 2e 78 74 69 63 6b 73 28 5b 5d 29 0a 70 6c 2e 79 74 69 63 6b 73 28 5b 5d | les').pl.xticks([]).pl.yticks([] |
| 82e0 | 29 0a 70 6c 2e 6c 65 67 65 6e 64 28 6c 6f 63 3d 30 29 0a 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 54 61 72 | ).pl.legend(loc=0).pl.title('Tar |
| 8300 | 67 65 74 20 73 61 6d 70 6c 65 73 27 29 0a 70 6c 2e 74 69 67 68 74 5f 6c 61 79 6f 75 74 28 29 0a | get.samples').pl.tight_layout(). |
| 8320 | 0a 0a 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ..############################## |
| 8340 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 8360 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 0a 23 20 46 69 67 20 32 20 3a 20 70 6c 6f 74 20 | ################.#.Fig.2.:.plot. |
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| 83c0 | 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d | -------------------------------- |
| 83e0 | 2d 2d 0a 0a 70 61 72 61 6d 5f 69 6d 67 20 3d 20 7b 27 69 6e 74 65 72 70 6f 6c 61 74 69 6f 6e 27 | --..param_img.=.{'interpolation' |
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| 8420 | 0a 0a 70 6c 2e 66 69 67 75 72 65 28 32 2c 20 66 69 67 73 69 7a 65 3d 28 31 35 2c 20 38 29 29 0a | ..pl.figure(2,.figsize=(15,.8)). |
| 8440 | 70 6c 2e 73 75 62 70 6c 6f 74 28 32 2c 20 34 2c 20 31 29 0a 70 6c 2e 69 6d 73 68 6f 77 28 6f 74 | pl.subplot(2,.4,.1).pl.imshow(ot |
| 8460 | 5f 65 6d 64 2e 63 6f 75 70 6c 69 6e 67 5f 2c 20 2a 2a 70 61 72 61 6d 5f 69 6d 67 29 0a 70 6c 2e | _emd.coupling_,.**param_img).pl. |
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| 84c0 | 74 27 29 0a 0a 70 6c 2e 73 75 62 70 6c 6f 74 28 32 2c 20 34 2c 20 32 29 0a 70 6c 2e 69 6d 73 68 | t')..pl.subplot(2,.4,.2).pl.imsh |
| 84e0 | 6f 77 28 6f 74 5f 73 69 6e 6b 68 6f 72 6e 2e 63 6f 75 70 6c 69 6e 67 5f 2c 20 2a 2a 70 61 72 61 | ow(ot_sinkhorn.coupling_,.**para |
| 8500 | 6d 5f 69 6d 67 29 0a 70 6c 2e 78 74 69 63 6b 73 28 5b 5d 29 0a 70 6c 2e 79 74 69 63 6b 73 28 5b | m_img).pl.xticks([]).pl.yticks([ |
| 8520 | 5d 29 0a 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 4f 70 74 69 6d 61 6c 20 63 6f 75 70 6c 69 6e 67 5c 6e 53 | ]).pl.title('Optimal.coupling\nS |
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| 8580 | 6e 67 5f 2c 20 2a 2a 70 61 72 61 6d 5f 69 6d 67 29 0a 70 6c 2e 78 74 69 63 6b 73 28 5b 5d 29 0a | ng_,.**param_img).pl.xticks([]). |
| 85a0 | 70 6c 2e 79 74 69 63 6b 73 28 5b 5d 29 0a 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 4f 70 74 69 6d 61 6c 20 | pl.yticks([]).pl.title('Optimal. |
| 85c0 | 63 6f 75 70 6c 69 6e 67 5c 6e 53 69 6e 6b 68 6f 72 6e 4c 70 6c 31 54 72 61 6e 73 70 6f 72 74 27 | coupling\nSinkhornLpl1Transport' |
| 85e0 | 29 0a 0a 70 6c 2e 73 75 62 70 6c 6f 74 28 32 2c 20 34 2c 20 34 29 0a 70 6c 2e 69 6d 73 68 6f 77 | )..pl.subplot(2,.4,.4).pl.imshow |
| 8600 | 28 6f 74 5f 6c 31 6c 32 2e 63 6f 75 70 6c 69 6e 67 5f 2c 20 2a 2a 70 61 72 61 6d 5f 69 6d 67 29 | (ot_l1l2.coupling_,.**param_img) |
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| 8640 | 74 69 74 6c 65 28 27 4f 70 74 69 6d 61 6c 20 63 6f 75 70 6c 69 6e 67 5c 6e 53 69 6e 6b 68 6f 72 | title('Optimal.coupling\nSinkhor |
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| 8a00 | 6c 65 28 27 54 72 61 6e 73 70 6f 72 74 65 64 20 73 61 6d 70 6c 65 73 5c 6e 53 69 6e 6b 68 6f 72 | le('Transported.samples\nSinkhor |
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| 9560 | 73 69 67 6d 61 3d 31 2c 20 62 69 61 73 3d 46 61 6c 73 65 2c 20 6d 61 78 5f 69 74 65 72 3d 31 30 | sigma=1,.bias=False,.max_iter=10 |
| 9580 | 2c 20 76 65 72 62 6f 73 65 3d 54 72 75 65 29 0a 6f 74 5f 6d 61 70 70 69 6e 67 5f 67 61 75 73 73 | ,.verbose=True).ot_mapping_gauss |
| 95a0 | 69 61 6e 2e 66 69 74 28 58 73 3d 58 73 2c 20 58 74 3d 58 74 29 0a 0a 58 31 74 6e 20 3d 20 6f 74 | ian.fit(Xs=Xs,.Xt=Xt)..X1tn.=.ot |
| 95c0 | 5f 6d 61 70 70 69 6e 67 5f 67 61 75 73 73 69 61 6e 2e 74 72 61 6e 73 66 6f 72 6d 28 58 73 3d 58 | _mapping_gaussian.transform(Xs=X |
| 95e0 | 31 29 20 20 23 20 75 73 65 20 74 68 65 20 65 73 74 69 6d 61 74 65 64 20 6d 61 70 70 69 6e 67 0a | 1)..#.use.the.estimated.mapping. |
| 9600 | 49 6d 61 67 65 5f 6d 61 70 70 69 6e 67 5f 67 61 75 73 73 69 61 6e 20 3d 20 6d 69 6e 6d 61 78 28 | Image_mapping_gaussian.=.minmax( |
| 9620 | 6d 61 74 32 69 6d 28 58 31 74 6e 2c 20 49 31 2e 73 68 61 70 65 29 29 0a 0a 0a 23 23 23 23 23 23 | mat2im(X1tn,.I1.shape))...###### |
| 9640 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 9660 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 9680 | 23 23 23 23 23 23 23 23 0a 23 20 50 6c 6f 74 20 6f 72 69 67 69 6e 61 6c 20 69 6d 61 67 65 73 0a | ########.#.Plot.original.images. |
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| 9700 | 28 27 6f 66 66 27 29 0a 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 49 6d 61 67 65 20 31 27 29 0a 0a 70 6c 2e | ('off').pl.title('Image.1')..pl. |
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| 9780 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 97a0 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 97c0 | 23 23 23 23 0a 23 20 50 6c 6f 74 20 70 69 78 65 6c 20 76 61 6c 75 65 73 20 64 69 73 74 72 69 62 | ####.#.Plot.pixel.values.distrib |
| 97e0 | 75 74 69 6f 6e 0a 23 20 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d | ution.#.------------------------ |
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| 9960 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| 9980 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 0a 23 20 50 6c 6f 74 20 74 | #######################.#.Plot.t |
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| 9a60 | 0a 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 49 6d 2e 20 32 27 29 0a 0a 70 6c 2e 73 75 62 70 6c 6f 74 28 32 | .pl.title('Im..2')..pl.subplot(2 |
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| 9ac0 | 72 74 27 29 0a 0a 70 6c 2e 73 75 62 70 6c 6f 74 28 32 2c 20 33 2c 20 35 29 0a 70 6c 2e 69 6d 73 | rt')..pl.subplot(2,.3,.5).pl.ims |
| 9ae0 | 68 6f 77 28 49 6d 61 67 65 5f 73 69 6e 6b 68 6f 72 6e 29 0a 70 6c 2e 61 78 69 73 28 27 6f 66 66 | how(Image_sinkhorn).pl.axis('off |
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| a7e0 | 29 0a 78 74 6f 74 5b 3a 2c 20 31 5d 20 3d 20 6e 70 2e 73 69 6e 28 0a 20 20 20 20 28 6e 70 2e 61 | ).xtot[:,.1].=.np.sin(.....(np.a |
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| a820 | 20 32 29 20 2a 20 32 20 2a 20 6e 70 2e 70 69 29 0a 0a 78 73 20 3d 20 78 74 6f 74 5b 3a 6e 2c 20 | .2).*.2.*.np.pi)..xs.=.xtot[:n,. |
| a840 | 3a 5d 0a 78 74 20 3d 20 78 74 6f 74 5b 31 3a 2c 20 3a 5d 0a 0a 61 2c 20 62 20 3d 20 6f 74 2e 75 | :].xt.=.xtot[1:,.:]..a,.b.=.ot.u |
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| a8e0 | 6c 6f 73 73 20 6d 61 74 72 69 78 0a 4d 32 20 3d 20 6f 74 2e 64 69 73 74 28 78 73 2c 20 78 74 2c | loss.matrix.M2.=.ot.dist(xs,.xt, |
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| a920 | 6d 61 78 28 29 0a 0a 23 20 6c 6f 73 73 20 6d 61 74 72 69 78 0a 4d 70 20 3d 20 6e 70 2e 73 71 72 | max()..#.loss.matrix.Mp.=.np.sqr |
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| aa20 | 28 27 65 71 75 61 6c 27 29 0a 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 53 6f 75 72 63 65 20 61 6e 64 20 74 | ('equal').pl.title('Source.and.t |
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| aa80 | 20 33 29 29 0a 0a 70 6c 2e 73 75 62 70 6c 6f 74 28 31 2c 20 33 2c 20 31 29 0a 70 6c 2e 69 6d 73 | .3))..pl.subplot(1,.3,.1).pl.ims |
| aaa0 | 68 6f 77 28 4d 31 2c 20 69 6e 74 65 72 70 6f 6c 61 74 69 6f 6e 3d 27 6e 65 61 72 65 73 74 27 29 | how(M1,.interpolation='nearest') |
| aac0 | 0a 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 45 75 63 6c 69 64 65 61 6e 20 63 6f 73 74 27 29 0a 0a 70 6c 2e | .pl.title('Euclidean.cost')..pl. |
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| ab20 | 28 27 53 71 75 61 72 65 64 20 45 75 63 6c 69 64 65 61 6e 20 63 6f 73 74 27 29 0a 0a 70 6c 2e 73 | ('Squared.Euclidean.cost')..pl.s |
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| aba0 | 6c 61 79 6f 75 74 28 29 0a 0a 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | layout()..###################### |
| abc0 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| abe0 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 0a 23 20 44 61 74 61 73 | ########################.#.Datas |
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| b760 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 0a 23 | ##############################.# |
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| bb80 | 4e 49 50 53 29 2c 20 32 30 31 36 2e 0a 22 22 22 0a 0a 23 20 41 75 74 68 6f 72 73 3a 20 52 65 6d | NIPS),.2016.."""..#.Authors:.Rem |
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| bea0 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| bec0 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| bee0 | 23 0a 23 20 50 6c 6f 74 20 64 61 74 61 0a 23 20 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 0a 0a 70 6c 2e 66 69 | #.#.Plot.data.#.---------..pl.fi |
| bf00 | 67 75 72 65 28 31 2c 20 28 31 30 2c 20 35 29 29 0a 70 6c 2e 63 6c 66 28 29 0a 70 6c 2e 73 63 61 | gure(1,.(10,.5)).pl.clf().pl.sca |
| bf20 | 74 74 65 72 28 58 73 5b 3a 2c 20 30 5d 2c 20 58 73 5b 3a 2c 20 31 5d 2c 20 63 3d 79 73 2c 20 6d | tter(Xs[:,.0],.Xs[:,.1],.c=ys,.m |
| bf40 | 61 72 6b 65 72 3d 27 2b 27 2c 20 6c 61 62 65 6c 3d 27 53 6f 75 72 63 65 20 73 61 6d 70 6c 65 73 | arker='+',.label='Source.samples |
| bf60 | 27 29 0a 70 6c 2e 73 63 61 74 74 65 72 28 58 74 5b 3a 2c 20 30 5d 2c 20 58 74 5b 3a 2c 20 31 5d | ').pl.scatter(Xt[:,.0],.Xt[:,.1] |
| bf80 | 2c 20 63 3d 79 74 2c 20 6d 61 72 6b 65 72 3d 27 6f 27 2c 20 6c 61 62 65 6c 3d 27 54 61 72 67 65 | ,.c=yt,.marker='o',.label='Targe |
| bfa0 | 74 20 73 61 6d 70 6c 65 73 27 29 0a 70 6c 2e 6c 65 67 65 6e 64 28 6c 6f 63 3d 30 29 0a 70 6c 2e | t.samples').pl.legend(loc=0).pl. |
| bfc0 | 74 69 74 6c 65 28 27 53 6f 75 72 63 65 20 61 6e 64 20 74 61 72 67 65 74 20 64 69 73 74 72 69 62 | title('Source.and.target.distrib |
| bfe0 | 75 74 69 6f 6e 73 27 29 0a 0a 0a 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | utions')...##################### |
| c000 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| c020 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 0a 23 20 49 6e 73 74 | #########################.#.Inst |
| c040 | 61 6e 74 69 61 74 65 20 74 68 65 20 64 69 66 66 65 72 65 6e 74 20 74 72 61 6e 73 70 6f 72 74 20 | antiate.the.different.transport. |
| c060 | 61 6c 67 6f 72 69 74 68 6d 73 20 61 6e 64 20 66 69 74 20 74 68 65 6d 0a 23 20 2d 2d 2d 2d 2d 2d | algorithms.and.fit.them.#.------ |
| c080 | 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d | -------------------------------- |
| c0a0 | 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 0a 0a 23 20 4d 61 70 70 69 6e 67 | ---------------------..#.Mapping |
| c0c0 | 54 72 61 6e 73 70 6f 72 74 20 77 69 74 68 20 6c 69 6e 65 61 72 20 6b 65 72 6e 65 6c 0a 6f 74 5f | Transport.with.linear.kernel.ot_ |
| c0e0 | 6d 61 70 70 69 6e 67 5f 6c 69 6e 65 61 72 20 3d 20 6f 74 2e 64 61 2e 4d 61 70 70 69 6e 67 54 72 | mapping_linear.=.ot.da.MappingTr |
| c100 | 61 6e 73 70 6f 72 74 28 0a 20 20 20 20 6b 65 72 6e 65 6c 3d 22 6c 69 6e 65 61 72 22 2c 20 6d 75 | ansport(.....kernel="linear",.mu |
| c120 | 3d 31 65 30 2c 20 65 74 61 3d 31 65 2d 38 2c 20 62 69 61 73 3d 54 72 75 65 2c 0a 20 20 20 20 6d | =1e0,.eta=1e-8,.bias=True,.....m |
| c140 | 61 78 5f 69 74 65 72 3d 32 30 2c 20 76 65 72 62 6f 73 65 3d 54 72 75 65 29 0a 0a 6f 74 5f 6d 61 | ax_iter=20,.verbose=True)..ot_ma |
| c160 | 70 70 69 6e 67 5f 6c 69 6e 65 61 72 2e 66 69 74 28 58 73 3d 58 73 2c 20 58 74 3d 58 74 29 0a 0a | pping_linear.fit(Xs=Xs,.Xt=Xt).. |
| c180 | 23 20 66 6f 72 20 6f 72 69 67 69 6e 61 6c 20 73 6f 75 72 63 65 20 73 61 6d 70 6c 65 73 2c 20 74 | #.for.original.source.samples,.t |
| c1a0 | 72 61 6e 73 66 6f 72 6d 20 61 70 70 6c 69 65 73 20 62 61 72 79 63 65 6e 74 72 69 63 20 6d 61 70 | ransform.applies.barycentric.map |
| c1c0 | 70 69 6e 67 0a 74 72 61 6e 73 70 5f 58 73 5f 6c 69 6e 65 61 72 20 3d 20 6f 74 5f 6d 61 70 70 69 | ping.transp_Xs_linear.=.ot_mappi |
| c1e0 | 6e 67 5f 6c 69 6e 65 61 72 2e 74 72 61 6e 73 66 6f 72 6d 28 58 73 3d 58 73 29 0a 0a 23 20 66 6f | ng_linear.transform(Xs=Xs)..#.fo |
| c200 | 72 20 6f 75 74 20 6f 66 20 73 6f 75 72 63 65 20 73 61 6d 70 6c 65 73 2c 20 74 72 61 6e 73 66 6f | r.out.of.source.samples,.transfo |
| c220 | 72 6d 20 61 70 70 6c 69 65 73 20 74 68 65 20 6c 69 6e 65 61 72 20 6d 61 70 70 69 6e 67 0a 74 72 | rm.applies.the.linear.mapping.tr |
| c240 | 61 6e 73 70 5f 58 73 5f 6c 69 6e 65 61 72 5f 6e 65 77 20 3d 20 6f 74 5f 6d 61 70 70 69 6e 67 5f | ansp_Xs_linear_new.=.ot_mapping_ |
| c260 | 6c 69 6e 65 61 72 2e 74 72 61 6e 73 66 6f 72 6d 28 58 73 3d 58 73 5f 6e 65 77 29 0a 0a 0a 23 20 | linear.transform(Xs=Xs_new)...#. |
| c280 | 4d 61 70 70 69 6e 67 54 72 61 6e 73 70 6f 72 74 20 77 69 74 68 20 67 61 75 73 73 69 61 6e 20 6b | MappingTransport.with.gaussian.k |
| c2a0 | 65 72 6e 65 6c 0a 6f 74 5f 6d 61 70 70 69 6e 67 5f 67 61 75 73 73 69 61 6e 20 3d 20 6f 74 2e 64 | ernel.ot_mapping_gaussian.=.ot.d |
| c2c0 | 61 2e 4d 61 70 70 69 6e 67 54 72 61 6e 73 70 6f 72 74 28 0a 20 20 20 20 6b 65 72 6e 65 6c 3d 22 | a.MappingTransport(.....kernel=" |
| c2e0 | 67 61 75 73 73 69 61 6e 22 2c 20 65 74 61 3d 31 65 2d 35 2c 20 6d 75 3d 31 65 2d 31 2c 20 62 69 | gaussian",.eta=1e-5,.mu=1e-1,.bi |
| c300 | 61 73 3d 54 72 75 65 2c 20 73 69 67 6d 61 3d 31 2c 0a 20 20 20 20 6d 61 78 5f 69 74 65 72 3d 31 | as=True,.sigma=1,.....max_iter=1 |
| c320 | 30 2c 20 76 65 72 62 6f 73 65 3d 54 72 75 65 29 0a 6f 74 5f 6d 61 70 70 69 6e 67 5f 67 61 75 73 | 0,.verbose=True).ot_mapping_gaus |
| c340 | 73 69 61 6e 2e 66 69 74 28 58 73 3d 58 73 2c 20 58 74 3d 58 74 29 0a 0a 23 20 66 6f 72 20 6f 72 | sian.fit(Xs=Xs,.Xt=Xt)..#.for.or |
| c360 | 69 67 69 6e 61 6c 20 73 6f 75 72 63 65 20 73 61 6d 70 6c 65 73 2c 20 74 72 61 6e 73 66 6f 72 6d | iginal.source.samples,.transform |
| c380 | 20 61 70 70 6c 69 65 73 20 62 61 72 79 63 65 6e 74 72 69 63 20 6d 61 70 70 69 6e 67 0a 74 72 61 | .applies.barycentric.mapping.tra |
| c3a0 | 6e 73 70 5f 58 73 5f 67 61 75 73 73 69 61 6e 20 3d 20 6f 74 5f 6d 61 70 70 69 6e 67 5f 67 61 75 | nsp_Xs_gaussian.=.ot_mapping_gau |
| c3c0 | 73 73 69 61 6e 2e 74 72 61 6e 73 66 6f 72 6d 28 58 73 3d 58 73 29 0a 0a 23 20 66 6f 72 20 6f 75 | ssian.transform(Xs=Xs)..#.for.ou |
| c3e0 | 74 20 6f 66 20 73 6f 75 72 63 65 20 73 61 6d 70 6c 65 73 2c 20 74 72 61 6e 73 66 6f 72 6d 20 61 | t.of.source.samples,.transform.a |
| c400 | 70 70 6c 69 65 73 20 74 68 65 20 67 61 75 73 73 69 61 6e 20 6d 61 70 70 69 6e 67 0a 74 72 61 6e | pplies.the.gaussian.mapping.tran |
| c420 | 73 70 5f 58 73 5f 67 61 75 73 73 69 61 6e 5f 6e 65 77 20 3d 20 6f 74 5f 6d 61 70 70 69 6e 67 5f | sp_Xs_gaussian_new.=.ot_mapping_ |
| c440 | 67 61 75 73 73 69 61 6e 2e 74 72 61 6e 73 66 6f 72 6d 28 58 73 3d 58 73 5f 6e 65 77 29 0a 0a 0a | gaussian.transform(Xs=Xs_new)... |
| c460 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| c480 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| c4a0 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 0a 23 20 50 6c 6f 74 20 74 72 61 6e 73 70 6f 72 74 65 | ##############.#.Plot.transporte |
| c4c0 | 64 20 73 61 6d 70 6c 65 73 0a 23 20 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d | d.samples.#.-------------------- |
| c4e0 | 2d 2d 2d 2d 0a 0a 70 6c 2e 66 69 67 75 72 65 28 32 29 0a 70 6c 2e 63 6c 66 28 29 0a 70 6c 2e 73 | ----..pl.figure(2).pl.clf().pl.s |
| c500 | 75 62 70 6c 6f 74 28 32 2c 20 32 2c 20 31 29 0a 70 6c 2e 73 63 61 74 74 65 72 28 58 74 5b 3a 2c | ubplot(2,.2,.1).pl.scatter(Xt[:, |
| c520 | 20 30 5d 2c 20 58 74 5b 3a 2c 20 31 5d 2c 20 63 3d 79 74 2c 20 6d 61 72 6b 65 72 3d 27 6f 27 2c | .0],.Xt[:,.1],.c=yt,.marker='o', |
| c540 | 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 6c 61 62 65 6c 3d 27 54 61 72 67 65 74 20 73 61 6d 70 6c 65 | ............label='Target.sample |
| c560 | 73 27 2c 20 61 6c 70 68 61 3d 2e 32 29 0a 70 6c 2e 73 63 61 74 74 65 72 28 74 72 61 6e 73 70 5f | s',.alpha=.2).pl.scatter(transp_ |
| c580 | 58 73 5f 6c 69 6e 65 61 72 5b 3a 2c 20 30 5d 2c 20 74 72 61 6e 73 70 5f 58 73 5f 6c 69 6e 65 61 | Xs_linear[:,.0],.transp_Xs_linea |
| c5a0 | 72 5b 3a 2c 20 31 5d 2c 20 63 3d 79 73 2c 20 6d 61 72 6b 65 72 3d 27 2b 27 2c 0a 20 20 20 20 20 | r[:,.1],.c=ys,.marker='+',...... |
| c5c0 | 20 20 20 20 20 20 6c 61 62 65 6c 3d 27 4d 61 70 70 65 64 20 73 6f 75 72 63 65 20 73 61 6d 70 6c | ......label='Mapped.source.sampl |
| c5e0 | 65 73 27 29 0a 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 22 42 61 72 79 2e 20 6d 61 70 70 69 6e 67 20 28 6c 69 | es').pl.title("Bary..mapping.(li |
| c600 | 6e 65 61 72 29 22 29 0a 70 6c 2e 6c 65 67 65 6e 64 28 6c 6f 63 3d 30 29 0a 0a 70 6c 2e 73 75 62 | near)").pl.legend(loc=0)..pl.sub |
| c620 | 70 6c 6f 74 28 32 2c 20 32 2c 20 32 29 0a 70 6c 2e 73 63 61 74 74 65 72 28 58 74 5b 3a 2c 20 30 | plot(2,.2,.2).pl.scatter(Xt[:,.0 |
| c640 | 5d 2c 20 58 74 5b 3a 2c 20 31 5d 2c 20 63 3d 79 74 2c 20 6d 61 72 6b 65 72 3d 27 6f 27 2c 0a 20 | ],.Xt[:,.1],.c=yt,.marker='o',.. |
| c660 | 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 6c 61 62 65 6c 3d 27 54 61 72 67 65 74 20 73 61 6d 70 6c 65 73 27 | ..........label='Target.samples' |
| c680 | 2c 20 61 6c 70 68 61 3d 2e 32 29 0a 70 6c 2e 73 63 61 74 74 65 72 28 74 72 61 6e 73 70 5f 58 73 | ,.alpha=.2).pl.scatter(transp_Xs |
| c6a0 | 5f 6c 69 6e 65 61 72 5f 6e 65 77 5b 3a 2c 20 30 5d 2c 20 74 72 61 6e 73 70 5f 58 73 5f 6c 69 6e | _linear_new[:,.0],.transp_Xs_lin |
| c6c0 | 65 61 72 5f 6e 65 77 5b 3a 2c 20 31 5d 2c 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 63 3d 79 73 2c 20 | ear_new[:,.1],............c=ys,. |
| c6e0 | 6d 61 72 6b 65 72 3d 27 2b 27 2c 20 6c 61 62 65 6c 3d 27 4c 65 61 72 6e 65 64 20 6d 61 70 70 69 | marker='+',.label='Learned.mappi |
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| c720 | 69 6e 65 61 72 29 22 29 0a 0a 70 6c 2e 73 75 62 70 6c 6f 74 28 32 2c 20 32 2c 20 33 29 0a 70 6c | inear)")..pl.subplot(2,.2,.3).pl |
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| d7e0 | 0a 58 31 20 3d 20 69 6d 32 6d 61 74 28 49 31 29 0a 58 32 20 3d 20 69 6d 32 6d 61 74 28 49 32 29 | .X1.=.im2mat(I1).X2.=.im2mat(I2) |
| d800 | 0a 0a 23 20 74 72 61 69 6e 69 6e 67 20 73 61 6d 70 6c 65 73 0a 6e 62 20 3d 20 31 30 30 30 0a 69 | ..#.training.samples.nb.=.1000.i |
| d820 | 64 78 31 20 3d 20 72 2e 72 61 6e 64 69 6e 74 28 58 31 2e 73 68 61 70 65 5b 30 5d 2c 20 73 69 7a | dx1.=.r.randint(X1.shape[0],.siz |
| d840 | 65 3d 28 6e 62 2c 29 29 0a 69 64 78 32 20 3d 20 72 2e 72 61 6e 64 69 6e 74 28 58 32 2e 73 68 61 | e=(nb,)).idx2.=.r.randint(X2.sha |
| d860 | 70 65 5b 30 5d 2c 20 73 69 7a 65 3d 28 6e 62 2c 29 29 0a 0a 58 73 20 3d 20 58 31 5b 69 64 78 31 | pe[0],.size=(nb,))..Xs.=.X1[idx1 |
| d880 | 2c 20 3a 5d 0a 58 74 20 3d 20 58 32 5b 69 64 78 32 2c 20 3a 5d 0a 0a 0a 23 23 23 23 23 23 23 23 | ,.:].Xt.=.X2[idx2,.:]...######## |
| d8a0 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| d8c0 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| d8e0 | 23 23 23 23 23 23 0a 23 20 50 6c 6f 74 20 6f 72 69 67 69 6e 61 6c 20 69 6d 61 67 65 0a 23 20 2d | ######.#.Plot.original.image.#.- |
| d900 | 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 0a 0a 70 6c 2e 66 69 67 75 72 65 28 31 2c | ------------------..pl.figure(1, |
| d920 | 20 66 69 67 73 69 7a 65 3d 28 36 2e 34 2c 20 33 29 29 0a 0a 70 6c 2e 73 75 62 70 6c 6f 74 28 31 | .figsize=(6.4,.3))..pl.subplot(1 |
| d940 | 2c 20 32 2c 20 31 29 0a 70 6c 2e 69 6d 73 68 6f 77 28 49 31 29 0a 70 6c 2e 61 78 69 73 28 27 6f | ,.2,.1).pl.imshow(I1).pl.axis('o |
| d960 | 66 66 27 29 0a 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 49 6d 61 67 65 20 31 27 29 0a 0a 70 6c 2e 73 75 62 | ff').pl.title('Image.1')..pl.sub |
| d980 | 70 6c 6f 74 28 31 2c 20 32 2c 20 32 29 0a 70 6c 2e 69 6d 73 68 6f 77 28 49 32 29 0a 70 6c 2e 61 | plot(1,.2,.2).pl.imshow(I2).pl.a |
| d9a0 | 78 69 73 28 27 6f 66 66 27 29 0a 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 49 6d 61 67 65 20 32 27 29 0a 0a | xis('off').pl.title('Image.2').. |
| d9c0 | 0a 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | .############################### |
| d9e0 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| da00 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 0a 23 20 53 63 61 74 74 65 72 20 70 6c 6f 74 20 6f | ###############.#.Scatter.plot.o |
| da20 | 66 20 63 6f 6c 6f 72 73 0a 23 20 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d | f.colors.#.--------------------- |
| da40 | 2d 0a 0a 70 6c 2e 66 69 67 75 72 65 28 32 2c 20 66 69 67 73 69 7a 65 3d 28 36 2e 34 2c 20 33 29 | -..pl.figure(2,.figsize=(6.4,.3) |
| da60 | 29 0a 0a 70 6c 2e 73 75 62 70 6c 6f 74 28 31 2c 20 32 2c 20 31 29 0a 70 6c 2e 73 63 61 74 74 65 | )..pl.subplot(1,.2,.1).pl.scatte |
| da80 | 72 28 58 73 5b 3a 2c 20 30 5d 2c 20 58 73 5b 3a 2c 20 32 5d 2c 20 63 3d 58 73 29 0a 70 6c 2e 61 | r(Xs[:,.0],.Xs[:,.2],.c=Xs).pl.a |
| daa0 | 78 69 73 28 5b 30 2c 20 31 2c 20 30 2c 20 31 5d 29 0a 70 6c 2e 78 6c 61 62 65 6c 28 27 52 65 64 | xis([0,.1,.0,.1]).pl.xlabel('Red |
| dac0 | 27 29 0a 70 6c 2e 79 6c 61 62 65 6c 28 27 42 6c 75 65 27 29 0a 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 49 | ').pl.ylabel('Blue').pl.title('I |
| dae0 | 6d 61 67 65 20 31 27 29 0a 0a 70 6c 2e 73 75 62 70 6c 6f 74 28 31 2c 20 32 2c 20 32 29 0a 70 6c | mage.1')..pl.subplot(1,.2,.2).pl |
| db00 | 2e 73 63 61 74 74 65 72 28 58 74 5b 3a 2c 20 30 5d 2c 20 58 74 5b 3a 2c 20 32 5d 2c 20 63 3d 58 | .scatter(Xt[:,.0],.Xt[:,.2],.c=X |
| db20 | 74 29 0a 70 6c 2e 61 78 69 73 28 5b 30 2c 20 31 2c 20 30 2c 20 31 5d 29 0a 70 6c 2e 78 6c 61 62 | t).pl.axis([0,.1,.0,.1]).pl.xlab |
| db40 | 65 6c 28 27 52 65 64 27 29 0a 70 6c 2e 79 6c 61 62 65 6c 28 27 42 6c 75 65 27 29 0a 70 6c 2e 74 | el('Red').pl.ylabel('Blue').pl.t |
| db60 | 69 74 6c 65 28 27 49 6d 61 67 65 20 32 27 29 0a 70 6c 2e 74 69 67 68 74 5f 6c 61 79 6f 75 74 28 | itle('Image.2').pl.tight_layout( |
| db80 | 29 0a 0a 0a 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | )...############################ |
| dba0 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| dbc0 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 0a 23 20 49 6e 73 74 61 6e 74 69 61 74 65 | ##################.#.Instantiate |
| dbe0 | 20 74 68 65 20 64 69 66 66 65 72 65 6e 74 20 74 72 61 6e 73 70 6f 72 74 20 61 6c 67 6f 72 69 74 | .the.different.transport.algorit |
| dc00 | 68 6d 73 20 61 6e 64 20 66 69 74 20 74 68 65 6d 0a 23 20 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d | hms.and.fit.them.#.------------- |
| dc20 | 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d | -------------------------------- |
| dc40 | 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 0a 0a 23 20 45 4d 44 54 72 61 6e 73 70 6f 72 74 0a 6f | --------------..#.EMDTransport.o |
| dc60 | 74 5f 65 6d 64 20 3d 20 6f 74 2e 64 61 2e 45 4d 44 54 72 61 6e 73 70 6f 72 74 28 29 0a 6f 74 5f | t_emd.=.ot.da.EMDTransport().ot_ |
| dc80 | 65 6d 64 2e 66 69 74 28 58 73 3d 58 73 2c 20 58 74 3d 58 74 29 0a 0a 23 20 53 69 6e 6b 68 6f 72 | emd.fit(Xs=Xs,.Xt=Xt)..#.Sinkhor |
| dca0 | 6e 54 72 61 6e 73 70 6f 72 74 0a 6f 74 5f 73 69 6e 6b 68 6f 72 6e 20 3d 20 6f 74 2e 64 61 2e 53 | nTransport.ot_sinkhorn.=.ot.da.S |
| dcc0 | 69 6e 6b 68 6f 72 6e 54 72 61 6e 73 70 6f 72 74 28 72 65 67 5f 65 3d 31 65 2d 31 29 0a 6f 74 5f | inkhornTransport(reg_e=1e-1).ot_ |
| dce0 | 73 69 6e 6b 68 6f 72 6e 2e 66 69 74 28 58 73 3d 58 73 2c 20 58 74 3d 58 74 29 0a 0a 23 20 70 72 | sinkhorn.fit(Xs=Xs,.Xt=Xt)..#.pr |
| dd00 | 65 64 69 63 74 69 6f 6e 20 62 65 74 77 65 65 6e 20 69 6d 61 67 65 73 20 28 75 73 69 6e 67 20 6f | ediction.between.images.(using.o |
| dd20 | 75 74 20 6f 66 20 73 61 6d 70 6c 65 20 70 72 65 64 69 63 74 69 6f 6e 20 61 73 20 69 6e 20 5b 36 | ut.of.sample.prediction.as.in.[6 |
| dd40 | 5d 29 0a 74 72 61 6e 73 70 5f 58 73 5f 65 6d 64 20 3d 20 6f 74 5f 65 6d 64 2e 74 72 61 6e 73 66 | ]).transp_Xs_emd.=.ot_emd.transf |
| dd60 | 6f 72 6d 28 58 73 3d 58 31 29 0a 74 72 61 6e 73 70 5f 58 74 5f 65 6d 64 20 3d 20 6f 74 5f 65 6d | orm(Xs=X1).transp_Xt_emd.=.ot_em |
| dd80 | 64 2e 69 6e 76 65 72 73 65 5f 74 72 61 6e 73 66 6f 72 6d 28 58 74 3d 58 32 29 0a 0a 74 72 61 6e | d.inverse_transform(Xt=X2)..tran |
| dda0 | 73 70 5f 58 73 5f 73 69 6e 6b 68 6f 72 6e 20 3d 20 6f 74 5f 65 6d 64 2e 74 72 61 6e 73 66 6f 72 | sp_Xs_sinkhorn.=.ot_emd.transfor |
| ddc0 | 6d 28 58 73 3d 58 31 29 0a 74 72 61 6e 73 70 5f 58 74 5f 73 69 6e 6b 68 6f 72 6e 20 3d 20 6f 74 | m(Xs=X1).transp_Xt_sinkhorn.=.ot |
| dde0 | 5f 65 6d 64 2e 69 6e 76 65 72 73 65 5f 74 72 61 6e 73 66 6f 72 6d 28 58 74 3d 58 32 29 0a 0a 49 | _emd.inverse_transform(Xt=X2)..I |
| de00 | 31 74 20 3d 20 6d 69 6e 6d 61 78 28 6d 61 74 32 69 6d 28 74 72 61 6e 73 70 5f 58 73 5f 65 6d 64 | 1t.=.minmax(mat2im(transp_Xs_emd |
| de20 | 2c 20 49 31 2e 73 68 61 70 65 29 29 0a 49 32 74 20 3d 20 6d 69 6e 6d 61 78 28 6d 61 74 32 69 6d | ,.I1.shape)).I2t.=.minmax(mat2im |
| de40 | 28 74 72 61 6e 73 70 5f 58 74 5f 65 6d 64 2c 20 49 32 2e 73 68 61 70 65 29 29 0a 0a 49 31 74 65 | (transp_Xt_emd,.I2.shape))..I1te |
| de60 | 20 3d 20 6d 69 6e 6d 61 78 28 6d 61 74 32 69 6d 28 74 72 61 6e 73 70 5f 58 73 5f 73 69 6e 6b 68 | .=.minmax(mat2im(transp_Xs_sinkh |
| de80 | 6f 72 6e 2c 20 49 31 2e 73 68 61 70 65 29 29 0a 49 32 74 65 20 3d 20 6d 69 6e 6d 61 78 28 6d 61 | orn,.I1.shape)).I2te.=.minmax(ma |
| dea0 | 74 32 69 6d 28 74 72 61 6e 73 70 5f 58 74 5f 73 69 6e 6b 68 6f 72 6e 2c 20 49 32 2e 73 68 61 70 | t2im(transp_Xt_sinkhorn,.I2.shap |
| dec0 | 65 29 29 0a 0a 0a 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | e))...########################## |
| dee0 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 | ################################ |
| df00 | 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23 0a 23 20 50 6c 6f 74 20 6e 65 77 20 | ####################.#.Plot.new. |
| df20 | 69 6d 61 67 65 73 0a 23 20 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 2d 0a 0a 70 6c 2e 66 69 67 | images.#.---------------..pl.fig |
| df40 | 75 72 65 28 33 2c 20 66 69 67 73 69 7a 65 3d 28 38 2c 20 34 29 29 0a 0a 70 6c 2e 73 75 62 70 6c | ure(3,.figsize=(8,.4))..pl.subpl |
| df60 | 6f 74 28 32 2c 20 33 2c 20 31 29 0a 70 6c 2e 69 6d 73 68 6f 77 28 49 31 29 0a 70 6c 2e 61 78 69 | ot(2,.3,.1).pl.imshow(I1).pl.axi |
| df80 | 73 28 27 6f 66 66 27 29 0a 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 49 6d 61 67 65 20 31 27 29 0a 0a 70 6c | s('off').pl.title('Image.1')..pl |
| dfa0 | 2e 73 75 62 70 6c 6f 74 28 32 2c 20 33 2c 20 32 29 0a 70 6c 2e 69 6d 73 68 6f 77 28 49 31 74 29 | .subplot(2,.3,.2).pl.imshow(I1t) |
| dfc0 | 0a 70 6c 2e 61 78 69 73 28 27 6f 66 66 27 29 0a 70 6c 2e 74 69 74 6c 65 28 27 49 6d 61 67 65 20 | .pl.axis('off').pl.title('Image. |
| dfe0 | 31 20 41 64 61 70 74 27 29 0a 0a 70 6c 2e 73 75 62 70 6c 6f 74 28 32 2c 20 33 2c 20 33 29 0a 70 | 1.Adapt')..pl.subplot(2,.3,.3).p |
| e000 | 6c 2e 69 6d 73 68 6f 77 28 49 31 74 65 29 0a 70 6c 2e 61 78 69 73 28 27 6f 66 66 27 29 0a 70 6c | l.imshow(I1te).pl.axis('off').pl |
| e020 | 2e 74 69 74 6c 65 28 27 49 6d 61 67 65 20 31 20 41 64 61 70 74 20 28 72 65 67 29 27 29 0a 0a 70 | .title('Image.1.Adapt.(reg)')..p |
| e040 | 6c 2e 73 75 62 70 6c 6f 74 28 32 2c 20 33 2c 20 34 29 0a 70 6c 2e 69 6d 73 68 6f 77 28 49 32 29 | l.subplot(2,.3,.4).pl.imshow(I2) |
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index : debian-python-pot | |
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